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부가가치세

하도급업체가 세금계산서를 영세율로 고치면 가산세까지 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 하도급업체가 세금계산서를 영세율로 고쳐 매입세액이 부인되더라도 가산세는 정당한 사유가 있으면 면할 수 있습니다. 대법원 2026두30500 판결은 원청이 공급자의 부가가치세 체납을 예견할 수 있었는지 등을 살피지 않고 단순한 법률의 부지라며 가산세를 유지한 원심을 파기했습니다. 지금은 하도급업체가 체납한 기간과 그 사실을 처음 안 날을 보여 줄 자료부터 확보하십시오.

그 자리에서

세무서가 매입세액 수정신고를 요청하면, 하도급업체가 어느 과세기간부터 부가가치세를 체납했는지와 우리 회사가 그 체납을 언제 알았는지를 보여 줄 자료부터 모으십시오. 가산세 면제 여부가 이 두 가지에서 갈립니다.

수정신고를 했다고 다툴 길이 닫히는 것은 아닙니다. 수정신고한 세액도 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구로 다툴 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

F사는 2023년부터 중동의 플랜트 공사를 따내 그중 배관 설치공사를 국내 하도급업체에 맡기면서, 공사대금과 별도로 부가가치세 10퍼센트를 얹어 주기로 했습니다. 하도급업체는 2023년분 부가가치세는 납부했지만 2024년부터 2025년까지 받은 부가가치세는 체납했습니다. 2026년 3월 하도급업체는 국외 공사라 영세율이 맞다며 수정세금계산서를 발급하고 경정청구로 환급받아 체납액에 충당했고, 세무서는 F사에 공제받은 매입세액과 가산세를 수정신고하라고 요청했습니다. F사는 부가가치세를 이미 하도급업체에 다 줬는데 가산세까지 내는 것이 맞는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국외 공사에 10퍼센트 세금계산서를 받았으면 영세율로 수정될 수 있나요?

수정될 수 있습니다. 국외에서 공급하는 용역은 영세율 대상이고, 공급자가 세율을 잘못 적용해 세금계산서를 발급했다면 영세율로 고친 수정세금계산서를 발급할 수 있습니다. 다만 세무조사 통지를 받았거나 해명안내 통지를 받는 등 세무서의 경정을 미리 안 경우에는 이 사유로 수정할 수 없습니다.

대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30500 판결은 하도급업체가 일반세율로 발급한 당초 세금계산서를 영세율로 바로잡은 수정세금계산서가 적법하다는 원심 판단을 유지했습니다. 수정세금계산서가 적법하게 발급되면 공급받은 쪽은 당초 공제받은 매입세액을 더 이상 공제받을 수 없으므로 그만큼 본세를 내야 합니다.

하도급업체가 부가세를 냈던 기간은 어떻게 되나요?

공급자가 부가가치세를 제대로 신고·납부한 기간은 공급받은 쪽의 매입세액 공제가 유지될 수 있습니다. 국세청 부가가치세 집행기준은 영세율 대상 거래에 10퍼센트 세금계산서를 발급했더라도 공급자가 신고·납부해 조세탈루가 없으면 사실과 다른 세금계산서로 보지 않고 공급받은 쪽의 공제를 인정한다고 정하고 있습니다. 이 사건에서 조세심판원도 공급자가 납부한 기간에는 수정세금계산서를 발급할 수 없다며 공제를 인정했습니다.

공급자 납부 여부에 따른 결과
과세기간수정세금계산서원청 매입세액원청 가산세
공급자 납부 기간발급 불가공제 유지부과 안 됨
공급자 체납 기간발급 가능공제 부인정당한 사유 심리 필요

출처 - 대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30500 판결의 사실관계

집행기준은 법원이나 국민을 구속하는 법규가 아니어서, 집행기준과 다르다는 사정만으로 과세처분이 위법해지지는 않습니다. 대법원도 이 점을 분명히 하면서, 다만 집행기준이 거래 당사자의 신뢰와 기대를 판단하는 사정은 될 수 있다고 보았습니다.

매입세액이 부인되면 가산세까지 내야 하나요?

정당한 사유가 있으면 가산세는 내지 않을 수 있습니다. 가산세는 의무를 게을리한 데 대한 행정상 제재이므로, 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었거나 의무 이행을 기대하기 어려웠던 사정이 있으면 부과할 수 없습니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「국세기본법」도 납세자가 의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않는다고 정합니다.

