세무조사

양도소득세 세무조사는 얼마부터 지방국세청이 하고, 조사기간은 며칠인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

국세청 기준으로 양도소득세 조사는 양도가액이 서울청 100억원, 중부청 70억원, 인천·대구·부산청 50억원, 대전·광주청 30억원 이상이면 지방국세청 조사 요청 대상이 되고, 그 밖에는 주소지 세무서가 맡습니다. 조사기간은 양도가액 100억원 미만이면 법률상 20일 이내가 원칙이지만 거짓계약서·미등기양도 혐의나 관련인 동시조사는 더 길어지므로, 통지서의 발신 관서와 일수를 함께 확인하십시오. 이 기준금액은 추후 변동될 수 있습니다.

지방국세청 조사국에서 통지가 왔다고 해서 혐의가 더 무겁다고 단정할 수는 없습니다. 국세청은 양도가액 규모와 관련 법인 동시조사 필요성 같은 효율성을 따져 지방청 조사를 정하도록 하고 있습니다.

이런 상담이 많습니다

G씨는 경기도에 살면서 2024년 오래 가지고 있던 공장 부지를 80억원에 팔고 양도소득세를 신고했습니다. 부지 일부는 아들과 공동 소유였고, 매각 대금 일부는 아들 회사의 운영자금으로 들어갔습니다. 2026년 가을 G씨는 관할 세무서가 아니라 지방국세청 조사국에서 양도소득세 세무조사 사전통지서를 받았고, 같은 날 아들도 관련인으로 사전통지서를 받았습니다. 조사기간은 30일로 적혀 있었습니다. G씨는 왜 세무서가 아니라 지방청인지, 100억원이 안 되는데 왜 20일이 아니라 30일인지 물어 왔습니다. 상담에서는 지방청별 기준 양도가액과 관련인 동시조사에 따른 추가 일수부터 설명했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

양도소득세 조사는 원래 어느 관서가 하나요?

양도소득세 조사는 납세지를 관할하는 세무서장이나 지방국세청장이 합니다. 거주자의 납세지는 주소지이므로, 보통은 양도한 부동산이 있는 곳이 아니라 양도한 사람이 사는 곳의 관서가 조사합니다. 다만 부동산 거래와 관련한 기획조사 등은 양도물건 소재지 관할 관서가 할 수 있습니다.

지방국세청장은 세무관서별 업무량과 조사인력을 고려해 조사관할을 조정할 수 있고, 관할 지방청이 다르면 국세청장이 조정합니다. 세무서장은 관할 조정이 필요하면 지방국세청장에게 신청할 수 있으며, 지방청은 거꾸로 세무서장에게 조사를 위임할 수도 있습니다. 관할 조정을 판단할 때는 세금 탈루의 규모, 조사 난이도, 가용 조사인력을 종합해 공정하고 합리적으로 정하도록 되어 있습니다. 조사가 시작된 뒤 납세자가 이사해 납세지가 바뀌거나 불복 결정에 따라 재조사하는 경우에는 원래 조사관서가 계속 맡습니다.

지방국세청 조사로 넘어가는 양도가액 기준은 얼마인가요?

국세청은 세무서장이 지방청 조사가 효율적이라고 판단하면 문서로 지방청에 조사를 요청할 수 있게 하고, 그 기준으로 지방청별 기준 양도가액을 둡니다. 서울지방국세청 100억원, 중부지방국세청 70억원, 인천·대구·부산지방국세청 50억원, 대전·광주지방국세청 30억원입니다. 조사대상자의 양도가액이 이 금액 이상이고, 세금 탈루 혐의의 규모, 사안의 중요성, 관련 법인 동시조사 필요성 같은 구체적인 사유가 있을 때 요청합니다. 지방청장은 세무서의 요청이 없더라도 기준 양도가액 이상이면 조사승인을 검토하면서 지방청 조사대상으로 정할 수 있습니다. 이 금액은 추후 변동될 수 있습니다.

기준 양도가액을 넘는다고 자동으로 지방청이 조사하는 것은 아닙니다. 지방청은 목표 건수, 조사 실효성, 조사인력을 고려해 받아들일지 정하고, 반대로 지방청 조사대상이라도 부담이 적다고 보면 세무서에 위임합니다. 국세청은 조사 부담이 상대적으로 적은 사건은 세무서 위임조사를 적극 활용하라고 정하고 있습니다. 기준은 지방청 관할로 갈 수 있는 문턱이라고 이해하면 됩니다. 국세청 기준으로는 사업 관련 조사와 재산제세 조사의 동시조사는 지방청 조사대상에 한해 원칙으로 하므로, 지방청 조사라면 관련 법인이나 가족 조사와 묶일 가능성까지 염두에 두고 자료 제출 창구와 범위를 처음부터 분명히 정해 두는 편이 좋습니다.

