부가가치세

생활폐기물 수집·운반 용역도 부가가치세가 면제되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.04 갱신

네, 생활폐기물이나 의료폐기물 처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 그 폐기물의 수집·운반 및 처리용역은 부가가치세가 면제됩니다. 부가가치세법 제26조 제1항 제5호와 같은 법 시행령 제35조 제12호가 의료보건 용역의 하나로 정합니다. 지금은 계약 상대방의 폐기물이 생활폐기물인지 사업장폐기물인지부터 나눠 보십시오.

허가를 받은 폐기물처리업체라고 해서 모든 매출이 면세가 되지는 않습니다. 반대로 생활폐기물 용역이라면 따로 면세 신청을 하지 않아도 법에 따라 면제됩니다.

이런 상담이 많습니다

E사는 2024년 생활폐기물 수집·운반업 허가를 받아 구청과 대행계약을 맺고, 같은 해 공장들과도 사업장폐기물 운반 계약을 따로 맺었습니다. 2026년 7월 부가가치세 신고를 앞두고 세무 담당자가 구청 대행료와 공장 운반료를 모두 면세로 처리해도 되는지 물어 왔습니다. 공장 운반료는 월 1,500만원, 구청 대행료는 월 6,000만원 규모였습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

어떤 폐기물처리 용역이 부가가치세 면제 대상인가요?

면제 대상은 두 가지입니다. 「폐기물관리법」 제25조에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 그 폐기물의 수집·운반 및 처리용역, 그리고 같은 법 제29조에 따라 처리시설 설치승인을 받거나 설치신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역입니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「부가가치세법 시행령」 제35조 제12호가 이를 의료보건 용역으로 정합니다.

면세되는 용역에 통상적으로 딸린 재화나 용역의 공급도 면세 용역에 포함됩니다. 다만 어떤 부분이 통상적으로 딸린 공급인지는 계약 내용과 거래 관행을 보고 따로 판단합니다.

사업장폐기물을 처리해 주는 용역도 면세인가요?

아닙니다. 시행령 제35조 제12호는 생활폐기물과 의료폐기물만 정하고 있어, 공장 등 배출시설을 운영하는 사업장에서 나오는 사업장폐기물의 수집·운반·처리용역은 면세 대상에 들어가지 않습니다. 이 용역은 일반 과세 거래로 보아 세금계산서를 발급해야 합니다. 생활폐기물은 사업장폐기물 외의 폐기물을 말하므로, 계약서에 배출 장소와 폐기물 종류를 적어 두면 구분이 쉬워집니다.

같은 업체가 면세 용역과 과세 용역을 함께 하면 매입세액도 나눠야 합니다. 면세사업에 관련된 매입세액은 공제하지 않으므로, 청소차 유류비나 정비비처럼 공통으로 쓰는 비용은 안분 계산이 필요합니다.

면세를 포기하고 과세로 신고할 수 있나요?

폐기물처리 용역은 면세 포기 대상이 아닙니다. 면세 포기는 영세율 적용 대상이거나 제26조 제1항 제12호·제15호·제18호에 해당하는 공급에만 허용되고, 폐기물처리 용역이 속한 제5호는 여기에 없습니다. 매입세액을 공제받으려고 생활폐기물 용역을 과세로 바꿔 신고할 수는 없습니다.

폐기물처리 용역 부가가치세 대응 순서

• 계약별 대상 확인 - 계약마다 대상 폐기물이 생활·의료폐기물인지 사업장폐기물인지 나눕니다. 이 구분이 면세와 과세를 가릅니다.
• 허가 내용 대조 - 허가증의 업종과 폐기물 종류가 계약 내용과 맞는지 봅니다. 생활폐기물 허가 없이 수행한 용역은 면세 요건을 갖추지 못합니다.
• 증빙 발급 - 면세 용역은 계산서, 과세 용역은 세금계산서를 발급합니다. 한 거래처라도 계약별로 나눠 발급합니다.
• 매입세액 안분 - 공통 비용의 매입세액을 면세·과세 공급가액 비율로 나눕니다. 면세분은 공제하지 않습니다.
• 과거 신고 점검 - 사업장폐기물 용역을 면세로 신고했다면 수정신고를 검토합니다. 세무서 지적 전에 바로잡으면 가산세 부담을 줄일 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 생활폐기물과 사업장폐기물이 섞여 배출되는 현장이나 재활용 판매대금이 함께 오가는 계약은 계약서와 허가 내용을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 과세처분과 경정청구 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 생활폐기물 처리용역은 왜 면세인가요?
  부가가치세법이 의료보건 용역의 하나로 정하고 있기 때문입니다. 부가가치세법 제26조 제1항 제5호는 대통령령으로 정하는 의료보건 용역을 면세하고, 시행령 제35조 제12호가 생활폐기물·의료폐기물 처리업 허가를 받은 사업자의 수집·운반 및 처리용역을 그 범위에 넣고 있습니다.
• 공장 폐기물 운반비에도 세금계산서를 끊어야 하나요?
  네, 사업장폐기물의 운반은 면세 대상이 아니므로 세금계산서를 발급해야 합니다. 시행령 제35조 제12호는 생활폐기물과 의료폐기물만 정하고, 폐기물관리법 제2조 제3호는 배출시설을 운영하는 사업장 등에서 나오는 폐기물을 사업장폐기물로 따로 정의합니다.
• 재활용 용역도 면세가 되나요?
  생활폐기물의 재활용용역은 요건을 갖추면 면세됩니다. 시행령 제35조 제12호 후단은 폐기물관리법 제29조에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 설치신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역을 면세로 정합니다. 사업장폐기물 재활용은 여기에 들어가지 않습니다.
• 면세를 포기하고 매입세액을 공제받을 수 있나요?
  폐기물처리 용역은 면세 포기가 허용되지 않습니다. 부가가치세법 제28조 제1항은 영세율 적용 대상과 제26조 제1항 제12호·제15호·제18호의 공급만 면세 포기를 허용하고, 폐기물처리 용역이 속한 제5호는 포함하지 않습니다. 면세 용역 관련 매입세액은 공제되지 않습니다.
• 면세와 과세 용역을 같이 하면 매입세액은 어떻게 하나요?
  공통으로 쓰는 비용의 매입세액은 나눠서 면세 부분은 공제하지 않습니다. 부가가치세법 제39조 제1항 제7호는 면세사업등에 관련된 매입세액을 공제하지 않는다고 정합니다. 청소차 유류비·정비비처럼 두 사업에 같이 쓰는 비용은 공급가액 비율 등으로 안분합니다.
• 생활폐기물 허가 없이 처리하면 면세가 되나요?
  되지 않습니다. 시행령 제35조 제12호는 폐기물관리법 제25조에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 용역으로 한정합니다. 허가 범위를 벗어난 용역은 면세 요건을 갖추지 못하고, 폐기물관리법상 업종 범위 위반 문제도 생길 수 있습니다.

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