주식·명의신탁

부동산 많은 회사 주식을 가족이 함께 팔면 10% 세율이 안 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 부동산 비율이 50% 이상인 법인의 과점주주가 주식의 50% 이상을 넘기면 중소기업 주식이라도 10% 세율이 아니라 6~45% 기본세율이 적용됩니다. 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목은 이런 주식을 기타자산으로 보고, 제2항은 주식과 기타자산에 모두 해당하면 기타자산으로 봅니다. 팔기 전에 법인의 부동산 비율과 가족 합산 지분, 3년 안에 넘긴 지분 비율을 먼저 계산하십시오.

회사가 중소기업이라는 사실만으로 10% 세율이 정해지지는 않습니다. 회사 자산에서 토지·건물이 차지하는 비율과 가족이 함께 판 지분 비율 두 가지를 먼저 계산하면 일반 주식인지 기타자산인지가 정해집니다.

이런 상담이 많습니다

A씨 가족은 상가건물 한 동을 가진 비상장 부동산임대법인의 주식 70%를 갖고 있었습니다. 2026년 4월 A씨와 배우자, 동생이 가진 주식 전부를 한 매수인에게 넘기면서 중소기업 소액주주 세율 10%를 적용해 A씨 몫 과세표준 1억원에 세액 1,000만원으로 신고했습니다. 그 뒤 세무서에서 이 주식은 부동산 과다보유법인 주식이어서 6~45% 누진세율이 적용된다는 안내를 받았습니다. 무엇이 잘못됐는지, 얼마를 더 내야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

어떤 주식이 6~45% 누진세율을 적용받나요?

자산총액 중 토지·건물과 부동산에 관한 권리의 비율이 50% 이상인 법인의 과점주주가 그 법인 주식의 50% 이상을 과점주주 외의 사람에게 팔면, 그 주식은 기타자산으로 보아 6~45%의 기본세율이 적용됩니다. 골프장·스키장·휴양시설·부동산업 법인으로서 부동산 비율이 80% 이상이면 지분과 관계없이 기타자산입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」 제94조 제2항은 주식이 일반 주식과 기타자산에 모두 해당하면 기타자산으로 본다고 정합니다. 그래서 중소기업 주식이어도 10%·20% 주식 세율이 아니라 종합소득세와 같은 기본세율을 씁니다.

• 부동산 비율 - 자산총액 중 토지·건물·부동산에 관한 권리 가액, 다른 법인을 통해 간접 보유한 부동산 몫을 합친 비율이 50% 이상
• 과점주주 - 주주 1인과 특수관계인의 지분 합계가 50%를 넘는 주주 그룹
• 양도 비율 - 과점주주가 과점주주 외의 사람에게 그 법인 주식의 50% 이상을 양도
• 골프장 등 법인 - 체육시설업·휴양시설관련업·부동산업 법인으로 부동산 비율 80% 이상이면 지분 요건 없이 해당

부동산 비율과 양도 비율은 어떻게 계산하나요?

부동산 비율은 법인의 장부가액으로 계산하되, 토지·건물은 기준시가가 장부가액보다 크면 기준시가를 씁니다. 양도 비율은 과점주주 중 1인이 양도하는 날부터 소급해 3년 안에 과점주주 전원이 넘긴 주식을 합산합니다.

자산총액에서 「법인세법 시행령」이 정한 일부 무형자산과, 양도일부터 소급해 1년 안에 차입금이나 증자로 늘어난 현금·대여금·금융재산은 뺍니다. 양도 직전에 빌린 돈으로 현금을 늘려 부동산 비율을 낮추는 방식은 계산에 반영되지 않습니다.

가족이 나눠서 여러 번 팔아도 3년 안에 합계 50% 이상이 되면 기타자산이 됩니다. 이 경우 해당 여부는 합산 기간 중 처음 양도한 날 현재 법인의 주식 총수와 자산총액을 기준으로 봅니다.

세율을 잘못 적용하면 얼마를 더 내나요?

과세표준 1억원이면 10%로 낸 세액은 1,000만원이지만 기본세율로 계산하면 1,536만원에 8,800만원 초과분 1,200만원의 35%인 420만원을 더한 1,956만원입니다. 차액 956만원에 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙습니다.

