감면·공제

지식산업센터에 제조시설 없이 본사만 두면 취득세 감면이 안 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 제조시설 없이 외주 생산만 하는 회사가 지식산업센터에 본사를 두면 제조업 시설로 보지 않아 취득세·재산세 감면을 받기 어렵습니다. 대법원은 감면 대상인 제조업 시설이 기계·장치 등 제조시설을 갖춘 공장이어야 한다고 판단했습니다. 지금은 과세 기준 시점에 그 면적에 실제 제조설비가 있었는지부터 확인해 두십시오.

외주 생산 계약서를 전부 모아 한국표준산업분류의 제조업 요건을 하나하나 맞춰 볼 필요는 없습니다. 감면 다툼에서 먼저 따지는 것은 그 면적에 제조설비가 실제로 있었는지입니다.

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A사는 등산의류를 직접 기획한 뒤 다른 공장에 맡겨 만들고 자기 이름으로 파는 회사입니다. 2023년 지식산업센터를 지어 절반가량을 본사 사무실로 쓰고, 나머지 일부는 같은 방식으로 옷을 만들어 파는 중소 의류 브랜드들에 임대했습니다. A사는 2024년 제조업 시설이라며 감면을 적용해 취득세 일부를 돌려 달라는 경정청구를 했지만, 구청은 제조시설이 없다며 거부하고 그 면적의 재산세 경감분도 추징했습니다. A사는 한국표준산업분류가 외주 생산도 제조업으로 본다는 점을 들어 다투려 합니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

지식산업센터 감면에서 말하는 제조업 시설은 무엇인가요?

대법원은 지식산업센터 감면 대상인 제조업 시설을 기계·장치 등 제조시설까지 갖춘 공장으로 봅니다. 제조업 사업자등록이나 업종코드만으로는 부족하고, 감면을 받으려는 면적에 제조설비가 실제로 있어야 합니다.

2026. 10. 4. 기준 현행 「지방세특례제한법」은 지식산업센터를 설립하는 자가 사업시설용으로 직접 쓰거나 중소기업에 분양·임대하려고 신축·증축한 부동산의 취득세를 100분의 35(수도권은 인구감소지역을 빼고 100분의 15) 경감합니다. 적용 기한은 2028년 12월 31일까지입니다. 여기서 사업시설용은 산업집적법 제28조의5 제1항 제1호·제2호의 시설을 말합니다.

산업집적법은 공장을 건축물과 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 부대시설을 갖추고 제조업을 하기 위한 사업장으로 정의합니다. 대법원은 지식산업센터에 들어갈 수 있는 제조업 사업장이 이 공장에 대응한다고 보았습니다. 그래서 제조시설이 없는 본사 사무실이나 외주 생산 업체에 내준 임대 면적은 감면 대상이 아니라고 판단했습니다.

외주 생산도 제조업인데 감면이 안 되는 이유는 무엇인가요?

업종 분류상 제조업이라는 것과 감면 요건을 갖춘 것은 별개이기 때문입니다. 대법원은 조세감면 규정을 법문대로 엄격하게 해석해야 하고, 산업집적법 전체를 보면 제조업 시설은 제조시설을 전제로 한다고 판단했습니다.

한국표준산업분류는 직접 제품을 기획하고 원재료를 자기 부담으로 대어 다른 업체에 생산을 맡긴 뒤 자기 책임으로 파는 경우도 제조업으로 분류합니다. 원심은 이 점을 들어 제조시설이 없어도 감면된다고 보았지만, 대법원 2026. 4. 30. 선고 2025두32321 판결은 원심을 파기하고 사건을 서울고등법원에 돌려보냈습니다.

지식기반산업·정보통신산업 시설은 제조설비 없이도 지식산업센터에 입주할 수 있지만, 대법원은 그렇다고 제조업까지 같은 혜택을 주어야 하는 것은 아니라고 보았습니다. 회사 사업이 지식기반산업이나 정보통신산업에 해당하면 그 시설로서 감면을 검토할 여지는 남습니다. 이 부분은 이 판결이 판단한 쟁점이 아니어서 업종별로 따로 확인해야 합니다.

분양받아 입주한 중소기업에도 같은 기준이 적용되나요?

같은 기준이 적용될 가능성이 큽니다. 설립자로부터 지식산업센터를 처음 분양받은 중소기업 입주자도 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 한해 취득세의 100분의 35를 경감받는데, 여기의 사업시설용도 같은 조 제1항에서 정한 용어이기 때문입니다.

분양받은 뒤 정당한 사유 없이 1년이 지날 때까지 해당 용도로 직접 쓰지 않거나, 직접 사용한 기간이 4년 미만인 상태에서 팔거나 다른 용도로 쓰면 경감된 취득세가 추징됩니다. 제조업으로 감면을 받아 놓고 생산설비를 들이지 않으면 직접 사용 요건에서도 다툼이 생깁니다.

