재등록 전 몇 달 동안 미등록이면 문제가 되나요?

합산배제는 과세기준일인 6월 1일 현재를 기준으로 판단합니다. 그날 계속 임대 중이고 그해 9월 30일까지 다시 등록하면 그해 과세기준일에 등록한 것으로 보므로, 그 전 미등록 기간이 바로 문제 되지는 않습니다. 다만 미등록 기간이 걸친 이전 연도의 합산배제는 받을 수 없습니다.

세무서 사업자등록만 하면 되나요?

아니요, 합산배제 임대주택은 「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자이면서 소득세법이나 법인세법에 따른 사업자등록을 한 사람이 임대하는 주택이어야 합니다. 시·군·구 임대사업자 등록과 세무서 사업자등록을 모두 갖춰야 합니다.

재등록 주택의 임대기간은 언제부터 세나요?

장기일반민간임대주택 매입임대의 10년 임대기간은 임대사업자로서 해당 주택의 임대를 개시한 날부터 계산합니다. 같은 조 제7항이 임대기간을 합산하는 경우로 정한 상속·합병·재건축 멸실·임차인 교체 공백 2년 이내 등에 자동말소 뒤 재등록은 들어 있지 않으므로, 재등록 뒤 임대사업자로서 임대를 개시한 날부터 10년을 채운다고 보고 계획해야 합니다.

6년 단기민간임대주택으로 등록해도 되나요?

현행 시행령은 「민간임대주택에 관한 특별법」상 단기민간임대주택 매입임대도 공시가격이 수도권 4억원, 수도권 밖 2억원 이하이고 6년 이상 계속 임대하며 임대료 증가율이 5% 이하이면 합산배제 대상으로 정하고 있습니다. 장기일반과 요건을 비교해 고르면 됩니다.

한 번 신고하면 매년 다시 해야 하나요?

최초로 합산배제 신고를 한 다음 해부터는 신고 내용 중 정해진 사항에 변동이 없으면 다시 신고하지 않아도 됩니다. 세입자나 임대료가 바뀌는 등 변동이 있으면 그해 9월 16일부터 30일까지 다시 신고해야 합니다.

임대료를 5% 넘게 올리면 어떻게 되나요?

임대료 증가율 요건을 충족하지 못하게 되면 그 과세연도를 포함해 연속 2개 과세연도까지 합산배제 임대주택에서 빠집니다. 이미 합산배제로 경감받은 세액은 요건 미충족을 이유로 이자상당가산액과 함께 추징될 수 있습니다.

합산배제가 부인되면 언제까지 다투나요?

합산배제가 빠진 고지서를 받았다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 과세기준일 현재 임대차계약서와 재등록일이 신고기간 안이라는 등록증, 합산배제 신고서 접수증을 근거로 다툽니다.

세금 가이드 목록

취득세·보유세

자동말소된 임대 오피스텔을 다시 등록하면 종부세 합산배제가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 과세기준일 현재 계속 임대 중이고 9월 30일 합산배제 신고기간 종료일까지 다시 임대사업자등록과 사업자등록을 했다면 그해부터 종부세 합산배제를 받을 수 있습니다. 다만 재등록 주택도 공시가격·10년 임대·임대료 5% 상한 요건을 새로 갖춰야 하고 아파트는 제외됩니다. 지금은 주택 유형과 재등록 날짜부터 확인하십시오.

기한

합산배제 임대주택은 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 보유현황을 신고해야 합니다. 과세기준일인 6월 1일 현재 임대 중이라면 이 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 마쳐도 그해 과세기준일에 등록한 것으로 봅니다.

자동말소됐다고 임대를 멈추거나 세입자를 내보낼 필요는 없습니다. 계속 임대하면서 신고기간 안에 다시 등록하면 그해부터 합산배제를 받을 길이 있습니다.

이런 상담이 많습니다

F씨는 2020년 5월 오피스텔을 4년 단기임대주택으로 등록해 임대해 왔는데, 2024년 5월 임대의무기간이 끝나 등록이 자동말소됐습니다. 그 뒤에도 같은 세입자에게 계속 세를 놓았고, 2026년 7월 같은 오피스텔을 10년 장기일반민간임대주택으로 다시 등록하고 세무서 사업자등록도 했습니다. F씨는 2026년 종부세에서 이 오피스텔을 합산배제받을 수 있는지 물어 왔습니다. 오피스텔은 수도권에 있고 임대를 다시 시작한 해의 공시가격은 3억원입니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

자동말소된 임대주택을 다시 등록하면 합산배제가 되나요?

네, 과세기준일 현재 계속 임대 중이고 합산배제 신고기간 종료일인 9월 30일까지 장기임대주택으로 다시 임대사업자등록과 사업자등록을 했다면 그해부터 합산배제를 받을 수 있습니다. 시행령은 과세기준일 현재 임대를 시작한 사람이 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하면 과세기준일 현재 등록한 것으로 봅니다. 다만 재등록한 주택도 공시가격, 10년 임대, 임대료 5% 상한 같은 요건을 새로 갖춰야 합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「종합부동산세법 시행령」 제3조도 같은 구조입니다.

자동말소 뒤 재등록과 합산배제 일정(2026년 예시)

2024년 5월
단기임대 등록 자동말소, 임대는 계속
2026. 6. 1.
과세기준일, 계속 임대 중
2026년 7월
장기일반 재등록과 세무서 사업자등록
2026. 9. 16.~9. 30.
합산배제 신고
2026. 12. 1.~12. 15.
합산배제 반영된 종부세 납부

출처 - 종합부동산세법 제8조 제3항, 같은 법 시행령 제3조 제1항

국세청은 자동말소 뒤 재등록을 어떻게 안내했나요?

