양도소득세

지주회사 현물출자로 과세이연받은 주식을 일부 팔면 취득가액은 어떻게 정하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

지주회사 현물출자로 과세이연받은 주식과 다른 주식이 섞여 있으면 현물출자로 받은 주식을 먼저 판 것으로 보고, 그 취득가액에서 과세이연금액을 빼 계산합니다. 조세특례제한법 시행령이 이 순서와 계산을 정하고 있습니다. 지금은 취득 경로별 주식 수와 현물출자 때 신청한 과세이연금액부터 확인해야 합니다.

어떤 주식을 넘겼는지 증권계좌별로 따로 지정해 둘 필요는 없습니다. 과세이연받은 지주회사 주식이 섞여 있으면 법령이 양도 순서를 정해 두었기 때문입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2021년 3월 운영하던 회사가 인적분할해 지주회사를 세우면서 지주회사 주식 5만 주를 받았습니다. 같은 해 9월에는 갖고 있던 두 자회사 주식을 지주회사에 현물출자하고 지주회사 주식 100만 주를 더 받으면서 양도소득세 과세이연을 신청했습니다. A씨는 2025년 6월 지주회사 주식 30만 주를 가족에게 팔면서, 먼저 받은 분할 주식부터 판 것으로 보고 신고하려 했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

과세이연받은 주식과 다른 주식 중 어느 것을 먼저 판 것으로 보나요?

과세이연을 받은 지주회사 주식과 다른 방법으로 취득한 주식이 섞여 있으면 현물출자로 받은 주식을 먼저 처분한 것으로 봅니다. 원래 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 않으면 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보지만, 조세특례제한법 시행령은 지주회사 과세이연 주식에 대해 따로 순서를 정했습니다. 그래서 분할로 먼저 받은 주식이 있어도 현물출자분이 먼저 빠집니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법 시행령」의 내용입니다.

먼저 판 것으로 보는 주식의 취득가액은 어떻게 계산하나요?

현물출자로 받은 지주회사 주식의 취득가액에서 과세이연받은 금액을 뺀 금액이 취득가액입니다. 현물출자 때 생긴 양도차익에 세금을 매기지 않은 대신, 나중에 지주회사 주식을 팔 때 그만큼 취득가액을 낮춰 한꺼번에 과세하는 구조입니다. 예를 들어 현물출자로 100만 주를 받으면서 취득가액이 100억원, 과세이연금액이 60억원이었다면 100만 주의 취득가액은 40억원, 주당 4,000원입니다. 30만 주를 주당 1만 5,000원에 팔았다면 양도가액 45억원에서 취득가액 12억원을 뺀 33억원이 양도차익이 됩니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 과세이연받은 지주회사 주식과 다른 주식 중 일부를 팔면 현물출자로 받은 주식을 먼저 판 것으로 본다고 회신했습니다(사전-2017-법령해석재산-0338, 2017. 11. 28.). 질의자는 2003년 인적분할로 지주회사 주식을 받고, 같은 해 두 회사 주식을 현물출자해 지주회사 주식 906,502주를 더 받은 뒤 2017년 일부를 팔았습니다. 국세청은 같은 날 두 회사 주식을 현물출자해 받은 주식은 어느 쪽을 팔았는지 정한 규정이 없으므로 두 회사 주식의 보유비율대로 양도한 것으로 보아 취득가액을 계산한다고 했습니다. 세율은 지주회사 주식을 판 시점에 그 주식에 적용되는 세율이라고 했습니다.

이 회신은 같은 날 현물출자한 사실관계를 전제로 한 해석입니다. 현물출자일이 서로 다르거나 과세이연 요건을 갖추지 못한 주식이 섞여 있다면 계산이 달라질 수 있습니다.

세율은 원래 회사 주식 기준인가요, 지주회사 주식 기준인가요?

