양도소득세

땅만 갖고 있다가 재개발 입주권으로 받은 새 아파트도 2년 거주해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 나대지가 2017년 8월 2일 이전에 조합원입주권으로 바뀌어 지어진 주택은 1세대 1주택 비과세를 볼 때 2년 거주요건을 적용하지 않습니다. 기획재정부는 2024년 5월 이 사안에 거주요건을 적용하지 않는 안이 타당하다고 회신했습니다. 지금은 관리처분계획인가일과 조합원 지위 취득일이 2017년 8월 2일 이전인지 서류로 확인해야 합니다.

비과세를 받으려고 새 아파트에 서둘러 전입해 2년을 채울 필요는 없습니다. 입주권 전환일이 2017년 8월 2일 이전이면 보유 2년만 따집니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2010년 재개발 구역 안의 나대지 한 필지를 샀습니다. 집은 없고 땅만 있었는데, 2016년 11월 관리처분계획이 인가되면서 조합원으로서 새 아파트를 받을 권리, 곧 조합원입주권을 갖게 되었습니다. 그 사이 2017년 8월 3일 그 지역은 조정대상지역이 되었고, 아파트는 2020년 10월 준공되어 A씨 명의로 등기했습니다. A씨는 직장 때문에 다른 지역에서 전세로 살며 새 아파트에는 세를 주었습니다. 2026년 이 아파트를 팔려고 하는데 다른 주택은 없습니다. A씨는 조정대상지역 주택이니 2년을 살지 않으면 비과세가 안 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

나대지가 2017년 8월 2일 이전에 조합원입주권으로 전환되어 신축된 주택은 1세대 1주택 비과세를 판단할 때 거주요건을 적용하지 않는다는 것이 결론입니다. 기획재정부 재산세제과-584(2024. 5. 17.)는 「거주요건을 적용함」(제1안)과 「거주요건을 적용하지 않음」(제2안) 중 제2안이 타당하다고 회신했고, 국세청은 이 회신을 참고하라는 취지로 서면-2022-법규재산-4321(2024. 5. 22.)을 회신했습니다. 회신문에는 결론만 있고 판단 이유는 적혀 있지 않습니다. 관련 경과규정인 2017년 9월 19일 개정 소득세법 시행령 부칙은 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택에 거주요건이 없던 종전 규정을 적용하도록 정하고 있습니다.

이 회신은 나대지가 2017년 8월 2일 이전에 조합원입주권으로 전환되었다는 사실관계를 전제로 합니다. 관리처분계획인가가 2017년 8월 3일 이후에 났거나, 그 뒤에 다른 사람의 입주권을 사서 들어간 경우라면 결론이 달라질 수 있습니다.

조정대상지역 주택의 2년 거주요건은 어떤 경우에 붙나요?

2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 취득 당시 조정대상지역에 있는 주택이라면 보유기간 2년에 더해 그 보유기간 중 거주기간 2년을 요구합니다. 취득 당시 조정대상지역이 아니었다면 보유 2년만 채우면 됩니다. 거주기간은 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지로 셉니다.

• 취득 당시 조정대상지역이 아닌 주택 - 보유 2년이면 됩니다. 거주 여부는 묻지 않습니다.
• 취득 당시 조정대상지역인 주택 - 보유 2년과 그 기간 중 거주 2년을 모두 갖추어야 합니다.
• 공고일 전 계약·계약금 지급 - 조정대상지역 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 맺고 계약금을 낸 사실이 증빙서류로 확인되고, 계약금 지급일 현재 세대가 무주택이면 거주기간 제한을 받지 않습니다.
• 2017년 8월 2일 이전 취득 - 2017년 9월 19일 개정 당시 경과규정에 따라 거주요건이 없던 종전 규정을 적용합니다.

땅이 입주권으로 바뀐 날은 어떻게 확인하나요?

재개발사업에서 토지만 가진 조합원은 관리처분계획이 인가된 날에 종전 토지 대신 새 주택을 받을 권리, 곧 조합원입주권을 갖게 됩니다. 이 날짜가 2017년 8월 2일 이전인지가 판단의 출발점입니다. 관리처분계획인가일은 조합이나 구청의 인가 고시문, 분양계약서, 조합원 명부로 확인할 수 있습니다. 조합원 지위를 승계받은 경우에는 승계 계약일과 조합원 변경 신고일도 함께 보아야 합니다.

거주요건이 적용되지 않더라도 보유기간 2년 요건은 그대로 남습니다. 신축주택의 보유기간 계산은 이 회신이 다룬 범위가 아니므로, 준공일·사용승인일·등기일을 모두 적어 두고 양도 전에 계산해 보아야 합니다.

2017년 8월 2일 이후 전환된 입주권이면 어떻게 되나요?