과소신고가산세는 부정행위가 없으면 덜 낸 세액의 10%입니다. 또 기타자산은 신고기한이 반기 기준이 아니라 월 기준이어서, 반기 기한에 맞춰 신고했다면 신고 자체가 기한을 넘긴 것으로 보아 무신고가산세 문제가 생길 수 있습니다.

세무서가 경정할 것을 미리 알기 전에 수정신고하면 과소신고가산세를 기간에 따라 90%부터 10%까지 감면받습니다. 고지 전에 차액을 계산해 바로 납부하는 편이 부담을 줄입니다.

기타자산 주식 양도 대응 순서

• 법인 자산 구성 확인 - 양도일 현재 재무상태표와 토지·건물 기준시가로 부동산 비율이 50% 이상인지 계산합니다.
• 과점주주와 양도 비율 확인 - 주주명부로 가족 지분 합계가 50%를 넘는지, 3년 안에 과점주주 외의 사람에게 넘긴 지분이 50% 이상인지 봅니다.
• 신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 기본세율을 적용해 예정신고합니다.
• 수정신고·기한 후 신고 - 주식 세율로 잘못 신고했다면 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서로 고치고, 기한을 넘겼다면 기한 후 신고를 검토합니다.
• 다툼 - 부동산 비율 계산이 다르다면 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았다면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택할 수 있는 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 법인이 다른 법인 주식을 통해 부동산을 간접 보유하거나 3년 안에 여러 차례 지분이 움직였다면 재무제표와 주주명부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부동산 과다보유법인 주식 양도소득세 부과처분에 대한 과세전적부심사·심판청구 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과점주주 기준 50%는 본인 지분만 보나요?
  아니요, 주주 1인과 특수관계에 있는 기타주주가 가진 주식을 합산해 50%를 넘으면 그 그룹 전체가 과점주주입니다. 본인 지분이 20%뿐이어도 배우자와 형제 지분을 합해 50%를 넘으면 과점주주에 해당할 수 있습니다.
• 30%만 팔고 2년 뒤 나머지를 팔면요?
  과점주주 중 1인이 양도하는 날부터 소급해 3년 안에 과점주주가 넘긴 주식을 합산해 50% 이상이면 기타자산으로 봅니다. 2년 간격으로 나눠 팔아도 합계가 50% 이상이면 해당하므로 나눠 판 날짜와 비율을 모두 정리해 둡니다.
• 가족끼리 지분을 넘긴 것도 양도 비율에 들어가나요?
  50% 판단은 과점주주가 과점주주 외의 사람에게 양도한 주식으로 합니다. 다만 과점주주끼리 먼저 넘긴 뒤 넘겨받은 과점주주가 3년 안에 외부에 다시 파는 경우도 포함하도록 정하고 있어, 가족 간 이동 뒤 외부 매각이 이어졌다면 함께 봅니다.
• 골프장 운영 회사 주식은 어떻게 되나요?
  골프장업·스키장업 등 체육시설업, 휴양시설관련업, 부동산업·부동산개발업 법인으로서 부동산 비율이 80% 이상이면, 과점주주 여부나 양도 비율과 관계없이 그 법인 주식을 기타자산으로 보아 기본세율을 적용합니다.
• 부동산 비율 계산 때 대출로 늘린 현금은요?
  양도일부터 소급해 1년이 되는 날부터 양도일까지 차입금이나 증자로 늘어난 현금·대여금과 일정한 금융재산은 자산총액에서 뺍니다. 양도 직전에 대출로 자산을 키워 부동산 비율을 50% 아래로 낮추는 방식은 인정되지 않습니다.
• 기타자산 주식에도 장기보유특별공제가 되나요?
  장기보유특별공제는 토지·건물과 조합원입주권에 적용되는 공제여서 기타자산인 주식에는 적용되지 않습니다. 보유기간이 길어도 양도차익에서 기본공제만 빼고 기본세율을 적용하므로, 세액 예상치를 다시 계산해야 합니다.
• 세무서 계산이 틀렸다고 보면 어떻게 하나요?
  부동산 비율이나 과점주주 판단이 사실과 다르다면 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 이미 납부고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 재무제표와 기준시가 자료로 계산을 다시 보여 줍니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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