지식산업센터 감면을 거부당하면 어떻게 다투나요?

경정청구가 거부되거나 감면분 추징 고지를 받으면 통지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 조세심판원 심판청구를 해야 합니다. 이의신청 없이 바로 심판청구를 할 때도 기간은 같습니다.

이 판결 뒤 다툼의 중심은 설비가 있었다는 증명으로 옮겨 갑니다. 대법원은 과세 기준 시점마다 본점·임대 면적에 제조시설이 실제로 있었는지를 더 심리하라고 했습니다. 재산세 경감도 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는지를 기준으로 하므로, 기계 구입 증빙·설비 배치도·전력 사용량·공장등록 여부를 연도별로 남겨 두어야 합니다.

지식산업센터 감면 대응 순서

• 면적별 용도 정리 - 본점·생산·임대 면적을 호실별로 나눠 적습니다. 감면 판단은 면적 단위로 하므로 이 표가 있어야 다툴 범위가 정해집니다.
• 제조설비 증빙 확보 - 기계·장치 구입 계약서와 설치 사진을 모읍니다. 과세 기준 시점에 설비가 있었는지가 이 판결 이후의 쟁점이 됩니다.
• 업종 재검토 - 회사 사업이 지식기반산업·정보통신산업에 해당하는지 확인합니다. 제조업이 아닌 다른 입주 업종으로 감면 요건을 갖출 수 있으면 주장을 바꿉니다.
• 경정청구 - 감면 없이 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 청구합니다. 청구일과 거부 통지일을 기록해 둡니다.
• 불복 청구 - 거부·추징 통지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 합니다. 기한을 넘기면 다툴 길이 막힙니다.

여기까지는 일반 기준이고, 같은 건물에 직접 생산 면적과 사무 면적이 섞여 있거나 임차인 업종이 제각각이면 건축물대장·임대차계약서·설비 목록을 보고 면적별로 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 취득세·재산세 부과처분과 경정청구 거부처분에 대한 조세심판 청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사업자등록 업종이 제조업이면 감면되나요?
  그것만으로는 부족합니다. 대법원 2025두32321 판결은 지식산업센터 감면 대상인 제조업 시설을 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설까지 갖춘 공장으로 보았습니다. 업종코드가 제조업이어도 감면을 받으려는 호실에 제조설비가 없으면 경감 대상에서 빠집니다.
• 외주 생산 회사에 임대한 면적도 감면이 안 되나요?
  같은 기준으로 봅니다. 이 판결에서 문제 된 면적에는 회사 본점뿐 아니라 외주 생산 방식의 의류 업체들에 임대한 면적도 있었고, 대법원은 두 면적 모두 제조시설이 실제로 갖춰지지 않았다면 감면 규정이 적용되지 않는다고 했습니다. 임차인 호실의 설비 현황을 따로 확인해야 합니다.
• 수도권 지식산업센터는 감면율이 얼마인가요?
  설립자가 사업시설용으로 신축·증축해 취득하는 부동산은 원칙적으로 취득세의 100분의 35를 경감하지만, 수도권에 있는 부동산은 인구감소지역을 빼고 100분의 15만 경감합니다. 재산세도 납세의무가 처음 성립한 날부터 5년간 같은 비율로 경감됩니다.
• 시제품 장비 몇 대만 두면 제조시설로 인정되나요?
  장비 대수로 정해지지 않습니다. 대법원은 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설을 갖췄는지를 기준으로 삼았으므로, 그 장비로 실제 생산 공정이 돌아가는지가 따져집니다. 검수용 장비나 견본 제작 도구만 있는 사무 공간이라면 공장으로 인정받기 어렵습니다.
• 분양받은 뒤 언제 감면이 추징되나요?
  처음 분양받은 중소기업 입주자는 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 지날 때까지 해당 용도로 직접 쓰지 않거나, 직접 사용한 기간이 4년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 쓰면 경감된 취득세가 추징됩니다. 임대로 돌리는 것도 다른 용도 사용으로 볼 수 있습니다.
• 감면 경정청구는 언제까지 할 수 있나요?
  법정신고기한까지 신고한 경우 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 할 수 있습니다. 다만 과세관청의 결정·경정이 있으면 그 사실을 안 날부터 90일 안에 해야 합니다. 청구 뒤 거부 통지를 받으면 다시 90일 안에 이의신청이나 심판청구로 다툽니다.
• 이 판결로 회사가 최종 패소한 건가요?
  아직 아닙니다. 대법원은 원심을 파기하고 서울고등법원에 돌려보냈습니다. 감면 대상에서 빠지는 것은 과세 기준 시점에 제조시설이 실제로 없었던 경우이므로, 환송심에서 본점·임대 면적의 설비 현황을 다시 따져 결론을 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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