양도소득세

임대아파트가 재개발로 헐려 등록이 말소되면 살던 집 비과세는 언제 팔아야 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 임대등록이 구청에서 말소되기 전에 거주주택을 팔면 재개발 뒤 아파트를 다시 등록하지 못해도 거주주택 비과세 특례를 받을 수 있습니다. 소득세법 시행령은 재개발로 헐린 임대주택의 등록말소일에 임대기간요건을 채운 것으로 봅니다. 지금은 구청의 등록말소 예정일과 거주주택 잔금일 중 어느 쪽이 먼저인지부터 확인해야 합니다.

재개발이 끝난 뒤 새 아파트를 다시 임대주택으로 등록하려고 애쓸 필요는 없습니다. 아파트는 지금 임대등록 자체가 되지 않고, 시행령은 재등록을 못 하는 경우를 전제로 말소일에 임대기간요건을 채운 것으로 보는 규정을 두고 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2017년 7월 산 집에 살고 있고, 2020년 1월에 산 아파트 한 채는 장기일반민간임대주택으로 등록해 세를 주고 있습니다. 임대아파트가 있는 구역은 2026년 상반기에 관리처분계획 인가를 받아 곧 철거되고, 구청은 건물이 없어지면 임대등록을 말소하겠다고 안내했습니다. A씨는 새 아파트가 2028년쯤 완공되더라도 아파트는 임대등록이 안 된다는 말을 듣고, 살던 집을 팔 때 거주주택 비과세 특례를 못 받는 것은 아닌지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

재개발로 임대등록이 말소되면 거주주택 비과세는 어떻게 되나요?

네, 임대등록이 말소되기 전에 거주주택을 팔면 거주주택 비과세 특례를 받을 수 있습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제155조 제22항 제2호 마목은 재개발사업으로 임대 중이던 장기임대주택이 헐려 새로 취득한 주택이 아파트여서 임대사업자등록 신청을 하지 않은 경우, 당초 주택의 등록이 말소된 날에 임대기간요건을 갖춘 것으로 봅니다. 임대기간요건을 다 채우기 전에 거주주택을 팔더라도 그 임대주택을 장기임대주택으로 보아 특례를 적용하므로, 말소 전 양도라면 비과세 판정이 가능합니다.

• 거주주택 요건 - 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다.
• 장기임대주택 요건 - 거주주택 양도일 현재 사업자등록과 임대사업자등록을 하고 임대 중이며, 임대료 증가율이 5%를 넘지 않아야 합니다.
• 말소 시점 - 거주주택 양도일에 임대등록이 살아 있어야 하므로, 구청의 말소 처리 전에 잔금을 받아야 합니다.
• 미임대 기간 - 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지는 임대하지 않은 기간을 세지 않습니다. 그 밖의 미임대 기간이 6개월을 넘으면 요건을 갖춘 것으로 보지 않습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 재개발사업으로 장기임대주택이 헐려 임대등록이 말소되는 경우, 관할 시·군·구청의 등록말소 전에 거주주택을 양도하면 임대등록이 말소된 날에 임대기간요건을 충족한 것으로 보아 비과세 특례를 적용할 수 있다고 답했습니다(국세청 부동산납세과 「양도소득세 월간 질의 TOP 100」, 2022). 바탕이 된 해석인 사전-2020-법령해석재산-1237(2021. 6. 23.)은 재개발로 멸실되어 새로 취득한 주택이 시행령 제155조 제22항 제2호 마목의 어느 하나에 해당하면, 의무임대호수 미임대 기간이 6개월을 지나지 않은 한 당초 주택의 등록말소일에 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다고 정리했습니다.

이 회신은 임대주택이 2020년 7월 10일 이전에 등록된 아파트이고, 거주주택을 등록말소 전에 양도하는 사실관계를 전제로 합니다. 거주주택을 말소 뒤에 팔거나, 새로 받는 집이 아파트가 아니어서 재등록이 가능한데도 하지 않았다면 결론이 달라질 수 있습니다.

말소된 뒤에 거주주택을 팔면 특례를 받을 수 없나요?

재개발로 등록이 말소된 뒤에는 거주주택 양도일 현재 임대 중이라는 요건을 갖추지 못하므로 특례 적용이 어렵습니다. 시행령 제155조 제23항은 말소 뒤 5년 안에 거주주택을 팔아도 특례를 주는 길을 열어 두었지만, 이 조항은 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 뒤 스스로 말소를 신청한 경우와 임대의무기간이 끝나 자동말소된 경우만 다룹니다. 재개발 철거로 구청이 말소한 경우는 여기에 들어가지 않습니다.

