법인세·소득세

임원이 집 사려고 퇴직금을 중간정산해 일부만 집에 쓰면 손금이 안 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 집을 사려고 퇴직금을 중간정산한 임원이 그 돈의 일부만 주택 구입에 쓰고 나머지를 가지급금 상환에 썼더라도 중간정산액 전액이 손금에 산입됩니다. 국세청은 2024년 기획재정부 해석을 인용해 중간정산 사유를 갖춰 실제로 지급했으면 사용처를 따지지 않는다고 회신했습니다. 지금은 중간정산일 기준으로 1년 이상 무주택 세대주였는지와 3개월 안에 집을 샀는지부터 확인해야 합니다.

중간정산액 전부를 집값으로 써야 한다고 생각하는 분이 많지만, 현행 법령은 그렇게 요구하지 않습니다. 중간정산 사유를 갖추고 실제로 지급했다면 남은 돈의 사용처를 따로 소명할 의무는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

2016년에 설립된 제조법인의 대표이사 A씨는 설립 때부터 재직해 왔고, 2025년 말 기준으로 10년 넘게 무주택 세대주였습니다. 정관에서 위임한 퇴직급여지급규정에 따라 2026년 3월 그때까지의 퇴직금 약 9억원을 중간정산받았고, 같은 해 5월 그중 5억원으로 아파트를 샀습니다. 나머지 4억원은 회사에 남아 있던 본인 가지급금을 갚는 데 썼습니다. A씨는 집값으로 쓰지 않은 4억원 때문에 중간정산액 전체가 손금으로 인정되지 않을까 걱정해 상담을 요청했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

중간정산금의 일부만 주택 구입에 써도 손금산입이 되나요?

네, 중간정산일 현재 1년 이상 무주택 세대주인 임원이 주택 구입을 이유로 퇴직급여를 중간정산받고 3개월 안에 주택을 취득했다면, 그 돈의 일부만 집에 썼더라도 중간정산액 전액이 손금에 산입됩니다. 시행령은 정관이나 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 재정경제부령으로 정하는 사유로 그때까지의 퇴직급여를 중간정산해 임원에게 지급한 때를 현실적인 퇴직으로 봅니다. 시행규칙은 그 사유를 무주택 세대주의 주택 구입, 3개월 이상의 질병 치료·요양, 천재지변으로 정하고 있을 뿐, 중간정산금을 어디에 써야 하는지는 정하지 않았습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「법인세법 시행령」과 시행규칙도 이 구조를 그대로 두고 있습니다.

• 지급 근거 - 정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 지급해야 합니다.
• 실제 지급 - 장부에만 계상하지 않고 실제로 지급해야 합니다.
• 무주택 요건 - 중간정산일 현재 1년 이상 주택을 소유하지 않은 세대의 세대주여야 합니다.
• 취득 기한 - 중간정산일부터 3개월 안에 해당 주택을 취득해야 합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 주택 취득 목적으로 퇴직급여를 중간정산한 임원이 중간정산금 중 일부로 주택을 취득한 경우 중간정산액 전액을 손금에 산입한다고 회신했습니다(서면-2022-법규법인-5564, 2024. 2. 29.). 질의한 법인의 대표이사는 설립 때부터 재직 중인 8년 이상 무주택 세대주였고, 중간정산액 가운데 일부만 주택 구입에 쓰고 나머지는 회사 가지급금 상환에 쓸 계획이었습니다. 국세청은 기획재정부 법인세제과-80(2024. 2. 14.) 해석을 그대로 인용했습니다.

검토 이유는 조문의 글자에 있습니다. 시행령은 중간정산 사유가 생길 때까지의 퇴직급여 전부를 정산해 지급하도록 정하고 있어, 법인이 그 시점까지의 퇴직금을 정산해 지급했다면 일부를 목적 외로 썼더라도 손금산입을 부인할 근거가 없다는 것입니다. 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 합리적 이유 없이 확장하거나 유추해서는 안 된다는 대법원 법리도 근거로 들었습니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 것이어서, 중간정산일에 무주택 요건을 갖추지 못했거나 3개월 안에 주택을 취득하지 못한 사안에는 결론이 달라집니다.

요건을 하나라도 못 갖추면 어떻게 되나요?

현실적인 퇴직에 해당하지 않는 임원에게 지급한 퇴직급여는 그 임원이 실제로 퇴직할 때까지 업무무관 가지급금으로 봅니다. 손금에서 빠지는 데 그치지 않고, 가지급금 인정이자 익금산입과 지급이자 손금불산입 문제가 함께 생깁니다. 실무에서 자주 걸리는 것은 다음 세 가지입니다.

• 무주택 1년 - 중간정산일 직전 1년 안에 배우자나 세대원 명의로 주택이 있었으면 요건을 갖추지 못합니다.
• 3개월 취득 - 분양권 계약만 하고 잔금을 치르지 못해 3개월을 넘기면 취득으로 보기 어렵습니다.
• 한도 초과 - 정관에 퇴직급여 금액이나 계산 기준이 없으면 퇴직 전 1년 총급여의 10분의 1에 근속연수를 곱한 금액까지만 손금이 되고, 초과분은 손금불산입됩니다.

손금불산입으로 법인세가 고지되면 어떻게 다투나요?