국세청은 자동말소된 임대주택은 원칙적으로 합산배제를 받을 수 없지만, 과세기준일 현재 계속 임대 중이고 합산배제 신고기간 종료일까지 장기임대주택으로 새로 임대사업자등록을 했다면 합산배제를 받을 수 있다고 안내했습니다. 국세청 부동산납세과의 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」(2022) 97번 사례입니다. 질의자는 2018년 단기 4년으로 등록한 오피스텔이 2022년 5월 자동말소되자 2022년 7월 10년 장기임대주택으로 다시 등록했습니다.

같은 자료는 합산배제를 받으려면 세무서 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자 등록을 모두 갖춰야 하고, 등록이 말소된 상태에서는 실제로 계속 임대해도 합산배제 대상이 아니라는 조세 심사 결정도 함께 소개했습니다. 이 안내는 아파트가 아닌 오피스텔을 재등록한 사례를 전제로 하므로, 아파트라면 결론이 달라집니다.

아파트도 다시 등록하면 합산배제가 되나요?

아니요, 2020. 7. 11. 이후 등록 신청한 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 합산배제에서 제외됩니다. 단기임대주택을 그날 이후 장기일반민간임대주택으로 바꿔 신고한 주택도 제외됩니다. 따라서 자동말소된 아파트를 다시 등록해도 종부세 합산배제는 받기 어렵습니다. 오피스텔이나 다세대주택처럼 아파트가 아닌 주택은 재등록으로 합산배제를 검토할 수 있습니다.

재등록하면 어떤 요건을 새로 갖춰야 하나요?

재등록한 주택은 다시 임대를 시작한 날을 기준으로 요건을 봅니다. 장기일반민간임대주택 매입임대는 30호 미만이면 임대개시일이나 최초 합산배제 신고 연도 과세기준일의 공시가격이 수도권 6억원, 수도권 밖 3억원 이하여야 합니다. 10년 이상 계속 임대해야 하고, 임대료 증가율은 5%를 넘으면 안 됩니다. 임대기간은 임대사업자로서 그 주택의 임대를 시작한 날부터 셉니다. 1세대가 이미 주택을 가진 상태에서 새로 산 조정대상지역 주택인지도 따로 확인해야 합니다. 요건을 채우지 못하면 경감받은 세액과 이자상당가산액이 추징됩니다.

매입임대 재등록 시 합산배제 요건(2026. 10. 7. 기준)

구분	장기일반 매입임대	단기민간 매입임대
공시가격(수도권)	6억원 이하	4억원 이하
공시가격(수도권 밖)	3억원 이하	2억원 이하
임대기간	10년 이상	6년 이상
임대료 증가율	5% 이하	5% 이하
아파트	2020. 7. 11. 이후 등록분 제외	해당 호 요건 확인

출처 - 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호, 제11호

자동말소 임대주택 재등록 합산배제 대응 순서

임대 계속 확인 - 과세기준일 현재 임대차계약과 차임 입금 내역으로 계속 임대 중인지 확인합니다.
주택 유형 확인 - 아파트인지, 오피스텔·다세대 등 아파트가 아닌 주택인지 확인합니다. 아파트는 재등록해도 합산배제가 어렵습니다.
두 가지 등록 - 9월 30일 전까지 시·군·구 임대사업자 등록과 세무서 사업자등록을 모두 마칩니다.
합산배제 신고 - 9월 16일부터 9월 30일까지 임대주택 합산배제 신고서를 냅니다. 공시가격 기준과 임대료 5% 상한을 함께 점검합니다.
부인 시 불복 - 합산배제가 빠진 고지를 받으면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택할 수 있는 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재등록 시점과 임대 유형, 조정대상지역 취득 시기에 따라 결론이 달라지므로 등록증과 임대차계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종합부동산세 합산배제 부인 처분에 대한 조세불복과 취소소송을 수행합니다.

실무상 착안점

임대등록이 자동말소되면 합산배제도 영영 끝났다고 보고 종부세를 그대로 내는 경우가 많습니다. 계속 임대 중인 비아파트 주택이라면 다시 등록해 합산배제를 받을 길이 있습니다. 반대로 등록 없이 임대만 계속하면 실제 임대 여부와 관계없이 합산배제가 부인됩니다.

그래서 등록과 임대의 날짜가 결론을 정합니다. 자동말소일, 과세기준일 현재 임대차계약, 임대사업자 재등록일과 세무서 사업자등록일, 합산배제 신고일이 서로 맞물려야 합니다. 등록증과 신고서 접수증, 차임 입금 내역을 연도별로 보관해야 합니다.

이 기록은 합산배제가 부인되거나 나중에 요건 미충족으로 추징될 때 심판청구와 소송에서 그대로 증거가 됩니다. 재등록 전후로 임대가 끊기지 않았다는 점과 등록일이 신고기간 안이라는 점을 서류로 보여 줘야 다툴 여지가 생깁니다.

— 허진영 변호사 · 세금

이 상황에서 자주 묻는 것

장기일반민간임대주택 매입임대의 10년 임대기간은 임대사업자로서 해당 주택의 임대를 개시한 날부터 계산합니다. 같은 조 제7항이 임대기간을 합산하는 경우로 정한 상속·합병·재건축 멸실·임차인 교체 공백 2년 이내 등에 자동말소 뒤 재등록은 들어 있지 않으므로, 재등록 뒤 임대사업자로서 임대를 개시한 날부터 10년을 채운다고 보고 계획해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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2026.10.07 기준으로 조문을 확인했습니다.