세금

보세구역에 있는 수입 물건을 통관 전에 팔면 부가가치세는 어떻게 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

수입신고 전 보세구역에 있는 물건을 국내의 다른 사업자에게 팔면 판 사업자도 부가가치세를 신고해야 합니다. 다만 같은 물건에 세금이 두 번 붙지 않도록 공급가액을 줄여 줍니다. 매수인이 반출하며 받은 수입세금계산서의 공급가액을 뺀 금액이 판 사업자의 공급가액입니다. 외국으로 다시 내보내는 경우는 수출로 봅니다.

수입신고 전 보세구역에 있는 물건을 국내의 다른 사업자에게 팔면 판 사업자도 부가가치세를 신고해야 합니다. 다만 같은 물건에 세금이 두 번 붙지 않도록 공급가액을 줄여 줍니다. 매수인이 반출하며 받은 수입세금계산서의 공급가액을 뺀 금액이 판 사업자의 공급가액입니다. 외국으로 다시 내보내는 경우는 수출로 봅니다.

통관 전에 팔았는데 왜 판 사람도 부가가치세를 내나요?

보세구역도 국내이므로 그 안에서 물건을 넘기면 국내에서 재화를 공급한 것이 되기 때문입니다. 재화의 공급장소는 이동이 필요 없으면 공급 당시 재화가 있는 곳입니다. 판 사업자는 매수인에게 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고합니다. 이와 별도로 매수인이 물건을 보세구역에서 반출하면 그것은 재화의 수입입니다.

부가가치세법은 외국에서 도착해 수입신고가 수리되기 전의 물건을 국내에 반입하는 것을 수입으로 봅니다. 보세구역을 거치는 물건은 보세구역에서 반입하는 것을 수입으로 봅니다. 그래서 매수인은 반출할 때 세관장에게 수입 부가가치세를 내고 수입세금계산서를 받습니다.

이렇게 하나의 물건에 판 사업자의 공급과 매수인의 수입이 겹칩니다. 둘 다 전액으로 과세하면 같은 가치에 세금이 두 번 붙습니다. 시행령은 이 중복을 공급가액 계산에서 조정합니다.

수입신고가 이미 수리된 물건이라면 사정이 다릅니다. 통관을 마친 내국물품을 보세구역 안에서 넘기는 것은 일반 국내 거래와 같습니다. 이때는 받은 대가 전액이 공급가액이고 매수인이 따로 수입 부가가치세를 내지 않습니다. 그래서 거래 당시 물건이 통관 전인지 후인지를 수입신고필증으로 먼저 확인해야 합니다.

판 사업자의 공급가액은 얼마로 계산하나요?

판 사업자의 공급가액은 매수인에게서 받은 대가에서 세관장이 발급한 수입세금계산서의 공급가액을 뺀 금액입니다. 매수인이 보세구역에서 그 물건을 반입하는 경우에 적용됩니다. 결국 판 사업자는 보세구역 안에서 붙인 마진 부분에만 부가가치세를 냅니다.

예를 들어 판 사업자가 매수인에게 1억 2,000만원을 받았다고 하겠습니다. 매수인이 반출하며 받은 수입세금계산서의 공급가액이 1억원이면 판 사업자의 공급가액은 2,000만원입니다. 판 사업자는 2,000만원에 대한 세금계산서를 발급하고 200만원을 신고합니다. 매수인은 세관에 낸 1,000만원과 판 사업자에게 준 200만원을 모두 매입세액으로 공제받을 수 있습니다.

이 계산을 하려면 매수인의 수입세금계산서 공급가액을 알아야 합니다. 그래서 계약서에 반출 시기와 수입세금계산서 사본 제공 의무를 적어 두는 것이 좋습니다. 매수인이 반출하지 않고 다시 다른 사람에게 넘기면 계산 구조가 달라집니다.

선하증권을 넘기는 방식이면 다른가요?

네, 세관장이 수입 부가가치세를 징수하기 전에 선하증권을 넘겼다면 계산을 달리할 수 있습니다. 선하증권 양수인에게서 받은 대가 전액을 공급가액으로 할 수 있습니다. 화물이 아직 도착 전이거나 통관 전인 상태에서 선하증권으로 거래하는 경우입니다. 시행령은 이 방식을 선택할 수 있게 정합니다.