세무서가 중간정산액을 업무무관 가지급금으로 보아 법인세를 고지했다면, 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 법인이 스스로 손금불산입해 신고했다가 요건을 갖춘 사실을 뒤늦게 확인했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 다툼의 중심은 중간정산일 현재 무주택 세대주였다는 사실과 3개월 안에 주택을 취득한 사실이므로, 주민등록표 등본과 세대원 재산 현황, 매매계약서와 등기부등본을 날짜순으로 준비해야 합니다.

임원 퇴직금 중간정산 손금산입 대응 순서

• 정관·규정 확인 - 정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 중간정산 근거가 있는지 봅니다. 규정이 없으면 지급 자체가 현실적인 퇴직이 되지 않습니다.
• 무주택 확인 - 중간정산일 기준으로 세대 전원이 1년 이상 무주택이었는지 주민등록표 등본과 건축물대장으로 확인합니다. 세대원 명의 주택이 있으면 요건이 깨집니다.
• 정산액 계산 - 중간정산일까지의 퇴직급여 전부를 정산하고, 정관 한도나 1년 총급여 10분의 1 곱하기 근속연수 한도 안에 있는지 계산합니다. 한도를 넘는 금액은 손금에서 제외됩니다.
• 3개월 안 취득 - 중간정산일부터 3개월 안에 잔금을 치르고 등기를 마칩니다. 이 날짜가 지나면 실제 퇴직 때까지 가지급금으로 처리됩니다.
• 기록 보관과 불복 - 지급 내역, 매매계약서, 등기부등본을 법인세 신고서와 함께 보관하고, 손금불산입으로 고지되면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 퇴직급여지급규정이 주주총회 결의로 유효하게 만들어졌는지, 중간정산 직전에 급여나 규정을 올린 사정이 있는지에 따라 결론이 달라지므로 정관·규정과 지급 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 손금불산입 처분에 대한 조세불복과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 중간정산 뒤 남은 돈으로 가지급금을 갚아도 되나요?
  됩니다. 국세청은 주택 취득 목적으로 중간정산한 임원이 그중 일부로 주택을 취득했다면 중간정산액 전액을 손금에 산입한다고 회신했습니다. 시행령과 시행규칙은 중간정산 사유와 3개월 안 취득만 요구하고 자금의 사용처는 정하지 않았기 때문입니다. 다만 가지급금 상환은 별도의 거래이므로 상환일과 금액을 장부에 분명히 남겨야 합니다.
• 무주택 1년은 누구를 기준으로 보나요?
  중간정산일 현재 1년 이상 주택을 소유하지 않은 세대의 세대주인 임원이어야 합니다. 임원 본인만이 아니라 같은 세대에 속한 사람 전체가 1년 이상 무주택이어야 하므로, 배우자나 자녀 명의의 주택이 세대 안에 있으면 요건을 갖추지 못합니다. 주민등록표 등본으로 세대 구성을, 건축물대장과 등기부등본으로 세대원 재산을 확인해 두어야 합니다.
• 3개월 안에 집을 못 사면 어떻게 되나요?
  중간정산일부터 3개월 안에 주택을 취득하지 못하면 현실적인 퇴직으로 인정되지 않습니다. 이때 지급한 퇴직급여는 임원이 실제로 퇴직할 때까지 업무무관 가지급금으로 보아 인정이자 익금산입과 지급이자 손금불산입이 뒤따릅니다. 잔금일이 늦어질 사정이 있으면 중간정산 시점을 잔금 일정에 맞춰 정하는 편이 안전합니다.
• 정관에 퇴직금 규정이 없어도 중간정산이 되나요?
  어렵습니다. 시행령은 정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 중간정산해 지급한 때만 현실적인 퇴직으로 봅니다. 규정 없이 지급하면 손금산입이 부인되고, 정관에 금액이나 계산 기준이 없으면 퇴직 전 1년 총급여의 10분의 1에 근속연수를 곱한 금액까지만 손금이 됩니다. 규정을 새로 만들 때는 주주총회 결의와 날짜를 남겨야 합니다.
• 질병 치료나 재해도 중간정산 사유가 되나요?
  됩니다. 시행규칙은 주택 구입 외에 임원이나 그 배우자·생계를 같이하는 부양가족이 3개월 이상의 질병 치료 또는 요양을 필요로 하는 경우, 천재지변이나 그에 준하는 재해를 입은 경우를 중간정산 사유로 정하고 있습니다. 어느 사유든 정관이나 위임된 규정에 근거해 그때까지의 퇴직급여를 정산해 실제로 지급해야 합니다.
• 손금불산입으로 고지되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  법인세 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 법인이 스스로 손금불산입해 신고했다가 요건을 갖춘 사실을 확인했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 기한을 넘기면 다툴 길이 좁아지므로 고지서 수령일과 신고기한을 먼저 확인해야 합니다.
• 중간정산액이 상여로 처분될 수도 있나요?
  손금불산입된 금액은 귀속자에 따라 소득처분됩니다. 현실적인 퇴직이 아닌 임원 퇴직급여는 실제 퇴직 때까지 가지급금으로 보므로 바로 상여로 처분되지는 않지만, 정관 한도를 넘어 지급한 금액은 임원에게 귀속된 것으로 보아 상여 처분과 소득세 원천징수 문제가 생길 수 있습니다. 한도 계산을 먼저 확인해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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