Lexle
세금 가이드 목록

주식·명의신탁

두 회사가 같은 날 서로 주식을 과반 사들이면 금지된 모회사 주식 취득인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 금지 위반이 아닙니다. 대법원은 상법의 자회사 모회사 주식 취득 금지가 이미 모자회사 관계가 생긴 회사들 사이에만 적용되므로, 두 회사가 동시에 서로의 주식을 과반 취득해 관계가 함께 생긴 경우에는 적용되지 않는다고 판단했습니다. 지금은 두 회사의 주식 취득 계약일과 대금 지급일이 같은지부터 확인하십시오.

기한

이 주식 취득을 이유로 나온 법인세 고지를 다투려면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원 심판청구나 국세청 심사청구를 해야 합니다.

이미 모자회사 관계가 생긴 뒤에 자회사가 모회사 주식을 사는 경우만 금지됩니다. 서로 같은 시점에 주식을 취득해 관계가 동시에 생겼다면 상법 위반을 걱정해 주식을 서둘러 처분할 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

제조업을 하는 D사와 유통업을 하는 E사는 2023년 사업 제휴를 하면서 같은 날 계약을 맺고 서로 상대 회사 주식을 사들였습니다. 그 결과 E사는 D사 주식의 60%를, D사는 E사 주식의 55%를 갖게 됐습니다. 2025년 세무서는 D사가 사실상 자회사로서 모회사 주식을 취득해 상법상 무효이므로 E사 주식은 수익을 낼 수 없는 무수익 자산이고 매입대금은 업무무관 가지급금이라며 법인세를 고지했습니다. D사는 두 회사가 동시에 주식을 취득했을 뿐이라며 다투려 합니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

자회사는 모회사 주식을 살 수 없나요?

원칙적으로 살 수 없습니다. 다른 회사 발행주식 총수의 100분의 50을 넘게 가진 회사가 모회사이고, 그 다른 회사가 자회사입니다. 자회사는 주식의 포괄적 교환·이전, 합병, 영업 전부 양수, 권리 실행에 필요한 경우가 아니면 모회사 주식을 취득할 수 없습니다.

자회사의 모회사 주식 취득 예외
구분내용
예외 1주식의 포괄적 교환·이전, 합병, 영업 전부 양수
예외 2회사의 권리 실행에 필요한 때
처분 의무취득한 날부터 6개월 안에 처분
위반 시취득 무효, 2천만원 이하 벌금

출처 - 상법 제342조의2 제1항·제2항

예외로 취득한 경우에도 취득한 날부터 6개월 안에 모회사 주식을 처분해야 합니다. 이를 어기면 2천만원 이하의 벌금에 처해집니다. 대법원은 이 금지를 어긴 자회사의 모회사 주식 취득은 당연히 무효라고 봅니다.

두 회사가 동시에 서로 주식을 취득해도 금지 위반인가요?

위반이 아닙니다. 대법원은 상법 제342조의2 제1항이 이미 모자회사 관계가 형성된 회사들 사이에서 자회사가 모회사 주식을 취득하는 것만 금지한다고 판단했습니다. 한 회사가 다른 회사 주식을 취득하는 시점에 상대 회사도 그 회사 주식을 50% 넘게 취득해 모자회사 관계가 동시에 생겼다면 이 조항이 적용되지 않습니다.

대법원은 근거로 세 가지를 들었습니다. 조문이 소유 주식 수로 모회사를 정하고 있고, 모자회사 관계가 생긴 뒤의 취득을 전제로 하며, 위반하면 형사처벌을 받으므로 넓게 해석할 수 없다는 것입니다. 그래서 두 회사가 각자 상대 주식을 동시에 취득했다고 본 원심을 그대로 유지했습니다. 동시에 취득했는지는 사실인정의 문제여서 계약일, 대금 지급일, 명의개서일 기록이 중요합니다.

동시 취득이 유효하면 세금은 어떻게 되나요?

주식 취득이 유효하고 상대 회사에 기업가치가 있다면 그 주식을 무수익 자산으로 볼 수 없습니다. 무수익 자산은 법인의 수익에 공헌하지 못하고 장래에도 수익을 얻을 가능성이 희박한 자산을 말합니다. 이 사건에서 법원은 상대 회사의 재무 상태로 보아 기업가치가 없다고 볼 수 없다며 부당행위계산 부인을 받아들이지 않았습니다.

