증여세

공익법인 병원의 행정직원 급여도 공익목적 사용으로 인정되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 공익법인이 정관상 고유목적사업인 병원 운영과 직접 관련해 지급한 인건비는 의사·간호사뿐 아니라 행정직원 급여도 직접 공익목적사업에 쓴 것으로 봅니다. 상속세 및 증여세법 시행령은 직접 공익목적사업 사용을 정관상 고유목적사업에 사용하는 것으로 정합니다. 지금은 병원 운영이 정관 목적사업에 적혀 있는지, 8천만원 초과 급여 제한에 걸리는지부터 확인해야 합니다.

의사·간호사와 행정직원을 나눠 인정 비율을 따로 계산할 필요는 없습니다. 현행 시행령에는 직종에 따라 인정 범위를 나누는 규정이 없고, 정관상 고유목적사업과 직접 관련된 인건비인지만 봅니다.

이런 상담이 많습니다

알코올 중독 치료 병원을 운영하는 A재단은 2024년 기업과 개인으로부터 출연금을 받았습니다. 재단은 2025년 사업연도에 출연금 일부를 병원 의사·간호사 급여와 원무과 행정직원 급여로 썼습니다. 결산 보고를 준비하던 담당자는 진료 인력이 아닌 행정직원 급여까지 직접 공익목적사업에 쓴 것으로 인정되는지, 아니면 증여세가 다시 나오는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

병원 행정직원 급여도 직접 공익목적사업에 쓴 것으로 보나요?

네, 정관에 적힌 고유목적사업인 병원 운영과 직접 관련해 지급한 급여라면 행정직원 급여도 직접 공익목적사업에 쓴 것으로 봅니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「상속세 및 증여세법 시행령」은 직접 공익목적사업에 사용하는 것을 공익법인의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것으로 정합니다. 그래서 병원 운영이 정관 목적사업이면 그 운영에 필요한 사람의 급여는 직종과 관계없이 같은 기준으로 판단합니다.

다만 공익법인이 병원 외에 수익사업을 함께 한다면, 그 수익사업 쪽 인력의 급여는 이 기준에 들어오지 않습니다. 급여대장과 근무부서 기록으로 병원 운영 인력임을 보여 줄 수 있어야 합니다.

국세청은 병원 인건비를 어떻게 해석했나요?

국세청은 공익법인이 정관상 고유목적사업인 병원 운영의 수행과 직접 관련해 사용인 인건비로 지출한 금액은 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 본다고 답했습니다(사전-2017-법령해석재산-0195, 2017. 6. 2.). 질의한 법인은 보건복지부 승인을 받아 설립된 공익법인으로, 등기된 목적사업에 알코올 중독 치료를 위한 병원 운영이 들어 있었습니다. 법인은 출연재산을 병원 의사·간호사·행정직원 인건비로 쓴 경우를 물었습니다.

국세청은 검토내용에서 시행령이 직접 공익목적사업 사용을 정관상 고유목적사업에 사용하는 것으로 정하고 있으므로, 정관 목적사업을 위해 지출한 비용이면 직접 공익목적사업 사용으로 볼 수 있다고 설명했습니다. 이 회신은 병원 운영이 정관 목적사업에 들어 있고 인건비가 그 운영과 직접 관련된다는 사실관계를 전제로 합니다. 목적사업 기재가 없거나 인력이 다른 사업에 함께 투입됐다면 결론이 달라질 수 있습니다.

인건비가 공익목적 사용에서 빠지는 경우는 언제인가요?

정관 목적사업 인건비라도 법인세법 시행령이 고유목적에 지출한 것으로 보지 않는 금액은 공익목적 사용에서 빠집니다. 수익사업 소득의 50%를 넘게 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리법인 등은 임직원 한 사람의 총급여액이 8천만원을 넘으면 그 초과분을 인건비로 보지 않습니다. 과세표준 신고 전에 인건비 지급규정을 주무관청에서 승인받았다면 이 제한을 받지 않습니다.

• 8천만원 초과 급여 - 해당 법인에 속하면 초과분은 공익목적 사용에서 제외됩니다. 지급규정 승인은 3년마다 다시 받아야 합니다.
• 관리비 - 고유목적사업에 직접 쓰는 시설의 수선비·전기료·전화사용료 등을 뺀 나머지 관리비는 제외됩니다.
• 수익사업 인력 - 병원 외 수익사업에 종사하는 인력 급여는 정관 목적사업 인건비로 보기 어렵습니다.

출연재산을 목적 외에 쓰면 어떤 세금이 나오나요?

