과징금·보조금

지방보조금 받은 회사의 주식을 팔면 보조금을 반환해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 지방보조금 받은 회사의 주식을 대주주가 팔았다는 이유만으로는 보조사업 인계나 중요재산 양도가 아니어서 반환 사유가 되지 않습니다. 대법원은 보조금을 받은 주체가 회사이고 주주와는 별개의 권리주체라고 보았습니다. 다만 잘못된 반환명령도 당연무효는 아니므로 처분서를 받은 날짜부터 확인하십시오.

회사 지분을 넘기기 전에 군청이나 시청의 승인을 꼭 받아야 한다고 걱정할 필요는 없습니다. 회사 자체가 공장이나 사업을 따로 떼어 넘기지 않는 한, 주식 양도만으로는 승인 대상이 되지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2022년 군의 농산물 가공공장 지원사업에 선정된 회사의 대표이자 대주주입니다. 회사는 지방보조금 8억원으로 창고를 가공공장으로 증축하고 2023년 정산을 마쳤습니다. A씨는 2025년 건강이 나빠져 회사 주식 전부를 B씨에게 넘겼고, 회사는 그대로 공장을 돌리고 있습니다. 그런데 군수가 「승인 없이 보조사업을 넘겼다」며 교부결정을 취소하고 보조금 5억원을 반환하라고 명령했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

지방보조금 받은 회사의 주식을 팔면 보조사업 인계가 되나요?

원칙적으로 아닙니다. 대법원은 지방보조사업자가 주식회사일 때 그 주주가 자기 주식을 제3자에게 넘기는 것은 지방보조사업의 인계나 중요재산의 양도에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 보조금을 받은 주체는 회사이고, 주주와 회사는 별개의 권리주체이기 때문입니다.

보조사업을 다른 사업자에게 넘기거나 중단·폐지할 때는 미리 지방자치단체장의 승인을 받아야 합니다. 그러나 주식이 바뀌어도 회사의 지방보조사업자 지위는 그대로이고, 회사는 같은 공장으로 사업을 계속할 수 있습니다. 대법원은 불이익 처분의 근거 규정은 엄격하게 해석해야 하고, 상대방에게 불리하게 넓혀 해석하면 안 된다고 보았습니다. 다만 회사를 폐업시킬 목적으로 주식을 넘긴 것처럼 특별한 사정이 있으면 결론이 달라질 수 있습니다.

판결 사안은 2021. 1. 12. 개정 전 구 지방재정법이 적용됐습니다. 지금은 같은 내용이 2026. 10. 4. 기준 현행 「지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률」로 옮겨져 있습니다.

보조사업이 이미 끝났으면 인계 승인이 필요 없나요?

대법원은 공장 증축과 보조금 정산까지 마친 뒤에는 지방보조사업이 끝났다고 보았습니다. 그래서 그 뒤에 맺은 주식 양도계약으로 이미 끝난 보조사업이 인계됐다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 사업이 끝난 뒤 남는 의무는 중요재산 처분 제한입니다.

공장 건물을 팔거나 담보로 잡히면 어떻게 되나요?

회사가 보조금으로 짓거나 고친 공장 건물 같은 중요재산을 승인 없이 팔거나, 빌려주거나, 담보로 제공하면 법 위반이 됩니다. 이 제한은 보조사업을 마친 뒤에도 계속됩니다. 보조금 전부를 반환했거나 지방자치단체장이 정한 기간이 지난 때에는 승인 없이 할 수 있습니다.

대법원은 구 시행령의 중요재산 목록(부동산과 그 종물, 선박, 항공기, 지방자치단체장이 특별히 필요하다고 인정한 재산)은 열거 규정이고, 회사 주식은 여기에 들어가지 않는다고 보았습니다. 판결 사안에서는 원심이 회사가 공장에 근저당을 설정해 준 것도 위반이라고 덧붙였지만, 대법원은 이 부분을 따로 판단하지 않았습니다. 대주주 개인 대출의 담보로 회사 공장을 내주는 일은 별도의 위반 사유가 될 수 있으니 주의해야 합니다.

잘못된 반환명령인데 배당에서 다툴 수 없나요?

다투기 어렵습니다. 처분 사유가 없더라도 그 하자가 중대하고 객관적으로 명백해야 당연무효가 되는데, 대법원은 주식 양도가 인계에 해당하는지가 법문에 명시되지 않았고 판례도 정립되지 않았으므로 하자가 명백하지 않다고 보았습니다. 그래서 반환명령은 무효가 아니고, 그 반환채권에 기초한 지방자치단체의 배당도 그대로 유지됐습니다.

