세무조사

같은 해 세금을 또 조사하겠다는 세무조사결정도 소송으로 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.04 갱신

네, 과세관청의 세무조사결정은 납세자에게 질문에 답하고 검사를 받아들일 법적 의무를 지우므로 항고소송으로 다툴 수 있는 처분에 해당합니다. 대법원은 과태료나 조사 후 과세처분만 다투게 하는 것보다 세무조사결정 단계에서 다투는 편이 분쟁을 일찍 해결한다며 처분성을 인정했습니다. 지금은 조사 사전통지서에 적힌 세목과 과세기간이 예전 조사와 겹치는지부터 확인해 두십시오.

조사가 끝나고 세금이 부과될 때까지 기다려야만 다툴 수 있는 것은 아닙니다. 조사 자체가 위법하다면 조사 단계에서 먼저 다툴 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

개인사업자 I씨는 2024년에 2022년 귀속 종합소득세 세무조사를 받고 추징세액을 납부했습니다. 그런데 2026년 봄 관할 세무서로부터 같은 2022년 귀속 종합소득세에 대해 다시 세무조사를 하겠다는 사전통지를 받았습니다. 통지서에는 조세탈루 혐의 자료나 거래상대방 조사 같은 재조사 사유가 구체적으로 적혀 있지 않았습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

세무조사결정은 왜 처분으로 보나요?

세무조사결정이 있으면 납세자는 세무공무원의 질문에 대답하고 장부 검사를 받아들일 법적 의무를 지게 되기 때문입니다. 대법원 2011. 3. 10. 선고 2009두23617 판결은 이 점과 함께, 같은 세목·같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유를 크게 침해할 수 있다는 점, 조사 단계에서 다투는 편이 분쟁을 일찍 근본적으로 해결한다는 점을 들어 세무조사결정을 항고소송 대상으로 보았습니다.

같은 해 세금을 다시 조사할 수 있는 경우는 언제인가요?

같은 세목과 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지됩니다. 2026. 10. 1. 기준 현행 「국세기본법」은 조세탈루 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방 조사가 필요한 경우, 2개 이상 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우, 불복 절차의 재조사 결정에 따른 경우, 금품 제공이 있었던 경우, 부분조사 뒤 빠진 부분을 조사하는 경우 등에만 재조사를 허용합니다.

사례처럼 재조사 사유가 드러나지 않은 통지라면 재조사 금지 원칙 위반을 다툴 수 있습니다. 세무서가 명백한 탈루 자료가 있다고 주장하면 그 자료가 무엇인지, 처음 조사 때 이미 확인된 자료인지를 따져야 합니다.

조사 범위를 넘는 자료 요구도 거부할 수 있나요?

세무공무원은 필요한 최소한의 범위에서만 장부 제출을 요구할 수 있고, 조사 대상 세목과 과세기간의 세액 계산과 관련 없는 장부는 요구할 수 없습니다. 세무조사는 적정하고 공평한 과세에 필요한 최소한의 범위에서 해야 하며 다른 목적으로 남용해서는 안 됩니다. 범위를 넘는 요구를 받으면 요구 내용과 일시를 기록하고 서면으로 이의를 남겨 두십시오.

소송 중에도 조사는 계속되나요?

소송을 내는 것만으로 조사가 멈추지는 않습니다. 조사를 멈추려면 세무조사결정 취소소송과 함께 집행정지를 신청해, 조사가 계속되면 회복하기 어려운 손해가 생긴다는 점을 소명해야 합니다. 조사가 끝나고 과세처분이 나오면 그 과세처분에 대한 불복 절차도 따로 챙겨야 합니다.

세무조사결정 불복 대응 순서

• 통지서 대조 - 사전통지서의 세목·과세기간을 예전 조사 결과통지서와 나란히 놓고 겹치는지 확인합니다. 겹치면 재조사 금지 쟁점이 생깁니다.
• 재조사 사유 확인 - 세무서에 재조사 사유와 근거 자료를 서면으로 묻습니다. 사유가 법정 예외에 해당하는지 검토합니다.
• 불복 절차 선택 - 심사청구·심판청구 전치 여부와 기한을 확인하고 절차를 정합니다. 조사 개시 전에 결정하는 것이 좋습니다.
• 집행정지 검토 - 조사가 영업에 주는 손해를 자료로 정리해 집행정지 신청을 준비합니다. 소송만으로는 조사가 멈추지 않습니다.
• 조사 대응 기록 - 조사가 진행되면 요구 자료 목록과 제출 내역, 면담 내용을 날짜별로 남깁니다. 이후 과세처분을 다툴 때 씁니다.

여기까지는 일반 기준이고, 세무조사가 조세범칙조사로 바뀌었거나 이미 과세처분이 나온 경우에는 절차와 다툴 대상이 달라지므로 통지서와 조사 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세무조사 대응과 조세불복 소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무조사 사전통지만 받아도 소송할 수 있나요?
  세무조사결정이 있으면 다툴 수 있습니다. 대법원은 세무조사결정이 납세자에게 질문에 답하고 검사를 받아들일 의무를 지우므로 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 보았습니다. 사전통지서에 담긴 조사 결정의 내용과 통지일을 확인해 두십시오.
• 이미 조사받은 해를 또 조사할 수 있나요?
  원칙적으로 안 됩니다. 같은 세목과 같은 과세기간에 대한 재조사는 명백한 탈루 자료가 있거나 거래상대방 조사가 필요한 경우 등 법이 정한 예외에만 허용됩니다. 예외 사유가 없는 재조사는 위법합니다.
• 조사와 관계없는 장부까지 달라고 합니다.
  거부할 근거가 있습니다. 세무공무원은 조사에 필요한 최소한의 범위에서만 장부 제출을 요구할 수 있고, 조사 대상 세목과 과세기간의 세액 계산과 관련 없는 장부는 요구할 수 없습니다. 요구 내용과 일시를 기록해 두십시오.
• 소송을 내면 조사가 멈추나요?
  소송만으로는 멈추지 않습니다. 조사를 멈추려면 세무조사결정 취소소송과 함께 집행정지를 신청하고, 조사가 계속되면 회복하기 어려운 손해가 생긴다는 점과 긴급한 필요를 소명해야 합니다.
• 심판청구를 먼저 해야 하나요?
  국세 처분을 다투는 행정소송은 원칙적으로 심사청구나 심판청구를 거쳐야 합니다. 세무조사결정을 다툴 때도 이 전치 절차가 적용되는지 검토해 조사 개시 전에 절차를 정해 두는 것이 안전합니다.
• 위법한 재조사로 나온 세금도 내야 하나요?
  과세처분이 나오면 일단 그 처분에 대한 불복 절차를 밟아야 합니다. 재조사 금지를 어긴 조사로 얻은 자료에 근거한 과세처분이라면 그 위법을 과세처분 불복에서 함께 주장할 수 있습니다. 과세처분 불복 기한은 따로 계산해야 합니다.

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