양도소득세

직접 지은 건물을 팔았는데 양도세 조사에서 공사비는 무엇으로 확인하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

직접 지은 건물의 취득가액은 실제 들어간 공사비이고, 세무서는 공사도급계약서와 세금계산서, 대금 지급 기록, 시공업자 확인, 표준건축비·감정가액과의 비교로 이를 검증합니다. 세금계산서가 없어도 실제 지출을 입증하면 인정받을 수 있지만, 입증하지 못해 추계로 바뀌면 신축 5년 안 양도는 5% 가산세까지 붙을 수 있습니다. 공사비 항목별 증빙과 대금 흐름을 먼저 맞추십시오.

땅을 사서 건물을 직접 지은 뒤 팔면 건물의 취득가액은 매매대금이 아니라 실제 들어간 공사비입니다. 계약서 한 장으로 끝나는 매매와 달리 공사비는 여러 업체와 여러 번에 걸쳐 지급되므로, 양도소득세 조사에서 증빙 다툼이 자주 생깁니다. 공사비를 실제보다 부풀렸다는 의심을 받거나, 반대로 실제 들인 비용을 증명하지 못해 인정받지 못하는 경우가 모두 생깁니다.

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E씨는 2021. 5. 산 대지에 다가구주택을 지어 2022. 11. 사용승인을 받았고, 2026. 2. 건물과 토지를 함께 팔았습니다. 신고 때 건물 취득가액으로 공사비 9억원을 넣었는데, 시공업체와 맺은 도급계약서 금액은 6억 5천만원이었고 나머지는 추가 공사와 자재비를 현금으로 직접 지급했다는 것이 E씨의 설명이었습니다. 2026. 9. 양도소득세 세무조사 사전통지서를 받은 E씨는 세금계산서 없이 낸 공사비도 인정받을 수 있는지, 증빙이 모자라면 어떻게 계산되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

직접 지은 건물의 취득가액은 어떻게 정하나요?

자기가 건설한 자산의 취득가액은 원재료비, 노무비, 운임, 수수료, 공과금(취득세 포함), 설치비와 그 밖의 부대비용을 합한 금액입니다. 양도소득세에서도 이 금액이 건물 취득에 든 실지거래가액이 됩니다. 설계비, 감리비, 인입 공사비처럼 건물을 짓는 데 직접 든 비용도 증빙이 있으면 포함됩니다.

건물의 취득시기는 원칙적으로 사용승인서를 받은 날이고, 그 전에 실제로 쓰기 시작했거나 임시사용승인을 받았다면 그중 빠른 날입니다. 보유기간과 뒤에서 볼 5년 가산세 기간이 모두 이 날짜에서 출발합니다.

세무서는 공사비를 어떤 자료로 확인하나요?

국세청 기준으로는 공사(도급)계약서를 근거로 취득가액을 인정하는 경우 세 가지를 함께 봅니다. 공사도급계약서가 실제로 있는지, 계약서 금액이 국토교통부가 매년 고시하는 표준건축비나 감정평가액처럼 객관화된 금액과 현저하게 차이 나는지, 시공업자를 직접 확인했는지입니다. 시공업체가 발행한 세금계산서와 공사대금 지급 내역도 대조 항목입니다.

• 계약서와 세금계산서: 도급계약서 금액과 세금계산서 합계가 맞는지 봅니다.
• 대금 지급 기록: 계약서 금액이 실제로 시공업체 계좌로 갔는지 확인합니다.
• 객관적 기준과 비교: 같은 면적·구조의 표준건축비나 감정평가액보다 지나치게 크면 부풀림을 의심합니다.
• 시공업자 확인: 시공업체의 매출 신고와 대표자 진술로 실제 공사 금액을 확인합니다.

국세청은 조사대상을 고를 때도 신축건물 양도라면 공사도급계약서, 시공업체 세금계산서, 토지와 건물의 취득가액 안분을 먼저 검토 항목에 올립니다. 시공업체가 부가가치세 신고를 한 매출과 내가 신고한 공사비가 다르면 그 차이가 그대로 혐의 금액이 됩니다.

토지와 건물을 함께 팔았다면 양도가액을 토지분과 건물분으로 나누는 방식도 검토됩니다. 계약서에 나누어 적은 가액이 기준시가 등으로 안분한 가액과 30% 이상 차이 나면 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 다시 안분합니다. 건물 취득가액이 큰 신축 건물은 건물분 양도가액을 높게 적을수록 양도차익이 줄어 보이기 때문에 이 부분도 함께 봅니다.

세금계산서 없이 낸 공사비도 인정받을 수 있나요?

취득가액은 실제로 지출한 금액이므로 세금계산서가 없다는 이유만으로 바로 부인되지는 않습니다. 다만 실제 지출을 다른 자료로 입증해야 합니다. 계좌 이체 기록, 자재 구입 영수증, 인부에게 지급한 노임 기록, 현장 사진과 공정표가 서로 맞물리면 입증이 가능합니다.

