양도소득세

개인사업을 법인에 통합할 때 주식 발행가액만 맞추면 이월과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 중소기업 통합 이월과세는 받은 주식의 시가가 넘긴 사업의 순자산가액 이상이어야 받을 수 있습니다. 대법원은 당사자가 정한 발행가액이 아니라 주식의 실제 시가로 비교해야 한다고 판단했습니다. 지금은 통합일 기준 순자산가액 평가서와 받은 주식의 시가 평가 자료부터 확인하십시오.

통합 신주를 반드시 액면가 이상으로 발행해야 이월과세를 받는 것은 아닙니다. 대법원이 따진 것은 발행 형식이 아니라 받은 주식의 실제 값어치입니다.

이런 상담이 많습니다

제조업을 하는 A씨는 개인사업체와 자신이 대표이사로 있는 법인을 2024년에 통합하면서 공장 토지와 건물을 포함한 사업 일체를 법인에 넘기고, 순자산가액 약 30억원에 맞춰 법인 신주를 발행가액 기준으로 받았습니다. A씨는 그해 양도소득세를 신고하면서 중소기업 통합에 따른 이월과세를 신청했습니다. 그런데 2026년 세무조사에서 법인의 과거 재무제표에 이익이 부풀려져 있었다는 사실이 드러났고, 세무서는 이를 바로잡으면 A씨가 받은 주식의 시가가 순자산가액에 못 미친다며 이월과세를 배제하고 양도소득세와 가산세를 고지했습니다. A씨는 발행가액을 순자산가액에 맞췄는데 왜 요건을 못 갖췄다는 것인지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

이월과세 요건의 「주식의 가액」은 발행가액인가요, 시가인가요?

시가입니다. 대법원 2025. 7. 18. 선고 2022두53204 판결은 중소기업 통합 이월과세 요건에서 「통합으로 취득하는 주식 또는 지분의 가액」은 당사자가 합의한 발행가액이 아니라 그 주식의 시가 자체를 뜻한다고 보았습니다. 받은 주식의 시가가 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 이월과세를 받습니다.

순자산가액은 통합일 현재의 시가로 평가한 자산 합계에서 충당금을 포함한 부채 합계를 뺀 금액입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법 시행령」 제28조 제1항 제2호도 판결이 해석한 조항과 같은 문언입니다. 원심은 법원 인가를 받아 액면미달로 발행했고 발행가액 총액이 순자산가액 이상이면 된다고 보았지만, 대법원은 이를 법리 오해로 보고 원심을 파기했습니다.

왜 시가로 비교해야 한다고 보았나요?

넘긴 사업의 순자산을 시가로 평가하면서 받은 주식만 발행가액으로 따지면 두 금액을 비교하는 의미가 없어지기 때문입니다. 대법원은 비상장회사는 발행가액을 당사자가 임의로 정할 수 있어, 발행가액을 부풀리고 시가와의 차액을 뒤에서 현금으로 주고받을 가능성을 막을 수 없다고 보았습니다.

이월과세는 개인사업자가 사업 형태만 법인으로 바꾸는 경우 양도소득세를 당장 걷지 않고, 법인이 나중에 그 자산을 팔 때 법인세로 내게 하는 제도입니다. 사업의 동일성, 즉 순자산이 통합법인에 그대로 넘어가야 한다는 전제가 깨지면 이 혜택을 줄 이유가 없다는 것이 대법원의 설명입니다.

시가가 순자산가액에 못 미치면 어떤 세금이 나오나요?

이월과세가 배제되어 사업용고정자산을 법인에 넘긴 때를 기준으로 양도소득세가 과세되고, 기한 안에 내지 않은 세액에는 납부지연 가산세가 붙습니다. 판결 사건에서도 세무서는 양도소득세 본세와 함께 거액의 가산세를 고지했습니다.

대법원은 특수관계인 사이에서 순자산가액보다 시가가 낮은 주식만 받는 것은 양도소득 부당행위계산 부인 대상인 저가양도에 해당할 수 있다고도 보았습니다. 이 경우 세무서는 거래 형식과 관계없이 소득금액을 다시 계산할 수 있습니다. 다만 이 판결은 원심을 파기하고 서울고등법원으로 돌려보냈으므로 그 사건의 최종 결론과 주식 시가는 환송 후 심리에서 정해집니다.

통합 후 5년 안에 주식을 팔면 이월과세는 어떻게 되나요?

