관세조사·처벌

관세조사 대상은 어떻게 정해지고, 정기와 비정기는 무엇이 다른가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

관세조사 대상은 성실도 분석·장기 미조사·무작위 표본으로 고르는 정기선정과, 협력의무 불이행·탈세제보·혐의 자료·금품 제공이 있을 때 하는 비정기 조사로 나뉩니다. 관세법 제110조의3이 두 방식의 사유를 정하고, 세관은 객관적 기준에 따라 공정하게 골라야 합니다. 지금은 통지서에 적힌 조사 유형과 조사 사유부터 확인해야 합니다.

관세조사 통지를 받았다고 해서 세관이 탈세 혐의를 잡았다는 뜻은 아닙니다. 정기 관세조사는 오래 조사받지 않았거나 무작위로 뽑힌 업체에도 나오고, 세관은 반대 사정이 없으면 납세자가 성실하다고 추정해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

C사는 해외 본사에서 산업용 펌프 부품을 들여오는 연 수입액 약 400억원 규모의 법인입니다. 설립 뒤 한 번도 관세조사를 받지 않았는데, 2026년 8월 세관에서 9월 중순부터 방문조사를 하겠다는 사전통지서를 받았습니다. 통지서에는 「정기 관세조사」라고만 적혀 있었고, C사는 누가 제보를 했는지, 무엇을 잘못했는지부터 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 관세조사를 어떻게 안내하나요?

관세청은 관세조사를 세액을 결정하거나 바로잡으려고 방문 또는 서면으로 장부·서류를 조사하는 절차로 설명하고, 선정 방식에 따라 정기와 비정기로 나눕니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 정기 관세조사가 신고성실도 분석 결과 불성실 혐의가 있는 경우, 최근 4년 이상 조사받지 않은 경우, 무작위 표본조사를 하는 경우에 나온다고 안내합니다. 비정기 관세조사는 신고·자료제출 의무를 지키지 않았거나, 구체적인 탈세제보가 있거나, 신고내용에 탈세·오류 혐의 자료가 있을 때 나온다고 봅니다. 또 특정 분야만 볼 필요가 없으면 세액과 수출입 관련 의무를 한꺼번에 조사하는 통합조사가 원칙이라고 설명합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「관세법」도 같은 구조입니다. 다만 현행 조문은 비정기 조사 사유에 세관공무원에게 금품을 제공하거나 알선한 경우를 하나 더 두고 있습니다.

정기 관세조사 대상은 어떻게 선정되나요?

정기 관세조사는 세관이 신고가 적정한지 주기적으로 검증하려고 고르는 조사이고, 세관장은 객관적 기준에 따라 공정하게 대상을 골라야 합니다. 법률이 정한 정기선정 사유는 세 가지입니다.

• 신고성실도 분석 - 관세청이 수출입 신고 내용을 정기적으로 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 본 경우입니다.
• 장기 미조사 - 최근 4년 이상 조사를 받지 않은 납세자 중 업종·규모·이력을 고려해 검증이 필요한 경우입니다.
• 무작위 표본조사 - 무작위추출방식으로 표본을 뽑는 경우로, 혐의를 전제로 하지 않습니다.

관세청 훈령은 정기 관세조사 대상군을 4년마다 조사하는 것을 원칙으로 하고, 수입 분야 수출입 안전관리 우수업체(AEO)는 대상군에서 뺍니다. C사처럼 설립 뒤 4년 넘게 조사를 받지 않았다면 제보가 없어도 정기선정이 될 수 있습니다.

비정기 관세조사는 어떤 경우에 나오나요?

비정기 관세조사는 정기선정과 별개로 특정한 사정이 생겼을 때 나오는 조사이고, 현행법은 그 사유를 네 가지로 정합니다. 신고·신청이나 과세가격결정자료 제출 같은 납세협력의무를 지키지 않은 경우, 구체적인 탈세제보가 있는 경우, 신고내용에 탈세나 오류 혐의를 인정할 자료가 있는 경우, 세관공무원에게 직무와 관련해 금품을 제공하거나 알선한 경우입니다. 비정기 조사 통지를 받았다면 최근 가격신고 자료 제출 요구에 응했는지, 신고 정정 이력이 있는지부터 되짚어 보는 것이 순서입니다.

수입 규모가 작은 성실 업체도 정기조사를 받나요?

최근 2년간 수출입신고 실적이 30억원 이하이고 최근 4년 동안 법령 위반 이력이 없으면 세관은 정기 관세조사를 하지 않을 수 있습니다. 여기서 이력은 수출입 관련 법령 위반으로 통고처분이나 벌금형 이상을 받은 사실, 관세·내국세 체납, 신고세액 부족으로 경정을 받은 사실을 말합니다. 다만 객관적 증거로 과소신고가 명백하면 이 면제를 적용하지 않고, 비정기 조사는 면제 대상이 아닙니다.

관세조사는 한 번에 모든 분야를 보나요?

