주식·명의신탁

상장회사 대주주 지분율을 따질 때 회사가 가진 자기주식도 넣나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 주주와 회사가 특수관계에 있으면 회사가 가진 자기주식도 넣어 상장회사 대주주 지분율을 계산합니다. 소득세법령에 자기주식을 빼는 규정이 없어 국세청은 의결권이 없어도 포함한다고 해석했습니다. 지금은 직전 사업연도 말 주주명부에서 본인, 친족, 자기주식 수와 최대주주 여부부터 확인해야 합니다.

자기주식에 의결권이 없다는 이유로 지분율 계산표를 따로 만들어 둘 필요는 없습니다. 국세청은 의결권 유무를 따지지 않고 자기주식을 그대로 넣어 계산합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 코스닥 상장회사를 세운 대표이사입니다. 2024년 말 기준으로 A씨 본인 지분은 1.3%, 배우자 지분은 0.4%였고, 회사가 사들여 갖고 있던 자기주식이 0.5%였습니다. A씨 가족 지분이 회사 주주 가운데 가장 많았습니다. A씨는 2025년 5월 보유 주식 일부를 장내에서 팔면서, 의결권 없는 자기주식은 빼고 계산하면 1.7%라 대주주가 아니라고 생각했습니다. 그러나 자기주식까지 더하면 2.2%로 코스닥 대주주 기준인 100분의 2를 넘습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

회사가 가진 자기주식도 대주주 지분율에 들어가나요?

네, 주주와 회사가 특수관계에 있으면 회사가 가진 자기주식은 발행주식총수와 그 주주 쪽 보유 주식수에 모두 들어갑니다. 소득세법은 양도소득세 대상 주식에서 자기주식을 빼는 규정을 두지 않았고, 대주주를 가릴 때도 자기주식을 제외하는 규정이 없습니다. 그래서 국세청은 상법상 의결권이 없더라도 주식 수에는 그대로 넣어 계산합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」도 같은 구조입니다.

대표이사와 회사가 특수관계인지는 어떻게 가리나요?

대표이사가 직접 또는 친족을 통해 회사 경영에 지배적인 영향력을 행사하면 그 회사는 대표이사의 특수관계인입니다. 지배적인 영향력은 발행주식총수의 100분의 30 이상을 출자했거나, 임원 임면권 행사나 사업방침 결정처럼 경영에 사실상 영향력을 행사하는 경우를 말합니다. 대표이사라는 직함만으로 정해지지 않고, 이사회 운영과 의사결정 과정을 보고 판단합니다.

• 출자 기준 - 본인과 친족 등이 발행주식총수의 100분의 30 이상 출자
• 사실상 영향력 - 임원 임면, 사업방침 결정 등 경영 전반에 실제 영향력 행사
• 판단 자료 - 이사회 의사록, 최대주주 법인과의 관계, 의결 과정

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 대표이사와 회사가 특수관계에 있으면 회사가 보유한 의결권 없는 자기주식을 발행주식총수와 주주 1인 및 기타주주의 보유 주식수에 포함해 지분율을 계산한다고 회신했습니다(서면-2015-법령해석재산-2137, 2016. 6. 14.). 질의자는 코스닥 상장법인의 대표이사였고, 최대주주는 다른 법인이었습니다. 국세청은 특수관계 여부는 경영 의사결정 과정과 영향력의 정도를 보고 가릴 사실판단 사항이라고 했습니다. 이유로는 자기주식을 빼는 규정이 없다는 점과, 대주주 기준은 과세 범위를 정하는 기준일 뿐 의결권으로 나눌 일이 아니라는 점을 들었습니다.

같은 날 나온 기준-2016-법령해석재산-0079도 자기주식을 넣어 대주주 지분율을 판정한다고 했고, 그 전에도 국세청은 무의결권 우선주를 상장주식 과세 대상에 포함한다고 해석했습니다(재산세과-765, 2009. 11. 19.). 이 회신은 질의자가 밝힌 지분 구조를 전제로 한 해석이라, 회사 경영에 대한 영향력이 없다고 인정되면 결론이 달라질 수 있습니다.

지금은 지분율과 시가총액 기준이 얼마인가요?

현행 기준으로 코스닥 상장주식은 지분율 100분의 2 이상이거나 시가총액 50억원 이상이면 대주주입니다. 유가증권시장 주식은 지분율 100분의 1, 코넥스 주식은 100분의 4가 지분율 기준이고 시가총액 기준은 모두 50억원입니다. 판단 시점은 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일입니다. 친족과 경영지배관계 법인의 지분은 본인과 특수관계인의 지분 합계가 그 회사 주주 가운데 가장 많을 때 합산합니다. 그 해에 주식을 더 사서 기준을 넘기면 그 취득일 이후 대주주로 봅니다.

