부가가치세

구매확인서를 늦게 받고 영세율 수정세금계산서를 안 끊으면 가산세가 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 면세점 등에 10% 세금계산서를 발급하고 신고·납부했다면 그 뒤 구매확인서를 받고 영세율 수정세금계산서를 발급하지 않아도 세금계산서 가산세는 적용되지 않습니다. 과세기간 종료 후 25일 안에 받은 구매확인서로는 수정발급을 할 수 있을 뿐 의무는 아니라는 것이 시행령과 기획재정부 해석입니다. 지금 구매확인서 발급일과 처음 세금계산서대로 신고·납부한 내역부터 확인해 보십시오.

이미 10% 세율로 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부했다면, 수정세금계산서를 발급하지 않았다는 이유만으로 세금계산서 미발급가산세 대상으로 보지 않는 것이 기획재정부 해석입니다.

이런 상담이 많습니다

화장품 제조업체 A사는 시내 면세점에 제품을 납품하면서 10% 세율을 적은 세금계산서를 발급하고 2025년 제2기 부가가치세를 신고·납부했습니다. 면세점은 그중 외국인에게 판 물량에 대해 2026년 1월 중순 구매확인서를 받아 A사에 보냈습니다. A사는 면세점과 세액을 주고받아 정리하는 일이 번거로워 수정세금계산서를 발급하지 않았는데, 거래처 담당자로부터 그러면 세금계산서 미발급으로 가산세가 붙는다는 말을 듣고 상담을 요청했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

구매확인서를 늦게 받으면 영세율 수정세금계산서를 꼭 발급해야 하나요?

아니요, 공급시기가 속한 과세기간 종료 후 25일 안에 구매확인서를 받았을 때 영세율 수정세금계산서는 발급할 수 있는 것이지 반드시 발급해야 하는 것은 아닙니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법 시행령」은 이 경우 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 정하고 있습니다.

수정발급을 택하면 처음 작성일을 그대로 적고 비고란에 구매확인서 발급일을 덧붙여 0% 세율의 세금계산서를 검은색으로 발급하고, 처음 발급한 10% 세금계산서는 붉은색 글씨나 음의 표시로 다시 발급합니다. 25일째가 공휴일이나 토요일 등이면 바로 다음 영업일까지 받은 구매확인서도 같은 방식으로 처리합니다.

수정발급을 하면 납품업체는 영세율을 적용받고, 면세점은 이미 낸 부가가치세 상당액을 돌려받아야 하므로 양쪽이 세액을 정산하는 일이 생깁니다. 이 정산이 번거로워 일반세율 그대로 두는 경우가 많습니다.

국세청과 기획재정부는 수정세금계산서를 발급하지 않은 경우를 어떻게 해석했나요?

수정세금계산서를 발급하지 않았더라도 처음 발급한 세금계산서대로 부가가치세를 신고·납부했다면 그 거래에 세금계산서 관련 가산세를 적용하지 않는다는 것이 기획재정부의 해석입니다(기획재정부 부가가치세제과-585, 2017. 11. 16.). 회신은 보세판매장에 재화를 공급하고 10% 세금계산서를 발급한 뒤 과세기간 종료 후 25일 안에 구매확인서를 받은 사실관계를 전제로 합니다.

회신의 이유는 두 가지입니다. 일반세율로 신고·납부했으니 국가가 세금을 덜 걷은 일이 없고, 수정발급을 강제하면 납품업체와 면세점이 세금계산서를 고치고 세액을 돌려주는 부담만 생긴다는 것입니다. 조세심판원도 영세율을 받을 수 있는 사업자가 일반세율 세금계산서로 신고하고 거래상대방도 신고·납부했다면 사실과 다른 세금계산서로 보기 어렵다고 결정했습니다.

이 해석은 10% 세금계산서를 발급하고 신고·납부까지 마친 경우에 한정됩니다. 처음부터 세금계산서를 발급하지 않았거나 매출을 신고하지 않았다면 결론이 달라집니다.

과세기간 종료 후 25일이 지나 구매확인서를 받으면 어떻게 되나요?

과세기간 종료 후 25일이 지난 뒤 받은 구매확인서로는 영세율 수정세금계산서를 발급할 수 없습니다. 이때는 처음 발급한 10% 세금계산서대로 신고한 상태를 유지하는 것이 원칙입니다.

