양도소득세

학교용지로 묶여 건물을 못 짓던 농지는 비사업용 토지에서 빠지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 도시계획시설인 학교용지로 지정돼 건물 신축이 막혔더라도 농사짓는 것까지 금지되지 않았다면 그 농지는 「법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지」가 아니어서 비사업용 토지에서 빠지지 않습니다. 대법원은 토지 본래 용도의 사용이 제한됐는지를 기준으로 보고, 국세청과 기획재정부도 같은 기준으로 회신했습니다. 지금은 지정 고시문에서 경작까지 제한하는 문구가 있는지부터 확인해야 합니다.

학교용지 지정과 해제 고시문을 모두 찾아 둘 필요는 없습니다. 이 사안에서 결론을 가르는 것은 지정 기간의 길이가 아니라 그 지정이 농지로 쓰는 것까지 막았는지, 그리고 보유기간 중 실제로 농사를 지었는지입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 1991년 2월 지방 도시의 논 2,900제곱미터를 샀습니다. 1998년 6월 그 일대가 도시지역 제2종일반주거지역에 편입됐고, 1999년 6월 도시계획시설 학교용지로 지정돼 건물 신축과 경작 외 목적의 형질변경이 막혔습니다. 학교는 끝내 지어지지 않았고 장기미집행 시설 민원으로 2023년 6월 지정이 해제됐습니다. A씨는 2025년 2월 논을 팔면서 보유기간 중 직접 농사지은 적이 없어 비사업용 토지로 신고했는데, 24년 동안 학교용지로 묶여 땅을 쓰지 못했으니 사업용 토지로 보아 세금을 돌려받을 수 있는지 물으며 경정청구를 검토하고 있습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

학교용지 지정으로 건축이 막힌 농지는 사용이 제한된 토지인가요?

농사짓는 것이 막히지 않았다면 아닙니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」은 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지가 된 경우 비사업용으로 보지 않을 수 있다고 정하고, 시행령은 「토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지」는 그 기간 동안 비사업용에 해당하지 않는 것으로 보아 판정하도록 합니다. 대법원은 이 조항의 「사용이 금지 또는 제한된 토지」를 토지 용도에 따른 통상적인 제한을 넘어 특별히 사용이 제한된 토지로 풀이하고, 그 판단은 토지 본래 용도에 따른 사용이 제한됐는지를 원칙적 기준으로 하되 취득 목적, 실제 이용현황, 용도 변경 가능성도 함께 본다고 했습니다. 농지의 본래 용도는 경작이므로, 건축만 막히고 경작은 그대로 할 수 있었다면 특별한 사용 제한이 아닙니다.

• 본래 용도 기준 - 농지는 경작, 대지는 건축이 본래 용도이고, 그 용도의 사용이 막혔는지를 봅니다.
• 행정청의 일률 통제 - 법령 자체의 금지뿐 아니라 행정청이 건축허가를 일률적으로 막아 현실적으로 쓸 수 없게 된 경우도 포함됩니다.
• 소유자의 시도 - 형질변경이나 건축을 시도한 적이 없으면 제한 때문에 못 쓴 것으로 보기 어렵습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 학교용지로 지정된 농지라도 경작이 금지 또는 제한되지 않았다면 사용이 금지 또는 제한된 토지가 아니라고 회신했습니다. 기준-2023-법규재산-0140(2024. 11. 13.)에서 질의자는 1988년 2월 산 논 2,918제곱미터가 1995년 6월 제2종일반주거지역에 편입되고 1996년 6월 도시계획시설 학교용지로 지정됐다가 2020년 6월 해제된 뒤 2022년 2월 팔았습니다. 보유기간 중 자경한 사실은 없었고, 비사업용 토지로 신고한 뒤 학교용지 지정 기간은 형질변경과 건물 신축이 제한됐으므로 사업용으로 보아 달라며 경정청구를 냈습니다. 국세청은 기획재정부 조세정책과-2039(2024. 11. 5.)를 인용해, 공부상 농지인 토지가 주거지역에 편입되고 학교 부지로 지정됐더라도 농지 본래 용도인 경작이 금지 또는 제한되지 않았다면 시행령 제168조의14 제1항 제1호의 토지에 해당하지 않는다고 답했습니다.

