양도소득세

상가가 재개발 입주권으로 바뀌어 받은 새 아파트, 2년 거주해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 상가를 재개발 조합에 내고 2017년 8월 2일 이전에 관리처분계획인가와 주택 공급계약을 마쳐 받은 새 아파트는 1세대 1주택 비과세에서 2년 거주요건을 적용하지 않습니다. 국세청은 인가일에 상가를 주택으로 용도변경한 것으로 보아 2017년 8월 2일 이전 취득 주택에 관한 종전 규정을 적용했습니다. 지금은 인가 고시문과 조합원 공급계약서의 날짜부터 확인해야 합니다.

새 아파트에 서둘러 전입해 2년을 채우지 않아도 됩니다. 관리처분계획인가와 주택 공급계약이 2017년 8월 2일 이전이면 거주기간은 묻지 않고 보유 요건만 따집니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2008년 재개발 예정 구역 안의 1층 상가를 사서 세를 주었습니다. 2016년 5월 관리처분계획이 인가되었고, 2017년 3월 조합과 새 아파트 한 채의 조합원 공급계약을 맺었습니다. 권리가액이 분양가액보다 커서 차액은 청산금으로 돌려받기로 했습니다. 2017년 8월 3일 그 지역이 조정대상지역으로 지정되었고, 아파트는 2020년 준공되었습니다. A씨는 다른 주택 없이 이 아파트를 전세로 놓았다가 2026년 매도를 앞두고, 조정대상지역 주택인데 2년을 살지 않아도 1세대 1주택 비과세가 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 상가에서 바뀐 신축주택을 어떻게 해석했나요?

국세청은 상가를 재개발 조합에 내고 2017년 8월 2일 이전에 관리처분계획인가와 주택 공급계약을 마쳐 받은 신축주택에는 1세대 1주택 비과세 거주요건을 적용하지 않는다고 답했습니다. 서면-2018-법령해석재산-1711(2019. 5. 15.) 사안에서 질의자는 2004년 6월 상가를 샀고, 2015년 6월 관리처분계획인가, 2016년 11월 조합원 공급계약을 거쳤습니다. 그 지역은 2017년 8월 3일 조정대상지역이 되었고, 질의자 세대는 인가일부터 입주 때까지 다른 주택이나 입주권이 없었습니다.

판단 이유는 두 갈래입니다. 상가를 조합에 제공하고 주택을 분양받았다면 관리처분계획인가일 전까지는 상가를, 그 뒤로는 주택을 보유한 것으로 볼 수 있습니다. 이는 인가일에 상가를 주택으로 용도변경한 것과 같으므로, 그날을 주택 취득일로 보면 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택이 됩니다. 또 거주요건을 처음 둔 2017년 9월 개정 시행령의 부칙이 그 전에 취득한 주택에 종전 규정을 적용하도록 한 취지에 비추어, 이미 분양계약을 마친 사람에게 거주요건을 붙이지 않는 것이 맞다고 보았습니다. 이 회신은 질의자가 밝힌 사실관계를 전제로 한 것이므로, 인가일이나 공급계약일이 2017년 8월 3일 이후이거나 다른 주택이 있었다면 결론이 달라질 수 있습니다.

조정대상지역 주택의 2년 거주요건은 언제 붙나요?

2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택에 대해 보유 2년에 더해 그 기간 중 거주 2년을 요구합니다. 취득 당시 조정대상지역이 아니었다면 보유 2년만 채우면 됩니다. 거주기간은 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지로 셉니다. 거주요건은 2017년 9월 19일 개정으로 생겼고, 그 부칙은 아래 주택에 종전 규정을 적용하도록 정했습니다.

• 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택 - 거주요건 없이 보유 요건만 봅니다. 상가 회신은 이 호를 적용했습니다.
• 2017년 8월 2일 이전 매매계약과 계약금 지급 - 증빙서류로 확인되고, 계약금 지급일 현재 세대가 무주택이었던 경우입니다.
• 2017년 8월 3일 이후 취득해 개정 시행령 시행 전에 양도한 주택 - 종전 규정을 따릅니다.

회신 뒤 무엇이 바뀌었나요?

같은 방향의 해석이 이어졌습니다. 땅만 가진 조합원이 2017년 8월 2일 이전에 조합원입주권을 받아 지어진 주택에 대해서도, 기획재정부 재산세제과-584(2024. 5. 17.)는 거주요건을 적용하지 않는 안이 타당하다고 회신했고, 국세청은 서면-2022-법규재산-4321(2024. 5. 22.)로 이를 안내했습니다. 상가든 나대지든 종전 부동산이 주택이 아니었던 경우에 인가 시점을 기준으로 본다는 흐름입니다. 현행 시행령도 취득 당시 조정대상지역 주택에 거주 2년을 요구하는 구조를 그대로 두고 있어, 회신의 결론은 지금 양도하는 경우에도 쓸 수 있습니다.

