원산지·FTA

보세공장 원료를 기본세율로 사용신고했다면 제품 수입 때 FTA 세율을 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 원료과세를 신청한 보세공장 원료를 기본세율로 사용신고했다면 제품 수입 때 원산지증명서를 내도 그 원료에 FTA 협정세율을 받기 어렵습니다. 원료과세는 사용신고 당시 원료의 성질과 수량으로 과세하고, 고시는 FTA 내용을 사용신고서에 적도록 정합니다. 다음 원료부터는 사용신고 전에 원산지증명서를 갖추고 FTA 세율을 적을 수 있는지 확인해야 합니다.

원료과세를 신청했다고 FTA 혜택을 포기하는 것은 아닙니다. 사용신고 단계에서 FTA 내용을 적어 두면 원료과세와 협정세율을 함께 받을 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

C사는 보세공장에서 베트남산 원단으로 의류를 만들어 대부분 수출하고 일부를 국내에 판매합니다. 2026년 4월 들여온 원단에 원료과세를 신청했는데, 한-베트남 FTA 원산지증명서가 늦게 와서 일단 기본세율로 사용신고를 하고 생산에 들어갔습니다. 6월에 국내 판매분 제품을 수입신고하려는 시점에 증명서가 도착했고, 지금이라도 증명서를 붙이면 원단에 FTA 세율을 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 이 경우를 어떻게 안내하나요?

아니요, 관세청은 원료과세를 신청한 원재료를 기본세율로 사용신고했다면 그 세율로 관세를 매기고, 제품 수입신고 때 원산지증명서를 내도 FTA 협정세율은 적용할 수 없다고 안내합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 원료과세 물품은 사용신고 당시 원료의 성질과 수량에 따라 과세한다는 점을 출발점으로 삼습니다. 그래서 FTA 세율을 받으려면 사용신고서에 원산지, 원산지증명서 구비 여부, FTA 세율을 적고, 제품 수입신고 때 협정관세 적용신청서와 그 사용신고서를 함께 내야 한다고 설명합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「보세공장 운영에 관한 고시」도 같은 절차를 정하고 있습니다. 사용신고서가 원료과세의 세액을 정하는 기준 서류이므로, 사용신고서에 FTA 내용이 없으면 제품 수입 단계에서 붙일 근거가 없게 됩니다.

원료과세는 언제, 어떻게 신청하나요?

원료과세는 보세공장에서 만든 제품을 수입할 때 제품이 아니라 원료를 기준으로 관세를 매기는 제도입니다. 제품 수입신고 전에 원료과세 적용 신청서를 세관장에게 내면, 사용신고를 할 때의 원료 성질과 수량에 따라 관세를 부과합니다. 원료가 아직 쓰이기 전이면 세관이 현품을 검사할 수 있고, 이미 쓰였다면 사용신고수리필증을 내라고 할 수 있습니다.

다음 요건을 갖춘 보세공장은 1년의 범위에서 원료별, 제품별 또는 공장 전체로 원료과세를 한꺼번에 신청할 수 있습니다.

• 수출 비율 - 최근 2년간 생산·판매한 물품 중 수출한 물품의 가격 비율이 100분의 50 이상
• AEO 공인 - 수출입 안전관리 우수업체
• 전산 관리 - 내·외국 원재료별 품명, 규격, 소요량, 재고를 전산시스템으로 명확히 기록·관리

2026. 1. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

원료과세 신청 시점이 늦춰졌습니다. 2025. 12. 23. 개정되어 2026. 1. 1.부터 시행된 관세법은 원료과세를 「사용신고 전에 미리」가 아니라 「제품 수입신고를 하기 전에」 신청하도록 고쳤습니다. 이에 맞춰 고시도 2026년 4월 개정으로 이미 사용된 원료에 대해서는 사용신고수리필증을 받아 확인하도록 정했습니다.

관세청 사례집은 개정 전 문구대로 「사용신고 전에 미리」 신청한 경우를 전제로 설명하고 있습니다. 다만 신청 시점이 바뀌어도 FTA 세율을 받으려면 사용신고 때 FTA 내용을 적어야 한다는 고시 규정은 그대로여서, 이 사례의 결론은 달라지지 않습니다.

원료과세를 신청하지 않으면 관세는 어떻게 매기나요?

원료과세를 신청하지 않으면 보세공장 제품은 수입신고를 하는 때의 제품 성질과 수량에 따라 관세를 매깁니다. 제품의 세율이 원료 세율보다 낮다면 원료과세를 신청하지 않는 편이 유리할 수 있습니다. 이제는 제품 수입신고 전까지 원료과세를 신청할 수 있으므로, 원료와 제품의 세율을 비교한 뒤 신청 여부를 정할 여유가 생겼습니다.

