세무조사

같은 연도 세금을 세 번 조사받았는데 또 조사하면 위법한가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 같은 세목과 같은 과세기간을 다시 세무조사하는 것은 법에 정한 예외 사유가 없으면 금지되고, 검찰의 고발 의뢰가 있었다는 사정만으로는 예외가 되지 않습니다. 2025년 12월 대법원 판결은 세 차례 조사 뒤 고발 의뢰로 다시 한 조사를 금지된 재조사로 본 원심을 유지했습니다. 지금은 과거 조사통지서를 모아 세목과 과세기간이 겹치는지 확인해 두십시오.

재조사로 얻은 자료가 실제 과세 근거로 쓰였는지까지 납세자가 밝혀낼 필요는 없습니다. 금지된 재조사에 기초한 과세처분은 그 자체로 위법하기 때문입니다.

이런 상담이 많습니다

개인사업자 A씨는 2023년 귀속 종합소득세와 부가가치세에 대해 2024년과 2025년에 걸쳐 세 차례 세무조사를 받았고, 그때마다 추징 없이 또는 일부 추징으로 끝났습니다. 그런데 2026년 봄 검찰이 국세청에 고발을 의뢰하자 지방국세청이 같은 연도의 같은 세금을 다시 조사했고, 관할 세무서는 그 결과를 근거로 종합소득세와 부가가치세를 크게 늘려 고지했습니다. A씨는 같은 세금을 네 번째 조사받은 것인데 이 고지를 다툴 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

같은 세목·같은 과세기간을 다시 조사하면 위법한가요?

원칙적으로 위법합니다. 세무공무원은 법에 열거된 예외 사유가 없으면 같은 세목과 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없고, 이를 중복세무조사 금지 원칙이라고 합니다. 종합소득세 2023년 귀속분을 이미 조사받았다면, 그 뒤 같은 세금과 같은 연도를 다시 보는 조사는 재조사에 해당합니다.

세무조사는 적정하고 공평한 과세에 필요한 최소한의 범위에서만 해야 하고 다른 목적으로 조사권을 남용해서는 안 됩니다. 조사 이름이 「확인조사」나 「현장확인」이라도 질문·검사의 실질이 세무조사이면 재조사 여부를 따질 수 있습니다.

검찰이 고발을 의뢰했다면 다시 조사할 수 있나요?

고발 의뢰가 있었다는 사정만으로는 재조사가 허용되지 않습니다. 대법원 2025. 12. 4. 선고 2023두38998 판결은 같은 연도 종합소득세와 부가가치세를 이미 세 차례 조사한 뒤 검찰의 고발 의뢰로 다시 한 조사를, 앞선 세 조사 모두와의 관계에서 금지되는 재조사로 본 원심을 그대로 유지했습니다.

이 사건에서 세무서는 「조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있다」, 「과세자료 처리를 위한 재조사다」, 「조세범칙행위 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있다」는 예외 사유를 모두 주장했지만 받아들여지지 않았습니다. 예외 사유는 과세관청이 구체적인 자료로 증명해야 하고, 혐의가 있다는 막연한 사정이나 수사기관의 요청만으로는 부족하다는 뜻입니다.

이 판결은 2018. 12. 31. 개정 전 국세기본법과 2019. 2. 12. 개정 전 시행령을 적용했습니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「국세기본법 시행령」은 과세자료 처리 사유를 「과세관청 외의 기관이 직무상 목적으로 작성하거나 취득해 제공한 자료의 처리를 위한 조사」로 좁혀 적고 있으므로, 지금 일어난 사건은 이 문언에 맞춰 다시 따져야 합니다.

재조사로 나온 세금은 전부 취소되나요?

금지된 재조사에 기초한 과세처분은 원칙적으로 전부 위법해 취소 대상이 됩니다. 대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결은 과세관청이 재조사로 얻은 자료를 근거로 삼지 않았거나 그 자료를 빼고도 같은 처분이 가능했더라도 위법하다고 보았습니다. 다만 단순히 당초 처분의 계산 오류를 바로잡는 경정이라면 달리 볼 수 있습니다.

지금 법에서 재조사가 허용되는 경우는?

현행법은 재조사가 허용되는 경우를 일곱 가지로 한정해 둡니다. 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우, 불복 절차의 재조사 결정에 따른 경우, 납세자가 금품을 제공한 경우, 부분조사 뒤 빠진 부분을 조사하는 경우, 그리고 시행령이 정한 경우입니다.

시행령은 부동산투기·무자료거래 등에 대한 일제조사, 다른 기관이 제공한 자료의 처리, 국세환급금 결정을 위한 확인조사, 조세범칙행위 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우를 듭니다. 조세범칙조사심의위원회가 범칙 혐의가 없다고 의결한 자료는 명백한 자료로 보지 않습니다.