검토 요지는 도시계획시설 용지로 지정돼 건축 제한이 있더라도 농지로서의 사용까지 막히지 않으면 통상의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 것이 아니라는 것이고, 조세심판원과 법원도 농지 본래 용도인 경작의 제한 여부로 일관되게 판단해 왔다는 점을 들었습니다. 회신 요지는 사실상 현황이 농지이면서 경작이 금지된 경우라야 이 조항에 해당한다는 뜻입니다. 이 회신은 질의자가 보유기간 중 자경하지 않았고 경작 자체는 막히지 않았다는 사실관계를 전제로 한 과세기준자문이므로, 지정 내용에 경작 금지가 포함됐거나 토지가 실제로 대지로 쓰이고 있었다면 결론이 달라질 수 있습니다.

도시지역에 편입된 농지는 어떻게 판정하나요?

도시지역 안의 농지는 자경 여부와 상관없이 비사업용 토지가 될 수 있습니다. 소득세법은 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도·시 지역의 도시지역(녹지지역과 개발제한구역 제외)에 있는 농지를 비사업용 토지로 정하되, 편입일부터 소급해 1년 이상 재촌·자경하던 농지는 편입된 날부터 3년이 지나지 않은 동안 비사업용에서 제외합니다. 회신 사안처럼 주거지역에 편입된 뒤 수십 년 보유하며 자경하지 않은 농지는 재촌·자경 요건과 도시지역 요건 모두에서 비사업용에 해당하므로, 사용 제한 조항 말고는 빠져나갈 길이 없었던 셈입니다. 기간 기준은 소유기간 5년 이상이면 양도일 직전 5년 중 2년 초과, 직전 3년 중 1년 초과, 소유기간의 100분의 40 초과 기간에 모두 걸쳐야 비사업용으로 봅니다.

사용 제한으로 인정될 수 있는 경우는 어떤 것인가요?

본래 용도의 사용 자체가 막힌 경우입니다. 대지인 토지에 행정청이 건축허가를 일률적으로 제한해 건물을 지을 수 없었다면 그 기간은 사용이 제한된 기간이 될 수 있습니다. 농지라면 경작 금지 명령이 내려졌거나 토지가 공사 구역에 편입돼 실제로 경작이 불가능했던 사정이 있어야 합니다. 현행 시행령은 사용 제한 외에도 문화유산·자연유산 보호구역으로 지정된 기간, 사업인정고시일부터 5년 이전에 취득해 협의매수·수용되는 토지, 직계존속이나 배우자가 8년 이상 재촌·자경한 농지를 상속·증여받은 경우(도시지역 안 토지 제외) 등을 따로 두고 있으므로, 사용 제한이 인정되지 않더라도 다른 조항에 해당하는지 살펴야 합니다.