현금으로 지급했다면 출금 기록과 지급일, 받은 사람의 확인서를 함께 갖추어야 합니다. 출금 기록 없이 「현금으로 줬다」는 진술만 있으면 인정받기 어렵습니다. E씨 사례라면 도급계약서 밖 추가 공사 2억 5천만원 부분을 공정별로 나누어, 각 공정의 자재 구입과 지급 기록을 따로 정리하는 것이 출발점입니다.

인건비를 직접 지급했다면 지급 계좌와 지급 대상자, 작업 기간이 함께 남아 있어야 합니다. 같은 사람에게 같은 공정의 대가를 시공업체 계약과 별도로 또 지급한 것처럼 보이면 이중 계상으로 의심받으므로, 도급 범위와 직접 시공 범위를 공정표로 나누어 보여 주는 것이 좋습니다.

증빙이 부족하면 취득가액은 어떻게 계산되나요?

실지거래가액을 확인할 장부·계약서·영수증이 없거나 중요한 부분이 빠진 경우, 또는 증빙 내용이 매매사례가액이나 감정가액에 비추어 거짓임이 명백한 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 순서로 추계합니다.

여기서 주의할 것이 신축 건물의 가산세입니다. 건물을 신축하거나 바닥면적 85제곱미터를 넘게 증축하고 그 취득일 또는 증축일부터 5년 안에 양도하면서 감정가액이나 환산취득가액을 취득가액으로 쓰면, 그 건물 감정가액 또는 환산취득가액의 5%를 가산세로 더 냅니다. 산출세액이 없어도 부과됩니다.

E씨는 사용승인일인 2022. 11.부터 2026. 2. 양도까지 5년이 지나지 않았으므로, 조사 결과 공사비가 추계로 바뀌면 이 가산세까지 검토 대상이 됩니다. 실제 공사비를 입증하는 것이 추계보다 유리한 이유입니다.

신축 건물 공사비 조사 대응 순서

• 취득시기 확인 - 사용승인서와 실제 사용 개시일을 확인해 보유기간과 5년 가산세 해당 여부를 정합니다.
• 공사비 항목표 작성 - 도급계약, 추가 공사, 자재, 인건비, 설계·감리비를 나누고 항목마다 증빙 종류를 적습니다.
• 대금 흐름 대조 - 항목별 금액을 계좌 출금·이체 기록과 하나씩 맞추고 현금 지급분은 지급 경위를 정리합니다.
• 시공업체 자료 확보 - 세금계산서 재발급, 공사 확인서, 공정표를 시공업체에서 받아 둡니다.
• 결과통지 검토 - 공사비 일부가 부인되거나 추계로 바뀌면 결과통지 후 30일 안에 과세전적부심사를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공사비가 얼마까지 인정될지는 항목별 증빙과 대금 흐름, 시공업체의 신고 내용에 따라 달라집니다. 법무법인 윤성은 신축 건물 양도의 세무조사 소명과 과세전적부심사·조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 직접 지은 건물의 취득가액에는 무엇이 들어가나요?
  원재료비, 노무비, 운임, 수수료, 취득세를 포함한 공과금, 설치비와 그 밖의 부대비용을 합한 금액입니다. 설계비·감리비처럼 건물을 짓는 데 직접 든 비용도 증빙이 있으면 포함됩니다.
• 세금계산서가 없는 공사비는 바로 빠지나요?
  취득가액은 실제 지출액이므로 세금계산서가 없다는 이유만으로 바로 빠지지는 않습니다. 다만 계좌 이체, 자재 영수증, 노임 지급 기록, 받은 사람의 확인서처럼 실제 지출을 보여 주는 자료로 입증해야 합니다.
• 세무서는 공사비가 부풀려졌는지 어떻게 보나요?
  국세청 기준으로는 도급계약서 금액을 표준건축비나 감정평가액 같은 객관적 금액과 비교하고, 시공업자를 직접 확인하며, 시공업체의 세금계산서와 대금 지급 내역을 대조합니다. 시공업체 매출 신고와 다르면 그 차이가 쟁점이 됩니다.
• 신축 건물을 5년 안에 팔면 가산세가 있나요?
  신축하거나 85제곱미터를 넘게 증축한 건물을 취득일 또는 증축일부터 5년 안에 팔면서 감정가액이나 환산취득가액을 취득가액으로 쓰면 그 금액의 5%를 가산세로 냅니다. 산출세액이 없어도 부과됩니다.
• 건물 취득일은 언제로 보나요?
  원칙적으로 사용승인서를 받은 날입니다. 그 전에 실제로 사용했거나 임시사용승인을 받았다면 그중 빠른 날이고, 허가 없이 지은 건물은 실제 사용일입니다. 보유기간과 5년 가산세 기간 계산에 모두 쓰입니다.
• 증빙이 모자라면 공사비는 어떻게 계산되나요?
  실지거래가액을 확인할 증빙이 없거나 중요한 부분이 빠졌거나 거짓임이 명백하면 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 순서로 추계합니다. 신축 5년 안이면 추계에 따른 가산세도 함께 검토해야 합니다.

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