상속세

두 감정기관 평균가로 토지를 평가했는데 세무서가 재감정해 올릴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 납세자 쪽 두 감정기관의 평균 감정가액이 있고 시행령이 정한 재감정 사유가 인정되지 않으면 세무서가 따로 맡긴 재감정가액을 시가로 볼 수 없습니다. 대법원은 2024년 리조트 회사 합병 과세 사건에서 평가심의위원회를 거쳤다는 절차만으로 재감정 사유를 인정한 원심을 파기했습니다. 지금은 원감정 의뢰 목적과 감정기관 선정 경위를 보여 주는 자료부터 확인하십시오.

감정평가를 다시 받아 세무서 재감정가액보다 높게 나오는지를 먼저 확인해야 다툴 수 있는 것은 아닙니다. 쟁점은 원래 감정가액에 재감정 사유가 있었는지입니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 2023년 비상장 계열사를 흡수합병하면서 계열사가 가진 지방 임야를 감정평가법인 두 곳에 맡겨 그 평균액으로 주식 가치를 평가하고 합병비율을 정했습니다. 2025년 세무조사에서 지방국세청은 감정가액이 낮다며 평가심의위원회를 거쳐 평가기간이 지난 뒤 다른 감정기관 두 곳에 소급감정을 맡겼고, 세무서는 그 평균액을 시가로 보아 합병 상대 회사 주주들에게 법인세를 늘려 고지했습니다. 원래 감정가액은 개별공시지가 기준 금액보다 높았습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

납세자가 받은 감정가액은 언제 시가로 인정되나요?

평가기간 안에 둘 이상의 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있으면 그 평균액이 시가로 인정됩니다. 상속세·증여세에서 재산은 평가기준일 현재 시가로 평가하고, 수용가격·공매가격·감정가격 등 시행령이 정한 가액도 시가에 포함됩니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「상속세 및 증여세법 시행령」도 이 원칙을 두고 있습니다.

이 원칙은 법인세 부당행위계산부인에도 쓰입니다. 특수관계인과의 거래로 소득을 부당하게 줄였는지 판단할 때는 시가를 기준으로 하는데, 비상장주식처럼 시가가 불분명하면 상속세 및 증여세법의 평가 방법을 준용해 순자산가액을 계산합니다. 순자산가액은 평가기준일 현재 자산을 법에 따라 평가한 가액에서 부채를 뺀 금액입니다.

세무서가 재감정을 맡길 수 있는 경우는 언제인가요?

원감정가액이 기준금액에 미달하거나, 기준금액 이상이어도 평가심의위원회를 거쳐 감정평가 목적 등에 비추어 부적정하다고 인정되는 경우입니다. 이때 세무서장 등이 다른 감정기관에 맡긴 가액을 쓰되, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮으면 쓰지 않습니다.

대법원은 이 규정의 취지를, 감정 목적에 따라 평가액이 달라지는 한계를 고려해 원감정가액을 시가로 보는 것이 객관적으로 부당한 경우에만 과세관청의 재감정을 예외적으로 허용한 것으로 보았습니다. 그래서 원감정가액이 있고 재감정 사유가 인정되지 않으면, 재감정가액이 공신력 있는 감정기관의 가액이더라도 시가로 볼 수 없다고 판단했습니다.

평가심의위원회를 거쳤으면 재감정 사유가 인정되나요?

그것만으로는 인정되지 않습니다. 원감정가액이 기준금액 이상인 경우의 재감정 사유는 위원회를 거쳤는지만으로 판단할 것이 아니라 원감정의 평가 목적, 납세자와 감정기관의 관계, 통모 여부, 조세회피 의사, 위원회의 검토 내용과 결과를 함께 보고 개별적으로 판단해야 합니다. 위원회는 국세청장이 과세관청에 두는 기관이라는 점도 이유가 되었습니다.

이 사건 원심은 위원회 자문을 거쳤다는 이유만으로 재감정 사유가 있다고 전제했고, 대법원은 이를 법리 오해로 보아 원심판결을 파기하고 서울고등법원으로 돌려보냈습니다. 대법원이 재감정가액이 시가가 아니라고 확정한 것은 아니며, 재감정 사유가 있었는지는 환송 후 다시 심리됩니다. 판결은 2014. 2. 21. 개정 전 시행령의 「자문」 문언을 적용했고, 현행 시행령은 「심의」를 거치도록 정합니다.

입회보증금은 부채로 전액 빼 주나요?

아닙니다. 회원에게 받은 입회보증금처럼 원본 회수기간이 긴 채무는 정해진 할인율로 현재가치로 할인한 금액만 부채로 뺄 수 있다는 원심 판단을 대법원이 유지했습니다. 리조트·골프장 회사의 주식 가치를 순자산가액으로 계산할 때 입회보증금 전액을 부채로 넣으면 주식 가치가 낮게 평가되어 다툼이 생깁니다.