학교용지 농지 비사업용 토지 대응 순서

• 지정 내용 확인 - 도시계획시설 결정 고시문과 토지이용계획확인서에서 제한 행위에 경작이 포함됐는지, 경작을 위한 형질변경이 허용됐는지 봅니다.
• 이용현황 정리 - 보유기간 중 토지가 농지로 쓰였는지, 누가 경작했는지, 형질변경이나 건축을 시도해 거부당한 기록이 있는지 모읍니다.
• 자경·재촌 기간 계산 - 소유자 본인이 농지 소재지에 살면서 경작한 기간을 농지원부와 주민등록 초본으로 정리하고, 기간 기준을 일수로 계산합니다.
• 다른 제외 조항 검토 - 수용 여부, 상속·증여 경위, 보호구역 지정 여부를 확인해 비사업용에서 제외되는 다른 조항이 있는지 봅니다.
• 경정청구와 불복 - 사업용으로 볼 근거가 있으면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 내고, 거부되면 90일 안에 심판청구, 기각되면 행정소송으로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지정 고시에 경작 제한 문구가 있거나 토지가 공사 구역에 들어가 실제로 경작할 수 없었던 사정이 있다면 고시문·토지이용계획확인서·항공사진을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 비사업용 토지 중과세에 대한 경정청구와 경정거부처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사용이 금지 또는 제한된 토지는 무엇을 뜻하나요?
  토지 용도에 따른 통상적인 제한을 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 말합니다. 대법원은 법령 자체로 사용이 금지된 경우뿐 아니라 행정청이 건축허가 등을 일률적으로 통제해 현실적으로 쓸 수 없게 된 경우도 포함된다고 보면서, 토지 본래 용도에 따른 사용이 제한됐는지를 원칙적 기준으로 삼고 취득 목적과 실제 이용현황, 용도 변경 가능성을 함께 본다고 했습니다.
• 지정 기간이 20년 넘게 길어도 소용없나요?
  기간의 길이는 판단 기준이 아닙니다. 회신 사안도 학교용지 지정이 24년 가까이 이어졌지만 그 기간에 경작은 막히지 않았다는 이유로 사용 제한이 인정되지 않았습니다. 사용 제한으로 인정되면 그 기간 전체를 비사업용이 아닌 기간으로 보아 판정하지만, 인정 여부 자체는 본래 용도의 사용이 막혔는지로 정해집니다.
• 경작을 위한 형질변경만 허용되면 농사가 가능한 건가요?
  그렇게 봅니다. 도시계획시설 부지에서 건축과 형질변경이 제한되더라도 경작을 위한 형질변경이 제외돼 있으면 농지 본래 용도인 경작에는 제약이 없다는 것이 국세청과 법원의 판단입니다. 반대로 공사 착수나 경작 금지 명령으로 실제 농사를 지을 수 없었던 기간이 있다면 그 기간은 다르게 볼 여지가 있으므로 관련 통지문을 찾아야 합니다.
• 도시지역 농지는 자경해도 비사업용인가요?
  원칙적으로 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도·시 지역의 도시지역 안 농지는 비사업용 토지입니다. 녹지지역과 개발제한구역은 제외되고, 편입일부터 소급해 1년 이상 재촌·자경하던 농지는 편입된 날부터 3년이 지나지 않은 동안 제외됩니다. 읍·면 지역이나 도농복합시의 읍·면 지역에 있는 농지는 이 규정의 적용을 받지 않습니다.
• 비사업용으로 신고했는데 되돌릴 수 있나요?
  사업용으로 볼 근거가 있다면 법정신고기한이 지난 날부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 경정하거나 거부 이유를 통지해야 하고, 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 회신 사안의 질의자도 이 경로로 경정청구를 냈다가 과세기준자문으로 넘어간 경우입니다.
• 비사업용 토지 세율은 어떻게 되나요?
  양도소득 기본세율에 10퍼센트포인트를 더한 세율을 적용합니다. 과세표준 1,400만원 이하 구간이 16퍼센트부터 시작해 구간별로 올라가고, 지정지역 안의 비사업용 토지는 여기에 100분의 10을 더합니다. 장기간 보유한 토지는 세율 차이가 세액에 크게 반영되므로 사업용 판정 가능성을 신고 전에 가려 두어야 합니다.
• 상속받은 농지라면 결론이 달라지나요?
  달라질 수 있습니다. 직계존속이나 배우자가 8년 이상 농지 소재지에 살며 직접 경작한 농지를 상속·증여받은 경우 비사업용으로 보지 않지만, 양도 당시 도시지역(녹지지역·개발제한구역 제외) 안의 토지는 제외됩니다. 상속받은 농지를 상속개시일부터 5년 안에 양도하는 경우에도 도시지역 농지 조항의 적용을 받지 않으므로, 취득 경위부터 확인해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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