원칙적으로 그렇습니다. 세관은 신고납부세액과 관세법·다른 법령의 수출입 관련 의무를 통합해 조사해야 하므로 과세가격, 품목분류, 원산지, 감면·환급, 외환거래까지 함께 볼 수 있습니다. 다만 혐의나 업종·규모를 고려해 특정 사안만 볼 필요가 있거나, 조세채권 확보를 위해 급히 조사해야 하는 경우에는 특정 분야만 조사합니다. 통지서에 적힌 조사 대상과 범위를 확인해 두어야 나중에 범위가 넓어질 때 다툴 기준이 생깁니다.

관세조사 대상 통지 후 대응 순서

• 통지서 확인 - 정기인지 비정기인지, 조사 대상·사유·기간을 확인합니다. 비정기라면 어느 사유에 해당하는지가 대응 방향을 정합니다.
• 연기 사유 검토 - 화재·재해, 대표자 질병이나 장기출장, 장부 압수 같은 사정이 있으면 세관장에게 문서로 연기를 신청할 수 있습니다. 세관장은 조사 시작 전까지 결과를 알려야 합니다.
• 조력자 선임 - 변호사나 관세사를 조사에 참여시키거나 의견을 진술하게 할 수 있습니다. 쟁점이 과세가격·특수관계 거래라면 조사 초기부터 정리하는 편이 낫습니다.
• 자료 정리 - 수입신고필증, 계약서, 송금 내역, 가격신고 자료를 조사 대상기간 순으로 맞춰 둡니다. 신고와 실제 거래가 다른 부분은 미리 설명 자료를 만듭니다.
• 결과통지 이후 판단 - 세관은 조사 종료 후 20일 이내에 결과를 서면으로 알립니다. 추징 예정 통지를 받으면 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할지 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조사 범위가 통지 내용보다 넓어지거나 범칙조사로 전환될 조짐이 있으면 통지서와 자료 제출 요구서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 관세조사 대응과 과세전적부심사, 관세 심판청구·행정소송, 관세형사 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 관세조사와 세관 검사는 무엇이 다른가요?
  관세조사는 이미 신고·납부한 세액이 맞는지 결정하거나 바로잡으려고 방문 또는 서면으로 장부와 서류를 조사하는 절차입니다. 통관 단계에서 물품을 열어 보는 검사와는 대상과 시점이 다릅니다. 관세조사는 사전통지, 조사기간, 결과통지 같은 납세자 보호 절차가 따로 적용됩니다.
• 정기 관세조사를 받으면 혐의가 있다는 뜻인가요?
  꼭 그렇지 않습니다. 정기선정 사유에는 최근 4년 이상 조사를 받지 않은 경우와 무작위 표본조사가 들어 있어 혐의 없이도 대상이 될 수 있습니다. 세관공무원은 신고 의무 불이행이나 구체적 혐의가 없으면 납세자가 성실하다고 추정해야 합니다.
• AEO 공인업체도 정기 관세조사를 받나요?
  관세청 훈령은 수입 분야 수출입 안전관리 우수업체를 정기 관세조사 대상군에 넣지 않습니다. 다만 이는 정기조사에 관한 것이고, 탈세제보나 혐의 자료가 있으면 비정기 관세조사는 받을 수 있습니다. 공인 분야가 수출 분야뿐이라면 이 제외가 적용되지 않습니다.
• 수출입 실적이 적으면 조사가 면제되나요?
  최근 2년간 수출입신고 실적이 30억원 이하이고, 최근 4년 동안 통고처분·벌금형, 관세·내국세 체납, 신고세액 부족에 따른 경정 사실이 없으면 정기 관세조사를 하지 않을 수 있습니다. 과소신고가 객관적 증거로 명백하면 예외이고, 비정기 조사에는 이 면제가 없습니다.
• 관세조사 통지는 며칠 전에 오나요?
  세관은 조사 시작 20일 전까지 조사 대상, 조사 사유 등을 통지해야 합니다. 불복 결정에 따른 재조사라면 7일 전입니다. 범칙사건을 조사하거나 미리 알리면 증거인멸 우려가 있는 경우에는 사전통지 없이 시작할 수 있고, 이때는 조사 시작일에 통지 사항과 생략 사유를 서면으로 내줘야 합니다.
• 방문조사는 며칠 동안 하나요?
  방문조사 기간은 20일 이내가 원칙입니다. 장부 은닉이나 조사 범위 확대 필요 등 사유가 있으면 20일 이내 범위에서 연장할 수 있고, 2회 이상 연장하려면 관세청장 승인을 받아야 합니다. 연장·중지·재개를 할 때는 사유와 기간을 문서로 알려야 합니다.
• 조사 결과에 동의하지 않으면 어떻게 하나요?
  세관은 조사 종료 후 20일 이내에 결과를 서면으로 통지합니다. 추가로 세금을 걷겠다는 과세전통지를 받았다면 통지받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 이 단계에서 다투지 못했다면 납세고지를 받은 뒤 심사청구나 심판청구로 다툽니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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