감면·공제

세무조사로 소득이 늘었는데 늘어난 소득에도 중소기업 특별세액감면을 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

세무조사 경정이나 해명 안내 후 수정신고로 소득이 늘어도 중소기업 특별세액감면이 빠지는 것은 부정행위로 과소신고한 금액뿐입니다. 단순 누락이라면 늘어난 소득에도 감면이 적용되고 과소신고가산세도 10%이므로, 조사 단계에서 부정행위 판단부터 다퉈야 합니다. 무신고나 기한 후 신고는 결론이 다릅니다.

세무조사로 매출 누락이 드러나면 조사팀이 늘어난 소득 전체에 중소기업 특별세액감면을 빼겠다고 하는 경우가 있습니다. 그러나 법이 경정 때 감면을 빼도록 정한 것은 부정행위로 과소신고한 금액입니다. 단순한 누락이나 계산 착오라면 늘어난 소득에도 감면이 적용될 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

G씨는 지방에서 금속 가공업을 하는 소기업 사업자로, 2024년 귀속 종합소득세를 소득금액 1억원으로 신고하며 중소기업 특별세액감면을 받았습니다. 2026. 7. 세무조사에서 현금으로 받은 매출 3,000만원이 장부에 빠진 것이 확인되었고, 조사팀은 이를 부정행위로 보아 과소신고가산세 40%를 적용하고 늘어난 소득에는 감면을 배제한다고 알려 왔습니다. G씨는 장부 정리를 놓친 것일 뿐인데 감면까지 없어지는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

세무조사로 늘어난 소득에는 감면이 전혀 안 되나요?

세무서가 신고 내용을 경정하는 경우 중소기업 특별세액감면을 적용하지 않는 것은 대통령령으로 정하는 과소신고금액에 한정됩니다. 그 과소신고금액은 부정행위로 과소신고한 과세표준을 말합니다. 그래서 부정행위가 아닌 누락으로 늘어난 소득에는 감면을 적용합니다.

조세심판원도 장부를 갖추지 못해 추계로 늘어난 소득에 부당과소신고가산세를 매기고 감면을 뺀 처분에 대해, 일반 과소신고가산세 10%를 적용하고 감면도 적용하라고 결정했습니다. 직전 연도에 가공 매출을 신고한 사안에서도 부정행위로 볼 정도의 적극적 행위가 아니라며 감면을 적용하도록 했습니다.

다만 무신고로 세무서가 결정하거나 기한 후 신고를 한 경우에는 부정행위가 없어도 감면 전체가 배제됩니다. 사업용계좌를 신고하지 않았거나 현금영수증가맹점에 가입하지 않은 경우에도 그 사업장의 감면이 배제됩니다.

단순 누락과 부정행위는 어떻게 갈리나요?

부정행위는 이중장부, 거짓 증빙, 장부 파기, 소득의 은닉처럼 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말합니다. 매출을 장부에 적지 않은 사실만으로는 부족하고, 숨기기 위한 적극적인 행위가 있었는지가 기준입니다.

부정행위로 인정되면 그 부분 과소신고가산세가 40%로 오르고 감면도 빠지며, 부과제척기간이 10년으로 늘어납니다. 같은 누락이라도 결론이 크게 달라지므로 조사 단계에서 현금 매출이 빠진 경위를 구체적으로 소명해야 합니다. 누락된 돈이 사업용 통장에 그대로 들어와 있었는지, 장부를 따로 만들거나 거래 기록을 없앤 일이 있었는지가 판단의 중심이 됩니다. 조사 과정에서 쓴 확인서의 표현도 나중에 부정행위 판단의 자료가 되므로 서명 전에 내용을 확인하십시오.

G씨의 늘어난 소득 3,000만원에 35% 세율이 적용된다면 늘어난 산출세액은 1,050만원입니다. 단순 누락으로 보면 감면 30%인 315만원을 빼고 735만원에 가산세 10%가 붙지만, 부정행위로 보면 1,050만원 전부에 가산세 40%인 420만원이 붙습니다.

수정신고를 하면 감면은 어떻게 되나요?

국세청은 과소신고한 소득을 수정신고하는 경우에도 감면 배제 사유에 해당하지 않으면 중소기업 특별세액감면을 받을 수 있다고 봅니다. 세무서가 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우에도 법이 감면을 빼는 것은 부정행위로 과소신고한 금액입니다.

