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보세공장 불량품·잉여물품, 세관 승인 없이 폐기해도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 보세공장 잉여물품을 폐기하려면 먼저 세관장의 폐기승인을 받아야 하고 승인 없이 폐기하면 관세를 바로 징수당할 수 있습니다. 관세법과 보세공장 고시는 승인받은 폐기만 관세 징수에서 빼 주고, 폐기 뒤 가치가 남은 잔존물에는 관세를 매깁니다. 지금은 잉여물품관리대장에 품명·수량·발생사유가 적혀 있는지부터 확인해야 합니다.

모든 잉여물품 폐기에 세관공무원이 입회하는 것은 아닙니다. 입회는 세관장이 물품의 성질과 폐기장소·방법을 보고 필요하다고 볼 때만 정하므로, 입회 일정부터 잡으려 하지 않아도 됩니다.

이런 상담이 많습니다

자동차 전장부품을 만드는 C사는 2026년 8월 보세공장에서 외국산 회로기판 2,000장이 불량으로 판정돼 쌓여 있었습니다. 공장장은 산업폐기물 업체에 넘겨 바로 처리하려 했는데, 거래처 관세사가 세관 승인 없이 폐기하면 관세를 물 수 있다고 알려 왔습니다. C사는 폐기 승인을 어떻게 받는지, 해체한 뒤 남는 금속 스크랩에도 세금이 붙는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 보세공장 잉여물품 폐기를 어떻게 안내하나요?

보세공장에서 남은 잉여물품을 폐기하려면 운영인이 먼저 세관장의 폐기승인을 받아야 합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 승인 후 세관공무원이 필요하면 입회해 품명·규격·수량이 현품과 맞는지 확인하고, 운영인은 폐기를 마친 뒤 폐기완료보고를 한다고 설명합니다. 폐기 후 남은 물건에 실질적인 가치가 있으면 그 성질과 수량에 따라 관세 등을 매긴다는 점도 함께 안내합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「보세공장 운영에 관한 고시」(2026. 4. 29. 시행)도 같은 구조입니다. 여기서 잉여물품은 보세작업에서 생긴 부산물과 불량품, 생산 중단 등으로 쓰지 않은 원재료와 제품, 전용 포장·운반용품을 말합니다. 잉여물품이 생기면 잉여물품관리대장에 형태, 품명·규격, 수량 또는 중량, 발생사유를 먼저 적어야 합니다.

승인 없이 폐기하면 어떻게 되나요?

세관 승인 없이 외국물품을 폐기하면 운영인에게서 그 관세를 바로 징수합니다. 관세법은 보세구역에 둔 외국물품이 멸실되거나 폐기되면 운영인이나 보관인에게서 즉시 관세를 징수하도록 하고, 미리 세관장 승인을 받아 폐기한 경우와 재해 등 부득이한 사유로 멸실된 경우만 예외로 둡니다. 결국 폐기승인은 관세 부담을 피하는 요건입니다.

행정상 불이익도 따로 있습니다. 폐기승인 의무를 어기면 경고처분 대상이고, 폐기완료보고를 하지 않거나 대장 기록을 빠뜨리면 주의처분 대상입니다. 최근 1년 안에 경고를 3회 이상 받으면 1개월 이내 물품반입정지 사유가 됩니다. 재고조사에서 잉여물품을 승인 없이 처분한 사실이 드러나면 세관은 자체조사 뒤 통고처분 등 조치를 하게 되어 있습니다.

폐기하고 남은 스크랩에도 관세가 붙나요?

폐기한 뒤 남은 물건에 실질적인 가치가 있으면 그 상태와 수량을 기준으로 관세 등을 냅니다. 회로기판을 분쇄해 금속 스크랩이 남았다면 원래 기판 가격이 아니라 폐기 후 스크랩의 성질과 수량으로 과세합니다. 남은 물건에 실질적 가치가 없으면 이 과세는 없습니다.

한편 1kg당 과세가격이 3,000원 이하인 일정한 웨이스트·스크랩은 내국·외국물품 구분 없이 품목번호별로 전산 기록하는 방식으로 보관·반출입할 수 있습니다. 기본 관세율이 0%인 비금속 원재료에서 나온 스크랩, 한 번 쓰고 버리는 포장·용기에서 나온 스크랩이 여기에 해당합니다.

폐기승인 절차를 줄일 수 있는 경우는?

세 가지 경우에는 매번 폐기승인을 받는 절차가 생략되거나 간소해집니다. 첫째, 수출입 안전관리 우수업체나 법규수행능력평가 우수업체 등 성실업체가 잔존물에 실질적 가치가 없는 물품을 미리 자체폐기대상물품으로 지정받으면, 폐기물처리완료증명서로 대장을 관리하고 세관은 재고조사 때 한꺼번에 확인합니다. 둘째, 영업비밀이나 보안 때문에 공장 자체 시설로 잉여물품 원형을 변형하는 작업은 폐기승인 없이 할 수 있고, 작업 내역만 자체 기록으로 남기면 됩니다. 셋째, 사용신고 때 따로 신고하지 않는 일회용 포장재는 원재료 사용신고 수리로 폐기승인을 받은 것으로 봅니다.