재감정 과세 대응 순서

• 원감정 자료 확보 - 감정 의뢰서, 감정평가서, 평가기준일과 작성일을 모읍니다. 평가기간 안의 감정인지가 출발점입니다.
• 기준금액 비교 - 원감정가액과 개별공시지가 등 보충적 평가액, 유사사례가액을 비교합니다. 기준금액 이상이면 재감정 사유는 위원회의 부적정 판단으로만 생깁니다.
• 감정 목적과 관계 정리 - 감정을 의뢰한 목적, 감정기관 선정 경위, 납세자와 감정기관의 관계를 정리합니다. 통모나 조세회피 의사가 없었다는 사정이 됩니다.
• 위원회 검토 내용 확인 - 평가심의위원회 회의 자료와 결과를 정보공개 청구 등으로 확인합니다. 위원회가 무엇을 근거로 부적정하다고 봤는지가 쟁점이 됩니다.
• 불복 청구 - 처분 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 합니다. 재조사결정 뒤의 감액경정도 다시 다툴 수 있는지 함께 봅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 상속·증여·합병 중 어느 거래인지와 평가기준일, 적용 시행령 시점에 따라 재감정 사유의 문언이 달라지므로 감정평가서와 과세 통지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세·상속세 부과처분에 대한 조세불복과 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 감정가액은 어떤 경우에 시가가 되나요?
  평가기간 안에 둘 이상의 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있으면 그 평균액이 시가로 인정됩니다. 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 제2호가 정하는 기준입니다. 상속재산은 평가기준일 전후 6개월, 증여재산은 평가기준일 전 6개월부터 후 3개월까지가 평가기간입니다.
• 세무서 재감정가액이 내 감정가보다 낮으면요?
  그 경우에는 세무서 재감정가액을 쓰지 않습니다. 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 제2호 단서는 세무서장 등이 다른 감정기관에 의뢰한 가액에 의하되, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮으면 그렇지 않다고 정합니다. 재감정은 납세자 감정가가 부당하게 낮은 경우를 바로잡는 장치이기 때문입니다.
• 재감정 사유가 없으면 재감정가액은 어떻게 되나요?
  시가로 볼 수 없습니다. 대법원 2024. 4. 12. 선고 2020두54265 판결은 원감정가액이 있고 시행령이 정한 재감정 사유가 인정되지 않으면, 과세관청이 의뢰한 재감정가액은 공신력 있는 감정기관의 가액이라도 시가로 볼 수 없다고 판단했습니다. 소급감정이라는 이유만으로 시가가 부정되지는 않지만 재감정 사유가 먼저 있어야 합니다.
• 재감정 사유는 무엇을 보고 판단하나요?
  원감정가액이 기준금액 이상이라면 평가심의위원회를 거쳤는지만이 아니라 감정평가 목적, 납세자와 감정기관의 관계, 통모 여부, 조세회피 의사, 위원회의 검토 내용과 결과를 함께 보고 개별적으로 판단합니다. 대법원 2024. 4. 12. 선고 2020두54265 판결이 제시한 기준이며, 이 판결은 개정 전 시행령의 「자문」 문언을 적용했습니다.
• 합병 과세에도 상속세법 평가 규정이 적용되나요?
  적용됩니다. 법인세법 제52조는 부당행위계산부인을 적용할 때 시가를 기준으로 하고, 비상장주식처럼 시가가 불분명하면 상속세 및 증여세법의 평가 방법을 준용합니다. 그래서 합병비율을 정하기 위한 순자산가액 계산에서도 토지 감정가액의 시가 인정 기준과 재감정 사유가 그대로 쟁점이 됩니다.
• 입회보증금은 전액 부채로 빼 주나요?
  아닙니다. 대법원 2024. 4. 12. 선고 2020두54265 판결은 회원에게 받은 입회보증금 가운데 관련 규정에 따라 현재가치로 할인한 가액만 순자산가액 계산 시 부채로 뺄 수 있다는 원심 판단을 유지했습니다. 원본 회수기간이 긴 보증금을 전액 부채로 보면 주식 가치가 낮아지기 때문입니다.
• 이 판결로 과세가 취소됐나요?
  확정되지 않았습니다. 대법원은 원심이 위원회 자문만으로 재감정 사유를 인정한 잘못을 지적하며 원심판결을 파기하고 서울고등법원으로 돌려보냈습니다. 원감정가액에 재감정 사유가 있었는지는 환송 후 다시 심리되므로, 다른 사건에서도 같은 사실관계를 증명하는 자료가 필요합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 명의신탁 증여세, 비상장주식 값은 어떻게 매기고 다툴 수 있나요?
• 반환 시기가 불확실한 임대보증금도 주식 평가 때 현재가치로 할인하나요?
• 상조회사가 선급비용으로 잡은 모집수당은 주식 평가 때 자산에서 빼나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기