해명 안내를 받은 뒤 낸 수정신고는 과소신고가산세 감면을 받지 못합니다. 감면 적용 여부와 가산세 감면 여부는 따로 따져야 합니다. 스스로 일찍 수정신고하면 1개월 안 90%부터 2년 안 10%까지 과소신고가산세가 줄어듭니다. 예를 들어 2024년 귀속분은 2025. 5. 31.이 토요일이어서 법정신고기한이 2025. 6. 2.이었으므로, 2025. 11. 20.에 스스로 수정신고했다면 6개월 안이라 과소신고가산세의 50%가 줄어듭니다.

늘어난 소득에 감면을 다시 계산할 때 무엇을 확인하나요?

감면액은 감면 대상 사업장에서 생긴 소득에 대한 세액에 감면율을 곱해 계산합니다. 감면율은 소기업인지 중기업인지, 수도권 안인지 밖인지, 업종에 따라 5%에서 30%까지 다릅니다. 늘어난 소득이 감면 업종에서 생긴 것인지부터 확인해야 합니다.

감면액에는 한도가 있습니다. 상시근로자 수가 직전 연도보다 줄지 않았다면 1억원이고, 줄었다면 1억원에서 줄어든 1명당 500만원씩을 뺀 금액입니다. 소득이 크게 늘어난 경우 이 한도에 걸려 감면액이 생각보다 적을 수 있습니다.

감면 배제 대응 순서

• 누락 경위 정리 - 현금 매출이 장부에서 빠진 이유와 통장 입금 여부를 자료로 정리합니다.
• 부정행위 요건 검토 - 이중장부, 거짓 증빙, 은닉 같은 적극적 행위가 있었는지 사실관계를 나눕니다.
• 감면 재계산 - 늘어난 소득에 감면을 적용한 세액과 가산세를 계산해 둡니다.
• 조사 단계 소명 - 결과통지 전에 의견서를 내 부정행위 판단을 다툽니다.
• 과세전적부심사 - 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 감면 배제와 40% 가산세를 함께 다툽니다.
• 심판청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 변호사와 함께 청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 누락 경위와 적극적 은닉 행위가 있었는지에 따라 감면 적용과 가산세율이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무조사 소명, 부정행위 가산세와 감면 배제에 대한 과세전적부심사와 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무조사로 늘어난 소득에도 감면이 되나요?
  경정 때 중소기업 특별세액감면이 빠지는 것은 부정행위로 과소신고한 과세표준뿐입니다. 단순 누락이나 착오로 늘어난 소득에는 감면이 적용되므로 결과통지서의 감면 배제 범위를 확인하십시오.
• 매출을 빠뜨리면 모두 부정행위인가요?
  부정행위는 이중장부, 거짓 증빙, 장부 파기, 소득 은닉처럼 조세 부과를 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위입니다. 장부에 적지 않은 사실만으로 곧바로 부정행위가 되는 것은 아니므로 경위를 소명해야 합니다.
• 해명 안내 뒤 수정신고하면 감면이 빠지나요?
  경정할 것을 미리 알고 낸 수정신고라도 법이 감면을 빼는 것은 부정행위로 과소신고한 금액입니다. 다만 해명 안내 뒤 낸 수정신고는 과소신고가산세 감면을 받지 못하니 두 문제를 나눠 보십시오.
• 감면이 전부 빠지는 경우도 있나요?
  신고를 하지 않아 세무서가 결정하거나 기한 후 신고를 한 경우, 사업용계좌를 신고하지 않았거나 현금영수증가맹점에 가입하지 않은 경우에는 부정행위가 없어도 그 감면이 배제됩니다. 계좌·가맹점 의무는 정당한 사유가 있으면 예외입니다.
• 부정행위로 보면 무엇이 달라지나요?
  부정행위로 과소신고한 부분은 과소신고가산세가 10%에서 40%로 오르고 중소기업 특별세액감면이 빠지며, 부과제척기간도 5년에서 10년으로 늘어납니다. 그래서 조사 단계에서 경위를 다투는 실익이 큽니다.
• 조사 결과를 받고 언제까지 다툴 수 있나요?
  세무조사 결과통지서를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 고지서를 받은 뒤에는 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구 중 하나로 불복할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 종합소득세를 기한 후 신고하면 중소기업 특별세액감면을 받을 수 없나요?
• 세무서 해명 안내문을 받고 나서 수정신고하면 가산세 감면을 못 받나요?
• 중소기업 특별세액감면의 소기업 여부, 3년 평균 매출로 따지나요?
• 외부조정 대상인데 직접 만든 조정계산서로 신고했다면 무신고가산세가 나오나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기