법인세·소득세

법인으로 승인받은 종중도 성실신고확인서를 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중은 종중원에게 발행한 주식이나 출자지분이 없어 지배주주 지분 요건을 적용할 수 없으므로 성실신고확인서 제출 대상이 아닙니다. 법인세법 시행령은 지배주주 지분 100분의 50 초과, 임대 등 수입 비중, 상시근로자 5명 미만을 모두 갖춘 법인만 대상으로 정합니다. 지금은 종중 규약에 종중원별 지분이나 출자금 규정이 있는지부터 확인하십시오.

임대업 위주이고 직원이 5명이 안 되니 당연히 성실신고확인 대상이라고 생각할 필요는 없습니다. 세 가지 요건을 모두 갖춰야 대상이 되는데, 주식이 없는 종중은 지분 요건을 따질 수 없습니다.

이런 상담이 많습니다

P종중은 몇 해 전 관할 세무서장에게서 법인으로 보는 단체 승인을 받고, 종중 소유 상가를 임대해 수익사업을 하고 있습니다. 종중 수입의 대부분은 임대료와 예금 이자이고, 상시근로자는 관리인 1명뿐입니다. 2025 사업연도 법인세 신고를 준비하던 총무는 부동산임대업 위주의 소규모 법인은 성실신고확인서를 내야 한다는 말을 듣고, 세무사 확인을 받아야 하는지, 내지 않으면 가산세가 붙는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

부동산임대 위주의 소규모 법인은 어떤 요건이면 성실신고확인 대상인가요?

부동산임대업을 주된 사업으로 하는 소규모 내국법인이 성실신고확인 대상이 되려면 지배주주 지분, 사업 구성, 상시근로자 수 세 가지 요건을 모두 갖춰야 합니다. 하나라도 빠지면 이 유형의 성실신고확인 대상이 아닙니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」이 정한 요건은 다음과 같습니다.

• 지배주주 지분 - 사업연도 종료일 현재 지배주주등이 보유한 주식등 합계가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 넘을 것
• 사업 구성 - 부동산임대업이 주된 사업이거나, 부동산·부동산상 권리 대여 수입금액과 이자·배당소득 합계가 매출액의 100분의 50 이상일 것
• 상시근로자 - 해당 사업연도 상시근로자 수가 5명 미만일 것

외부감사를 받은 법인은 성실신고확인서를 내지 않을 수 있고, 성실신고확인대상 개인사업자가 법인으로 전환한 경우에는 이 요건과 별도로 전환 후 3년간 대상이 됩니다.

국세청은 종중을 어떻게 해석했나요?

국세청은 국세기본법에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중은 법인세법상 성실신고확인서 제출 대상에 해당하지 않는다고 회신했습니다(사전-2019-법령해석법인-0121, 2019. 4. 3.).

회신은 질의 종중이 상시근로자 5명 미만, 임대·이자·배당 수입 비중 요건은 충족한다고 보면서도 지배주주 지분 요건을 따질 수 없다는 점에 주목했습니다. 종중 재산은 종중원들이 총유로 소유해 종중원 각자의 지분이 없고, 종중이 종중원에게 발행한 주식도 출자금도 없으므로 발행주식총수나 출자총액 자체가 존재하지 않습니다. 지분 요건을 적용할 수 없는 이상 나머지 요건을 충족해도 성실신고확인 대상으로 볼 수 없다는 것입니다. 이 회신은 출자 관계가 없는 종중을 전제로 하므로, 출자지분을 정해 둔 다른 단체라면 따로 따져야 합니다.

회신 뒤 무엇이 바뀌었나요?

회신 당시에는 임대·이자·배당 수입 비중 요건이 매출액의 100분의 70 이상이었지만, 지금은 100분의 50 이상으로 낮아졌습니다. 대상이 되는 법인의 범위는 넓어졌지만, 지배주주 지분 요건은 그대로여서 종중에 대한 결론은 달라지지 않습니다.

상시근로자 수를 셀 때 최대주주와 친족관계인 근로자, 근로소득세 원천징수가 확인되지 않는 근로자, 1년 미만 계약 근로자, 단시간근로자는 뺍니다. 종중 관리인을 상시근로자로 셀 수 있는지도 이 기준으로 봅니다.