영세율 수정세금계산서 이후 흐름
  1. 1

    10퍼센트 세금계산서 발급

    국외 용역인데 일반세율 적용

  2. 2

    공급자 체납

    받은 부가세를 국가에 내지 않음

  3. 3

    수정세금계산서 발급

    영세율로 바로잡고 환급

  4. 4

    원청 공제 부인

    본세 추징과 가산세

  5. 5

    정당한 사유 다툼

    체납 예견 가능성 심리

2026두30500 판결은 원심이 영세율을 몰랐던 단순한 법률의 부지라는 이유만으로 정당한 사유를 부정한 것은 잘못이라며 가산세 부분을 파기환송했습니다. 공급자가 부가가치세를 제대로 냈다면 공제가 사실상 용인되어 처분 자체가 없었을 것이고, 원청이 체납 이후에도 부가가치세를 계속 지급한 점에 비추어 체납을 예견하지 못했을 수 있다는 이유입니다. 본세 부분은 원청 패소로 확정됐고, 가산세의 최종 결과는 환송심에서 정해집니다.

정당한 사유는 어떤 사정으로 증명하나요?

공급자의 체납을 미리 알 수 없었다는 사정과, 알았더라도 매입세액 공제를 포기하기를 기대하기 어려웠다는 사정을 보여야 합니다. 체납 시작 뒤에도 부가가치세 상당액을 정상 지급한 이체 내역, 공급자의 납세증명서를 받았던 기록, 체납 사실을 처음 안 날을 보여 주는 문서가 그 자료입니다. 판단은 각 세법의 신고·납부기한 당시를 기준으로 합니다.

영세율 수정세금계산서 가산세 대응 순서

  • 과세기간 나누기 - 하도급업체가 부가가치세를 낸 기간과 체납한 기간을 나눕니다. 기간마다 공제 유지 여부와 다툼 방향이 다릅니다.
  • 수정세금계산서 적법성 확인 - 수정 발급 당시 세무조사 통지나 해명안내가 있었는지 봅니다. 경정을 미리 안 상태였다면 수정 자체를 다툴 수 있습니다.
  • 체납 인식 시점 정리 - 우리 회사가 공급자의 체납을 언제 알았는지 문서로 확인합니다. 가산세 정당한 사유의 출발점입니다.
  • 지급 내역 확보 - 부가가치세 상당액을 공급자에게 실제로 지급한 이체 내역을 모읍니다. 의무 이행을 기대하기 어려웠던 사정을 뒷받침합니다.
  • 경정청구와 불복 - 수정신고 뒤라도 5년 안에 경정청구를 하고, 거부되면 90일 안에 심판청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공급자와 특수관계가 있거나 공급자가 폐업·파산한 경우에는 체납 인식 여부를 다르게 볼 수 있으므로 계약서와 지급 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 경정거부처분과 가산세 부과처분에 대한 심판청구와 취소소송을 수행합니다.

실무상 착안점

원청 회사는 이미 부가가치세를 하도급업체에 다 줬는데 같은 돈을 국가에 또 내라는 말을 듣습니다. 본세는 법리상 피하기 어렵지만, 가산세는 이야기가 다릅니다. 대법원은 공급자가 제대로 냈다면 문제 삼지 않았을 거래에서 원청을 탓할 수 있는지를 따져 보라고 했습니다.

여기서는 날짜와 이체 기록이 결론을 정합니다. 공급자가 처음 체납한 과세기간, 원청이 그 사실을 알게 된 날, 그 뒤에도 부가가치세 상당액을 송금한 날짜와 금액, 수정세금계산서 발급일과 세무조사 통지일을 모두 문서로 맞춰 두어야 합니다. 공급자로부터 받은 납세증명서가 있다면 받은 날짜까지 남겨 둡니다.

이 기록은 조세심판과 환송심에서 체납을 예견할 수 없었다는 정당한 사유의 증거가 됩니다. 또 수정세금계산서가 세무서의 경정을 미리 안 뒤에 발급됐다면 그 발급 자체를 다투는 근거가 되므로, 하도급업체와 세무서 사이에 어떤 통지가 오갔는지도 확인할 필요가 있습니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 부가가치세 매입세액 부인과 가산세 부과처분 다툼을 수행해 왔으며, 공급자의 납부·체납 기간을 나누어 본세와 가산세의 다툼 범위를 정하고 정당한 사유를 뒷받침할 지급·인식 자료를 정리하는 방식으로 대응합니다.

  • 법인세 경정거부처분 취소소송
  • 과세처분 고지 후 조세불복 병행
  • 하도급분쟁조정협의회 대응
  • 조세심판 결정 후 소송 실익 검토의견서

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

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출처

2026.10.11 기준으로 조문을 확인했습니다.

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