부가가치세

통관 전에 선하증권을 넘겨받고 세금계산서와 수입세금계산서를 둘 다 받으면 매입세액공제가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 수입통관 전에 국내 사업자에게서 선하증권을 양수하며 세금계산서를 받고 내 명의로 통관해 수입세금계산서까지 받았다면, 두 세금계산서의 부가가치세액은 모두 매출세액에서 공제됩니다. 국세청은 2023년 11월 23일 회신(사전-2023-법규부가-0594)에서 선하증권 양도는 재화의 공급이고 자기 사업을 위해 공급받거나 수입한 재화의 세액은 공제된다고 보았습니다. 지금은 선하증권 양도일이 세관장의 부가가치세 징수 전인지와 세금계산서의 공급가액이 총액인지 순액인지를 확인해 두십시오.

선하증권 세금계산서와 수입세금계산서가 같은 물건에 대해 두 장 나왔다고 해서 어느 하나를 포기할 필요는 없습니다. 두 장 모두 공제 대상이고, 공급가액이 총액인지 순액인지에 따라 세액 크기만 달라집니다.

이런 상담이 많습니다

식품 유통을 하는 A법인은 2025년 4월 국내 수입업체 B법인과 수입물품 공급계약을 맺었습니다. B법인이 해외에서 들여온 물품이 보세구역에 들어오자 A법인은 B법인에게서 선하증권을 넘겨받고 공급가액 2억원짜리 세금계산서를 받았습니다. 그 뒤 A법인 명의로 통관을 하면서 세관장에게서 과세표준 1억8천만원의 수입세금계산서를 따로 받았습니다. A법인은 같은 물건에 세금계산서가 두 장 나온 셈이라 둘 다 매입세액공제를 받아도 되는지, 세무조사에서 한 장이 부인되지는 않는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 선하증권 양수와 수입통관이 겹친 경우를 어떻게 해석했나요?

두 세금계산서의 부가가치세액을 모두 매출세액에서 공제할 수 있다고 보았습니다. 국세청은 사전-2023-법규부가-0594(2023. 11. 23.)에서, 국내 사업자와 수입물품 공급계약을 맺고 물품이 보세구역에 반입되면 그 사업자에게서 선하증권을 양수하며 세금계산서를 받고, 자기 명의로 통관해 세관장에게서 수입세금계산서를 받은 사업자가 부담한 각 세금계산서상의 세액은 부가가치세법 제38조에 따라 공제된다고 답했습니다. 판단 이유는 두 가지입니다. 선하증권의 양도나 단순 교부는 운송물을 인도하는 것과 같은 효력이 있어 재화의 공급에 해당하므로 양도인은 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 납부해야 하고, 그 세금계산서와 수입세금계산서는 모두 양수인이 자기 사업을 위해 공급받거나 수입한 재화에 대한 것이기 때문입니다. 회신은 기획재정부 조세법령운용과-418(2022. 4. 26.)의 해석을 인용했습니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 것이므로, 선하증권을 넘겨받은 사업자와 통관 명의자가 다르거나 물품이 보세구역 밖에서 거래된 경우라면 결론이 달라질 수 있습니다.

선하증권 양도분 세금계산서의 공급가액은 총액인가요, 순액인가요?

원칙은 순액이고, 세관장이 부가가치세를 징수하기 전에 선하증권이 양도됐다면 총액으로 할 수 있습니다. 2026. 10. 6. 기준 현행 「부가가치세법 시행령」은 보세구역 안에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고 공급받은 자가 그 재화를 보세구역에서 반입하는 경우, 그 재화의 공급가액에서 세관장이 징수하고 발급한 수입세금계산서의 공급가액을 뺀 금액을 공급가액으로 정합니다. 다만 세관장이 부가가치세를 징수하기 전에 같은 재화의 선하증권이 양도되면 선하증권 양수인에게서 받은 대가 전체를 공급가액으로 할 수 있습니다.

총액과 순액 중 어느 쪽을 택해도 국고에 들어가는 세액의 합계는 같습니다. 회신이 든 단순 예시 계산으로, 양수인이 1,100원을 지급하고 수입통관 시 과세표준이 1,000원이면 총액 방식에서는 양도인이 110원을 납부하고 양수인이 110원과 수입분 100원을 합쳐 210원을 환급받아 전체로는 100원 환급이 됩니다. 순액 방식에서는 양도인이 10원을 납부하고 양수인이 10원과 수입분 100원을 합쳐 110원을 환급받아 역시 전체로는 100원 환급입니다. 차이는 양도인이 일시적으로 부담하는 세액의 크기뿐입니다.

선하증권을 넘기는 쪽은 무엇을 챙겨야 하나요?

양도인은 선하증권을 넘기는 때에 재화를 공급한 것이므로 세금계산서를 발급하고 그 과세기간에 매출세액을 신고해야 합니다. 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것이고, 선하증권의 교부는 물건의 인도와 같은 효력이 있기 때문입니다. 양도인이 세금계산서를 발급하지 않으면 양수인은 그 부분의 매입세액을 공제받지 못하고, 양도인에게는 미발급 가산세가 따릅니다.

