법인세·소득세

해외 프로그램 사용료, 대리납부한 부가세를 빼고 원천징수하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 국내사업장이 없는 외국법인에 프로그램 사용료를 주면서 부가가치세를 대리납부했더라도 법인세 원천징수 과세표준은 사용료 전체 금액입니다. 국세청은 부가가치세에 관한 별도 약정이 없으면 대리납부 세액을 빼지 않는다고 회신했습니다. 지금 계약서에 부가가치세를 누가 부담하는지 정한 조항이 있는지부터 확인해야 합니다.

대리납부한 부가가치세와 원천징수 법인세를 서로 맞춰 정산하는 별도 계산을 할 필요는 없습니다. 부가가치세 부담에 관한 약정이 없으면 외국법인에 주기로 한 대가 전체에 세율을 곱하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

교육 서비스를 하는 면세사업자 C사는 2025년부터 미국 소프트웨어 회사의 학습 프로그램을 쓰면서 매출의 15%를 사용료로 주기로 했습니다. 계약서에는 부가가치세를 누가 부담하는지 정한 조항이 없었습니다. C사는 2026년 1분기 사용료 1억 1천만원에 부가가치세 1천만원이 들어 있다고 보고 대리납부했고, 법인세는 1억 1천만원 전체를 기준으로 원천징수했습니다. 담당자는 대리납부한 1천만원을 빼고 1억원에만 원천징수했어야 하는 것 아닌지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대리납부한 부가세는 왜 원천징수 과세표준에서 빠지지 않나요?

국내사업장이 없는 외국법인에 사용료를 지급할 때 원천징수의 기준은 지급하기로 한 금액 전체이므로, 대리납부한 부가가치세 상당액을 따로 빼지 않습니다. 법인세법은 국내원천 사용료소득을 지급하는 자가 그 지급금액에 세율을 곱해 원천징수하도록 정합니다. 국세청이 검토에서 든 법인세법 기본통칙 98-0…1도 부가가치세를 포함한 수입금액을 기초로 계산한 금액을 기술사용 대가로 주기로 했다면 부가가치세를 포함한 금액을 원천징수 과세표준으로 본다고 정합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「법인세법」도 국내원천 사용료소득의 원천징수세율을 지급금액의 100분의 20으로 정하고 있습니다.

국세청은 대리납부와 원천징수의 관계를 어떻게 해석했나요?

국세청은 국내사업장이 없는 미국법인에 사용료소득에 해당하는 프로그램 개발 용역대가를 지급하면서 그 대가에 대한 부가가치세를 대리납부했더라도, 원천징수할 법인세의 과세표준은 용역대가 전체 금액이라고 회신했습니다(서면-2018-법령해석국조-0258, 2018. 10. 15.). 질의한 면세사업자는 수입금액의 일정 비율을 사용료로 주기로 했고, 부가가치세에 관한 별도 계약은 없었습니다. 이 회사는 지급 대가에 부가가치세가 포함되어 있다고 보고 대리납부했으며, 부가가치세를 포함한 금액을 기준으로 법인세를 원천징수했습니다.

사례집 검토내용은 부가가치세 징수·납부에 관한 별도 약정이 없으면 용역대가에 따른 지급액이 원천징수 과세표준이고, 부가가치세를 포함하는 것으로 대가를 산정했더라도 부가가치세를 빼지 않는다고 보았습니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 계약에 부가가치세 부담 약정이 있으면 결론이 달라질 수 있습니다.

대리납부 부가가치세는 누가 내나요?

국외사업자에게서 국내에서 용역이나 권리를 공급받은 자가 그 용역을 과세사업에 쓰지 않는다면, 대가를 지급할 때 부가가치세를 징수해 납부해야 합니다. 면세사업자이거나 매입세액이 공제되지 않는 용역을 받은 경우가 여기에 해당합니다. 회신 검토에 인용된 부가가치세법 기본통칙 52-95-3은 부가가치세 부담 약정이 있으면 그에 따르고, 약정 없이 대가 전액을 지급하면 대가에 부가가치세가 빠져 있는 것으로, 대가에서 부가가치세를 떼고 지급하면 포함된 것으로 계산한다고 정합니다. 대리납부를 하지 않으면 원천징수와 같은 납부지연가산세 규정이 적용됩니다.