대주주로 판정되면 세금은 어떻게 달라지나요?

상장주식을 장내에서 팔 때 대주주가 아니면 양도소득세 과세 대상이 아니지만, 대주주는 과세 대상이 됩니다. 세율은 과세표준 3억원까지 100분의 20, 3억원을 넘는 부분은 100분의 25입니다. 중소기업이 아닌 회사 주식을 1년 미만 보유하고 팔았다면 100분의 30입니다. 예를 들어 과세표준이 4억원이면 6,000만원에 1억원의 100분의 25인 2,500만원을 더해 8,500만원입니다.

상장주식 대주주 자기주식 대응 순서

• 기준일 주주명부 확인 - 직전 사업연도 말 주주명부에서 본인, 친족, 회사 자기주식 수를 확인합니다. 발행주식총수에도 자기주식이 들어가 있는지 봅니다.
• 최대주주 여부 확인 - 본인 쪽 지분 합계가 회사에서 가장 많은지 따집니다. 가장 많으면 친족과 경영지배관계 법인 지분을 합산합니다.
• 특수관계 자료 정리 - 이사회 의사록과 최대주주 법인과의 관계를 정리합니다. 회사 경영에 지배적 영향력이 없다면 그 사정을 보여 줄 자료를 남깁니다.
• 예정신고 - 대주주에 해당하면 반기 말일부터 2개월 안에 신고합니다. 신고하지 않으면 가산세가 붙습니다.
• 다툼 대비 - 과세 고지를 받으면 90일 안에 심판청구를, 이미 신고한 세액이 많았다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 최대주주가 다른 법인이거나 사모펀드가 지배하는 회사라면 이사회 운영 기록과 지분 구조를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주식 양도소득세 부과처분에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자기주식은 발행주식총수에서도 빼지 않나요?
  빼지 않습니다. 국세청은 회사가 가진 자기주식을 발행주식총수에 넣고, 주주와 회사가 특수관계에 있으면 주주 쪽 보유 주식수에도 넣어 지분율을 계산한다고 해석했습니다. 분모만 커지는 것이 아니라 분자에도 더해지므로, 회사를 지배하는 주주는 지분율이 올라갈 수 있습니다.
• 회사와 특수관계가 없으면 자기주식은 어떻게 되나요?
  회사와 특수관계가 없다면 자기주식은 그 주주의 보유 주식수에 더해지지 않습니다. 이때 기타주주로 합산되는 것은 친족 등 법령이 정한 관계에 있는 자의 지분뿐입니다. 특수관계 여부는 경영 의사결정 과정과 영향력 정도를 보고 가리는 사실판단 사항이라 기록이 중요합니다.
• 대표이사면 무조건 회사와 특수관계인가요?
  아니요, 직함만으로 정해지지 않습니다. 본인이나 친족 등이 발행주식총수의 100분의 30 이상을 출자했거나, 임원 임면권 행사나 사업방침 결정처럼 경영에 사실상 영향력을 행사해야 특수관계가 됩니다. 국세청도 질의 사안에서 이 부분은 구체적 사실관계에 따라 판단할 사항이라고 했습니다.
• 무의결권 우선주도 지분율에 넣나요?
  국세청은 무의결권 우선주도 양도소득세 과세 대상인 상장주식에 포함된다고 해석해 왔습니다(재산세과-765, 2009. 11. 19.). 자기주식 회신도 이 해석을 이유로 들며 의결권 유무로 나누지 않는다고 했습니다. 우선주를 함께 가졌다면 보통주와 합쳐 지분율을 따져 보아야 합니다.
• 코스닥 주식 대주주 기준은 얼마인가요?
  현행 기준으로 코스닥 상장주식은 직전 사업연도 종료일 현재 지분율 100분의 2 이상이거나 시가총액 50억원 이상이면 대주주입니다. 지분율은 본인 쪽 지분 합계가 회사에서 가장 많을 때 친족과 경영지배관계 법인 지분을 합산해 계산합니다.
• 연중에 주식을 더 사서 기준을 넘기면요?
  직전 사업연도 종료일에는 기준에 못 미쳤더라도 그 뒤 주식을 취득해 기준에 해당하게 되면 그 취득일 이후 양도하는 주식부터 대주주로 봅니다. 연중 매수일과 매도일의 순서를 날짜별로 정리해 두어야 합니다.
• 대주주 판정이 틀렸다고 보면 어떻게 다투나요?
  세무서가 결정이나 경정으로 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 대주주로 보고 이미 신고·납부했는데 대주주가 아니었다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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