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정부 지원을 받으려는데 우리 회사가 중소기업에 해당하는지 어떻게 판단하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.28 갱신


중소기업은 업종별 매출액 기준과 자산총액 5천억원 미만이라는 규모기준, 그리고 소유·경영의 독립성기준을 모두 갖춘 영리기업을 말합니다. 중소기업기본법은 비영리 사회적기업과 일정한 협동조합도 요건을 갖추면 중소기업에 포함합니다. 지금은 최근 재무제표의 매출액과 자산총액, 주주 구성부터 확인하십시오.

그 자리에서

지원사업 신청서에 중소기업 확인서를 첨부하라는 안내를 받았다면, 주된 업종의 평균매출액과 자산총액, 5천억원 이상 법인이 주식을 보유하고 있는지를 먼저 확인하십시오. 규모와 독립성 중 하나라도 어긋나면 중소기업이 아닙니다.

매출이 한 해 기준을 넘었다고 바로 모든 지원이 끊기는 것은 아닙니다. 규모 확대로 기준을 넘으면 다음 연도부터 5년간은 중소기업으로 봅니다.

이런 상담이 많습니다

F씨가 운영하는 식품 제조 법인은 2023년 모회사로부터 투자를 받아 모회사가 지분 35%를 가진 가장 큰 주주가 되었습니다. 2026년 정부 지원사업에 신청하려다 중소기업 확인서 발급이 거절될 수 있다는 말을 들었습니다. 모회사의 자산총액은 약 6천억원이었고, F씨 회사 자체의 연매출은 300억원 수준이었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

중소기업 규모기준은 어떻게 판단하나요?

규모기준은 두 가지를 모두 충족해야 합니다. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 평균매출액 또는 연간매출액이 시행령 별표 1의 업종별 기준에 맞아야 하고, 자산총액이 5천억원 미만이어야 합니다. 업종별 매출액 기준은 제조업·도소매업·서비스업마다 다르므로, 매출 비중이 가장 큰 업종을 주된 업종으로 정한 뒤 해당 기준과 비교합니다. 2026. 9. 28. 기준 현행 「중소기업기본법 시행령」에 따른 판단입니다.

중소기업 판단 기준(2026. 9. 28. 기준)
매출액
기준: 주된 업종별 별표 1 기준 이하
자산총액
기준: 5천억원 미만
독립성
기준: 5천억원 이상 법인이 30% 이상 보유한 가장 큰 주주가 아닐 것
제외
기준: 공시대상기업집단 소속 회사
유예
기준: 규모 확대 시 다음 연도부터 5년

출처 - 중소기업기본법 제2조, 같은 법 시행령 제3조 제1항

독립성기준은 어떤 경우에 문제가 되나요?

자산총액 5천억원 이상인 법인이 주식등의 100분의 30 이상을 직접 또는 간접으로 소유하면서 가장 많이 출자한 자인 기업은 중소기업이 아닙니다. 관계기업에 속하는 기업은 관계기업 전체로 산정한 평균매출액등이 별표 1 기준에 맞아야 합니다. 또 공시대상기업집단에 속하는 회사는 규모와 상관없이 중소기업에서 빠집니다.

모회사나 관계회사가 있다면 지분율과 상대 회사의 자산총액을 함께 확인해야 합니다. 개인 주주의 친족이 가진 지분도 합산될 수 있으므로 주주명부를 기준으로 계산합니다.

사회적기업이나 협동조합도 중소기업이 될 수 있나요?

될 수 있습니다. 영리를 주된 목적으로 하지 않는 사회적기업은 규모기준을 갖추고 5천억원 이상 법인의 지배를 받지 않으면 중소기업에 포함됩니다. 협동조합, 사회적협동조합과 그 연합회, 소비자생활협동조합, 중소기업협동조합도 같은 요건을 갖추면 중소기업입니다.