원료에 FTA 세율을 받으려는 계획이라면 순서를 바꾸는 것이 안전합니다. 원산지증명서가 오기 전에 원료를 써야 한다면 사용신고 전에 수출자에게 증명서 발급 일정을 확인하고, 사용신고서에 FTA 내용을 적을 수 있도록 준비합니다.

보세공장 원료과세와 FTA 대응 순서

• 세율 비교 - 원료의 기본세율, 원료의 FTA 협정세율, 제품 세율을 나란히 놓고 비교합니다. 원료과세가 유리한지부터 판단합니다.
• 원산지증명서 확보 - 원료를 쓰기 전에 수출자에게서 원산지증명서를 받습니다. 사용신고 때 구비 여부를 Y로 적어야 하기 때문입니다.
• 사용신고 기재 - 사용신고서에 원산지, 원산지증명서 구비 여부, FTA 세율을 적습니다. 기본세율로 적으면 그 세율로 과세됩니다.
• 원료과세 신청 - 제품 수입신고 전에 원료과세 적용 신청서를 냅니다. 요건을 갖춘 공장은 1년 단위 포괄 신청을 검토합니다.
• 제품 수입신고 - 협정관세 적용신청서와 해당 사용신고서를 함께 냅니다. 원료 재고 기록과 소요량 자료를 같이 보관합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 원료와 제품의 세율 차이, 포괄 신청 여부, 실제 사용신고 내역에 따라 결론이 달라질 수 있으므로 신고서와 원산지증명서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 보세공장 운영과 관련한 관세 추징에 대해 과세전적부심사·심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 원료과세는 무엇을 기준으로 관세를 매기나요?
  보세공장에서 만든 제품을 수입할 때 제품 수입신고 전에 원료과세를 신청하면, 제품이 아니라 사용신고를 할 때의 원료 성질과 수량에 따라 관세를 부과합니다. 신청하지 않으면 원칙대로 제품 수입신고 때의 제품 성질과 수량으로 관세를 매깁니다.
• 원료과세 물품에 FTA 세율을 받으려면 어떻게 하나요?
  사용신고를 할 때 원산지, 원산지증명서 구비 여부(Y), 세율란에 FTA 세율을 적어 사용신고해야 합니다. 그리고 제품을 수입신고할 때 협정관세 적용신청서와 함께 해당 사용신고서를 첨부합니다. 사용신고서에 FTA 내용이 없으면 제품 단계에서 붙이기 어렵습니다.
• 원료과세 신청 시점이 바뀌었나요?
  네, 2026. 1. 1.부터 시행된 관세법은 원료과세를 사용신고 전에 미리 신청하던 방식에서 제품 수입신고를 하기 전에 신청하는 방식으로 바꿨습니다. 이미 사용된 원료라면 세관이 사용신고수리필증을 요구할 수 있습니다. 다만 FTA 기재 요건은 그대로입니다.
• 원료과세를 1년 단위로 한꺼번에 신청할 수 있나요?
  최근 2년간 판매 물품 중 수출 물품 가격 비율이 100분의 50 이상이고, 수출입 안전관리 우수업체이며, 원재료별 품명·규격·소요량·재고를 전산으로 관리하는 보세공장은 1년의 범위에서 원료별·제품별·공장 전체로 포괄 신청할 수 있습니다.
• 보세공장 원료는 언제 사용신고해야 하나요?
  운영인은 보세공장에 반입된 물품을 사용하기 전에 세관장에게 사용신고를 해야 하고, 세관공무원은 그 물품을 검사할 수 있습니다. 원료과세와 FTA를 함께 받으려면 이 사용신고 전에 원산지증명서를 갖추어야 사용신고서에 구비 여부를 적을 수 있습니다.
• 원료과세를 하지 않는 편이 나을 때도 있나요?
  있습니다. 원료과세를 신청하지 않으면 제품 수입신고 때 제품의 성질과 수량으로 과세하므로, 제품 세율이 원료 세율보다 낮으면 원료과세를 하지 않는 편이 유리할 수 있습니다. 지금은 제품 수입신고 전까지 신청할 수 있어 세율을 비교한 뒤 정할 수 있습니다.
• 세관이 원료과세 세액을 추징하면 어떻게 다투나요?
  세관이 부족세액을 징수하려고 미리 서면으로 통지하면 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 납부고지를 받은 뒤라면 처분을 안 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다. 원료 사용신고서와 재고 기록이 주된 자료입니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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