대상 법인이 확인서를 내지 않으면 어떻게 되나요?

성실신고확인 대상 법인이 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 안에 성실신고확인서를 내지 않으면 법인세 산출세액의 100분의 5와 수입금액의 1만분의 2 중 큰 금액을 가산세로 냅니다. 산출세액이 없어도 가산세가 붙습니다.

종중처럼 대상이 아니라고 판단해 확인서를 내지 않았는데 나중에 가산세 고지를 받았다면, 지분 요건을 적용할 수 없다는 점을 근거로 처분의 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 고지 전 과세 예고 통지를 받았다면 30일 안 과세전적부심사를 먼저 검토합니다.

종중 법인세 신고 대응 순서

• 법인 승인 여부 확인 - 관할 세무서장의 법인으로 보는 단체 승인 통지를 확인합니다. 승인받지 않은 종중은 법인세가 아닌 다른 과세 체계를 따를 수 있습니다.
• 출자 관계 확인 - 종중 규약에 종중원별 지분이나 출자금 규정이 있는지 봅니다. 지분이 없다면 지배주주 요건을 적용할 수 없습니다.
• 요건별 점검표 작성 - 지분, 사업 구성, 상시근로자 세 요건을 표로 정리해 신고 서류철에 둡니다.
• 법인세 신고 - 성실신고확인서 없이 법인세 과세표준 및 세액신고서를 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 냅니다.
• 가산세 고지 대비 - 미제출 가산세 예고나 고지를 받으면 30일 안 과세전적부심사, 고지 후 90일 안 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 종중 규약상 출자 관계나 수익 배분 방식에 따라 결론이 달라질 수 있어 규약과 장부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종중·비영리단체의 법인세 쟁점 검토와 가산세 부과처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 종중이 법인으로 보는 단체가 되려면 어떻게 하나요?
  조직과 운영에 관한 규정을 두고 대표자나 관리인을 선임했으며, 자기 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리하고, 수익을 구성원에게 분배하지 않는 단체가 관할 세무서장에게 신청해 승인을 받아야 합니다.
• 성실신고확인 대상 소규모 법인 요건은 무엇인가요?
  지배주주등 지분이 100분의 50을 넘고, 부동산임대업이 주된 사업이거나 임대·이자·배당 수입이 매출액의 100분의 50 이상이며, 상시근로자 수가 5명 미만이어야 합니다. 세 요건을 모두 갖춰야 합니다.
• 종중은 왜 지분 요건을 따질 수 없나요?
  종중 재산은 종중원들이 총유로 소유해 종중원 각자의 지분이 없고, 종중이 종중원에게 발행한 주식이나 출자금도 없습니다. 발행주식총수나 출자총액이 없으니 100분의 50 초과 여부를 판단할 수 없다는 것이 국세청 해석입니다.
• 임대수입 비율 기준은 지금도 70%인가요?
  아니요, 현행 시행령은 부동산 대여 수입금액과 이자·배당소득 합계가 매출액의 100분의 50 이상이면 사업 구성 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 회신 당시 100분의 70에서 낮아졌습니다.
• 종중 관리인도 상시근로자로 세나요?
  근로계약을 맺은 내국인 근로자가 기준이지만, 최대주주와 친족관계인 근로자, 근로소득세 원천징수가 확인되지 않는 근로자, 1년 미만 계약 근로자, 단시간근로자는 뺍니다. 관리인의 계약 형태를 이 기준으로 확인합니다.
• 대상인데 확인서를 안 내면 가산세가 얼마인가요?
  사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 안에 내지 않으면 법인세 산출세액의 100분의 5와 수입금액의 1만분의 2 중 큰 금액을 가산세로 냅니다. 산출세액이 없어도 부과됩니다.
• 가산세 고지를 받으면 언제까지 다투나요?
  처분의 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 고지 전에 과세 예고 통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를 먼저 검토하고, 이의신청은 선택 절차이며, 종중 규약이 주된 증거가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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