취득세·보유세

부동산 많은 회사 주식을 사서 과점주주가 되면 취득세는 장부가액 기준인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 과점주주 간주취득세는 과점주주가 된 당시 법인 장부에 적힌 부동산등 가액을 지분 비율로 나눠 계산합니다. 대법원 2026두30758 판결은 장부가액이 무조건 기준이 되는 것은 아니지만, 평가충당금을 빼려면 그 산정이 적정하다는 객관적 자료가 있어야 한다고 보았습니다. 지금은 과점주주가 된 날 기준 결산서와 충당금 계산 근거부터 확보하십시오.

과점주주가 됐다고 법인 부동산을 감정평가해 시가로 신고할 필요는 없습니다. 과세표준은 법인 장부에 적힌 가액에서 출발합니다.

이런 상담이 많습니다

C사는 2025년 3월 분양용 토지와 상가를 보유한 부동산개발 법인의 주식 60퍼센트를 사들여 처음으로 과점주주가 됐습니다. 그 법인의 장부에는 부동산 취득원가가 100억 원으로 적혀 있었지만, 분양이 부진해 30억 원의 평가충당금을 따로 쌓아 둔 상태였습니다. C사는 취득원가 기준으로 간주취득세를 신고·납부한 뒤, 평가충당금을 뺀 70억 원을 기준으로 해야 한다며 경정청구를 했습니다. 시청은 평가충당금 산정 근거가 없다며 거부했고, C사는 이 거부를 다툴 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

회사 주식을 사서 과점주주가 되면 왜 취득세가 나오나요?

법인의 주식을 사서 과점주주가 되면 그 법인이 가진 부동산등을 지분만큼 취득한 것으로 봅니다. 과점주주는 본인과 특수관계인의 주식을 합쳐 발행주식 총수의 100분의 50을 넘게 가지고 그 권리를 실질적으로 행사하는 주주를 말합니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「지방세법」에서도 같은 구조입니다.

다만 법인을 설립할 때 발행하는 주식을 받아 과점주주가 된 경우는 취득으로 보지 않습니다. 처음으로 과점주주가 되면 그날 가진 주식 전부를 취득한 것으로 보고, 이미 과점주주인 사람이 지분을 늘리면 늘어난 비율만큼만 과세합니다.

간주취득세 과세표준은 장부가액으로 정하나요?

정합니다. 과점주주가 취득한 것으로 보는 부동산등의 가액은 법인의 결산서와 장부에 적힌 부동산등의 총가액을 주식 총수로 나눈 뒤 과점주주가 가진 주식 수를 곱해 계산합니다. 기준 시점은 과점주주가 된 당시의 장부가액입니다.

대법원 2008. 3. 14. 선고 2007두11399 판결은 감가상각비를 반영하지 않은 재무제표상 취득가액을 과세표준으로 삼은 처분을 적법하다고 보았습니다. 장부에 적힌 취득원가가 출발점이 된다는 뜻입니다.

평가충당금을 빼고 신고할 수 있나요?

평가충당금을 빼려면 그 금액이 적정하게 산정됐다는 객관적 자료가 있어야 합니다. 대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30758 판결은 법인 장부가액이 실제 취득가격에 맞는지와 상관없이 무조건 과세표준이 되는 것은 아니라고 보면서도, 납세자가 차감을 주장한 평가충당금의 산정 근거가 제출되지 않았다면 받아들일 수 없다고 판단해 경정거부처분을 유지했습니다.

같은 판결은 과점주주가 신고해야 할 과세표준은 정당한 과세표준이고, 신고가액이 장부에 따라 산정한 정당한 금액에 못 미치면 과세관청이 신고와 다르게 산정할 수 있다고 보았습니다. 신고가액이 장부가액보다 언제나 우선한다는 원심의 전제는 적절하지 않다고 지적했습니다. 결국 높게 신고했든 낮게 신고했든 기준은 장부와 그 장부를 뒷받침하는 자료입니다.

평가충당금 차감을 주장하려면 무엇이 필요한가요?

감정평가서, 인근 분양가와 거래 사례, 회계감사인의 검토 의견처럼 평가손실 금액을 계산한 근거가 필요합니다. 장부에 충당금이 적혀 있다는 사실만으로는 부족하고, 왜 그 금액인지 설명할 수 있어야 합니다. 경정청구를 받은 시청·구청은 2개월 안에 결과를 통지해야 합니다.

과점주주는 해당 법인의 지방세 체납액에 대해 지분 비율만큼 제2차 납세의무도 질 수 있습니다. 주식을 사기 전에 법인의 부동산 장부가액과 체납 여부를 함께 확인해 두는 편이 안전합니다.

