양도소득세

입주권과 집을 같은 날 팔 때 집을 먼저 판 것으로 하면 입주권은 비과세인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 조합원입주권과 일반주택을 가진 세대가 새 집을 산 뒤 둘을 같은 날 팔면서 일반주택을 먼저 판 것으로 선택하면, 새 집 취득일부터 3년 안에 판 입주권은 비과세 대상이 될 수 있습니다. 소득세법은 입주권 외에 1주택만 가진 세대가 그 주택 취득일부터 3년 안에 입주권을 팔면 비과세를 인정합니다. 지금은 관리처분계획 인가일에 기존주택이 비과세 요건을 갖췄는지부터 확인해야 합니다.

두 자산을 날짜를 나눠 팔아야만 순서가 정해지는 것은 아닙니다. 같은 날 팔았다면 신고하면서 어느 쪽을 먼저 판 것으로 할지 정하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨 부부는 2008년 공동명의로 산 집이 재개발 관리처분인가를 받아 2019년 조합원입주권이 됐습니다. 그 사이 2019년에 공사 기간 동안 쓸 집 한 채를 공동명의로 샀고, 2024년 3월에는 아이 학교 때문에 다른 동네에 새 집을 한 채 더 샀습니다. 2026년 5월 A씨 부부는 입주권과 2019년에 산 집을 같은 날 각각 다른 사람에게 팔았습니다. 집을 먼저 판 것으로 하면 입주권은 비과세가 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

입주권과 집을 같은 날 팔면 어느 쪽을 먼저 판 것으로 보나요?

같은 날 판 경우에는 양도한 사람이 선택한 순서대로 판 것으로 봅니다. 시행령은 2개 이상의 주택을 같은 날 양도하면 거주자가 선택하는 순서에 따라 양도한 것으로 본다고 정하고 있습니다. 국세청은 입주권과 일반주택을 같은 날 판 사안에서도 일반주택을 먼저 판 것으로 선택하면, 그 뒤 입주권과 새 집만 남은 상태를 기준으로 입주권 비과세를 판단한다고 봤습니다.

먼저 판 것으로 한 일반주택은 입주권과 다른 주택을 함께 가진 상태에서 판 것이 됩니다. 이 집은 1세대 1주택 비과세를 받기 어렵고, 양도 당시 조정대상지역인지에 따라 세율도 따로 확인해야 합니다. 어느 쪽 세금이 더 큰지 계산해 보고 순서를 정해야 합니다.

입주권 비과세는 어떤 요건을 갖춰야 하나요?

입주권 하나와 집 한 채를 가진 세대는 그 집을 산 날부터 3년 안에 입주권을 팔면 비과세 대상이 됩니다. 다만 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」은 다음 요건을 모두 요구합니다.

• 기존주택 요건 - 관리처분계획 인가일 현재 기존주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추고 있어야 합니다. 보유 2년, 취득 당시 조정대상지역이었다면 거주 2년 여부를 확인합니다.
• 보유 자산 - 양도일 현재 입주권 1개 외에 주택 1채만 있어야 하고 분양권은 없어야 합니다.
• 3년 기한 - 그 주택을 산 날부터 3년 안에 입주권을 팔아야 합니다.
• 12억원 기준 - 입주권 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분은 과세됩니다.

2026. 10. 1. 시행된 시행령 개정으로 집과 집 사이의 일시적 2주택 처분기한은 일부 2년으로 줄었습니다. 입주권 비과세의 3년은 법률에 정해진 기간이어서 이번 개정과 무관합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 일반주택을 먼저 판 것으로 선택하고 새 집을 산 날부터 3년 안에 입주권을 판 경우 입주권 양도는 비과세 대상이라고 회신했습니다(사전-2018-법령해석재산-0017, 2018. 2. 28.). 질의자 부부는 2003년 공동으로 산 집이 2015년 재개발 관리처분인가로 입주권이 된 뒤, 2015년과 2017년에 집을 한 채씩 더 공동으로 사서 2017년 입주권과 먼저 산 집을 같은 날 팔았습니다.

국세청은 양도 시점마다 비과세 여부를 따진다는 점을 들었습니다. 먼저 판 집을 빼고 나면 입주권과 새 집 한 채만 남으므로, 새 집 취득일부터 3년 안이면 입주권 비과세 요건을 갖춘다고 본 것입니다. 당시 회신은 9억원 초과분만 과세된다고 했지만, 지금 기준은 12억원입니다. 이 회신은 질의자가 밝힌 날짜와 보유 현황을 전제로 한 사전답변이어서, 분양권을 함께 가졌거나 기존주택이 비과세 요건을 못 갖췄다면 결론이 달라질 수 있습니다.

입주권 장기보유특별공제는 어느 기간까지 계산하나요?