같은 80억원 양도라도 서울에 살면 서울청 기준 100억원에 못 미쳐 세무서 조사가 원칙이고, 대구에 살면 대구청 기준 50억원을 넘어 지방청 조사 요청 대상이 됩니다. 지역마다 문턱이 다른 것은 지방청별 조사 인력과 사건 규모 분포가 다르기 때문으로 보입니다.

양도가액은 어떤 금액으로, 어느 과세기간 기준으로 판단하나요?

조사기간을 정할 때의 양도가액은 조사대상 과세기간 가운데 양도가액이 가장 큰 과세기간의 양도가액입니다. 국세청은 판단 순서를 과세관청이 결정·경정한 양도가액, 납세자가 신고한 양도가액, 무신고로 아직 결정되지 않았다면 부동산은 등기부 기재가액 등으로 확인된 실지거래가액, 그것도 확인할 수 없으면 추계 금액 순으로 정합니다. 이 판단 순서는 추후 변동될 수 있습니다.

과세기간 단위로 본다는 점이 중요합니다. 국세청 예시를 보면 한 해에 70억원과 90억원짜리 두 건을 판 경우, 그 과세기간 양도가액이 각각 100억원에 못 미치는 것으로 보아 조사기간을 20일로 정합니다. 합계가 160억원이어도 이 예시 기준으로는 중소규모 납세자로 분류된 것입니다. 다만 국세청이 예시만 들고 있어 합산 방식의 세부는 원문 해석이 필요하므로, 통지서에 적힌 조사기간을 기준으로 확인하는 것이 안전합니다. 이 분류 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

이 양도가액 기준은 조사기간 연장과 범위 확대의 승인 절차를 가르는 기준이기도 합니다. 100억원 미만인 중소규모 납세자는 납세자보호담당관이, 그 밖의 납세자는 지방국세청 납세자보호위원회 심의를 거쳐 연장과 확대를 승인합니다.

양도소득세 조사기간은 며칠로 정해지나요?

법률은 조사대상 과세기간 중 양도가액이 가장 큰 과세기간의 양도가액이 100억원 미만인 납세자의 조사기간을 20일 이내로 정합니다. 그러나 명의위장·차명계좌·현금거래 누락 혐의, 거짓계약서 작성이나 미등기양도 같은 부동산 투기 혐의, 상속세·증여세 조사, 관련자 동시조사 등은 이 20일 제한과 연장 20일 제한을 받지 않습니다.

국세청은 이 범위 안에서 양도소득세 조사기간 설정 기준표를 둡니다. 일반 조사는 양도가액 100억원 미만 20일, 100억원 이상 30일입니다. 거짓계약서 작성 혐의나 미등기양도 같은 장기조사 유형은 100억원 미만 30일, 100억원 이상 40일입니다. 여기서 거짓계약서 작성 혐의란 앞뒤 소유자가 신고한 거래가액이 서로 다르거나 이중 계약서가 발견된 경우를 말합니다. 장기조사 유형이면 조사대상 양도 건이 3건 이상일 때 10~30일, 금융거래 현장확인을 할 때 10~30일을 더할 수 있습니다. 기간은 토요일과 공휴일을 포함해 셉니다. 이 기준표는 추후 변동될 수 있습니다.

국세청 예시로 보면, 60억원짜리 1건이면 20일, 그 건에 미등기양도 혐의가 있으면 30일, 거기에 전 소유자를 함께 조사하면 40일, 금융거래 현장확인을 하면 30~60일입니다. 중소규모 납세자에게 20일을 넘겨 부여하려면 조사팀은 장기조사 유형에 해당한다는 점을 검토조서에 명확히 적어야 합니다. 이 기간 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

기간을 지키는 쪽도 조사팀입니다. 국세청은 소명자료 요구 같은 조사 행위를 조사기간이 끝나기 전에 모두 마치고, 기간 뒤에 추가 확인이 필요할 것 같으면 미리 연장 절차를 밟도록 합니다. 반대로 납세자가 성실하게 신고했다고 판단되거나 조사 실익이 없으면 기간 전이라도 관서장 책임으로 조기 종결합니다. 첫 주에 요구 자료를 빠짐없이 내면 조기 종결의 여지가 커집니다.