과점주주 간주취득세 대응 순서

• 과점주주 해당 확인 - 특수관계인 지분을 합쳐 100분의 50을 넘는지 계산합니다. 넘지 않으면 간주취득세가 생기지 않습니다.
• 취득 시점 장부 확보 - 과점주주가 된 날 기준 결산서와 부동산 명세를 받습니다. 과세표준은 이 시점 장부가액으로 정해집니다.
• 차감 항목 근거 준비 - 평가충당금 등 차감을 주장할 항목마다 감정평가서·거래 사례를 붙입니다. 근거가 없으면 장부상 취득원가로 과세됩니다.
• 신고와 납부 - 과점주주가 된 날부터 정해진 기한 안에 조례에 따라 신고합니다. 신고가 적으면 시청·구청이 장부 기준으로 다시 산정합니다.
• 경정청구와 불복 - 많이 냈다고 보면 5년 안에 경정청구를 하고, 2개월 안에 답이 없으면 이의신청이나 심판청구로 넘어갑니다.

여기까지는 일반 기준이고, 신탁한 부동산이 있거나 지분 취득과 증자가 섞여 있으면 과세 대상과 시점이 달라지므로 장부와 주식 이동 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 취득세 부과처분과 경정거부처분에 대한 심판청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과점주주는 지분이 몇 퍼센트부터인가요?
  주주 1명과 그 특수관계인의 주식을 합쳐 발행주식 총수의 100분의 50을 넘고 그 권리를 실질적으로 행사하면 과점주주입니다. 지방세법 제7조 제5항은 지방세기본법 제46조 제2호의 과점주주 가운데 대통령령으로 정하는 과점주주를 간주취득세 대상으로 합니다. 지분이 정확히 50퍼센트면 넘은 것이 아니므로 해당하지 않습니다.
• 회사를 세우면서 주식을 받아도 과세되나요?
  과세되지 않습니다. 지방세법 제7조 제5항은 법인설립 때 발행하는 주식이나 지분을 취득해 과점주주가 된 경우는 취득으로 보지 않는다고 정합니다. 설립 뒤 다른 주주의 주식을 사거나 증자로 지분이 늘어 처음 과점주주가 되면 그때부터 간주취득세가 생깁니다.
• 이미 과점주주인데 지분을 더 사면 어떻게 되나요?
  늘어난 비율만큼만 취득으로 봅니다. 지방세법 시행령 제11조 제2항에 따라 이미 과점주주인 주주의 지분 비율이 늘면 그 증가분에 과세하되, 늘어난 뒤의 비율이 전에 가졌던 가장 높은 비율을 넘지 않으면 과세하지 않습니다. 과점주주였다가 벗어난 뒤 다시 된 경우도 이전 비율보다 늘어난 부분만 봅니다.
• 과세표준은 어떻게 계산하나요?
  법인의 결산서와 장부에 따른 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 총수로 나누고, 과점주주가 취득한 주식 수를 곱합니다. 예를 들어 장부상 부동산 총가액이 100억 원이고 지분 60퍼센트를 가지면 과세표준은 60억 원입니다. 기준은 과점주주가 된 당시 장부가액입니다.
• 감가상각을 반영해 낮출 수 있나요?
  원칙적으로 장부상 취득가액이 기준입니다. 대법원 2008. 3. 14. 선고 2007두11399 판결은 감가상각비가 반영되지 않은 재무제표상 취득가액을 과세표준으로 삼은 처분을 적법하다고 보았습니다. 장부가액이 실제와 다르다고 주장하려면 그 차이를 뒷받침하는 객관적 자료가 필요합니다.
• 신고한 금액이 장부보다 낮으면 그대로 인정되나요?
  인정되지 않습니다. 대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30758 판결은 과점주주가 신고해야 할 과세표준은 정당한 과세표준을 뜻하므로, 신고가액이 장부에 따라 산정한 정당한 금액에 못 미치면 과세관청이 신고와 다르게 산정할 수 있다고 보았습니다. 신고가액이 장부가액보다 언제나 우선하는 것은 아닙니다.
• 간주취득세를 많이 냈으면 언제까지 돌려받나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 안에 시청·구청에 경정청구를 할 수 있습니다. 지방세기본법 제50조 제3항에 따라 청구를 받은 지방자치단체의 장은 2개월 안에 결과를 통지해야 하고, 같은 조 제4항에 따라 그 안에 통지가 없으면 다음 날부터 이의신청이나 심판청구를 할 수 있습니다.
• 과점주주가 되면 회사 세금도 책임지나요?
  법인 재산으로 지방세를 다 내지 못하면 과점주주가 부족액에 대해 제2차 납세의무를 집니다. 지방세기본법 제46조는 그 한도를 부족액을 발행주식 총수로 나눈 금액에 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수를 곱한 금액으로 정합니다. 상장법인 주주는 제외됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 워크아웃 중 채권단 요구로 산 주식에도 과점주주 취득세가 나오나요?
• 차명주식을 실명으로 돌리거나 판결로 되찾으면 과점주주 취득세가 나오나요?
• 직원 이름으로 둔 주식을 되돌렸더니 구청이 과점주주 취득세를 매겼다면요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기