출연받은 재산을 직접 공익목적사업 외의 용도에 쓰거나 출연받은 날부터 3년 안에 직접 공익목적사업에 쓰지 않으면, 그 사유가 생긴 날 공익법인이 증여받은 것으로 보아 증여세가 바로 부과됩니다. 인건비 지출이 공익목적 사용으로 인정되느냐가 곧 증여세 추징 여부로 이어지는 구조입니다. 법령상·행정상 부득이한 사유로 사용이 늦어져 주무부장관이 인정한 경우 등은 보고를 전제로 예외가 있습니다.

증여세 부과 고지를 받았다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 이의신청은 거쳐도 되고 거치지 않아도 되는 선택 절차입니다.

공익법인 병원 인건비 대응 순서

• 정관 목적사업 확인 - 정관과 법인 등기에 병원 운영이 목적사업으로 적혀 있는지 봅니다. 기재가 없으면 정관 변경부터 검토해야 합니다.
• 인력별 근무 구분 - 급여대장과 부서 배치표로 병원 운영 인력과 수익사업 인력을 나눕니다. 겸직자는 근무시간 기록으로 배분 근거를 남깁니다.
• 8천만원 기준 점검 - 법인이 고유목적사업준비금을 50% 넘게 손금산입하는 유형인지 확인합니다. 해당하면 지급규정 주무관청 승인을 신고 전에 받습니다.
• 출연재산 보고 - 사업연도 종료일부터 4개월 안에 출연재산 사용명세를 냅니다. 인건비 지출을 목적사업별로 적습니다.
• 추징 대응 - 증여세가 고지되면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 정관·급여대장·보고서가 다툼의 증거가 됩니다.

여기까지는 일반 기준이고, 병원 외 수익사업을 함께 하거나 인력이 여러 사업에 걸쳐 있으면 정관과 급여 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공익법인 출연재산 사후관리에 따른 증여세 부과처분 불복과 조세 소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 의사·간호사 급여와 행정직원 급여를 다르게 보나요?
  아니요, 현행 시행령은 직종에 따라 인정 범위를 나누지 않습니다. 정관상 고유목적사업인 병원 운영과 직접 관련된 인건비이면 의사·간호사·행정직원 급여 모두 직접 공익목적사업 사용으로 봅니다. 국세청도 병원 운영 인력의 인건비를 같은 기준으로 판단했습니다.
• 정관에 병원 운영이 없으면 어떻게 되나요?
  정관에 병원 운영이 목적사업으로 적혀 있지 않으면 병원 인건비를 정관상 고유목적사업 사용으로 보기 어렵습니다. 직접 공익목적사업 사용은 정관상 고유목적사업에 쓰는 것으로 정해져 있기 때문입니다. 병원을 운영하고 있다면 정관과 등기의 목적사업 기재부터 확인하고, 빠져 있으면 주무관청 허가를 받아 정관 변경을 검토해야 합니다.
• 임직원 급여가 8천만원을 넘으면 어떻게 되나요?
  수익사업 소득의 50%를 넘게 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리법인 등은 한 사람의 총급여액이 8천만원을 넘으면 초과분을 인건비로 보지 않습니다. 이 초과분은 공익목적 사용에서도 빠집니다. 과세표준 신고 전에 인건비 지급규정을 주무관청에서 승인받으면 제한이 적용되지 않습니다.
• 인건비 지급규정 승인은 한 번만 받으면 되나요?
  아니요, 승인받은 날부터 3년이 지날 때마다 다시 승인을 받아야 합니다. 그 사이 지급규정을 바꾸면 사유가 생긴 사업연도의 법인세 과세표준 신고기한까지 다시 승인을 받아야 합니다. 승인 사실은 법인세 신고 때 관할 세무서에 서류로 냅니다.
• 병원 관리비도 공익목적 사용으로 보나요?
  고유목적사업에 직접 쓰는 시설의 수선비·전기료·전화사용료 같은 관리비는 공익목적 사용에 들어갑니다. 그 밖의 관리비는 시행령이 직접 공익목적사업 사용에서 뺍니다. 병원 건물과 법인 사무국 비용이 섞여 있다면 시설별로 나눠 회계 처리해 두어야 합니다.
• 출연재산을 3년 안에 못 쓰면 어떻게 되나요?
  출연받은 날부터 3년 안에 직접 공익목적사업에 쓰지 않으면 공익법인이 증여받은 것으로 보아 증여세가 바로 부과됩니다. 법령상·행정상 부득이한 사유로 주무부장관이 인정했거나 인허가 소송 등으로 사용이 곤란한 경우에는 보고를 전제로 사유가 없어진 날부터 1년 안에 쓰면 예외가 됩니다.
• 증여세가 고지되면 언제까지 다툴 수 있나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차라 거치지 않아도 됩니다. 기한이 지나면 고지 내용을 다투기 어려우므로 정관, 급여대장, 출연재산 사용명세서를 먼저 모아 두는 것이 좋습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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