매출이 늘어 기준을 넘으면 바로 지원이 끊기나요?

아닙니다. 중소기업이 규모 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 되면 그 사유가 생긴 연도의 다음 연도부터 5년간은 중소기업으로 봅니다. 다만 중소기업 외의 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 기준을 벗어난 경우에는 이 유예가 적용되지 않습니다.

중소기업 해당 여부 대응 순서

  • 주된 업종 확정 - 매출 비중이 가장 큰 업종을 정합니다. 업종에 따라 매출액 기준이 달라집니다.
  • 평균매출액 계산 - 최근 사업연도 매출액으로 평균매출액등을 계산합니다. 별표 1 기준과 비교합니다.
  • 자산총액 확인 - 재무상태표의 자산총액이 5천억원 미만인지 봅니다. 넘으면 업종과 무관하게 제외됩니다.
  • 지배 관계 확인 - 5천억원 이상 법인이 30% 이상 가진 가장 큰 주주인지, 관계기업이 있는지 확인합니다. 공시대상기업집단 소속 여부도 봅니다.
  • 유예기간 확인 - 기준을 넘은 연도와 사유를 확인합니다. 규모 확대라면 다음 연도부터 5년간 중소기업으로 봅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 관계기업 지분이 복잡하거나 합병·분할로 기준을 넘었는지 다툼이 있으면 주주명부와 재무제표를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 중소기업 해당 여부가 쟁점인 세액감면 배제 등 조세·행정 사건을 수행합니다.

중소기업 해당 여부 판단 순서
  1. 1

    주된 업종 확정

    매출 비중 기준

  2. 2

    평균매출액 비교

    별표 1 업종 기준

  3. 3

    자산총액 확인

    5천억원 미만

  4. 4

    지배 관계 확인

    30% 보유 대기업·관계기업

  5. 5

    유예 여부 확인

    다음 연도부터 5년

실무상 착안점

대표들은 매출이 작으면 당연히 중소기업이라고 생각합니다. 실제로 확인서 발급이 막히는 사유는 매출보다 독립성기준인 경우가 많습니다. 투자 유치로 대기업 계열 법인이 가장 큰 주주가 되면 회사 규모와 상관없이 중소기업에서 빠질 수 있습니다.

판단에 쓰이는 자료는 모두 시점이 붙어 있습니다. 주식 취득일과 지분율 변동일, 사업연도별 매출액, 상대 법인의 자산총액 기준일이 확인서 발급과 지원 요건 판단의 기준이 됩니다. 투자 계약을 할 때 지분율이 30%를 넘는지 미리 계산해 두지 않으면 사후에 되돌리기 어렵습니다.

이 기록은 지원금 환수나 세액감면 배제 다툼에서 쓰입니다. 중소기업이 아니었는데 혜택을 받았다는 이유로 처분이 나오면, 유예기간 적용 여부와 기준 초과 사유가 결론을 가릅니다. 주주명부와 재무제표는 사업연도별로 보관해야 합니다.

— 허진영 변호사 · 회사·사업

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 중소기업 해당 여부가 쟁점이 된 세액감면 배제와 지원금 환수 사건을 수행해 왔으며, 사업연도별 매출과 주주 구성을 먼저 복원한 뒤 규모·독립성기준과 유예기간 적용 여부를 검토하는 방식으로 대응합니다.

  • 과세처분 고지 후 조세불복 병행
  • 법인세 경정거부처분 취소소송
  • 행정처분 취소·집행정지
  • 보조금관리법위반 형사 방어

건수·결과·사건번호는 표기하지 않습니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

최근 3개 사업연도 재무제표·주주명부·모회사나 관계회사 지분 자료·지원사업 공고문을 준비해 주시면, 규모기준 충족 여부·독립성기준 위반 여부·유예기간 적용 가능성을 변호사가 함께 검토해 드립니다.

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출처

2026.09.28 기준으로 조문을 확인했습니다.


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