가족이나 거래상대방을 함께 조사하면 며칠이 더해지나요?

국세청은 관련인을 함께 조사하면 1명 10일, 2명 15일, 3명 20일, 4명 이상 20~60일을 더하도록 정합니다. 관련인 동시조사는 법률상 장기조사 유형이므로 100억원 미만이라도 20일을 넘길 수 있습니다. 사례의 G씨처럼 아들이 관련인으로 선정되면 20일에 10일이 더해져 30일이 됩니다. 이 기간은 추후 변동될 수 있습니다.

관련인은 출자·거래관계가 있거나 특수관계에 있는 사람으로, 조사대상으로 이미 선정되어 있거나 명백한 탈루 혐의가 있을 때 지방청장 승인을 받아 함께 조사합니다. 국세청은 특수관계인 사이 부동산 매매를 조사할 때 증여 추정 여부를 검토해야 하므로 가능하면 양수인을 관련인으로 선정하도록 하고, 공유 부동산을 함께 판 경우에는 공유자 전부를 선정하도록 정합니다. 명백한 혐의가 없는 관련인은 먼저 현장확인으로 확인하고, 조사 편의를 위한 선정은 금지됩니다.

가족과 함께 판 부동산이거나 가족에게 판 부동산이라면 가족도 관련인 사전통지서를 받을 수 있다는 점을 미리 알려 두고, 대금 흐름과 지분 관계를 한 문서로 정리해 두는 것이 좋습니다. 양도 대금이 가족이나 가족 회사로 흘러갔다면 그 돈의 성격, 예를 들어 대여인지 증여인지도 함께 질문받게 됩니다.

사업 관련 조사와 묶이는 경우도 있습니다. 국세청은 법인 통합조사 대상 법인의 지배주주가 양도소득세나 증여세 조사대상으로 이미 선정되어 있으면 지방청 조사대상에 한해 원칙적으로 함께 조사하고, 이때는 사업 관련 조사국이 우선 맡도록 정합니다. 또 양도소득세 조사대상자가 조사 시작 전에 사망하면 상속세 조사와 함께 진행하는 것이 원칙입니다. 이런 동시조사는 조사기간과 관할이 함께 바뀌는 원인이 되므로, 가족 회사가 법인 조사를 받고 있다면 그 일정도 함께 확인해 두십시오.

조사기간이 연장되면 누가 승인하나요?

조사기간 연장은 장부 은닉이나 제출 지연 같은 조사 기피, 거래처나 금융거래 현지확인 필요, 세금탈루 혐의 포착이나 조세범칙조사 개시, 천재지변·노동쟁의, 납세자보호관 등의 추가 확인 필요 인정, 납세자의 해명을 위한 연장 신청과 같은 법정 사유가 있어야 합니다. 20일로 정한 조사를 연장하면 최초 연장은 관할 세무관서장, 2회 이후는 상급 관서장의 승인을 받아 각각 20일 이내로 늘립니다. 연장할 때는 사유와 기간을 문서로 알려야 합니다.

국세청 훈령은 승인 절차를 더 구체적으로 정합니다. 중소규모 납세자의 최초 연장은 조사관서 납세자보호담당관이, 2회 이상은 직상급 관서가 승인하고, 그 밖의 납세자는 지방국세청 납세자보호위원회 심의를 거쳐 조사관서장이 결정합니다. 조사팀은 조사기간 종료일 3일 전까지(중소규모 외 납세자는 5일 전까지) 연장을 신청해야 하고, 납세자보호담당관은 조사 기피나 현지확인 필요를 이유로 한 연장 신청이 있으면 납세자 의견을 들어야 합니다. 연장 결과에 이의가 있으면 납세자보호위원회에 권리보호요청을 할 수 있습니다.

조사 중 부정행위 혐의가 커져 조세범칙조사로 바뀌면 기간 연장과 범위 확대 승인은 지방국세청 조세범칙조사심의위원회가 맡습니다. 범칙조사 대상 여부는 연간 양도가액 구간별 포탈 혐의금액·비율과 연간 포탈 예상세액 5억원 기준으로 판단하며, 구간 표는 「세무조사 중 차용증·계약서를 새로 만들어 내면 어떻게 되나요? 문서감정과 범칙 전환」 글에 있습니다.