25일 기한은 공급시기 기준으로 셉니다. 예를 들어 2025년 12월에 공급한 물품이라면 제2기 과세기간이 12월 31일에 끝나므로 2026년 1월 25일(공휴일 등이면 다음 영업일)까지 구매확인서가 발급되어야 합니다. 같은 과세기간 안이라도 7월 공급분과 12월 공급분의 실제 여유 기간은 다릅니다.

기한이 지난 구매확인서를 근거로 영세율 수정세금계산서를 발급하면 사실과 다른 세금계산서 문제가 생길 수 있으므로 발급 전에 날짜를 다시 맞춰 봅니다.

10% 세금계산서로 신고했다가 가산세를 고지받았다면 어떻게 다투나요?

수정세금계산서 미발급을 이유로 가산세가 포함된 세무조사 결과 통지를 받았다면, 통지일부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구해 10% 세금계산서대로 신고·납부한 사실을 다툴 수 있습니다. 이미 납부고지서를 받았다면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

다툴 때는 처음 세금계산서, 매출처별 세금계산서합계표, 해당 과세기간 신고서와 납부 내역, 구매확인서 발급일을 한 묶음으로 제출합니다. 이의신청은 선택 절차이므로 필요할 때만 거칩니다.

구매확인서 사후 발급 대응 순서

• 구매확인서 발급일 확인 - 구매확인서 발급일이 공급시기가 속한 과세기간 종료 후 25일 안인지 확인합니다. 공휴일이면 다음 영업일까지 늘어나는지도 봅니다.
• 수정발급 여부 결정 - 영세율로 고칠지, 10% 세금계산서대로 둘지 면세점과 협의합니다. 고친다면 세액 정산 방법을 함께 정합니다.
• 세금계산서 작성 - 수정발급을 택하면 처음 작성일과 구매확인서 발급일을 적은 세금계산서와 음의 표시 세금계산서를 함께 발급합니다.
• 신고서 반영 - 수정발급분은 영세율 매출로, 그대로 둔 분은 과세 매출로 매출처별 세금계산서합계표와 신고서에 맞춰 적습니다.
• 가산세 고지 시 불복 - 미발급가산세가 고지되면 과세전적부심사나 심판청구로 신고·납부 사실을 근거로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공급시기와 구매확인서 발급일, 실제 신고 내용은 거래마다 다르므로 세금계산서와 신고서를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세금계산서 관련 부가가치세 과세처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 구매확인서 25일은 언제부터 세나요?
  공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 다음 날부터 셉니다. 제2기분이라면 12월 31일이 과세기간 종료일이므로 다음 해 1월 25일까지 발급된 구매확인서가 대상이고, 그날이 공휴일이나 토요일 등이면 바로 다음 영업일까지 늘어납니다.
• 수정세금계산서 작성일은 언제로 적나요?
  영세율로 고쳐 발급하는 세금계산서에는 처음 세금계산서 작성일을 그대로 적고 비고란에 구매확인서 발급일을 덧붙입니다. 처음 발급한 10% 세금계산서는 같은 내용으로 붉은색 글씨나 음의 표시를 해 함께 발급합니다.
• 면세점이 영세율로 고쳐 달라고 하면요?
  25일 안에 받은 구매확인서라면 수정발급을 할 수 있으므로 면세점과 협의해 고칠 수 있습니다. 고치면 납품업체가 받은 부가가치세 상당액을 면세점에 돌려주는 정산이 필요하므로 정산 시기와 방법을 문서로 남겨 둡니다.
• 처음부터 세금계산서를 안 끊었다면요?
  회신은 10% 세금계산서를 발급하고 신고·납부한 경우를 전제로 합니다. 공급시기에 세금계산서를 아예 발급하지 않았다면 확정신고기한까지 발급하지 않은 공급가액의 2퍼센트 미발급가산세가 문제 되므로 따로 검토해야 합니다.
• 25일이 지나 받은 구매확인서는 쓸모가 없나요?
  그 구매확인서로는 영세율 수정세금계산서를 발급할 수 없으므로 처음 10% 세금계산서대로 둡니다. 다만 거래 사실과 수출 경위를 보여 주는 자료이므로 거래 증빙으로 함께 보관해 두는 것이 좋습니다.
• 가산세 고지를 받았다면 언제까지 다투나요?
  세무조사 결과 통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았다면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 이의신청을 먼저 거치는 것은 선택입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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