부가가치세

지점 물건을 본점 명의로 세금계산서 발급하면 가산세가 두 번 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 지점이 공급한 재화를 본점 명의로 세금계산서 발급하고 본점에서 신고·납부했다면 지점에 미발급가산세만 붙고 본점에 기재불성실가산세가 겹쳐 붙지 않습니다. 현행 부가가치세법은 미발급가산세가 적용되는 부분에 기재불성실가산세를 적용하지 않고, 이 경우 지점 미발급가산세도 공급가액의 1퍼센트로 줄였습니다. 지금 거래별로 공급한 사업장과 발급·신고한 사업장부터 정리해 보십시오.

공급가액과 공급시기가 실제와 같고 신고·납부가 이루어진 하나의 거래라면, 지점 미발급가산세와 본점 기재불성실가산세를 함께 부과하지 않는 것이 현행 규정과 국세청 해석입니다.

이런 상담이 많습니다

제조업을 하는 C법인은 본점과 지방 공장(지점)을 따로 사업자등록해 두었습니다. 2025년 제1기에 지방 공장에서 거래처로 공급가액 1억원의 제품을 출고했는데, 회계 담당자가 습관대로 본점 명의로 세금계산서를 발급했고 부가가치세도 본점에서 신고·납부했습니다. 세무서는 지점에 세금계산서 미발급가산세를 매기겠다고 하면서 본점 세금계산서도 기재사항이 사실과 다르다고 언급했고, C법인은 가산세를 두 번 내야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

지점이 공급했는데 본점이 세금계산서를 발급하면 어떤 가산세가 붙나요?

재화를 공급한 지점에는 세금계산서 미발급가산세가 붙고, 본점에는 따로 세금계산서 기재불성실가산세가 붙지 않습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 미발급가산세가 적용되는 부분에는 기재불성실가산세를 적용하지 않는다고 정하고 있습니다.

세금계산서는 재화나 용역을 실제로 공급한 사업장이 발급해야 합니다. 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업장마다 신고·납부하는 것이 원칙이어서, 지점 공급분을 본점 명의로 발급하면 지점 입장에서는 세금계산서를 발급하지 않은 것이 됩니다.

다만 사업자 단위 과세 사업자로 등록했다면 본점 등록번호 하나로 세금계산서를 발급하는 것이 정상이므로 이 문제가 생기지 않습니다. 주사업장 총괄 납부는 납부할 세액만 주된 사업장에서 모아 내는 제도이므로 세금계산서 발급 명의까지 바꾸지는 않습니다.

국세청은 본점과 지점 가산세 중복을 어떻게 해석했나요?

국세청은 지점이 재화를 공급하고 본점이 세금계산서를 발급해 부가가치세를 신고·납부한 경우, 지점에 미발급가산세가 적용되면 본점에는 기재불성실가산세를 적용하지 않는다고 회신했습니다(기준-2019-법령해석부가-0027, 2019. 3. 12.). 재화의 공급과 세금계산서 발급이 하나의 상관관계를 이루는 거래라면 세금계산서 관련 가산세를 겹쳐 부과하지 않는다는 이유입니다.

회신은 거래계약서, 거래 주체, 공급가액, 공급시기와 세금계산서 발급 내용에 비추어 하나의 거래임이 확인되고, 신고·납부가 이루어져 빠진 세금이 없다는 점을 중시했습니다. 가공거래나 위장거래가 아니고 지점이 이미 미발급가산세로 제재를 받는다는 점도 들었습니다. 따라서 공급가액이나 공급시기가 실제와 다르거나 본점에서 신고하지 않은 경우라면 결론이 달라질 수 있습니다.

2020년부터 지점 미발급가산세는 어떻게 바뀌었나요?

2020. 1. 1.부터 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 공급한 사업장이 아닌 자기의 다른 사업장 명의로 발급시기에 세금계산서를 발급하면 미발급가산세가 공급가액의 2퍼센트에서 1퍼센트로 줄었습니다. 2019. 12. 31. 개정(법률 제16845호)으로 이 경우가 미발급가산세 감경 사유로 새로 들어갔습니다.

