부가가치세

공장(지점)이 한 임가공인데 본점 명의로 세금계산서를 발급해도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 본점이 일괄계약·발주·검수·정산을 맡고 지점이 거래명세서를 본점에 통보하는 등 본점과 지점이 하나의 용역으로 이어져 있으면 본점 명의 세금계산서도 정당하게 볼 수 있습니다. 원칙은 용역을 실제로 제공한 사업장 명의로 발급하는 것입니다. 본점과 지점이 각각 한 일을 문서로 정리해 두십시오.

본점에서 계약하고 돈을 받았다는 이유만으로 본점 명의 세금계산서가 늘 정당한 것은 아닙니다. 그렇다고 지점이 일한 거래마다 무조건 지점 명의로 다시 발급해야 하는 것도 아니어서, 본점과 지점이 실제로 어떤 일을 나눠 맡았는지부터 정리해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

C사는 서울 본점에서 거래처와 연간 일괄 임가공계약을 맺고, 실제 가공은 경기도 공장(지점)에서 합니다. 본점은 매월 공정별 생산계획을 공장에 내려보내고, 공장이 1차 가공한 물건 일부를 본점에서 추가 가공한 뒤 납품 검수와 정산을 맡습니다. 공장은 ERP로 출고 거래명세를 본점에 보내고, 세금계산서는 2025년 한 해 동안 본점 명의로 월 약 3억원씩 발급했습니다. 2026년 거래처가 세무서로부터 "공급자가 사실과 다르다"는 해명 요구를 받자, 본점 명의 세금계산서가 정당한지 문의가 들어왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

지점이 한 용역인데 본점이 세금계산서를 발급해도 되나요?

원칙은 용역을 실제로 제공한 사업장, 즉 지점 명의로 발급하는 것입니다. 다만 본점이 계약·발주·검수·정산을 맡고 본점과 지점이 하나의 용역으로 이어져 있으면 본점 명의 발급도 정당하게 볼 수 있습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 부가가치세 납세지를 각 사업장의 소재지로 정합니다. 그래서 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업장마다 공급을 따로 보고 세금계산서도 사업장별로 발급하는 것이 원칙입니다.

본점 명의 발급이 인정되는 경우는 언제인가요?

본점 명의 발급이 인정되려면 지점의 작업 결과가 본점의 공급으로 이어진다는 사정이 기록으로 드러나야 합니다. 국세청 회신이 제시한 기준은 다음과 같습니다.

• 거래명세 통보 - 지점이 산출물을 거래처에 인도하면서 거래 당사자·일자·품명·수량·금액이 적힌 거래명세서(ERP 전송 포함)를 본점에 통보한 경우
• 유기적 용역 - 본점과 지점이 유기적으로, 또는 본지점 간 공급을 거쳐 거래처에 하나의 용역을 제공하고 본점이 계약하고 대가를 받는 경우
• 본점 완성 - 지점에서 일부 가공한 것을 본점에서 완성해 공급하는 경우

이런 사정이 없이 지점이 처음부터 끝까지 용역을 수행하고 본점은 돈만 받았다면 지점 명의로 발급해야 합니다. 이때 본점 명의로 발급하면 자기의 다른 사업장 명의 발급으로 보아 공급가액의 1퍼센트 가산세가 붙을 수 있습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 본점이 거래처와 일괄 임가공계약을 맺고 발주·일부 추가가공·검수와 정산·생산계획 통제를 맡으면서, 지점과 본점이 수행한 임가공 대가 합계액을 공급가액으로 본점 명의 세금계산서를 발급한 경우 정당한 세금계산서라고 회신했습니다(법규과-726, 2014. 7. 11.).

회신은 지점이 전적으로 수행한 임가공이라도 산출물을 인도하면서 거래명세서를 본점에 통보했다면 본점 명의로 발급할 수 있고, 그 통보가 전산인지 수기인지는 사실판단 사항이라고 보았습니다. 회신은 2013. 6. 7. 개정 전 조문을 근거로 했지만, 현행법도 사업장별 과세 원칙을 그대로 두고 있어 판단 틀은 같습니다. 본점의 역할이 계약 명의에 그치는 등 사실관계가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

거래처는 본점 명의 세금계산서로 매입세액공제를 받을 수 있나요?