세율은 지주회사 주식을 판 시점에 그 지주회사 주식에 적용되는 세율로 정합니다. 과세이연은 종전 주식의 양도차익을 새 주식의 취득가액에서 빼는 방식이라, 종전 주식과 새 주식의 차익을 나누지 않고 지주회사 주식의 양도로 보아 한 번에 과세합니다. 그래서 지주회사 주식을 얼마나 보유했는지, 지주회사의 대주주인지를 기준으로 세율을 고릅니다. 대주주라면 과세표준 3억원까지 100분의 20, 넘는 부분은 100분의 25이고, 중소기업이 아닌 회사 주식을 1년 미만 보유했다면 100분의 30입니다.

지주회사 과세이연 주식 양도 대응 순서

• 주식 취득 경로 정리 - 분할, 현물출자, 장내 매수 등 취득 경로별로 주식 수와 취득일을 표로 만듭니다. 현물출자분이 먼저 양도된 것으로 계산합니다.
• 과세이연금액 확인 - 현물출자한 해의 과세특례신청서와 신고서에서 회사별 과세이연금액을 확인합니다.
• 보유비율 계산 - 같은 날 여러 회사 주식을 현물출자했다면 회사별로 받은 주식 비율대로 양도 주식을 나눠 취득가액을 계산합니다.
• 세율과 신고 - 지주회사 주식 기준으로 대주주 여부와 보유기간을 따져 세율을 정하고, 반기 말일부터 2개월 안에 예정신고합니다.
• 다툼 대비 - 세무서가 다른 순서나 취득가액으로 과세하면 90일 안에 심판청구를, 신고를 잘못했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 현물출자가 여러 번이었거나 과세이연 요건 충족 여부가 다투어지는 경우라면 현물출자 당시 신고서와 주식 이동 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주식 양도소득세 부과처분에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과세이연이면 세금을 안 내도 되는 건가요?
  아니요, 세금을 없애 주는 것이 아니라 미뤄 주는 것입니다. 현물출자 때 생긴 양도차익에는 바로 과세하지 않지만, 그 금액만큼 지주회사 주식의 취득가액을 낮춰 두었다가 지주회사 주식을 팔 때 함께 과세합니다. 상속이나 증여도 처분에 포함됩니다.
• 과세이연은 어떻게 신청하나요?
  현물출자를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 지주회사와 함께 현물출자등 과세특례신청서를 납세지 관할세무서장에게 내야 합니다. 이 신청서에 적힌 과세이연금액이 나중에 지주회사 주식을 팔 때 취득가액 계산의 기준이 됩니다.
• 분할로 받은 주식을 먼저 판 것으로 할 수 없나요?
  과세이연받은 지주회사 주식과 다른 방법으로 취득한 주식이 함께 있으면 현물출자로 받은 주식을 먼저 처분한 것으로 봅니다. 분할로 먼저 받은 주식이 있어도 이 순서는 바뀌지 않습니다. 증권계좌를 나눠 두었다는 사정만으로 달라지지 않습니다.
• 두 회사 주식을 같은 날 현물출자했으면요?
  같은 날 여러 회사 주식을 현물출자해 지주회사 주식을 받았다면 어느 회사분을 팔았는지 정한 규정이 없으므로, 국세청은 회사별로 받은 주식의 보유비율대로 양도한 것으로 보아 취득가액을 계산한다고 해석했습니다. 회사별 과세이연금액이 다르면 이 비율에 따라 취득가액이 달라집니다.
• 보유기간은 언제부터 계산하나요?
  국세청은 세율을 정할 때 새로 취득한 지주회사 주식의 보유기간과 지주회사의 대주주 여부를 기준으로 한다고 해석했습니다. 현물출자 전 종전 회사 주식을 오래 보유했더라도 지주회사 주식 보유기간으로 따집니다. 중소기업이 아닌 회사 주식을 대주주가 1년 미만 보유했다면 100분의 30입니다.
• 일반적으로는 어떤 주식을 먼저 판 것으로 보나요?
  양도한 자산의 취득시기가 분명하지 않으면 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 봅니다. 지주회사 과세이연 주식은 이 원칙의 예외로, 조세특례제한법 시행령이 현물출자로 받은 주식을 먼저 처분한 것으로 보도록 따로 정해 두었습니다.
• 취득가액을 잘못 계산해 신고했으면 어떻게 하나요?
  세금을 많이 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 반대로 세무서가 취득가액을 다르게 보고 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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