위 사례처럼 공급가액이 1억원이라면 회신 당시 기준으로는 지점에 200만원의 미발급가산세가 붙었지만, 현행 기준으로는 100만원입니다. 본점에는 어느 기준으로도 기재불성실가산세 100만원이 더해지지 않습니다. 감경은 발급시기에 다른 사업장 명의로라도 세금계산서를 발급한 경우에만 적용되므로, 발급시기를 넘겨 뒤늦게 본점 명의로 발급했다면 2퍼센트가 그대로 적용됩니다.

본점 명의 세금계산서는 어떻게 바로잡나요?

본점 명의로 잘못 발급한 거래는 본점 매출을 줄이고 지점 매출을 늘리는 방향으로 양쪽 사업장 신고를 함께 고쳐야 합니다. 본점은 줄여야 할 세액을 경정청구로, 지점은 빠진 매출을 수정신고로 정리하는 것이 일반적입니다.

이미 납부한 세액이 본점과 지점 사이에서 옮겨지는 것이므로 실제 추가 세액은 크지 않은 경우가 많지만, 신고 시기에 따라 과소신고가산세와 납부지연가산세 문제가 별도로 생길 수 있습니다. 세무조사 결과 통지 단계라면 30일 안에 과세전적부심사로 가산세 범위를 다툴 수 있습니다.

본점 명의 세금계산서 발급 오류 대응 순서

• 거래별 사업장 확인 - 출고한 사업장, 계약 주체, 세금계산서 발급 사업장을 거래별로 대조합니다.
• 등록 형태 확인 - 사업자 단위 과세로 등록했는지, 주사업장 총괄 납부만 하는지 확인합니다. 사업자 단위 과세라면 가산세 문제가 아닐 수 있습니다.
• 가산세 범위 계산 - 지점 미발급가산세가 1퍼센트 감경 대상인지, 본점에 중복 부과된 가산세가 있는지 계산합니다.
• 신고 정정 - 본점은 경정청구, 지점은 과세표준수정신고서로 같은 과세기간을 함께 고칩니다.
• 불복 검토 - 본점에 기재불성실가산세가 함께 고지되었다면 과세전적부심사나 심판청구로 중복 부과를 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업장 등록 형태와 거래 구조에 따라 결론이 달라지므로 사업자등록증과 세금계산서, 신고서를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세금계산서 관련 부가가치세 과세처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사업자 단위 과세 사업자도 문제가 되나요?
  사업자 단위 과세 사업자로 등록했다면 본점 등록번호 하나로 모든 사업장의 세금계산서를 발급하는 것이 정상입니다. 이 경우에는 지점 공급분을 본점 명의로 발급해도 미발급가산세 문제가 생기지 않습니다.
• 주사업장 총괄 납부를 하면 본점 명의로 발급하나요?
  아니요. 주사업장 총괄 납부는 납부할 세액을 주된 사업장에서 모아 내는 제도일 뿐이고, 세금계산서 발급과 신고는 각 사업장을 기준으로 합니다. 따라서 지점 공급분은 지점 명의로 발급해야 합니다.
• 미발급가산세 1퍼센트 감경은 언제부터인가요?
  2019. 12. 31. 개정된 부가가치세법이 2020. 1. 1.부터 시행되면서 다른 사업장 명의로 발급시기에 세금계산서를 발급한 경우 미발급가산세가 공급가액의 1퍼센트로 줄었습니다. 그 전에는 2퍼센트였습니다.
• 본점에 기재불성실가산세도 고지됐다면요?
  같은 거래에 지점 미발급가산세가 적용되는 부분은 기재불성실가산세를 적용하지 않습니다. 함께 고지되었다면 세무조사 결과 통지 단계에서는 과세전적부심사로, 납부고지 뒤에는 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.
• 거래처 매입세액 공제도 문제가 되나요?
  거래처가 받은 세금계산서의 공급자 사업장이 실제와 다르면 매입세액 공제가 문제 될 수 있습니다. 다만 착오로 일부 기재사항이 다르고 나머지 기재사항으로 거래사실이 확인되면 공제가 인정될 수 있으므로 거래처와 함께 증빙을 맞춰 둡니다.
• 본점 신고분은 어떻게 돌려받나요?
  본점에서 지점 공급분까지 신고·납부했다면 본점은 그만큼 과다 신고한 것이므로 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 지점 수정신고와 같은 시기에 하는 것이 정산에 편리합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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