중복 세무조사 대응 순서

• 조사 이력 정리 - 같은 세목·같은 과세기간에 대한 과거 조사통지서와 결과통지서를 모두 모읍니다. 앞선 조사가 몇 번이었는지가 재조사 판단의 출발점입니다.
• 조사 범위 대조 - 이번 조사의 세목·과세기간을 앞선 조사와 하나씩 맞춰 봅니다. 하나라도 겹치면 그 부분은 재조사입니다.
• 예외 사유 확인 - 조사통지서와 세무서 답변에서 어떤 예외 사유를 내세우는지 확인합니다. 명백한 자료를 제시하지 못하면 다툴 여지가 큽니다.
• 조사 중 이의 기록 - 조사 단계에서 중복조사라는 의견서를 내고 그 접수 사실을 남깁니다. 불복 단계에서 다툰 경위를 보여 주는 자료가 됩니다.
• 불복 청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등을 냅니다. 기간이 지나면 위법한 재조사였더라도 다투기 어렵습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 앞선 조사가 일부 세목만 다뤘거나 부분조사였다면 조사통지서와 결과통지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세무조사 대응과 종합소득세·부가가치세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무서 「현장확인」도 재조사에 해당하나요?
  이름만으로 정해지지 않습니다. 현장확인이라도 납세자의 사업장에서 장부를 검사하고 질문하는 등 실질이 세무조사이면 재조사 금지 대상이 됩니다. 반대로 단순한 사실 확인이나 서면 질의에 그치면 세무조사로 보기 어려울 수 있습니다. 과거에 받은 절차가 어떤 형식이었는지 통지서로 확인해 두면 판단에 도움이 됩니다.
• 앞선 조사에서 추징이 없었어도 재조사인가요?
  그렇습니다. 국세기본법 제81조의4 제2항은 같은 세목과 같은 과세기간에 대한 조사를 다시 하는 것을 금지할 뿐, 앞선 조사의 결과가 추징이었는지를 따지지 않습니다. 앞선 조사에서 문제가 없다고 끝났다면 오히려 그 결과를 믿은 납세자의 법적 안정성을 보호할 필요가 더 큽니다.
• 재조사 자료를 안 썼다는 세무서 주장은 어떻게 되나요?
  그 주장으로 처분이 적법해지지는 않습니다. 대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결은 금지된 재조사에 기초한 과세처분은 재조사로 얻은 자료를 근거로 삼지 않았거나 그 자료 없이도 같은 처분이 가능했더라도 그 자체로 위법하다고 보았습니다. 단순한 계산 오류 경정 같은 특별한 사정이 있을 때만 예외가 됩니다.
• 검찰이 고발을 의뢰하면 조세범칙 재조사가 되나요?
  자동으로 되지는 않습니다. 시행령 제63조의2 제4호는 조세범칙행위 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있을 때만 재조사를 허용하고, 대법원 2025. 12. 4. 선고 2023두38998 판결 사안에서도 고발 의뢰에 따른 조사는 예외 사유로 인정되지 않았습니다. 과세관청이 어떤 자료로 혐의를 뒷받침하는지가 관건입니다.
• 거래처를 조사하면서 나를 다시 조사할 수 있나요?
  거래상대방 조사가 필요한 경우는 법이 정한 재조사 허용 사유입니다. 다만 국세기본법 제81조의4 제2항 제2호는 거래상대방에 대한 조사가 필요한 범위를 전제로 하므로, 그 거래와 무관한 다른 매출·비용까지 다시 들여다본다면 허용 범위를 넘는지 다툴 수 있습니다. 조사통지서에 적힌 조사 범위를 확인하십시오.
• 심판청구 기한을 넘기면 재조사 위법을 다툴 수 없나요?
  원칙적으로 어렵습니다. 국세기본법 제68조 제1항은 심판청구를 처분이 있음을 안 날, 통지를 받았다면 그 받은 날부터 90일 이내에 하도록 정합니다. 재조사가 중대한 절차 위반이더라도 이 기간을 넘기면 취소를 구하기 어려우므로, 고지서를 받은 날을 기록해 두고 그 안에 청구서를 내야 합니다.
• 조사 중에 재조사라고 이의를 제기할 수 있나요?
  할 수 있습니다. 조사 단계에서 담당 조사관에게 중복조사라는 의견서를 내고 접수 사실을 남겨 두면, 뒤에 불복할 때 처음부터 다툰 경위를 보여 줄 수 있습니다. 국세기본법 제81조의4 제1항은 조사권 남용을 금지하므로, 조사 범위가 앞선 조사와 겹친다는 점을 세목·과세기간별로 정리해 제출하는 편이 좋습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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