과징금·보조금

감염병 영업제한 조치로 손실이 났는데 보상받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.29 갱신

네, 감염병예방법상 집합금지나 운영시간 제한 조치로 소상공인에게 경영상 심각한 손실이 생기면 중소벤처기업부장관은 손실보상을 해야 합니다. 소상공인 보호 및 지원에 관한 법률 제12조의2가 보상 의무를, 제12조의3이 30일 이내 이의신청을 정합니다. 지금은 받은 제한 조치가 보상 대상 조치인지와 제한 전후 매출 자료를 확인하십시오.

영업제한을 받은 모든 손실을 다 증명해야 보상 신청이 되는 것은 아닙니다. 보상 기준과 금액은 심의위원회 심의를 거쳐 고시로 정하므로, 신청인은 고시가 요구하는 매출 자료를 내면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

N씨는 2024년 호흡기 감염병 유행 때 내려진 운영시간 제한 조치로 음식점 영업을 밤 9시에 끝내야 했다는 사정을 가정해 봅니다. N씨는 제한 기간의 매출 자료를 내고 손실보상을 신청했지만, 일부 기간 영업시간을 어겼다는 이유로 감액 결정을 받았습니다. N씨는 그날 영업을 일찍 끝냈다는 카드 매출 기록을 갖고 있어 이의신청을 준비했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

감염병 영업제한으로 손실이 나면 보상을 받을 수 있나요?

네, 받을 수 있습니다. 중소벤처기업부장관은 감염병예방법에 따른 조치 중 영업장소 사용과 운영시간 제한 등 대통령령으로 정하는 조치로 소상공인에게 경영상 심각한 손실이 생기면 그 부담을 덜어 주는 손실보상을 해야 합니다. 「할 수 있다」가 아니라 「하여야 한다」로 정한 의무 규정입니다.

대상 조치는 영업장소 내 집합을 금지해 운영시간의 전부 또는 일부를 제한하는 조치와, 이용자 밀집도를 낮추기 위한 조치로서 손실보상 심의위원회가 심의·의결한 조치입니다. 지방자치단체가 한 조치는 중앙행정기관(중앙재난안전대책본부를 둔 경우 그 본부장)과 미리 협의한 조치로 한정됩니다. 2026. 9. 28. 기준 현행 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률 시행령」이 이렇게 정합니다.

소상공인이 아닌 중소기업도 심의위원회 심의를 거쳐 보상을 받을 수 있습니다.

손실보상은 어떻게 신청하고 결정되나요?

신청인은 사업자 등록번호, 대표자 인적사항 등을 적은 손실보상신청서를 중소벤처기업부장관에게 냅니다. 장관은 전문기관이나 전문가의 조사·평가·감정을 거쳐 처리할 수 있습니다.

신청을 받은 장관은 손실보상 심의위원회 심의를 거쳐 지급 여부와 금액을 정해 지급합니다. 신청인이 집합 제한·금지 조치를 어겼다면 보상금을 줄이거나 주지 않을 수 있고, 먼저 받은 우선 지원액이 있으면 그만큼 빼고 계산하거나 차액을 돌려받습니다. 지급 뒤에도 조치 위반 등이 드러나면 전부나 일부를 환수할 수 있습니다.

손실보상 결정에 불만이 있으면 어떻게 하나요?

결정이나 처분 통지를 받은 날부터 30일 이내에 이의신청을 할 수 있습니다. 장관은 심의위원회 심의를 거쳐 지급, 증감 또는 환수 여부를 다시 정해 알려 줍니다.

이의신청 결과에도 불복하면 행정심판이나 행정소송을 검토합니다. 환수 처분은 기존에 받은 돈을 돌려주라는 처분이어서, 조치 위반 여부나 매출 산정 방식을 다툴 자료를 처분 통지 직후부터 모아 둡니다. 원안 이후 2023. 3. 28. 개정으로 우선 지원액 반영과 환수 규정이 추가되었습니다.

감염병 손실보상 신청 대응 순서

• 조치 확인 - 받은 제한이 집합금지·운영시간 제한 등 대상 조치인지 확인합니다. 지자체 조치라면 중앙 협의 여부도 봅니다.
• 매출 자료 준비 - 제한 전후 매출을 보여 주는 부가가치세 신고서, 카드 매출 내역을 모읍니다. 고시가 정한 산정 방식에 맞춥니다.
• 신청서 제출 - 사업자 등록번호와 대표자 인적사항을 적어 신청합니다. 접수 번호를 보관합니다.
• 결정 확인 - 지급 여부와 금액 통지를 받습니다. 감액·부지급 사유를 확인합니다.
• 이의신청과 불복 - 통지일부터 30일 이내에 이의신청합니다. 그 뒤 행정심판·행정소송을 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 보상금 감액·환수 통지를 받았거나 조치 위반 여부에 다툼이 있는 경우에는 처분서와 매출 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 정부 지원금·보조금 환수처분과 제재처분에 대한 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 어떤 조치가 손실보상 대상인가요?
  영업장소 내 집합을 금지해 운영시간의 전부 또는 일부를 제한하는 조치와, 이용자 밀집도를 낮추기 위한 조치로서 손실보상 심의위원회가 심의·의결한 조치입니다. 지방자치단체 조치는 중앙행정기관과 미리 협의한 조치만 해당합니다.
• 중소기업도 손실보상을 받나요?
  원칙적 대상은 소상공인이지만, 중소벤처기업부장관은 손실보상 심의위원회 심의를 거쳐 소상공인이 아닌 중소기업기본법상 중소기업에도 손실보상을 할 수 있습니다. 규모가 커서 소상공인에서 빠졌다면 이 조항을 확인합니다.
• 손실보상 신청서에는 무엇을 적나요?
  사업자 등록번호, 대표자 인적사항 등을 적은 손실보상신청서를 중소벤처기업부장관에게 냅니다. 구체적 서식과 첨부자료는 중소벤처기업부령과 고시를 따르므로 신청 당시 공고를 함께 확인합니다.
• 제한 조치를 어기면 보상을 못 받나요?
  신청인이 감염병예방법에 따른 집합 제한·금지 조치를 위반했다면 손실보상금을 줄이거나 지급하지 않을 수 있습니다. 지급 뒤에 위반이 드러나면 전부나 일부를 환수할 수도 있으므로 영업시간 기록을 보관합니다.
• 먼저 받은 지원금은 어떻게 되나요?
  손실보상금의 우선 지원을 받았다면 장관은 그 금액을 감안해 손실보상금을 산정할 수 있고, 차액이 있으면 상환하거나 반납하게 해야 합니다. 우선 지원을 받은 날짜와 금액을 확인해 둡니다.
• 손실보상 이의신청 기한은?
  지급 여부·금액 결정이나 감액·환수 처분 통지를 받은 날부터 30일 이내에 중소벤처기업부장관에게 이의신청을 해야 합니다. 장관은 심의위원회 심의를 거쳐 결과를 알려 주며, 불복하면 행정심판이나 소송을 검토합니다.

비슷한 상황

• 지방고용노동청장의 보조금 제재처분은 권한도 확인해야 하나요?
• 학술지원 사업비 환수가 취소되면 선정제외처분도 다툴 수 있나요?

이 페이지는 일반적인 절차 안내입니다. 개별 사안의 판단은 상담에서 합니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성