임대의무기간의 2분의 1 이상을 이미 임대했다면 철거 전에 자진말소를 신청해 제23항의 5년 기한을 확보하는 방법을 검토할 수 있습니다. 국세청은 이렇게 자진말소한 장기임대주택이 재개발로 멸실되거나 신축된 상태에서도 말소일 이후 5년 안에 거주주택을 양도하면 임대기간 요건을 갖춘 것으로 보아 특례를 적용한다고 회신했습니다(서면-2022-법규재산-3819, 2023. 4. 11.). 다만 자진말소는 신청 당시 임대차계약이 있으면 임차인 동의가 필요하고, 임대주택 자체의 중과배제 양도기한도 말소일부터 1년으로 바뀌므로 두 주택의 양도 순서를 함께 정해야 합니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

2026. 9. 30. 개정된 시행령은 아파트 장기임대주택의 양도소득세 중과배제에 양도기한을 붙였습니다. 종전 장기일반민간임대주택 중 아파트와 단기민간임대주택은 2027. 12. 31.까지 팔아야 중과배제 요건을 유지하고, 임대의무기간이 2027. 1. 1. 이후 끝나는 주택은 등록이 말소되는 날부터 1년이 되는 날, 재개발 관리처분계획인가가 있는 주택은 이전고시일부터 1년이 되는 날 중 가장 늦은 날이 기한입니다. 거주주택을 먼저 팔고 남은 임대아파트를 나중에 팔 때 이 기한이 문제 되므로, 재개발 일정과 함께 임대아파트의 양도 시점도 정해 두어야 합니다.

재개발 임대주택 말소 거주주택 비과세 대응 순서

• 재개발 일정 확인 - 관리처분계획 인가일, 철거 예정일, 구청의 등록말소 예정일을 조합과 구청에 확인합니다. 말소일 전에 거주주택 잔금을 받을 수 있는지가 첫 판단입니다.
• 임대주택 등록 요건 점검 - 임대사업자등록 신청일이 2020년 7월 10일 이전인지, 임대료 증가율이 5% 안인지, 임대개시일 기준시가가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하인지 등록증과 계약서로 확인합니다.
• 거주주택 양도 - 등록말소 전에 매매계약과 잔금을 마칩니다. 거주기간 2년은 주민등록 기록으로 맞춰 둡니다.
• 특례 신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 하면서 임대차계약서 사본, 임차인 주민등록 자료 등을 첨부합니다.
• 사후관리 - 재개발 뒤 새 아파트를 임대등록하지 않더라도 말소일에 요건을 채운 것으로 보지만, 그 밖의 미임대 기간이 6개월을 넘으면 사유 발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 차액을 신고·납부해야 하므로 날짜를 기록해 둡니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대주택이 아파트가 아니거나 2020년 7월 11일 이후에 등록했거나, 거주주택 양도일과 말소일이 겹치면 등록증·관리처분계획서·매매계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 거주주택 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재개발로 받은 새 아파트는 임대등록을 안 해도 되나요?
  네, 새로 취득한 주택이 아파트여서 임대사업자등록 신청을 하지 않은 경우에는 당초 주택의 등록이 말소된 날에 임대기간요건을 갖춘 것으로 봅니다. 다만 의무임대호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘으면 요건을 갖춘 것으로 보지 않으므로, 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지를 뺀 나머지 공실 기간을 따로 세어 두어야 합니다.
• 임대기간 8년을 못 채웠는데 살던 집을 팔아도 되나요?
  네, 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 그 임대주택을 장기임대주택으로 보아 특례를 적용합니다. 대신 나중에 임대기간요건을 못 채우게 되면 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 차액을 신고·납부해야 합니다. 재개발 멸실로 말소되는 경우는 말소일에 요건을 채운 것으로 보므로 이 추가 납부가 생기지 않습니다.
• 거주주택 특례의 거주기간은 몇 년인가요?
  거주주택은 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다. 전에 거주주택 특례를 받고 판 집이 있는 상태에서 지금 사는 집이 임대주택으로 등록된 적이 있다면, 직전 거주주택 양도일 뒤의 거주기간만 세고 그 뒤의 양도차익에만 비과세가 적용됩니다.
• 특례를 받으려면 어떤 서류를 내나요?
  거주주택을 양도한 과세기간의 과세표준신고서와 함께 특례 신고서, 장기임대주택의 임대차계약서 사본, 임차인의 주민등록표 등본이나 전입세대 열람내역을 관할 세무서에 내야 합니다. 세무서는 임대사업자 등록증과 등기사항증명서를 행정정보 공동이용으로 확인하므로, 동의하지 않으면 직접 제출해야 합니다.
• 자진말소를 하면 5년 안에 팔아도 되나요?
  임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 뒤 등록말소를 신청해 말소된 경우에는 말소 이후 5년 안에 거주주택을 양도하면 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 보아 특례를 적용합니다. 재개발 철거로 구청이 말소한 경우는 이 조항에 들어가지 않으므로, 철거 전에 자진말소를 신청할지 여부를 재개발 일정과 함께 판단해야 합니다.
• 임대아파트 자체는 언제까지 팔아야 중과를 피하나요?
  2026. 10. 1. 시행 시행령은 종전 장기일반민간임대주택 중 아파트의 중과배제에 양도기한을 두었습니다. 기본 기한은 2027. 12. 31.이고, 임대의무기간이 2027. 1. 1. 이후 끝나면 말소일부터 1년, 재개발 관리처분계획인가가 있으면 이전고시일부터 1년이 되는 날 중 가장 늦은 날까지입니다. 재개발 아파트는 이전고시일 기준으로 기한을 다시 세어야 합니다.
• 특례가 부인되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  신고한 세액이 많았다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 특례를 부인해 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다퉈야 합니다. 등록말소일을 보여 주는 구청 문서를 먼저 확보해 두어야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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