원천징수세액은 어떻게 계산하나요?

사용료 1억 1천만원 전체가 과세표준이므로 국내법 세율 100분의 20을 적용하면 원천징수 법인세는 2,200만원입니다. 대리납부한 1천만원을 빼고 1억원에 세율을 적용하면 2,000만원이 되어 200만원이 덜 원천징수됩니다. 조세조약에서 사용료 제한세율을 정했고 외국법인이 그 적용 요건을 갖추었다면 그 세율로 계산하지만, 과세표준을 지급액 전체로 잡는 점은 같습니다.

사용료 원천징수·대리납부 대응 순서

• 계약서 부가세 조항 확인 - 부가가치세를 누가 부담하는지 정한 조항이 있는지 봅니다. 조항이 있으면 그 약정에 따라 대리납부 세액을 계산합니다.
• 소득 구분 확인 - 프로그램 대가가 저작권·노하우 사용료인지, 단순 구매 대금인지 나눕니다. 사용료면 지급액의 20%를 원천징수합니다.
• 과세표준 정하기 - 별도 약정이 없으면 외국법인에 주기로 한 대가 전체를 과세표준으로 잡습니다. 대리납부한 부가가치세를 빼서 낮추지 않습니다.
• 기한 안 납부 - 원천징수 법인세는 지급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 냅니다. 대리납부 부가가치세는 대리납부신고서를 내고 납부합니다.
• 고지 후 불복 - 과세표준이나 소득 구분을 두고 법인세가 고지되면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 계약서에 부가가치세 부담 조항이 있거나 프로그램 대가에 하드웨어 구매 대금이 섞여 있다면 계약서와 송장을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 외국법인 사용료 원천징수와 관련된 법인세 부과처분에 대한 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 면세사업자도 부가세 대리납부를 하나요?
  네, 해야 합니다. 국외사업자에게서 용역이나 권리를 공급받은 자는 그 용역을 과세사업에 쓰는 경우만 대리납부에서 빠집니다. 면세사업에 쓰거나 매입세액이 공제되지 않는 용역을 받았다면 대가를 지급할 때 부가가치세를 징수해 납부합니다.
• 과세·면세 겸업이면 어떻게 나누나요?
  공급받은 용역을 과세사업과 면세사업에 함께 써서 실제 귀속을 나눌 수 없다면, 시행령이 정한 안분계산 방법으로 대리납부할 부분을 나눕니다. 과세사업에 쓴 부분은 대리납부 대상이 아니므로 사용 비율 자료를 남겨 두어야 합니다.
• 계약서에 부가세 부담을 정했다면요?
  부가가치세의 징수와 부담에 관한 별도 약정이 있으면 대리납부 세액은 그 약정에 따라 계산합니다. 국세청 회신도 별도 약정이 없는 경우를 전제로 지급액 전체를 원천징수 과세표준으로 보았으므로, 약정 내용에 따라 과세표준 판단이 달라질 수 있습니다.
• 대리납부를 안 하면 가산세가 있나요?
  있습니다. 부가가치세 대리납부 의무는 원천징수와 같은 납부지연가산세 대상입니다. 미납세액의 100분의 3과 하루 10만분의 22의 비율로 계산한 금액을 합쳐 미납세액의 100분의 10 한도로 붙고, 고지 뒤 지정납부기한을 넘기면 가산세가 더해집니다.
• 원천징수영수증은 꼭 줘야 하나요?
  네, 외국법인에 법인세를 원천징수할 때에는 지급금액 등 필요한 사항을 적은 원천징수영수증을 지급받는 자에게 발급해야 합니다. 외국법인은 이 서류로 한국에서 세금이 원천징수된 사실을 확인하므로 과세표준과 세율을 정확히 적어야 합니다.
• 프로그램 대가는 모두 사용료인가요?
  아닙니다. 국내원천 사용료소득은 저작권 등 권리나 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우를 국내에서 쓰거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우입니다. 프로그램을 완제품으로 사는 구매 대금인지 권리 사용 대가인지는 계약 내용으로 판단합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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