법인세·소득세

직원과 공동명의로 사택 보증금을 나눠 내면 부당행위계산 대상인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 회사 기준금액은 회사가, 초과분은 직원이 내고 공동 임차인으로 계약하면 회사 부담 보증금은 임차사택으로 보아 부당행위계산을 적용하지 않는다는 것이 국세청 회신입니다. 법인세법 시행령은 주주가 아닌 임원과 직원에게 사택을 제공하는 것을 부당행위에서 빼고, 시행규칙은 법인이 직접 임차해 제공하는 주택을 임차사택으로 정합니다. 지금은 입주자가 주주인 임원인지와 계약서에 각자 부담액이 적혀 있는지부터 확인하십시오.

직원이 보증금 일부를 냈다고 해서 회사 부담분까지 직원에게 빌려준 돈으로 볼 필요는 없습니다. 회사 부담분과 직원 부담분이 계약서에 나뉘어 있으면 회사 부담 한도 안에서는 회사가 직접 임차한 사택으로 봅니다.

이런 상담이 많습니다

전국에 지사 40여 곳을 둔 B공사는 순환근무 직원에게 전용면적 85㎡ 이하 아파트를 임차사택으로 제공합니다. 2025년부터 사택 보증금 한도를 정하고, 한도를 넘는 집을 원하는 직원은 초과분을 스스로 내도록 바꾸면서 회사와 직원을 공동 임차인으로 하는 계약서를 쓰기 시작했습니다. 재무팀은 공동명의 때문에 회사 부담분이 직원에 대한 무상대여로 보일까 걱정했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

회사가 직원 사택 보증금을 내면 부당행위가 되나요?

주주가 아닌 임원이나 직원에게 사택을 제공하는 것은 부당행위계산 부인 대상에서 빠지므로, 회사가 낸 사택 보증금에 인정이자를 계산하지 않습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」은 자산을 무상으로 제공하는 행위를 부당행위로 보면서도 이 경우를 예외로 둡니다.

직원도 법인의 특수관계인입니다. 그래서 예외에 해당하지 않으면 회사가 낸 보증금은 직원에게 무상으로 이익을 준 것으로 보아 인정이자를 익금에 넣고 상여로 처분할 수 있습니다.

임차사택은 어떤 집을 말하나요?

임차사택은 법인이 직접 임차해 임원이나 직원에게 무상으로 제공하는 주택으로서 임차기간 동안 직원 등이 거주하는 집입니다. 입주 직원이 전근하거나 퇴직한 뒤 다른 입주 희망자가 없는 기간, 잔여기간 1년 이하에서 임대인이 갱신을 거절한 기간은 거주하지 않아도 임차사택으로 봅니다.

입주자 범위도 따로 봐야 합니다. 예외는 주주등이 아닌 임원(소액주주등인 임원 포함)과 직원에 한정되므로, 지분이 있는 오너 일가 임원에게 제공한 사택은 같은 결론이 나오지 않습니다.

직원과 공동 임차인이 되면 달라지나요?

회사 부담분과 직원 부담분을 계약서에 나눠 적고 공동 임차인으로 계약하면, 회사 부담 한도 안에서는 법인의 명의와 계산으로 임차한 사택으로 봅니다. 직원 부담분은 직원 자신의 돈이므로 회사와 무관하고, 회사가 낸 부분만 임차사택 보증금이 됩니다.

다만 국세청 해석 가운데에는 사용자와 종업원이 공동임차한 주택은 임차사택에 해당하지 않는다는 제목의 2012. 3. 16.자 해석도 검색됩니다. 계약 구조나 부담 방식이 다르면 결론이 갈릴 수 있으므로, 회사 부담분이 계약서와 송금 내역에서 분명히 구분되도록 해 두어야 합니다.

계약 구조를 짤 때는 세 가지를 함께 정해 두는 편이 안전합니다.

