부가가치세

기성금 받기 전 세금계산서를 미리 끊고 나중에 안 끊으면 가산세가 두 번인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 대가를 받기 전에 세금계산서를 미리 발급해 신고·납부하고 실제 공급시기에는 발급하지 않았다면 공급시기 과세기간의 미발급가산세만 붙고 앞 과세기간의 매출처별 세금계산서합계표 불성실가산세는 붙지 않습니다. 현행 부가가치세법은 미발급가산세가 적용되는 부분에 합계표 가산세를 적용하지 않도록 정하고 있습니다. 지금 기성금 지급 약정일과 세금계산서 발급일이 어느 과세기간에 속하는지부터 확인해 보십시오.

미리 발급한 세금계산서가 효력이 없다고 해서 미발급가산세와 매출처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 함께 내야 하는 것은 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

설비 제작업체 D사는 2024년 하반기에 완성도기준지급조건부로 대형 설비 제작계약을 맺었습니다. 발주처의 예산 집행 일정에 맞추려고 2024년 12월에 아직 받지 않은 기성금 5억원에 대해 세금계산서를 미리 발급하고 2024년 제2기에 신고·납부했습니다. 실제 기성금 지급 약정일은 2025년 4월과 9월이었는데, 그때는 이미 발급했다는 생각에 세금계산서를 다시 발급하지 않았습니다. 세무조사에서 이 부분이 지적되자 D사는 가산세가 과세기간마다 이중으로 붙는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대가를 받기 전에 세금계산서를 미리 발급하면 언제 효력이 있나요?

공급시기가 되기 전에 세금계산서를 발급하더라도 발급일부터 7일 안에 대가를 받는 등 법이 정한 요건을 갖춰야만 발급한 때가 공급시기로 인정됩니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 다음 경우에 선발급 세금계산서를 인정합니다.

• 7일 안 대가 수령 - 세금계산서 발급일부터 7일 안에 대가를 받은 경우입니다.
• 30일 약정 - 계약서에 대금 청구시기와 지급시기를 따로 적고 그 사이가 30일 이내인 경우입니다.
• 같은 과세기간 도래 - 실제 공급시기가 세금계산서 발급일이 속한 과세기간 안에 오는 경우입니다(공급받는 자가 조기환급을 받았다면 발급일부터 30일 이내).

완성도기준지급조건부 거래의 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때입니다. 위 사례처럼 다음 해 기성금을 해를 넘겨 미리 발급하고 7일 안에 받지도 않았다면 요건을 갖추지 못해, 2024년 12월 세금계산서는 공급시기에 발급한 세금계산서로 인정되지 않습니다.

선발급만 하고 공급시기에 발급하지 않으면 어떤 가산세가 붙나요?

공급시기가 속한 과세기간에는 세금계산서 미발급가산세(공급가액의 2퍼센트)가 붙고, 미리 발급해 신고·납부한 과세기간에는 매출처별 세금계산서합계표 불성실가산세(공급가액의 0.5퍼센트)가 붙지 않습니다. 현행법은 미발급가산세가 적용되는 부분에 합계표 관련 가산세를 적용하지 않는다고 정하고 있습니다.

위 사례의 공급가액 5억원으로 계산하면 미발급가산세는 1천만원입니다. 합계표 불성실가산세 250만원은 더해지지 않습니다. 여기에 공급시기 과세기간의 매출을 신고하지 않았다면 과소신고가산세와 납부지연가산세 문제가 별도로 생길 수 있지만, 이미 앞 과세기간에 세액을 납부했다는 사정은 경정 과정에서 함께 정리됩니다.

국세청은 선발급 세금계산서의 가산세 중복을 어떻게 해석했나요?

국세청은 완성도기준지급조건부 계약에서 공급시기 전에 대가를 받지 않은 부분에 세금계산서를 선발급하고 공급시기인 다음 과세기간에는 발급하지 않은 경우, 발급하지 않은 과세기간에는 미발급가산세를 적용하고 선발급해 신고·납부한 과세기간에는 합계표 불성실가산세를 적용하지 않는다고 회신했습니다(서면-2016-법령해석부가-5066, 2017. 4. 20.).

