증여세

새로 세운 공익법인, 첫해 운용소득 80% 사용 요건은 언제 기준으로 보나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

설립한 사업연도의 다음 사업연도 종료일 기준입니다, 첫해 운용소득의 80% 이상을 그때까지 직접 공익목적사업에 썼다면 첫해에 운용소득 사용요건을 갖춘 것으로 봅니다. 국세청은 2025년 4월 특수관계 내국법인 주식 초과보유 가산세 대상인지 판단할 때 이 기준을 적용한다고 회신했습니다. 지금은 첫 사업연도의 운용소득과 다음 사업연도 종료일까지의 직접 사용 금액을 계산해 두어야 합니다.

설립 첫해 결산일까지 운용소득을 다 쓰지 못했다고 바로 가산세 대상이 되는 것은 아닙니다. 다음 사업연도 종료일까지의 사용실적을 모아 그때 판단합니다.

이런 상담이 많습니다

한 기업집단은 2025년 1월 계열사 임직원과 함께 주식을 출연해 장학재단을 세웠습니다. 재단은 설립 때 특수관계에 있는 계열사 주식 2%를 받았고, 이 주식이 재단 총 재산의 절반을 넘습니다. 재단은 2025년 배당으로 운용소득 2억원을 얻었고, 사업연도가 끝나는 2025년 12월까지는 장학금 지급 체계를 갖추지 못해 5천만원만 썼습니다. 2026년 중에 나머지를 장학금으로 지급해 2026년 12월 31일까지 80%를 넘길 계획인데, 담당자는 첫해인 2025년에 특수관계 법인 주식 초과보유 가산세가 붙는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

공익법인이 최초 설립 사업연도에 특수관계 내국법인 주식을 총 재산가액의 50% 넘게 보유해 가산세 대상인지 판단할 때, 운용소득 사용요건을 갖추었는지는 최초 설립 사업연도의 다음 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단한다는 것이 결론입니다. 국세청은 서면-2024-법규법인-3158(2025. 4. 7.)에서 이렇게 회신했습니다. 질의법인은 기업집단 소속 기업과 관계인이 공동으로 주식을 출연해 공익법인을 세우면서 특수관계 법인 주식 2%를 출연할 예정이었고, 첫 사업연도 운용소득의 80% 이상을 다음 사업연도 종료일까지 쓸 계획이었습니다.

국세청이 든 이유는 두 가지입니다. 첫째, 제48조 제11항 각 호의 요건은 사업연도 전체를 기준으로 판단하지만, 운용소득 사용실적은 시행령에 따라 운용소득이 생긴 사업연도 종료일부터 1년 안에 쓴 금액을 뜻하므로 첫해 요건 충족 여부는 다음 사업연도 종료일이 되어야 판단할 수 있는 구조입니다. 둘째, 운용소득 사용요건은 소득이 생긴 때부터 집행까지 시간이 걸리는 점을 고려해 다음 사업연도 종료일을 기한으로 둔 것이므로, 그때까지 80% 이상 사용이 확인되면 첫해에 요건을 갖춘 것으로 보는 것이 입법 취지에 맞습니다.

이 회신은 설립 첫 사업연도에 운용소득이 생기고 다음 사업연도 종료일까지 80% 이상을 쓴다는 사실관계를 전제로 합니다. 다음 사업연도 종료일까지도 80%에 미달하면 첫해부터 가산세 대상이 될 수 있습니다.

특수관계 내국법인 주식 초과보유 가산세는 무엇인가요?

2026. 10. 7. 기준 현행 「상속세 및 증여세법」은 공익법인이 특수관계에 있는 내국법인의 주식을 보유하면서 그 주식 가액이 공익법인 총 재산가액의 30%를 넘으면 가산세를 부과합니다. 외부 회계감사, 전용계좌 개설·사용, 결산서류 공시를 모두 이행하는 공익법인은 기준이 50%로 올라갑니다. 다만 제48조 제11항 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인은 이 가산세 대상에서 빠집니다.

• 기본 기준 - 특수관계 내국법인 주식 가액이 총 재산가액의 30% 초과.
• 의무 이행 공익법인 - 회계감사·전용계좌·결산서류 공시를 이행하면 50% 초과.
• 가산세 - 매 사업연도 말 초과보유 주식 시가의 5%.
• 제외 요건 - 운용소득의 80% 이상 직접 공익목적사업 사용, 출연자 측 이사 5분의 1 이하 등 제48조 제11항 요건을 모두 충족할 것.

운용소득 80% 사용요건은 어떻게 계산하나요?

운용소득은 해당 사업연도의 수익사업 소득금액과 출연재산을 운용해 생긴 소득금액을 합한 금액에서 법인세 등과 이월결손금을 뺀 금액이고, 그 80%를 직접 공익목적사업에 써야 합니다. 사용실적은 소득이 생긴 사업연도 종료일부터 1년 안에 쓴 금액으로 계산하며, 그 사업연도 중 고유목적사업비로 지출해 손금에 넣은 금액을 포함합니다. 각색 사례처럼 2025년 운용소득이 2억원이면 2026년 12월 31일까지 1억 6천만원 이상을 장학금 등 직접 사업에 써야 2025년 요건을 갖춥니다. 2025년 안에 쓴 5천만원과 2026년에 쓴 금액을 합쳐 셉니다.