입주권의 장기보유특별공제는 관리처분계획 인가 전까지 생긴 양도차익에만 적용되고, 보유기간도 기존주택을 산 날부터 인가일까지로 셉니다. 인가 뒤 입주권 상태에서 오른 부분에는 공제가 없습니다.

입주권이 1세대 1주택에 해당하면 일반 공제율보다 높은 1세대 1주택 공제율을 씁니다. 국세청도 같은 회신에서 이 공제율을 적용한다고 했습니다. 현행 공제율은 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 더하는 방식입니다.

• 보유기간 - 3년 이상 4년 미만 100분의 12에서 시작해 10년 이상이면 100분의 40입니다.
• 거주기간 - 2년 이상 3년 미만 100분의 8(보유 3년 이상인 경우)에서 시작해 10년 이상이면 100분의 40입니다.
• 거주 요건 - 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 이 공제율을 씁니다.

조합원입주권 같은 날 양도 대응 순서

• 보유 현황 정리 - 입주권, 일반주택, 새 집의 취득일과 관리처분계획 인가일을 날짜순으로 적습니다. 분양권이 하나라도 있으면 입주권 비과세 요건이 깨집니다.
• 기존주택 요건 확인 - 인가일 현재 기존주택이 보유 2년과 필요한 거주 2년을 채웠는지 봅니다. 이 요건이 없으면 순서를 바꿔도 비과세가 되지 않습니다.
• 순서 선택 계산 - 일반주택을 먼저 판 것으로 할 때와 입주권을 먼저 판 것으로 할 때의 세금을 각각 계산합니다. 어느 쪽이 유리한지는 두 자산의 양도차익 크기에 따라 달라집니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 선택한 순서대로 신고합니다. 입주권이 12억원을 넘으면 넘는 부분도 함께 신고합니다.
• 부인 시 대응 - 세무서가 순서 선택이나 비과세를 인정하지 않으면, 이미 낸 세금은 경정청구로, 고지된 세금은 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있는지 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공동명의 지분, 분양권 보유 여부, 기존주택의 거주기간에 따라 결론이 달라지므로 계약서와 관리처분계획 인가 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 입주권 비과세 3년은 언제부터 세나요?
  입주권 외에 보유한 그 주택을 취득한 날부터 셉니다. 그 날부터 3년 안에 입주권을 팔아야 하고, 3년 안에 팔지 못한 사유가 시행령에서 정한 경우에 해당하면 예외가 인정됩니다. 잔금일과 등기접수일 중 빠른 날이 취득일이 되는 경우가 많으므로 새 집의 잔금일부터 확인해야 합니다.
• 분양권도 하나 있으면 입주권 비과세가 안 되나요?
  입주권과 주택 1채를 가진 상태에서 입주권을 파는 비과세는 분양권을 보유하지 않은 경우로 한정됩니다. 양도일 현재 분양권이 하나라도 있으면 이 특례는 적용되지 않습니다. 분양권을 먼저 처분했는지, 처분일이 입주권 양도일보다 앞서는지를 확인해야 합니다.
• 입주권을 12억원 넘게 팔면 전부 과세되나요?
  전부 과세되는 것은 아닙니다. 입주권 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘으면 비과세 대상에서 빠지는 부분이 생기고, 그 부분의 양도차익과 장기보유특별공제는 소득세법이 정한 방식으로 따로 계산합니다. 2018년 회신 당시에는 이 기준이 9억원이었습니다.
• 기존주택에 살지 않았어도 입주권 비과세가 되나요?
  관리처분계획 인가일 현재 기존주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추고 있어야 합니다. 보유기간 2년은 공통 요건이고, 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택이라면 거주기간 2년도 갖춰야 합니다. 기존주택의 취득일과 당시 지역 지정 여부를 먼저 확인해야 합니다.
• 입주권 장기보유특별공제는 언제까지 기간을 세나요?
  기존주택과 그 부수토지를 취득한 날부터 관리처분계획 인가일까지의 기간으로 셉니다. 공제 대상도 인가 전까지 생긴 양도차익으로 한정됩니다. 인가 뒤 입주권을 가진 기간은 보유기간에 들어가지 않으므로 인가일을 정확히 확인해야 합니다.
• 1세대 1주택 공제율을 받으려면 거주도 해야 하나요?
  현행 시행령은 1세대 1주택 공제율을 적용하려면 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 한다고 정하고 있습니다. 거주기간에 따라 거주기간별 공제율이 더해지므로 기존주택에서 실제로 산 기간을 주민등록초본으로 확인해 두어야 합니다.
• 순서 선택을 잘못 신고했다면 고칠 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에는 경정청구로 과다하게 낸 세액을 바로잡아 달라고 청구할 수 있습니다. 다만 같은 날 양도한 자산의 순서를 신고 뒤 바꾸는 주장은 다툼이 생기기 쉬우므로, 처음 신고할 때 두 경우의 세액을 비교해 순서를 정하는 편이 안전합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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