회신은 가산세 중복 배제 규정을 과세기간별로 따로 적용하는 것이 원칙이지만, 공급시기 전후로 과세기간이 갈린 하나의 거래를 각각의 의무 위반으로 보아 두 가산세를 모두 매기면 하나의 거래에 가산세가 겹친다고 보았습니다. 당시에는 2013년과 2014년의 개정 전 조문이 적용됐지만 현행 조문 구조도 같습니다. 회신은 대가를 받지 않고 선발급한 사실관계를 전제로 하므로, 대가 일부를 실제로 받고 발급한 부분은 그때가 공급시기가 될 수 있어 따로 봐야 합니다.

세금계산서를 받은 쪽의 매입세액 공제는 어떻게 되나요?

공급받은 발주처는 공급시기 전에 받은 세금계산서라도 공급시기가 발급일부터 6개월 안에 도래하고 거래사실이 확인되어 세무서가 결정·경정하는 경우에는 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 6개월을 넘기면 공제가 부인될 위험이 커집니다.

위 사례에서 2025년 4월 기성분은 발급일부터 6개월 안이지만 9월 기성분은 6개월을 넘습니다. 기성 회차별로 따로 계산해야 하므로 발주처와 함께 날짜를 맞춰 보는 것이 좋습니다.

선발급 세금계산서 가산세 대응 순서

• 공급시기 확정 - 계약서의 기성금 지급 약정일을 회차별로 확인해 각 공급시기와 과세기간을 정합니다.
• 선발급 요건 점검 - 발급일부터 7일 안 입금, 30일 약정, 같은 과세기간 도래 중 하나에 해당하는지 확인합니다.
• 가산세 범위 계산 - 미발급가산세만 적용되는지, 합계표 불성실가산세가 중복 부과되지 않았는지 계산합니다.
• 신고 정정 - 앞 과세기간은 경정청구로, 공급시기 과세기간은 과세표준수정신고서로 매출을 옮겨 적습니다.
• 불복 검토 - 세무조사 결과 통지에 가산세가 중복 반영됐다면 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지 뒤에는 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 기성금 약정과 실제 입금 시기는 계약마다 다르므로 계약서와 입금 내역, 세금계산서를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세금계산서 관련 부가가치세 과세처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세금계산서 발급 후 7일 안에 돈을 받으면요?
  공급시기 전에 세금계산서를 발급하고 그 발급일부터 7일 안에 대가를 받으면 세금계산서를 발급한 때가 공급시기가 됩니다. 이 경우 선발급 세금계산서가 정상 세금계산서이므로 가산세 문제가 생기지 않습니다.
• 완성도기준지급조건부 공급시기는 언제인가요?
  완성도기준지급조건부로 재화를 공급하면 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기입니다. 실제 입금일이 아니라 계약서에 정한 지급 약정일을 기준으로 보므로 약정일이 바뀌었다면 변경 계약서도 함께 확인합니다.
• 같은 과세기간 안에 공급시기가 오면요?
  실제 공급시기가 세금계산서 발급일이 속한 과세기간 안에 도래하면 7일이 지나 대가를 받아도 발급한 때를 공급시기로 봅니다. 공급받는 자가 조기환급을 받았다면 발급일부터 30일 안에 공급시기가 와야 합니다.
• 미발급가산세는 얼마인가요?
  공급시기가 속한 과세기간의 확정신고기한까지 세금계산서를 발급하지 않으면 공급가액의 2퍼센트가 미발급가산세입니다. 확정신고기한 안에 늦게라도 발급하면 지연발급가산세 1퍼센트로 줄어듭니다.
• 앞 과세기간에 낸 부가가치세는 어떻게 되나요?
  요건 없는 선발급분은 앞 과세기간의 매출이 아니므로 그 기간의 세액은 과다 납부한 것이 됩니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구로 바로잡고, 공급시기 과세기간 신고와 함께 정산합니다.
• 발주처 매입세액도 부인되나요?
  공급시기 전에 받은 세금계산서라도 공급시기가 발급일부터 6개월 안에 도래하고 거래사실이 확인되어 세무서가 결정·경정하면 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 6개월을 넘긴 회차는 따로 검토해야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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