관리처분계획인가일이 2017년 8월 3일 이후라면 이 회신의 결론을 그대로 쓰기 어렵습니다. 그 경우 새 주택의 취득 당시 조정대상지역 여부를 따져 거주 2년을 요구받을 수 있습니다. 다만 조정대상지역 공고일 전에 조합원 지위를 취득했고 계약금 지급 사실이 증빙서류로 확인되며 그날 세대가 무주택이었다면, 공고일 전 계약 규정으로 거주기간 제한을 벗어날 길이 있는지 검토할 수 있습니다. 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 맺고 계약금을 낸 주택에 대해서도 경과규정이 같은 취지의 조항을 두고 있습니다.

나대지 입주권 신축주택 거주요건 대응 순서

• 인가일 확정 - 관리처분계획인가 고시문과 조합원 분양계약서로 입주권 전환일을 확정합니다. 2017년 8월 2일 이전이면 거주요건이 붙지 않습니다.
• 취득 경위 정리 - 나대지 취득일, 조합원 지위 승계 여부, 준공일과 등기일을 날짜순으로 적습니다. 승계가 있으면 이 회신과 사실관계가 달라집니다.
• 보유기간 계산 - 거주요건과 별개로 보유 2년이 되는 날을 계산해 잔금일을 잡습니다. 기산일이 분명하지 않으면 양도 전에 확인합니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 비과세로 예정신고하고, 인가 고시문과 등기부를 함께 보관합니다.
• 부인 시 불복 - 거주요건 미충족을 이유로 과세되면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 이미 세금을 냈다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 종전 자산이 토지와 건물 중 무엇이었는지, 인가일 전후로 조합원 지위가 옮겨졌는지에 따라 인가 고시문·분양계약서·등기부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대 1주택 비과세 부인에 따른 양도소득세 경정청구와 조세불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 관리처분계획인가일이 2017년 8월 2일 이후면 어떻게 되나요?
  이 회신의 결론을 그대로 쓰기 어렵습니다. 그 경우 새 주택의 취득 당시 조정대상지역 여부에 따라 보유 2년과 거주 2년을 모두 요구받을 수 있습니다. 조정대상지역 공고일 전에 계약하고 계약금을 낸 사실이 증빙서류로 확인되고 그날 세대가 무주택이었다면 거주기간 제한을 받지 않는 규정이 있는지 함께 검토해야 합니다.
• 땅이 아니라 헌 집을 갖고 있다가 입주권을 받았으면요?
  종전 자산이 주택이었다면 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택으로서 경과규정의 종전 규정이 적용되는지를 먼저 봅니다. 회신은 나대지 사안을 전제로 했지만, 경과규정은 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택을 폭넓게 보호하므로 종전 주택 취득일이 그 전이면 거주요건이 붙지 않는 방향으로 검토할 수 있습니다. 취득일 증빙을 갖추어야 합니다.
• 거주요건이 없어도 보유 2년은 채워야 하나요?
  네, 거주요건이 적용되지 않더라도 양도일 현재 1주택이고 보유기간이 2년 이상이어야 비과세가 됩니다. 신축주택의 보유기간 계산은 이 회신이 다룬 범위가 아니므로, 준공일과 등기일을 기록해 두고 양도 전에 따로 확인해야 합니다.
• 실지거래가액이 12억원을 넘으면 어떻게 되나요?
  주택과 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액 합계가 12억원을 넘는 고가주택은 12억원을 넘는 부분에 대해 양도소득세가 과세됩니다. 거주요건이 적용되지 않는 사안이라도 고가주택 계산은 그대로 하므로, 양도가액이 12억원을 넘으면 과세 부분의 장기보유특별공제와 세액을 미리 계산해 두어야 합니다.
• 세를 주고 있어도 비과세가 되나요?
  거주요건이 적용되지 않는 사안이면 새 아파트에 세를 주고 본인은 다른 곳에 살았더라도 1세대 1주택 비과세 판단에 영향이 없습니다. 다만 양도일 현재 세대원 명의의 다른 주택이나 분양권·조합원입주권이 있으면 1주택이 아니게 되므로, 세대원 전부의 보유 현황을 먼저 확인해야 합니다.
• 거주요건 미충족으로 과세되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  세무서가 비과세를 부인하고 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 스스로 과세로 신고하고 세금을 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 기한을 넘기면 다툴 길이 좁아지므로 고지서 수령일을 적어 두어야 합니다.
• 기획재정부 회신은 어디에서 볼 수 있나요?
  국세청 국세상담센터 양도소득세 주요 해석사례와 국세법령정보시스템에서 「나대지가 2017.8.2. 이전에 주택 조합원입주권으로 전환되어 신축된 주택의 비과세 거주요건 적용 여부」라는 제목으로 찾을 수 있습니다. 국세청 문서번호는 서면-2022-법규재산-4321(2024. 5. 22.)이고, 그 회신이 인용한 기획재정부 재산세제과-584는 2024년 5월 17일 자 회신입니다. 회신은 질의한 사실관계에만 미치므로 내 사안과의 차이를 함께 보아야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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