• 보증금 귀속 - 회사 부담분은 계약기간 동안 임대인에게 묶여 있고 직원이 다른 용도로 쓸 수 없다는 점을 규정에 둡니다.
• 회수 절차 - 퇴거, 전근, 퇴직이 생기면 회사 부담분을 회사 계좌로 먼저 돌려받는 절차를 정합니다.
• 지분 표시 - 계약서 특약에 회사와 직원 각자의 보증금 액수와 반환 순서를 적습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사용인이 거주할 주택을 임차하면서 회사 기준금액은 법인이, 초과금액은 사용인이 부담하고 법인과 사용인을 공동 임차인으로 계약한 경우, 그 주택은 임차사택에 해당하고 법인이 부담한 보증금에는 부당행위계산 부인 규정을 적용하지 않는다고 회신했습니다(법규법인2011-0440, 2011. 10. 27.). 2009년 시행규칙 개정으로 임차사택이 사택에 포함된 취지를 근거로 들었습니다.

이 회신은 사택관리 규정에 따라 부담 한도를 정하고 지분을 표시해 계약한 사실관계를 전제로 합니다. 직원이 보증금을 다른 용도로 쓸 수 없고 퇴거 때 회사가 회수하는 구조였다는 점도 판단에 들어갔습니다.

임차사택 보증금 대응 순서

• 입주자 확인 - 입주 임직원이 주주등인지 확인합니다. 지분 있는 임원 사택은 예외에서 빠집니다.
• 계약서 정비 - 회사 부담액과 직원 부담액, 각자의 지분을 임대차계약서에 적습니다.
• 규정과 회수 구조 - 사택관리 규정에 보증금 한도와 퇴거 시 회수 절차를 둡니다.
• 신고 점검 - 법인세 과세표준 및 세액신고서를 낼 때 사택 보증금을 가지급금 등의 인정이자 조정명세서 대상에서 빼는 근거를 남깁니다.
• 다툼 대비 - 조사에서 인정이자와 상여 처분이 예고되면 과세전적부심사를, 고지 뒤에는 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 오너 일가 임원 사택이나 직원이 실제로 거주하지 않는 주택이 섞여 있으면 계약서와 거주 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 부당행위계산 부인과 소득처분에 대한 과세전적부심사·심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 대표이사 사택 보증금도 같은 결론인가요?
  대표이사가 주주등이 아니거나 소액주주등이면 같은 예외가 적용될 수 있습니다. 그러나 지분을 가진 대표이사라면 사택 제공 예외에서 빠지므로, 회사가 낸 보증금에 대한 인정이자가 익금에 들어가고 상여로 처분될 수 있습니다.
• 직원이 이사 간 뒤 빈 사택도 임차사택인가요?
  입주 직원이 전근·퇴직·이사한 뒤 회사 안에 입주 희망자가 없는 기간, 잔여 계약기간이 1년 이하이고 임대인이 갱신을 거절한 기간은 거주자가 없어도 임차사택으로 봅니다. 그 밖에 비어 있는 기간은 예외에서 빠질 수 있습니다.
• 직원이 낸 초과 보증금은 회사와 상관없나요?
  계약서에 직원 부담분이 따로 적혀 있고 직원 돈으로 냈다면 그 부분은 직원 자신의 임차보증금입니다. 회사가 대신 내 주고 나중에 받기로 했다면 그 금액은 직원에 대한 대여금이 되어 인정이자 문제가 생길 수 있습니다.
• 임차사택이 아니면 어떤 세금이 생기나요?
  회사가 낸 보증금을 직원에게 무상으로 이익을 준 것으로 보아 시가 이자 상당액을 익금에 넣고, 귀속자인 임직원에게 상여로 처분할 수 있습니다. 상여로 처분되면 회사는 원천징수 의무를 지고 직원은 근로소득세를 냅니다.
• 사택을 회사 명의로만 계약해야 하나요?
  회사 단독 명의가 가장 분명하지만, 회신은 부담액을 구분해 공동 임차인으로 계약한 경우도 임차사택으로 보았습니다. 다만 공동임차 주택을 임차사택으로 보지 않은 취지의 해석도 있어 구조를 정할 때 계약서 문구를 함께 검토하는 것이 좋습니다.
• 이미 인정이자로 법인세를 더 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  임차사택인데도 인정이자를 익금에 넣어 신고했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 계약서, 사택관리 규정, 입주자 지위 자료를 함께 내야 하고, 거부되면 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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