다른 요건도 같은 기준으로 보나요?

아니요, 이사 구성 요건처럼 운용소득 사용요건이 아닌 나머지 요건은 해당 사업연도 전체를 기준으로 판단합니다. 설립 첫해 어느 시점이든 출연자 측 이사가 5분의 1을 넘었다면 그 사업연도는 요건을 갖추지 못한 것이 됩니다. 운용소득 사용요건만 다음 사업연도 종료일까지 기다려 판단하는 것이므로, 첫해에는 이사 구성과 특별한 이익 제공 금지 같은 요건을 사업연도 내내 지키고 있는지 따로 점검해야 합니다.

신설 공익법인 첫해 운용소득 사용요건 대응 순서

• 첫 사업연도 운용소득 확정 - 배당·이자·수익사업 소득에서 법인세 등과 이월결손금을 빼 운용소득과 80% 기준금액을 계산합니다.
• 사용 일정표 작성 - 다음 사업연도 종료일을 마감일로 적고, 그 전에 직접 공익목적사업 지출로 기준금액을 채우는 일정을 잡습니다.
• 지출 구분 기장 - 고유목적사업 직접 지출과 일반 관리비, 수익용 지출을 나누어 기장해 사용실적을 바로 뽑을 수 있게 합니다.
• 다른 요건 점검 - 이사 구성, 특별한 이익 제공 금지, 광고·홍보 금지 요건을 사업연도 전체 기준으로 확인합니다.
• 가산세 고지 시 불복 - 다음 사업연도 종료일 전에 첫해분 가산세가 고지되거나 사용실적 계산에 다툼이 있으면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업연도가 1월 1일 시작이 아닌 경우, 설립 중에 받은 출연과 설립 후 출연이 섞인 경우, 수익사업 회계가 분리되지 않은 경우에는 정관·결산서·출연 약정서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공익법인 주식 보유 관련 가산세 부과처분에 대한 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 둘째 해 운용소득은 언제까지 써야 하나요?
  둘째 해 운용소득도 그 사업연도 종료일부터 1년 안에 80% 이상을 직접 공익목적사업에 써야 합니다. 첫해 운용소득의 마감일과 둘째 해 운용소득의 마감일이 1년씩 밀려 이어지므로, 어느 해 운용소득에서 지출했는지를 구분해 기장해야 두 해 모두 요건을 갖춘 것으로 계산됩니다.
• 다음 사업연도 종료일까지도 80%에 못 미치면요?
  첫해에 운용소득 사용요건을 갖추지 못한 것이 되어 특수관계 내국법인 주식 초과보유 가산세 대상이 됩니다. 가산세는 사업연도 말 초과보유 주식 시가의 5%입니다. 운용소득 기준금액 미달에 대한 별도 가산세도 함께 검토되므로, 마감일 전에 지출 계획을 앞당겨야 합니다.
• 총 재산가액의 30%와 50%는 어떻게 갈리나요?
  기본 기준은 특수관계 내국법인 주식 가액이 공익법인 총 재산가액의 30%를 넘는 경우입니다. 외부 회계감사, 전용계좌 개설·사용, 결산서류 등의 공시를 모두 이행하는 공익법인은 50%를 기준으로 합니다. 설립 첫해부터 이 의무를 이행하면 기준이 올라가므로 설립 단계에서 준비해야 합니다.
• 요건을 갖추면 5%가 넘는 주식도 보유할 수 있나요?
  제48조 제11항 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인은 특수관계 내국법인 주식 초과보유 가산세 대상에서 제외됩니다. 다만 출연받은 주식이 발행주식총수의 5%를 넘는 경우에는 증여세 과세가액 산입 여부가 별도 조문으로 정해져 있으므로, 2% 출연처럼 5% 이하인 사안과 구분해 보아야 합니다.
• 이사 요건도 다음 해 말 기준으로 보나요?
  아니요, 출연자 측 이사 5분의 1 요건처럼 운용소득 사용요건이 아닌 요건은 해당 사업연도 전체를 기준으로 판단합니다. 사업연도 중 어느 시점이든 넘겼다면 그해는 요건 미충족입니다. 다음 사업연도 종료일 기준은 운용소득 사용요건에만 적용됩니다.
• 운용소득 80%는 어떻게 계산하나요?
  해당 사업연도의 수익사업 소득금액과 출연재산 운용 소득금액의 합계에서 법인세·농어촌특별세·주민세와 이월결손금을 뺀 금액이 운용소득이고, 그 80%가 기준금액입니다. 사용실적에는 그 사업연도 중 고유목적사업비로 지출해 손금에 넣은 금액을 포함합니다.
• 첫해분 가산세가 먼저 고지되면 어떻게 하나요?
  다음 사업연도 종료일까지 80% 이상을 쓸 계획이거나 이미 썼다면 이 회신을 근거로 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기할 수 있습니다. 이미 낸 세액이 있으면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 사용 일정표와 지출 증빙을 함께 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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