본점 명의 발급이 위 기준에 따라 정당하면 거래처는 그 세금계산서로 매입세액공제를 받습니다. 정당하지 않다고 판단되면 공급하는 사업자의 등록번호가 사실과 다른 세금계산서가 되어 공제가 문제 될 수 있습니다.

다만 공급자가 총괄납부나 사업자 단위 과세 승인을 받은 사업자이고 실제 공급한 사업자가 그 세액을 신고·납부했다면, 사업장을 잘못 적었어도 매입세액은 공제됩니다. 본점과 지점이 많은 회사라면 사업자 단위 과세로 등록해 두는 방법도 검토할 만합니다.

본점 명의 세금계산서 대응 순서

• 역할 정리 - 계약서, 생산계획 지시서, 검수·정산 문서로 본점과 지점이 각각 한 일을 정리합니다.
• 거래명세 확인 - 지점이 산출물을 인도하기 전 본점에 거래명세서를 전송한 ERP 기록을 확보합니다.
• 수정 여부 판단 - 본점 명의 발급이 기준에 맞지 않으면 지점 명의 세금계산서 발급과 과세표준수정신고서 제출을 검토합니다.
• 사업자 단위 과세 검토 - 앞으로의 거래는 사업자 단위 과세 등록신청서로 본점 일괄 발급 체계를 갖추는 방안을 봅니다.
• 불복 검토 - 해명 요구나 세무조사 결과 통지를 받으면 30일 이내 과세전적부심사, 납부고지 뒤에는 90일 이내 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 본점과 지점의 업무 분담은 계약서와 내부 문서를 하나하나 보고 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세금계산서 발급 사업장과 매입세액 불공제를 둘러싼 부가가치세 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 본점에서 계약하면 본점 명의로 발급하나요?
  계약 장소만으로 정하지 않습니다. 원칙은 용역을 실제로 제공한 사업장 명의로 발급하는 것이고, 본점이 발주·검수·정산 등 용역의 일부를 맡아 하나의 용역으로 이어질 때 본점 명의 발급이 정당하게 됩니다.
• 지점이 ERP로 거래명세를 보내면 충분한가요?
  지점이 산출물을 인도하면서 거래 당사자·일자·품명·수량·금액이 적힌 거래명세서를 본점에 통보했다면 본점 명의 발급을 인정한 회신이 있습니다. 전산 통보인지 수기 통보인지는 사실판단 사항이므로 전송 기록을 보관합니다.
• 다른 사업장 명의로 발급하면 가산세는 얼마인가요?
  둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 공급한 사업장 명의가 아닌 자신의 다른 사업장 명의로 발급시기에 세금계산서를 발급하면 공급가액의 1퍼센트 가산세가 붙습니다. 일반 미발급 가산세 2퍼센트보다 낮게 정해져 있습니다.
• 거래처 매입세액공제도 부인되나요?
  본점 명의 발급이 정당하지 않으면 공급자 등록번호가 사실과 다른 세금계산서로 보아 공제가 문제 될 수 있습니다. 공급자가 총괄납부나 사업자 단위 과세 사업자이고 세액을 신고·납부했다면 공제됩니다.
• 사업자 단위 과세로 바꾸면 문제가 없어지나요?
  사업장이 둘 이상인 사업자는 본점 관할 세무서장에게 사업자 단위로 등록을 신청할 수 있고, 그러면 본점에서 일괄해 세금계산서를 발급하고 신고합니다. 등록 전 거래에는 소급되지 않으므로 지난 기간은 따로 정리합니다.
• 세무서 해명 요구를 받았으면 무엇부터 하나요?
  해명 기한 안에 본점과 지점의 업무 분담을 보여 주는 계약서, 생산지시서, 거래명세서 전송 기록을 정리해 제출합니다. 이후 세무조사 결과 통지를 받으면 30일 이내 과세전적부심사를 검토합니다.

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