폐기장소가 다른 보세공장이면 보세운송절차로 옮겨서 폐기해야 합니다. 그 장소가 다른 세관 관할이면 세관장이 그 관할 세관에 입회를 맡길 수 있습니다.

사례집 안내와 현행 고시는 무엇이 다른가요?

사례집은 폐기완료보고 기한을 따로 적지 않았지만, 현행 고시는 폐기완료일부터 30일 이내로 기한을 정해 두었습니다. 원형변형 작업 특례와 저가 스크랩 전산관리 특례도 현행 고시에 있으므로, 물품 성격에 따라 어느 절차가 맞는지 먼저 고르는 편이 시간이 덜 듭니다.

보세공장 잉여물품 폐기 대응 순서

• 대장 기록 - 불량품·부산물이 생기면 잉여물품관리대장에 품명, 수량, 발생사유를 적습니다. 대장 기록이 없으면 승인 신청 자체가 어렵습니다.
• 특례 확인 - 자체폐기대상 지정, 원형변형 작업, 일회용 포장재 특례에 해당하는지 봅니다. 해당하면 매번 승인을 받지 않아도 됩니다.
• 폐기승인 신청 - 특례가 아니면 폐기 전에 세관장 승인을 받습니다. 승인 없이 폐기하면 관세를 바로 징수당할 수 있습니다.
• 폐기와 입회 - 세관이 입회를 정했다면 현품과 승인 내역이 맞는지 확인받고 폐기합니다. 다른 보세공장에서 폐기하면 보세운송으로 옮깁니다.
• 완료보고 - 폐기를 마친 날부터 30일 이내에 폐기완료보고를 합니다. 스크랩처럼 가치가 남으면 그에 대한 관세 신고도 준비합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 이미 승인 없이 폐기했거나 재고조사에서 수량 차이가 지적됐다면 대장과 폐기물처리 증빙을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 보세공장 재고조사에서 비롯된 관세 추징과 행정처분, 통고처분 사안의 불복과 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 보세공장에서 잉여물품은 무엇을 말하나요?
  보세작업에서 생긴 부산물과 불량품, 생산 중단 등으로 쓰지 않은 원재료와 제품을 말합니다. 제품에 전용되는 포장·운반용품도 잉여물품에 들어갑니다. 잉여물품이 생기면 잉여물품관리대장에 형태, 품명·규격, 수량 또는 중량, 발생사유를 적어야 하고, 다른 보세작업에 다시 쓸 때도 대장에 먼저 적어야 합니다.
• 폐기할 때 세관공무원이 꼭 입회하나요?
  아니요, 입회는 세관장이 물품의 성질, 폐기장소, 폐기방법을 보고 필요하다고 인정할 때만 합니다. 입회가 정해지면 세관공무원이 폐기물품의 품명·규격·수량이 현품과 맞는지 확인합니다. 입회 장소가 다른 세관 관할이면 그 관할 세관에 입회를 맡길 수 있습니다.
• 폐기완료보고는 언제까지 해야 하나요?
  폐기를 마친 날부터 30일 이내에 관련 자료를 붙여 세관장에게 폐기완료보고를 해야 합니다. 보고를 하지 않으면 주의처분 대상이 되고, 최근 1년 안에 주의를 3회 받으면 경고 1회로 셉니다. 자체폐기대상으로 지정된 물품은 세관장이 완료보고를 생략하게 할 수 있습니다.
• 승인 없이 폐기하면 관세를 내야 하나요?
  네, 보세구역에 둔 외국물품이 폐기되면 운영인에게서 즉시 관세를 징수합니다. 미리 세관장 승인을 받아 폐기한 경우와 재해 등 부득이한 사유로 멸실된 경우만 예외입니다. 승인 없이 폐기했다면 그 사실을 감추기보다 경위와 수량 자료를 정리해 대응하는 편이 낫습니다.
• 자체폐기대상물품 지정은 누가 받을 수 있나요?
  수출입 안전관리 우수업체, 법규수행능력평가 우수업체처럼 세관장이 성실하다고 인정한 업체가 신청할 수 있습니다. 대상은 폐기 후 잔존물에 실질적 가치가 없는 물품입니다. 지정을 받으면 특정폐기물처리업체 등의 폐기물처리완료증명서로 자체 대장을 관리하고, 폐기신청·입회·완료보고를 생략할 수 있습니다.
• 보안 때문에 공장 안에서 부숴도 되나요?
  영업비밀이나 보안상 사유로 해당 보세공장의 자체 시설을 써서 잉여물품 원형을 변형하는 작업은 별도 폐기승인 없이 할 수 있습니다. 다만 운영인은 작업 내역을 자체적으로 기록·유지해야 합니다. 원형을 변형한 뒤 남은 물건을 폐기하거나 반출할 때는 다시 해당 절차를 따릅니다.
• 일회용 포장재도 폐기승인을 받아야 하나요?
  사용신고 때 따로 신고하지 않는 일회용 포장재로서 반복해서 쓰지 않는 물품은 원재료 사용신고가 수리되면 폐기승인을 받은 것으로 봅니다. 이때는 폐기 입회와 폐기완료보고도 생략합니다. 반복해서 쓰는 포장·운반용기는 이 특례에 들어가지 않습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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