이 방식을 쓰면 판 사업자는 받은 대가 전액에 세금계산서를 발급합니다. 수입세금계산서 공급가액을 빼는 계산이 필요 없어 매수인의 통관 자료를 기다리지 않아도 됩니다. 매수인은 나중에 통관하며 수입 부가가치세를 내므로 같은 금액이 두 번 오가지만 둘 다 매입세액으로 공제됩니다.

어느 방식을 택할지는 매수인의 자금 부담과 거래 단계 수에 따라 정합니다. 선하증권이 여러 차례 넘어가는 거래라면 각 단계의 공급가액 계산을 미리 맞춰 두어야 합니다.

보세구역 물건을 외국으로 다시 보내면 어떻게 되나요?

수입신고가 수리되기 전에 보세구역에 보관하던 물건을 외국으로 반출하면 수출로 보아 영세율이 적용됩니다. 국내에 통관하지 않고 다시 나가는 물건이기 때문입니다. 이 경우 공급시기는 선적일이나 기적일입니다.

중계무역처럼 처음부터 수출할 목적으로 들여와 보세구역 밖 국내로 반입하지 않고 내보내는 거래도 수출에 해당합니다. 같은 물건을 일부는 국내 매수인에게, 일부는 외국으로 보낸다면 수량별로 나누어 신고해야 합니다.

공급시기도 거래 형태별로 다릅니다. 보세구역 안에서 밖의 국내로 공급하는 것이 수입에 해당하면 수입신고 수리일이 공급시기입니다. 국내 매수인에게 보세구역 안에서 넘긴 거래, 외국 반출 거래를 나누어 날짜를 정리해야 합니다. 같은 선적 단위 안에서 두 거래가 섞이면 수량과 금액을 송장 단위로 대응시켜 두는 것이 안전합니다. 영세율 신고 때 필요한 수출 증빙과 국내 공급분 세금계산서가 서로 겹치지 않는지도 확인합니다.

보세구역 물건 판매 부가가치세 대응 순서

• 거래 구조 확인 - 국내 매수인 판매, 선하증권 양도, 외국 반출 중 어느 것인지 정합니다.
• 반출 계획 확인 - 매수인이 보세구역에서 반입할 시기와 통관 예정일을 확인합니다.
• 공급가액 계산 - 수입세금계산서 공급가액을 뺀 금액이나 선하증권 대가로 계산합니다.
• 자료 확보 - 매수인의 수입세금계산서 사본과 선하증권 양도 서류를 받습니다.
• 신고 정리 - 국내 공급분과 수출분을 나누어 과세기간별로 신고합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 매수인의 반출 여부와 선하증권 양도 시점에 따라 공급가액과 신고 방식이 달라집니다. 법무법인 윤성은 수입·중계무역 거래의 부가가치세 구조 검토와 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 매수인이 반출하지 않고 다시 팔면 공급가액은 어떻게 되나요?
  차감 계산은 공급받은 자가 그 재화를 보세구역에서 반입하는 경우에 적용됩니다. 매수인이 반출하지 않고 다시 넘기면 그 단계의 거래 구조를 따로 따져 공급가액을 정해야 합니다.
• 수입 부가가치세는 누가 세관에 내나요?
  보세구역에서 물건을 반입하는 매수인이 수입신고를 하면서 세관장에게 냅니다. 세관장은 그 금액으로 수입세금계산서를 발급하고 매수인은 매입세액으로 공제받습니다.
• 보세구역 안에서 넘길 때도 세금계산서를 발급하나요?
  네, 국내에서 사업자 사이에 재화를 공급한 것이므로 세금계산서를 발급합니다. 다만 매수인이 반입하는 경우에는 수입세금계산서 공급가액을 뺀 금액으로 발급합니다.
• 선하증권 방식은 반드시 써야 하나요?
  아니요, 시행령은 선하증권 양수인에게 받은 대가를 공급가액으로 「할 수 있다」고 정합니다. 수입세금계산서 공급가액을 빼는 원칙적인 계산을 택할 수도 있습니다.
• 보세구역 물건을 외국으로 보내면 어떤 증빙이 필요한가요?
  수출신고필증 등 외국 반출을 보여 주는 서류로 영세율을 적용받습니다. 국내 매수인 판매분과 섞이지 않도록 수량과 날짜를 나누어 보관해야 합니다.
• 수출신고가 수리된 물건을 다시 국내로 들이면 수입인가요?
  네, 수출신고가 수리된 물건을 국내에 반입하는 것도 재화의 수입입니다. 다만 선적하지 않은 물건을 보세구역에서 반입하는 경우는 수입에서 제외됩니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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