양도소득세 조사관할·기간 확인 대응 순서

• 발신 관서 확인 - 세무서인지 지방국세청 조사국인지 보고, 사는 지역의 지방청 기준 양도가액과 비교합니다.
• 기간 대조 - 양도가액이 가장 큰 과세기간 기준 100억원 미만인데 조사기간이 20일을 넘는다면 어떤 장기조사 유형이나 추가 일수가 적용됐는지 오리엔테이션에서 확인합니다.
• 관련인 확인 - 가족, 공유자, 양수인이 관련인 통지를 받았는지 확인하고 대응 창구를 하나로 정합니다.
• 대금 흐름 정리 - 계약서, 잔금 수령 통장, 대금 사용처를 거래별로 묶고, 앞뒤 소유자 신고가액과 다른 점이 있으면 이유를 정리합니다.
• 연장 통지 점검 - 연장 통지가 오면 사유와 기간이 구체적인지, 종료 전에 도달했는지 확인합니다.
• 의견 진술 준비 - 연장 심의 때 의견을 묻는 연락이 오면 그동안 낸 자료 목록과 남은 일정을 제시합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실제 관할과 조사기간은 양도가액뿐 아니라 혐의 유형, 관련인 수, 금융거래 현장확인 여부에 따라 사건마다 달리 정해집니다. 지방청별 기준 양도가액과 조사기간 기준표는 추후 변동될 수 있습니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 세무조사 대응과 관련인 조사 대응, 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 부동산이 있는 곳의 세무서가 조사하나요?
  원칙적으로는 양도한 사람의 납세지, 즉 주소지를 관할하는 세무서장이나 지방국세청장이 조사합니다. 다만 부동산 거래와 관련한 기획조사 등은 양도물건 소재지 관할 관서가 할 수 있습니다. 통지서의 발신 관서를 보면 어느 경로인지 알 수 있습니다.
• 조사 도중 이사하면 관할이 바뀌나요?
  조사가 시작된 뒤 납세지가 바뀌어도 원래 조사관서가 계속 관할합니다. 다만 사전통지를 받은 뒤 조사 시작 전에 납세지가 바뀌면 새 관할로 넘겨 사전통지를 다시 하도록 국세청이 정하고 있습니다. 이사 계획이 있다면 조사팀에 미리 알리는 편이 혼선을 줄입니다.
• 양도소득세 조사기간 20일은 평일 기준인가요?
  아닙니다. 국세청 기준과 검토 서식은 조사기간을 토요일과 공휴일을 포함해 셉니다. 20일은 대략 3주에 가까운 기간이므로 첫 자료 요구에 빠르게 대응해야 기간 안에 소명을 마칠 수 있습니다.
• 지방청 조사라면 범칙조사로 바뀔 가능성이 높은가요?
  관할만으로 범칙조사 전환 여부를 예측할 수는 없습니다. 조세범칙조사로 바뀌는 것은 포탈 예상세액 규모와 이중계약서·차명계좌 같은 부정행위 여부를 따져 정하는 별도 절차이고, 전환되면 조세범칙조사 통지서를 받게 됩니다.
• 조사기간이 끝났는데 자료를 더 내라는 연락이 오면요?
  조사기간이 끝난 뒤의 소명자료 요구 같은 조사 행위는 원칙적으로 할 수 없고, 국세청도 기간 안에 조사 행위를 마치고 필요하면 미리 연장하도록 정합니다. 연장 통지 없이 기간 뒤에 자료 요구가 오면 연장 여부를 확인하고, 필요하면 납세자보호담당관에게 문의하십시오.
• 관련인으로 통지를 받았는데 저도 세금이 나오나요?
  관련인 통지는 조사대상과의 거래나 특수관계 때문에 함께 확인한다는 뜻이고, 그 자체로 과세가 정해진 것은 아닙니다. 다만 특수관계인 간 매매에서 대금 지급이 확인되지 않으면 증여 추정이나 증여세 문제가 생길 수 있으므로 대금 지급 증빙을 준비하십시오.
• 20일 조사가 연장되면 최대 며칠까지 늘어나나요?
  100억원 미만 납세자의 일반 조사는 최초 연장 때 관할 세무관서장, 2회 이후 상급 관서장 승인으로 각각 20일 이내로 연장합니다. 횟수의 상한은 법률에 없지만 매번 법정 사유와 승인이 필요합니다. 장기조사 유형은 이 20일 제한이 적용되지 않습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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