통합으로 받은 주식의 50% 이상을 5년 안에 처분하거나 통합법인이 승계한 사업을 폐지하면 이월과세액을 양도소득세로 직접 내야 합니다. 납부 기한은 사유가 생긴 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내입니다.

통합법인이 승계받은 사업용고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 사업 폐지로 봅니다. 또 설립 후 1년이 지나지 않은 법인이 과점주주인 개인의 사업을 승계하는 것은 처음부터 통합으로 보지 않습니다.

중소기업 통합 이월과세 대응 순서

• 순자산가액 확정 - 통합일 현재 자산을 시가로 평가하고 충당금을 포함한 부채를 뺀 금액을 계산합니다. 감정평가서가 있으면 이 금액의 근거가 됩니다.
• 주식 시가 평가 - 통합으로 받은 주식의 시가를 별도로 평가합니다. 법인 재무제표에 오류가 있으면 그 오류를 걷어 낸 기준으로 다시 봅니다.
• 두 금액 비교 - 주식 시가가 순자산가액 이상인지 확인합니다. 모자라면 발행가액을 맞췄더라도 요건을 갖추지 못합니다.
• 신청서 제출 - 통합일이 속하는 과세연도의 양도소득세 신고 때 통합법인과 함께 이월과세적용신청서를 냅니다. 예정신고 때 내도 됩니다.
• 불복 기간 관리 - 이월과세 배제로 고지를 받으면 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 냅니다. 주식 시가 평가 자료가 다툼의 중심이 됩니다.

여기까지는 일반 기준이고, 법인의 재무제표 수정 여부나 주식 평가 방법이 쟁점이면 회계자료와 평가서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세·종합소득세 부과처분에 대한 심판청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 법원 인가를 받은 액면미달 발행은 괜찮지 않나요?
  인가만으로 요건이 채워지지는 않습니다. 대법원 2025. 7. 18. 선고 2022두53204 판결은 법원이 액면미달 발행을 인가했고 발행가액 총액이 순자산가액 이상이라도, 받은 주식의 시가가 순자산가액에 못 미치면 이월과세 요건을 갖추지 못한다고 보았습니다.
• 순자산가액은 장부가액으로 계산하나요?
  아닙니다. 순자산가액은 통합일 현재의 시가로 평가한 자산 합계에서 충당금을 포함한 부채 합계를 뺀 금액입니다. 과거 장부가액 기준으로 계산하던 규정을 시가 기준으로 바꾼 것은 통합법인의 자본충실을 지키려는 취지라고 대법원은 설명했습니다.
• 이월과세를 받으면 양도소득세가 면제되나요?
  면제가 아닙니다. 이월과세는 개인에게 양도소득세를 과세하지 않는 대신, 통합법인이 그 자산을 나중에 팔 때 개인이 낼 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 내게 하는 제도입니다. 과세 시기와 납세의무자가 바뀌는 것입니다.
• 이월과세는 언제 신청하나요?
  통합일이 속하는 과세연도의 양도소득세 과세표준신고 때 통합법인과 함께 이월과세적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 냅니다. 예정신고도 여기에 포함됩니다. 신청을 빠뜨리면 요건을 갖췄는지와 별도로 다툼이 생길 수 있어 신고서와 함께 접수증을 보관합니다.
• 통합 뒤 추가로 받은 주식도 시가로 보나요?
  통합의 대가로 받은 주식이면 취득 시점과 관계없이 포함됩니다. 판결 사건에서도 신주가 여러 차례 나뉘어 발행되었고, 대법원은 통합법인이 자산을 승계한 뒤 받은 주식도 통합의 대가이면 같은 기준으로 본다는 선례를 들어 시가 비교가 필요하다고 보았습니다.
• 통합 후 주식을 일부 팔면 어떻게 되나요?
  5년 안에 통합으로 받은 주식의 50% 이상을 처분하면 이월과세액을 양도소득세로 직접 내야 합니다. 사유가 생긴 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 납부해야 하므로, 지분 매각이나 증여 계획이 있으면 처분 비율과 시점을 먼저 계산합니다.
• 이월과세 배제 고지는 어떻게 다투나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 국세청 심사청구나 조세심판원 심판청구를 냅니다. 이의신청을 먼저 할 수도 있습니다. 주식 시가가 순자산가액 이상이라는 평가 자료와 재무제표 수정 영향이 다툼의 중심이 되므로 평가서를 미리 준비합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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