과징금·보조금

내항화물선 유류세 보조금을 청구할 때 어떤 서류를 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.28 갱신

내항화물선 유류세 보조금은 지급 청구서에 거래명세서·석유제품 인수 확인서·세금계산서·연료유공급서(BDR)·출하전표를 붙여 지방해양수산청장에게 청구합니다. 해양수산부 고시인 내항화물운송사업자 유류세보조금 지급지침 제8조 제2항이 첨부서류를 정합니다. 지금은 이번 분기 청구서 제출기한과 주유 건별 경유 함유량이 확인서에 적혀 있는지부터 보십시오.

GPS 항적자료는 모든 청구에 붙이는 서류가 아닙니다. 항만 정보시스템으로 운항실적이 확인되지 않는 경우에만 냅니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2024년부터 연안 화물선 두 척으로 내항화물운송사업을 하고 있습니다. 2026년 2분기에 경유와 중유가 섞인 블랜딩유를 주유했는데, 판매업자가 준 인수 확인서에 총 주유량만 적혀 있고 경유 함유량 칸이 비어 있었습니다. 지방해양수산청은 보완을 요구했고, A씨는 제출기한이 며칠 남지 않은 상태에서 어떤 서류를 다시 받아야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

유류세 보조금 청구서에 어떤 서류를 붙여야 하나요?

유류세 보조금 지급 청구서에는 거래명세서, 석유제품 판매(공급) 및 인수 확인서, 세금계산서, 연료유공급서(BDR), 출하전표를 붙이고, 해당하는 경우에만 운항실적 자료와 유류세 환급·납부 증명서류를 더합니다. 2026. 9. 28. 기준 현행 「내항화물운송사업자 유류세보조금 지급지침」(해양수산부 고시 제2026-90호)이 정한 목록입니다.

• 유류판매(공급)사업자별 거래명세서 - 판매업자마다 따로 받습니다.
• 석유제품 판매(공급) 및 인수 확인서 - 판매자와 인수자가 모두 서명하고, 주유 날짜·선박·총 주유량·경유 함유량을 적습니다.
• 세금계산서 - 주유 건과 금액이 맞아야 합니다.
• 연료유공급서(BDR) - 선박연료공급업자가 발급합니다.
• 출하전표 - 등록·신고한 석유사업자가 발급합니다.
• 운항실적 자료 - GPS 항적자료 등으로, 필요한 경우에만 냅니다.
• 유류세 환급·납부 증명서류 - 등록 외 사업구역을 일시 운송한 경우에만 냅니다.

보조금은 경유를 공급받은 선박을 운항선박명세서에 올려 둔 내항화물운송사업자에게 지급합니다. 선박을 1년 미만 단기로 용선했다면 용선한 사람이 받을 수 있습니다.

어떤 기름을 넣어야 유류세 보조금이 나오나요?

과세유로 산 선박용 경유만 대상입니다. 경유와 중유를 섞은 블랜딩유는 그 안에 든 경유량만큼만 인정되고, LRFO·B-A·B-C처럼 중유로 분류되어 유류세가 붙지 않는 기름은 빠집니다. 그래서 인수 확인서에 경유 함유량을 따로 계산해 적어야 합니다.

외항 구간을 일시 운항하면서 쓴 경유 가운데 유류세를 환급받은 부분에는 보조금이 나오지 않습니다. 같은 기름에 세금을 두 번 돌려받지 못하게 하려는 규정입니다.

유가연동보조금은 언제 산 기름까지 받을 수 있나요?

현행 지침은 유가연동보조금을 2026. 9. 30.까지 구매한 경유에 한시적으로 지급한다고 정합니다. 지급단가는 전국 주간 평균 판매가격에서 기준가격 1,700원을 뺀 금액의 70퍼센트이고, 리터당 183.21원을 넘지 못합니다. 원안에는 없던 제도이고, 지급 기간은 고시 개정으로 여러 차례 연장되어 왔으니 청구 시점의 고시를 다시 확인해야 합니다.

청구 내용이 이상하면 어떤 확인을 받나요?

지방해양수산청장은 항만운영정보시스템과 해상교통관제 자료로 실제 운항 여부를 확인하고, 확인이 안 되면 GPS 항적자료를 내라고 요구합니다. 유류 사용량이 갑자기 늘었거나 선박 수에 비해 사용량이 많으면 소명서를 내라고 하거나 현장을 확인할 수 있습니다.

부정한 방법으로 받은 사실이 드러나면 해당 주유 건 보조금을 환수하고, 범죄가 의심되면 형사 고발합니다. 여기에 더해 선박 운항정지나 보조금 지급 중단이라는 행정상 제재가 따를 수 있습니다.

