불복·환급

부가세 소송 중 세무서가 세액을 고치면 어느 처분을 다퉈야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.04 갱신

세액을 늘리는 증액경정이면 당초 부과처분은 증액경정처분에 흡수되어 증액경정처분을 다투어야 하고, 세액을 줄이는 감액경정이면 당초 처분 중 취소되지 않고 남은 부분을 다투어야 합니다. 대법원은 증액경정처분이 당초 처분을 흡수하고, 감액경정처분은 당초 처분의 일부 취소에 불과하다고 봅니다. 지금은 경정결정 통지서가 세액을 늘린 것인지 줄인 것인지와 받은 날짜를 확인하십시오.

증액경정처분이 나왔다고 해서 처음부터 조세심판을 다시 거칠 필요는 없습니다. 같은 위법 사유라면 진행 중인 소송에서 청구취지를 바꾸면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

음식 도매업을 하는 A씨는 2025년 11월 관할 세무서장에게서 2024년 제2기 부가가치세 2천만원 부과처분을 받고, 조세심판을 거쳐 2026년 5월 취소소송을 냈습니다. 소송 중인 2026년 8월 세무서장이 매입세액 일부를 더 부인해 세액을 2천5백만원으로 늘리는 경정처분을 했습니다. A씨는 원래 처분과 새 처분 중 어느 것을 다투어야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

증액경정이면 무엇을 다투나요?

증액경정처분을 다툽니다. 증액경정처분은 당초 세액을 포함해 전체 과세표준과 세액을 다시 정하는 처분이어서, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 독립된 존재가치를 잃습니다. 대법원 2013. 2. 14. 선고 2011두25005 판결도 당초 처분을 흡수한 증액경정처분 자체의 취소를 구하는 것이 납세자의 진정한 의사라고 보았습니다.

2026. 10. 4. 기준 현행 「국세기본법」은 세액을 늘리는 경정이 당초 확정된 세액에 관한 권리·의무관계에 영향을 미치지 않는다고 정합니다. 이 조항은 당초 세액 부분의 불복기간 경과 등 권리관계를 지키려는 것이어서, 당초 처분에서 이미 다툴 수 없게 된 부분이 증액경정으로 다시 살아나지는 않는다는 점을 함께 보아야 합니다.

증액경정 때 다시 조세심판을 거쳐야 하나요?

같은 위법 사유라면 거칠 필요가 없습니다. 위 2011두25005 판결은 당초 처분의 위법 사유가 증액경정처분에도 그대로 있어 당초 처분이 위법하면 증액경정처분도 위법할 수밖에 없는 경우, 증액경정처분에 대한 별도 전심절차 없이 그 취소를 구할 수 있다고 보았습니다.

청구취지를 당초 처분으로 적은 채 소송을 냈더라도 소송 중에 증액경정처분으로 바로잡을 수 있고, 제소기간 준수 여부는 청구취지를 바꾼 때가 아니라 처음 소를 낸 때를 기준으로 판단합니다. 다만 증액된 부분에 새로운 위법 사유가 있으면 그 부분은 전심절차를 따로 따져야 합니다.

감액경정이면 무엇을 다투나요?

당초 처분 중 감액되고 남은 부분을 다툽니다. 감액경정처분은 당초 처분과 별개의 새 처분이 아니라 세액 일부를 취소하는 처분이어서, 소송의 대상은 감액경정결정이 아니라 당초 처분 가운데 취소되지 않고 남은 부분입니다. 대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두7370 판결이 이를 다시 확인했습니다.

현행 「국세기본법」도 세액을 줄이는 경정은 그로써 감소되는 세액 외의 세액에 관한 권리·의무관계에 영향을 미치지 않는다고 정합니다. 그래서 감액경정이 있어도 제소기간은 당초 처분을 기준으로 따지고, 감액경정처분을 대상으로 새 소송을 내면 각하될 수 있습니다.

경정처분 소송 대응 순서

• 경정 방향 확인 - 경정결정 통지서가 세액을 늘렸는지 줄였는지 확인합니다. 소송 대상이 여기서 갈립니다.
• 통지일 기록 - 경정 통지서를 받은 날을 적습니다. 청구취지 변경 신청 60일이 여기서 시작합니다.
• 청구취지 정리 - 증액이면 증액경정처분으로, 감액이면 당초 처분 중 남은 부분으로 청구취지를 맞춥니다. 대상을 잘못 적으면 각하 위험이 있습니다.
• 위법 사유 대조 - 증액 부분에 새 위법 사유가 있는지 봅니다. 새 사유라면 전심절차 필요 여부를 따집니다.
• 청구 금액 갱신 - 다투는 세액과 인지액을 경정 결과에 맞춥니다. 소송 범위를 정확히 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 경정이 여러 차례 반복되었거나 신고납세 방식 세목에서 당초 신고와 경정이 섞여 있다면 경정 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 등 과세처분 취소소송과 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 증액경정이 나오면 원래 처분은 어떻게 되나요?
  증액경정처분에 흡수되어 독립된 존재가치를 잃습니다. 대법원 2013. 2. 14. 선고 2011두25005 판결은 당초 과세처분을 흡수한 증액경정처분 자체의 취소를 구하는 것이 납세자의 진정한 의사라고 보았습니다. 소송 대상은 증액경정처분이 됩니다.
• 청구취지를 안 바꾸면 각하되나요?
  그대로 두면 위험하지만 바로잡을 수 있습니다. 위 2011두25005 판결은 당초 처분 취소로 적은 청구취지는 잘못 기재한 것이어서 소송 중 증액경정처분 취소로 바로잡을 수 있고, 제소기간 준수 여부는 처음 소를 낸 때를 기준으로 본다고 했습니다.
• 감액경정처분을 대상으로 소송해도 되나요?
  안 됩니다. 대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두7370 판결은 감액경정처분이 당초 처분의 변경으로 세액 일부를 취소하는 처분이므로, 남은 부분을 다투려면 당초 처분 중 취소되지 않고 남은 부분을 대상으로 해야 하고 감액경정결정은 항고소송 대상이 아니라고 보았습니다.
• 법률에도 이런 내용이 있나요?
  있습니다. 국세기본법 제22조의3 제1항은 세액을 늘리는 경정이 당초 확정된 세액에 관한 권리·의무관계에 영향을 미치지 않는다고 하고, 제2항은 세액을 줄이는 경정이 감소되는 세액 외의 세액에 관한 권리·의무관계에 영향을 미치지 않는다고 정합니다.
• 처분 변경 뒤 언제까지 청구취지를 바꾸나요?
  행정소송법 제22조 제2항에 따라 처분의 변경이 있음을 안 날부터 60일 안에 신청해야 합니다. 같은 조 제3항은 이렇게 변경되는 청구가 행정심판 전치 요건을 갖춘 것으로 본다고 정합니다. 경정 통지서를 받은 날을 기준으로 계산하십시오.
• 국세 소송은 심판을 먼저 거쳐야 하나요?
  원칙적으로 그렇습니다. 국세기본법 제56조 제2항은 위법한 국세 처분에 대한 행정소송을 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거치지 않으면 제기할 수 없게 하고, 제3항은 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소를 내도록 정합니다. 증액경정의 같은 위법 사유는 별도 전심이 필요 없습니다.

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