취득세·보유세

부부 공동명의로 두 집을 가졌는데 종부세 일시적 2주택 특례가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 부부 공동명의 집을 가진 상태에서 새 집도 공동명의로 샀다면 두 집 모두 같은 배우자를 공동명의 1주택자로 신청해 납세의무자를 한 사람으로 맞출 때 종부세 일시적 2주택 특례를 받을 수 있습니다. 국세청은 2023년 4월 27일 회신에서 두 주택의 납세의무자가 동일하면 1세대 1주택자로 보아 12억원 공제를 적용할 수 있다고 보았습니다. 지금은 신규주택 취득일부터 과세기준일 6월 1일까지 몇 년이 지났는지와 두 집이 조정대상지역인지부터 확인하십시오.

두 집을 모두 한 사람 단독명의로 바꿀 필요는 없습니다. 공동명의를 그대로 두고 두 집의 공동명의 1주택자를 같은 배우자로 신청하면 됩니다.

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A씨 부부는 2020년 3월 아파트를 지분 절반씩 공동명의로 샀습니다. 2025년 10월 같은 동네의 새 아파트를 역시 공동명의로 사고 종전 집은 2026년 안에 팔 계획입니다. 2026년 6월 1일 과세기준일에는 두 집이 모두 부부 앞으로 있어서, 종부세 고지서가 각자에게 2주택자로 나올지, 공동명의 1주택자 특례와 일시적 2주택 특례를 함께 써서 12억원 공제를 받을 수 있을지 물었습니다. 두 집 모두 남편을 공동명의 1주택자로 신청하는 방안을 검토했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 부부 공동명의 2주택의 일시적 2주택 특례를 어떻게 해석했나요?

적용할 수 있다고 보았습니다. 국세청은 사전-2022-법규재산-1115(2023. 4. 27.)에서, 부부가 공동명의 1주택을 가진 상태에서 신규주택도 공동명의로 취득한 경우 두 주택 모두 부부 중 1인을 공동명의 1주택자로 신청해 납세의무자가 같아지면 종합부동산세법 제8조 제4항 제2호의 1세대 1주택자로 보아 같은 조 제1항의 공제를 적용할 수 있다고 답했습니다. 종부세는 납세의무자별로 공시가격을 합산해 과세하므로, 두 집의 납세의무자가 한 사람으로 모이면 그 사람이 종전주택을 팔기 전에 신규주택을 대체취득한 1세대 1주택자가 된다는 구조입니다. 이 회신은 두 집 모두 지분 절반씩 공동명의이고 두 집 모두 공동명의 1주택자 신청을 한 사실관계를 전제로 하므로, 한 집은 단독명의이거나 두 집의 신청자가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

공동명의 1주택자 특례는 세대원 1명과 그 배우자만이 주택분 재산세 과세대상인 1주택을 가진 경우에 적용되고, 공동명의 1주택자는 2026. 10. 6. 기준 현행 「종합부동산세법 시행령」상 공동 소유자 간 합의로 정한 사람입니다. 회신 당시에는 지분율이 높은 사람이 원칙이었으나 2026년 2월 27일 개정으로 합의로 정하도록 바뀌었습니다. 공동명의 1주택자가 되면 배우자 지분까지 합산해 과세표준을 계산하고, 연령·보유기간 세액공제도 그 사람을 기준으로 봅니다.

회신 이후 종부세 일시적 2주택 기간은 어떻게 바뀌었나요?

신규주택 취득일부터 과세기준일까지의 기간이 회신 당시 2년에서 2023년 2월 28일 개정으로 3년이 되었고, 2026년 9월 30일 개정으로 조정대상지역 안의 대체취득은 다시 2년으로 줄었습니다. 신규주택 취득일 현재 종전주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역의 신규주택을 샀다면 2년, 그 밖의 경우는 3년입니다. 조정대상지역 2년 규정은 2026년 8월 4일 이후 조정대상지역의 신규주택을 취득하는 경우부터 적용되고, 조정대상지역 공고 전에 신규주택을 취득했거나 매매계약을 맺고 계약금을 낸 경우는 제외됩니다. 부칙에 따라 2026년 8월 3일 이전에 조정대상지역의 신규주택(취득할 수 있는 권리 포함)을 취득했거나 매매계약을 맺고 계약금을 낸 사실이 증명서류로 확인되면 종전 규정인 3년이 그대로 적용됩니다.

• 기간 기산 - 신규주택을 취득한 날부터 과세기준일인 6월 1일 현재 2년 또는 3년이 지나지 않아야 합니다. 양도일이 아니라 과세기준일이 기준입니다.
• 공제액 - 1세대 1주택자는 공시가격 합산액에서 12억원을 공제하고, 그 밖의 개인은 9억원을 공제합니다. 회신 당시 11억원과 6억원이던 금액이 2023년 개정으로 바뀌었습니다.
• 주택 수 - 일시적 2주택 특례를 받으면 신규주택은 세율 적용 주택 수에서 빠지지만, 과세표준에는 두 집 공시가격이 모두 들어갑니다.

특례 신청을 놓쳤거나 고지서가 2주택으로 나왔다면 어떻게 하나요?