양수인 입장에서는 세금계산서를 공급시기에 받는 것이 안전합니다. 공급시기가 속한 과세기간의 확정신고기한이 지난 뒤에 받은 세금계산서는 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고 수정신고·경정청구서를 함께 내거나 거래사실이 확인되어 경정되는 경우에만 공제됩니다.

선하증권 양수 매입세액공제 대응 순서

• 계약서와 선하증권 양도 시점 확인 - 수입물품 공급계약서와 선하증권 배서·교부일을 확인합니다. 양도일이 세관장의 부가가치세 징수 전인지에 따라 총액 방식 선택 가능 여부가 갈립니다.
• 두 세금계산서의 공급가액 대조 - 선하증권 양수분 세금계산서의 공급가액이 수입세금계산서 과세표준을 뺀 순액인지 총액인지 확인합니다. 순액 원칙에서 벗어난 총액 발급은 징수 전 양도일 때만 허용됩니다.
• 과세기간별 공제 시기 정리 - 선하증권 양수분은 공급받은 시기, 수입분은 수입시기가 속한 과세기간에 각각 공제합니다. 두 시점이 다른 과세기간에 걸치면 신고서를 나누어 반영합니다.
• 지연수취 여부 점검 - 양도인이 세금계산서를 늦게 발급했다면 확정신고기한 다음 날부터 1년 안인지 확인하고, 필요하면 수정신고·경정청구서를 함께 제출합니다.
• 공제 누락분 경정청구 - 이미 신고에서 한 장을 빠뜨렸다면 법정신고기한 후 5년 안에 경정청구를 하고, 거부되면 90일 안에 심판청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 선하증권이 여러 번 전전 양도됐거나 통관 명의자와 실제 수입자가 다른 구조라면 계약서·선하증권·수입신고필증을 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 매입세액 불공제 처분에 대한 심판청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 선하증권을 넘겨받은 것도 재화를 공급받은 건가요?
  네. 재화의 공급은 계약상 또는 법률상 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것이고, 선하증권의 양도나 교부는 운송물을 인도하는 것과 같은 효력이 있습니다. 국세청은 사전-2023-법규부가-0594에서 이 점을 전제로 양도인은 세금계산서를 발급하고 양수인은 매입세액을 공제받는다고 보았습니다.
• 수입세금계산서와 세금계산서를 둘 다 공제하면 이중공제 아닌가요?
  아닙니다. 선하증권 양수분 세금계산서는 국내 사업자에게서 재화를 공급받은 데 대한 것이고, 수입세금계산서는 세관장이 수입에 대해 징수한 세액에 대한 것입니다. 두 공급이 다르므로 자기 사업을 위한 것이면 각각 공제됩니다. 다만 양수분 공급가액은 수입세금계산서 과세표준을 뺀 순액이 원칙이라 중복 계산이 생기지 않습니다.
• 양도인이 총액으로 세금계산서를 끊어도 되나요?
  세관장이 부가가치세를 징수하기 전에 선하증권이 양도된 경우에만 가능합니다. 시행령은 보세구역 내 재화의 공급가액을 수입세금계산서 공급가액을 뺀 금액으로 정하되, 징수 전 선하증권 양도 시에는 양수인에게서 받은 대가 전체를 공급가액으로 할 수 있다고 정합니다. 징수 후 양도인데 총액으로 발급하면 공급가액이 사실과 다른 세금계산서가 될 수 있습니다.
• 두 세금계산서를 어느 과세기간에 공제하나요?
  선하증권 양수분은 재화를 공급받은 시기가 속하는 과세기간, 수입분은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제합니다. 선하증권 교부일과 수입신고 수리일이 과세기간을 달리하면 각각의 과세기간 신고서에 나누어 반영해야 합니다.
• 양도인이 세금계산서를 늦게 발급하면 공제가 안 되나요?
  확정신고기한까지 받았다면 공제되고, 그 뒤라도 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이면서 수정신고서·경정청구서를 세금계산서와 함께 내거나 거래사실이 확인되어 경정되는 경우에는 공제됩니다. 1년이 지나면 공제되지 않으므로 양도인에게 공급시기에 발급을 요구해야 합니다.
• 신고할 때 한 장을 빠뜨렸는데 돌려받을 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 이내라면 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 경정하거나 경정할 이유가 없다는 뜻을 통지해야 하고, 거부 통지를 받으면 90일 이내에 심판청구로 다툴 수 있습니다.
• 통관 명의가 양도인 그대로면 결론이 달라지나요?
  달라질 수 있습니다. 회신은 양수인 명의로 통관해 양수인이 수입세금계산서를 받은 사실관계를 전제로 했습니다. 양도인 명의로 통관해 수입세금계산서가 양도인 앞으로 나오면 양수인은 수입분을 공제받을 수 없고, 양도인의 세금계산서 공급가액도 달리 계산되므로 거래 구조를 먼저 확인해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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