결국 위법한 반환명령을 받은 회사나 후순위 담보권자는 처분 직후 이의신청과 취소소송으로 다퉈야 합니다. 이 기간을 넘기면 경매 배당 단계에서 무효를 주장해도 받아들여지기 어렵습니다.

지방보조금 반환명령 대응 순서

• 처분서 확인 - 반환명령서에 적힌 처분 사유와 근거 조문, 통지받은 날짜를 확인합니다. 주식 양도를 인계로 본 것인지, 담보 제공을 문제 삼은 것인지에 따라 다툴 지점이 달라집니다.
• 이의신청 - 통지받은 날부터 20일 안에 서면으로 지방자치단체장에게 이의를 신청합니다. 기간이 짧아 처분서를 받은 주에 준비를 시작해야 합니다.
• 취소소송 제기 - 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 행정법원에 취소소송을 냅니다. 이 기간이 지나면 당연무효 사유가 아닌 한 처분을 뒤집기 어렵습니다.
• 사업 종료 자료 정리 - 준공, 정산 완료일, 사업 내용을 보여 주는 서류를 모읍니다. 보조사업이 이미 끝났다는 사실은 인계 사유를 부정하는 근거가 됩니다.
• 중요재산 처분 점검 - 공장에 설정된 근저당, 임대차, 매각 계획이 있는지 확인합니다. 승인 없는 담보 제공은 별도 반환 사유가 될 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 보조금 교부조건에 주식 양도 제한이 따로 적혀 있거나 조례가 별도 사유를 정한 경우에는 교부결정서와 조례를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 보조금 교부결정 취소·반환명령에 대한 이의신청과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 주식 양도 전에 지방자치단체 승인을 받아야 하나요?
  원칙적으로 필요 없습니다. 대법원 2025. 6. 26. 선고 2024다243592 판결은 보조사업자인 회사의 주주가 주식을 넘기는 것은 지방보조사업 인계나 중요재산 양도에 해당하지 않는다고 보았습니다. 다만 교부결정서에 주식 양도를 제한하는 조건이 따로 있으면 그 조건을 먼저 확인해야 합니다.
• 회사를 폐업시키려고 주식을 넘기면 어떻게 되나요?
  결론이 달라질 수 있습니다. 대법원은 주식 양도가 원칙적으로 인계가 아니라고 하면서도, 보조사업자인 회사를 폐업시킬 목적으로 주식을 넘긴 것과 같은 특별한 사정이 있으면 예외로 보았습니다. 주식 양도 뒤 회사가 사업을 접고 공장을 다른 용도로 쓰면 인계·중단 승인 문제가 생길 수 있습니다.
• 보조금으로 지은 공장을 담보로 대출받아도 되나요?
  지방자치단체장의 승인이 있어야 합니다. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제21조 제3항 제3호는 보조사업을 마친 뒤에도 승인 없이 중요재산을 담보로 제공하지 못하게 합니다. 보조금을 전부 반환했거나 지방자치단체장이 정한 기간이 지났다면 승인 없이도 할 수 있습니다.
• 반환명령에 대한 이의신청 기한은 언제까지인가요?
  통지 또는 처분을 받은 날부터 20일 이내입니다. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제36조의2 제1항은 교부결정 취소와 반환명령에 이의가 있으면 이 기간 안에 서면으로 지방자치단체장에게 이의를 신청할 수 있다고 정합니다. 이의신청과 별도로 취소소송 기간도 함께 관리해야 합니다.
• 취소소송 기간을 놓치면 나중에 무효를 주장할 수 있나요?
  하자가 중대하고 객관적으로 명백해야 무효를 주장할 수 있습니다. 대법원 2025. 6. 26. 선고 2024다243592 판결은 주식 양도를 인계로 본 반환명령에 처분 사유가 없다고 하면서도, 법문에 명시되지 않고 판례도 없었으므로 하자가 명백하지 않아 무효가 아니라고 보았습니다.
• 반환명령이 확정되면 경매 배당에 어떤 영향이 있나요?
  지방자치단체가 보조금 반환채권으로 먼저 배당을 받아 갈 수 있습니다. 판결 사안에서 군은 보조금 유용에 대비해 공장에 근저당을 설정해 두었고, 이 근저당으로 반환채권을 3순위로 전액 배당받았습니다. 후순위 근저당권자의 배당이의는 반환명령이 무효가 아니라는 이유로 받아들여지지 않았습니다.
• 보조사업을 다른 회사에 넘기면 어떻게 되나요?
  미리 지방자치단체장의 승인을 받아야 합니다. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제15조는 사정의 변경으로 보조사업을 다른 사업자에게 인계하거나 중단·폐지하려면 미리 승인을 받도록 정합니다. 회사가 공장과 사업만 떼어 다른 회사에 파는 경우가 여기에 해당합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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