인가나 공급계약이 2017년 8월 3일 이후라면 어떻게 되나요?

이 경우에는 회신의 결론을 그대로 쓰기 어렵고, 새 주택을 취득할 당시 조정대상지역이었는지에 따라 거주 2년을 요구받을 수 있습니다. 다만 조정대상지역 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 맺고 계약금을 낸 사실이 증빙서류로 확인되고 그날 세대가 무주택이었다면 거주기간 제한을 받지 않습니다. 조합원 지위를 다른 사람에게서 승계받았다면 승계 계약일과 계약금 지급일을 따로 따져야 합니다.

상가 재개발 신축주택 비과세 대응 순서

• 인가일 확인 - 관리처분계획인가 고시문으로 인가일을 확인합니다. 2017년 8월 2일 이전인지가 출발점입니다.
• 공급계약서 확보 - 조합원 공급계약서의 체결일과 청산금 정산 내역을 확보합니다. 회신은 인가와 공급계약이 모두 그 전인 사안이었습니다.
• 세대 보유 현황 정리 - 인가일부터 양도일까지 세대가 가진 다른 주택과 입주권을 날짜순으로 적습니다. 다른 주택이 있으면 비과세 판단이 달라집니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 비과세로 신고하고, 실지거래가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분의 세액을 계산합니다.
• 부인 시 불복 - 거주요건 미충족으로 과세되면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 이미 세금을 냈다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 상가 일부만 조합에 제공했거나 인가 뒤 관리처분계획이 변경된 사안은 고시문과 공급계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대 1주택 비과세 부인에 대한 경정청구와 양도소득세 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 거주요건이 빠져도 보유 2년은 채워야 하나요?
  네, 거주요건만 빠질 뿐 1세대 1주택 비과세의 보유 2년 요건은 그대로 남습니다. 보유기간은 소득세법 제95조 제4항에 따라 계산하는데, 상가에서 바뀐 신축주택의 기산일은 이 회신이 직접 다루지 않았습니다. 관리처분계획인가일, 사용승인일, 등기일을 모두 적어 두고 양도 전에 계산해 보아야 합니다.
• 양도할 때 다른 집이 있으면 어떻게 되나요?
  1세대 1주택 비과세는 양도일 현재 세대가 국내에 1주택만 보유할 것을 전제로 합니다. 회신 사안도 인가일부터 입주 때까지 다른 주택이나 입주권이 없었습니다. 다른 주택이 있다면 일시적 2주택 같은 특례에 해당하는지를 먼저 따져야 하고, 거주요건 배제만으로 비과세가 되지는 않습니다.
• 양도가액이 12억원을 넘으면 전부 과세되나요?
  아니요, 비과세 요건을 갖춘 주택이라도 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘는 고가주택은 12억원을 넘는 부분에 해당하는 양도차익만 과세됩니다. 이 경우 비과세 주택이어도 넘는 부분에 대해 예정신고를 해야 합니다. 상가 취득 계약서와 관리처분계획상 권리가액, 청산금 정산 내역을 함께 보관해 두면 세액 계산에 바로 쓸 수 있습니다.
• 인가만 2017년 8월 2일 전이고 계약은 뒤라면요?
  상가 회신은 관리처분계획인가와 주택 공급계약이 모두 2017년 8월 2일 이전인 사안이었습니다. 나대지 사안의 2024년 회신은 그날 이전에 입주권으로 전환된 점을 기준으로 거주요건을 배제했습니다. 공급계약만 그 뒤에 맺은 경우를 직접 다룬 회신은 아니므로 인가 고시문과 계약서를 놓고 따로 따져야 합니다.
• 조합원 지위를 승계받은 경우에도 같나요?
  회신은 본인이 원래 갖고 있던 상가를 조합에 제공한 사안입니다. 2017년 8월 3일 이후 다른 조합원의 지위를 승계해 받은 주택에는 이 결론을 그대로 쓰기 어렵습니다. 이때는 조정대상지역 공고일 이전에 계약하고 계약금을 냈는지, 그날 세대가 무주택이었는지로 거주기간 제한을 벗어날 수 있는지 검토합니다.
• 지금은 조정대상지역이 해제됐으면요?
  거주요건은 취득 당시 조정대상지역이었는지로 정하므로 양도 당시 해제됐다는 사정만으로는 빠지지 않습니다. 그래서 상가에서 바뀐 신축주택은 2017년 8월 2일 이전 취득으로 볼 수 있는지가 여전히 결론을 가릅니다. 지정·해제 날짜는 국토교통부 공고문으로 확인합니다.
• 비과세가 부인되면 어떻게 다투나요?
  세무서가 거주요건 미충족을 이유로 양도소득세를 고지하면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 이미 과세로 신고하고 세금을 냈다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구로 비과세를 주장합니다. 인가 고시문, 공급계약서, 이 회신을 함께 제출합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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