내항화물선 유류세 보조금 대응 순서

• 지급계획 확인 - 지방해양수산청이 통지한 지급단가와 청구서 제출기한을 봅니다. 보조금은 분기마다 지급하는 것이 원칙입니다.
• 주유 건별 서류 대조 - 거래명세서, 세금계산서, BDR, 출하전표의 날짜와 수량이 서로 맞는지 봅니다. 한 건이라도 어긋나면 보완 요구가 옵니다.
• 경유 함유량 기재 - 블랜딩유는 인수 확인서에 경유량을 따로 적어 받습니다. 중유로 분류되는 기름은 빼고 계산합니다.
• 운항실적 자료 준비 - 정보시스템에 잡히지 않는 운항이 있으면 GPS 항적자료를 챙깁니다. 사용량이 급증한 분기라면 소명 자료도 미리 만들어 둡니다.
• 서류 보존 - 청구·지급 관련 서류는 생산한 해의 다음 해부터 5년간 보관합니다. 환수 다툼이 생기면 이 서류로 착오였다는 사정을 설명합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 환수 통지나 운항정지 처분을 이미 받았거나 용선 관계가 얽혀 누가 보조금을 받을 사람인지 다툼이 있으면 처분서와 용선계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 보조금 환수·지급정지 처분에 대한 행정심판과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 유류세 보조금 청구서는 어디에 내나요?
  선박을 관할하는 지방해양수산청장에게 냅니다. 내항화물운송사업자 유류세보조금 지급지침 제3조에 따라 지방해양수산청장이 지급업무를 맡고, 제7조에 따라 지급대상·지급단가·제출기한·첨부서류를 담은 지급계획을 수급 대상자에게 통지합니다. 한국해운조합을 통해 안내가 오는 경우도 있습니다.
• GPS 항적자료는 꼭 내야 하나요?
  모든 청구에 필요한 것은 아닙니다. 지급지침 제8조 제2항 제4호는 운항실적 자료를 필요한 경우에 한정해 내도록 정합니다. 다만 지방해양수산청장이 항만운영정보시스템이나 해상교통관제 자료로 운항 사실을 확인하지 못하면 제9조 제1항에 따라 GPS 항적자료 제출을 요구할 수 있으니 자료는 보관해 두는 편이 안전합니다.
• 제출기한을 놓치면 보조금을 못 받나요?
  원칙적으로 못 받습니다. 지급지침 제8조 제3항은 기한을 지나 청구하면 지방해양수산청장이 보조금을 지급하지 않는다고 정합니다. 다만 부득이한 사유로 기한 안에 내지 못했다면 다음 분기 1회에 한정해 청구서를 받아 지급할 수 있으므로, 그 사유를 입증할 자료와 함께 바로 제출해야 합니다.
• 중유를 넣은 선박도 보조금을 받나요?
  받을 수 없습니다. 지급지침 제4조 제1항은 과세유로 산 선박용 경유만 대상으로 하고, 제2항은 LRFO·B-A·B-C 등 중유로 분류되어 유류세가 부과되지 않는 유류를 제외합니다. 경유와 중유를 섞은 블랜딩유는 함유된 경유량만큼만 인정되므로 인수 확인서에 경유량을 따로 적어야 합니다.
• 배를 빌려 운항하는데 누가 보조금을 받나요?
  원칙은 운항선박명세서에 선박을 올려 둔 내항화물운송사업자입니다. 다만 지급지침 제8조 제1항 단서에 따라 선박을 1년 미만 단기 용선한 경우에는 용선한 사람에게 지급할 수 있습니다. 용선계약서에 용선 기간과 유류비 부담자를 분명히 적어 두어야 청구 단계에서 다툼이 없습니다.
• 보조금을 잘못 받으면 어떻게 되나요?
  해당 주유 건에 지급된 보조금을 환수합니다. 지급지침 제11조 제2항은 부정수급뿐 아니라 요건을 갖추지 못했거나 잘못 지급된 경우에도 환수하도록 정하고, 고의로 의심되면 형사 고발까지 하도록 합니다. 제12조에 따라 선박 운항정지나 보조금 지급 중단이라는 제재도 따를 수 있습니다.
• 청구 서류는 얼마나 보관해야 하나요?
  서류를 생산한 해의 다음 연도부터 5년간 보관해야 합니다. 지급지침 제13조는 지방해양수산청장뿐 아니라 보조금을 받은 사업자에게도 이 보존 의무를 둡니다. 환수 조사나 합동조사는 몇 년 뒤에 나오는 경우가 많아, 주유 건별 확인서와 BDR을 버리면 착오였다는 설명을 뒷받침할 방법이 없어집니다.

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