신청 기간을 넘겼더라도 고지서를 받은 뒤 다툴 길은 남아 있습니다. 종부세는 세무서장이 결정·고지하는 세금이므로, 납부기한까지 신고·납부를 선택했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있고, 고지서로 받았다면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 다만 특례 신청 자체를 하지 않은 사안은 과세관청이 신청 요건 미비를 이유로 거부할 수 있으므로, 9월 신청을 먼저 챙기고 불복은 보완 수단으로 두어야 합니다.

부부 공동명의 일시적 2주택 종부세 대응 순서

• 취득일·과세기준일 계산 - 신규주택 취득일부터 6월 1일까지 2년 또는 3년이 지났는지, 신규주택 취득일 현재 두 집이 모두 조정대상지역에 있었는지 확인합니다.
• 공동명의 1주택자 통일 - 두 집 모두 같은 배우자를 공동명의 1주택자로 정하는 합의서를 만들고 지분 구조를 확인합니다.
• 9월 신청 - 9월 16일부터 30일 사이에 공동명의 1주택자 신청서와 1세대 1주택자 적용 신청서를 관할 세무서에 냅니다.
• 종전주택 양도 일정 - 특례 기간 안에 종전주택을 팔지 못하면 특례가 소급 부인되므로 매도 일정을 기간 안으로 잡습니다.
• 고지서 검토 - 12월 고지서에서 공제액 12억원과 세율 적용 주택 수가 맞는지 확인하고, 틀리면 90일 안에 심판청구를 준비합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지분 비율이 다르거나 한 집이 상속·증여로 들어온 경우, 배우자가 다른 주택의 부속토지를 갖고 있는 경우에는 등기사항증명서와 지난해 신청 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종합부동산세 부과처분에 대한 심판청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 두 집의 공동명의 1주택자를 서로 다른 사람으로 해도 되나요?
  안 됩니다. 국세청 사전-2022-법규재산-1115(2023. 4. 27.) 회신은 두 주택 모두 부부 중 1인을 공동명의 1주택자로 신청해 납세의무자가 동일한 경우에 한해 1세대 1주택자로 본다고 했습니다. 남편과 아내로 나누어 신청하면 각자 1주택씩 가진 것이 되어 일시적 2주택 특례 구조가 성립하지 않습니다.
• 공동명의 1주택자는 누가 되나요?
  공동 소유자 간 합의로 정한 사람입니다. 종합부동산세법 시행령 제5조의2 제3항은 2026년 2월 27일 개정으로 지분율이 높은 사람 원칙을 없애고 합의로 정하도록 했습니다. 신청 뒤에는 그 사람 기준으로 배우자 지분까지 합산해 과세표준을 계산하고, 연령·보유기간 세액공제도 그 사람의 나이와 보유기간으로 봅니다.
• 종부세 일시적 2주택 기간은 몇 년인가요?
  조정대상지역 안에서 대체취득한 경우 2년, 그 밖의 경우 3년입니다. 종합부동산세법 시행령 제4조의2 제1항은 과세기준일 현재 신규주택 취득일부터 이 기간이 지나지 않은 경우를 일시적 2주택으로 봅니다. 조정대상지역 2년은 2026년 8월 4일 이후 조정대상지역의 신규주택을 취득하는 경우부터 적용됩니다.
• 일시적 2주택 특례 신청은 언제 하나요?
  그해 9월 16일부터 9월 30일까지입니다. 종합부동산세법 제8조 제5항은 일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택 특례를 받으려는 납세의무자가 이 기간에 관할 세무서장에게 신청하도록 정합니다. 공동명의 1주택자 신청도 같은 기간입니다. 처음 신청한 다음 해부터는 변동이 없으면 신청을 생략할 수 있습니다.
• 1세대 1주택자로 보면 공제액이 얼마인가요?
  공시가격 합산액에서 12억원을 공제합니다. 종합부동산세법 제8조 제1항 제1호는 1세대 1주택자에게 12억원, 제3호는 그 밖의 개인에게 9억원 공제를 정합니다. 공제 후 금액에 공정시장가액비율을 곱해 과세표준을 계산하며, 일시적 2주택 특례를 받아도 신규주택 공시가격은 합산 대상에 들어갑니다.
• 기간 안에 종전주택을 못 팔면 어떻게 되나요?
  특례가 부인되어 2주택자로 다시 계산됩니다. 종합부동산세법 제8조 제4항 제2호의 일시적 2주택은 종전주택을 양도하기 전에 대체취득해 일시적으로 2주택이 된 경우를 전제하므로, 시행령이 정한 2년 또는 3년을 넘기면 그 과세기준일부터는 요건을 잃습니다. 양도 일정을 과세기준일 6월 1일 기준으로 세워야 합니다.
• 고지서가 2주택으로 잘못 나왔으면 어떻게 다투나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 국세기본법 제68조 제1항은 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내를 청구기간으로 정합니다. 신고·납부 방식을 택한 경우에는 법정신고기한 후 5년 안에 경정청구도 가능합니다. 다만 9월 특례 신청을 하지 않았다면 요건 미비로 거부될 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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