주식 매입대금도 업무와 관계없이 빌려준 돈인 업무무관 가지급금으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 계약에 따라 정당하게 지급한 대가라는 이유입니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「법인세법 시행령」도 무수익 자산 매입을 부당행위계산 유형으로 같은 문언으로 정하고 있습니다.

손자회사도 모회사 주식을 못 사나요?

모회사와 자회사가 함께, 또는 자회사가 혼자 다른 회사 발행주식 총수의 100분의 50을 넘게 가지고 있으면 그 다른 회사도 모회사의 자회사로 봅니다. 그래서 손자회사도 원칙적으로 모회사 주식을 취득할 수 없습니다. 지분 구조가 여러 단계라면 각 단계의 지분율을 합쳐 계산해야 합니다.

부당행위계산 부인은 특수관계인과의 거래로 법인세 부담을 부당하게 줄였을 때 적용됩니다. 상호 주식 취득이 상법상 유효하더라도 거래가격이 시가와 다르면 별도로 따질 수 있습니다.

상호 주식 취득 과세 대응 순서

  • 취득 시점 정리 - 두 회사의 주식 취득 계약일, 대금 지급일, 명의개서일을 표로 만듭니다. 동시 취득인지가 첫 쟁점입니다.
  • 지분율 확인 - 취득 전후 각 회사의 지분율이 50%를 넘는 시점을 확인합니다. 손자회사 간주 여부도 봅니다.
  • 기업가치 자료 - 상대 회사의 재무제표와 사업계획으로 수익 가능성을 보여 줍니다. 무수익 자산 주장에 대한 반박 자료입니다.
  • 불복 청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구나 심사청구를 합니다. 소득금액변동통지도 함께 다툽니다.
  • 취소소송 - 결정에 불복하면 90일 안에 행정소송을 냅니다. 동시 취득이라는 사실관계를 앞세웁니다.

여기까지는 일반 기준이고, 한쪽 회사가 먼저 과반 지분을 가진 상태에서 나머지 주식을 사들였다면 계약서와 주주명부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부당행위계산 부인에 따른 법인세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

실무상 착안점

상호 출자로 서로 과반 지분을 갖게 되면 무조건 상법 위반이라 주식이 무효가 된다고 생각하기 쉽습니다. 대법원은 금지 규정이 형사처벌까지 걸린 조항이므로 문언대로 이미 모자회사 관계가 있는 경우로 좁혀 읽었습니다. 세무서가 상법 무효를 전제로 과세했다면 그 전제부터 다툴 수 있습니다.

결론을 가르는 것은 시점입니다. 두 회사의 주식양수도 계약서, 대금 이체 기록, 주주명부 명의개서일, 이사회 의사록에 적힌 날짜가 같은 거래로 묶여 있어야 동시 취득으로 인정받을 수 있습니다. 한쪽이 며칠이라도 먼저 과반을 확보했다면 결론이 달라질 수 있습니다.

과세 다툼에서는 상법상 유효성 다음으로 상대 회사의 가치가 쟁점이 됩니다. 재무제표와 매출 자료가 있어야 무수익 자산이 아니라는 주장을 세울 수 있고, 매입대금이 계약상 대가라는 기록은 업무무관 가지급금 주장을 막는 근거가 됩니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 부당행위계산 부인에 따른 법인세 부과처분 취소소송을 수행해 왔으며, 상호 주식 취득 사건에서는 취득 계약과 대금 지급 시점을 먼저 맞춰 상법상 유효성을 확인한 뒤 상대 회사의 기업가치 자료로 대응합니다.

  • 법인세 부과처분 취소소송
  • 과세처분 고지 후 조세불복 병행
  • 세무조사 소명·의견서 대응(지방국세청)
  • 조세심판 결정 후 소송 실익 검토의견서

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

  • 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
  • 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
  • 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
  • 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
  • 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
  • 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

출처

2026.10.12 기준으로 조문을 확인했습니다.

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지