수입신고·환급

간이정액환급을 받다가 개별환급으로 바꿨다면 언제 다시 돌아갈 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 간이정액환급 대상 중소기업은 비적용승인을 받아 개별환급으로 바꿀 수 있고, 다시 간이정액환급으로 돌아가는 것은 비적용승인일부터 1년이 지나면 가능합니다. 2026년 2월 27일 개정 시행령이 이 기간을 2년에서 1년으로 줄이고 70퍼센트 미달 예외를 삭제했습니다. 지금은 비적용승인일과 적용승인 신청일을 확인해야 합니다.

간이정액환급 대상 중소기업이라고 해서 개별환급을 받을 길이 막혀 있는 것은 아닙니다. 비적용승인만 받으면 그 뒤 수출분부터 소요량계산서에 따른 개별환급으로 바꿀 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

화학제품을 만들어 수출하는 중소기업 B사는 2025년 9월 원재료 수입 비중이 커지자 개별환급이 유리하다고 보고 간이정액환급 비적용승인을 받았습니다. 그런데 소요량을 관리할 인력이 나가면서 2026년 10월 다시 간이정액환급으로 돌아가려 했고, 거래 관세사는 2년이 지나야 한다고 들었다며 신청을 미루자고 했습니다. B사는 지금 바로 바꿀 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 간이정액환급과 개별환급 선택을 어떻게 안내하나요?

간이정액환급률표 적용 대상인 환급신청인은 간이정액환급과 개별환급 가운데 하나를 고를 수 있다는 것이 관세청 안내입니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 개별환급을 원하면 간이정액환급 (적용·비적용) 승인신청서를 내고 비적용승인을 받은 뒤 수출한 물품부터 개별환급을 받는다고 설명합니다. 다시 간이정액환급으로 돌아가는 적용승인은 원칙적으로 당초 승인일부터 2년이 지나야 하고, 소요량계산서 작성이 어려워진 때, 정액환급액이 개별환급액의 70퍼센트에 못 미치는 때, 비적용승인 뒤 환급 실적이 없는 때에는 그 전에도 신청할 수 있다고 안내했습니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법 시행령」은 이 부분이 다릅니다. 선택할 수 있다는 결론은 같지만, 다시 신청할 수 없는 기간과 예외 사유가 바뀌었습니다.

간이정액환급은 누가 받을 수 있나요?

간이정액환급은 환급 실적이 일정 규모 이하인 중소기업이 직접 생산한 수출물품에만 적용됩니다. 중소기업기본법상 중소기업으로서 직전 2년간 매년 환급실적이 8억원 이하이고, 그 해 1월 1일부터 신청일까지의 환급실적도 8억원 이하여야 합니다. 수출자와 생산자가 다르면 생산자가 직접 환급을 신청할 때만 적용됩니다. 요건을 갖춘 중소기업은 처음 수출한 날부터 적용승인을 받은 것으로 보아 간이정액환급률표를 먼저 적용합니다. 반대로 요건을 벗어나면 그날부터 비적용승인을 받은 것으로 봅니다.

2026. 2. 27.부터 무엇이 바뀌었나요?

2026. 2. 27. 개정 시행령은 비적용승인 뒤 다시 적용을 신청할 수 없는 기간을 2년에서 1년으로 줄였습니다. 정액환급액이 개별환급액의 70퍼센트에 못 미치는 경우라는 예외 사유는 삭제됐습니다. 적용승인을 받은 사람이 다시 비적용승인을 신청할 때 걸리던 기간 제한도 조문에서 빠졌습니다. 1년 안에도 신청할 수 있는 예외는 생산공정 변경 등으로 소요량계산서 작성이 곤란해진 때와 비적용승인 뒤 환급 실적이 없을 때 두 가지입니다.

부칙은 개정 규정을 2026. 2. 27. 이후 적용승인이나 비적용승인을 신청하는 경우부터 적용한다고 정합니다. 위 사례처럼 2025년 9월에 비적용승인을 받았더라도 2026년 10월에 적용승인을 신청하면 1년 기준이 적용되어, 예외 사유를 따지지 않고 신청할 수 있습니다. 사례집이 안내한 2년 기준은 개정 전 규정입니다.

개별환급으로 바꾸면 무엇을 더 준비해야 하나요?

개별환급은 수출물품마다 원재료 소요량을 계산한 소요량계산서로 환급금을 산출하므로 장부 관리 부담이 늘어납니다. 소요량 산정방법과 기준 기간, 제조공정 설명을 미리 관할 세관장에게 신고하고 그대로 계산해야 합니다. 환급신청 때에도 정액환급과 달리 소요량계산서와 원재료 납부세액을 확인할 서류를 붙여야 합니다. 소요량계산서를 거짓으로 작성하면 3년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처할 수 있습니다.

승인 없이 잘못 적용해 환급받으면 어떻게 되나요?

정액환급률표를 적용할 수 없는 물품에 정액환급률표로 환급받았다면 세관은 그 금액을 가산금과 함께 징수합니다. 비적용승인 뒤 수출분을 습관대로 간이정액으로 신청하거나, 요건을 벗어난 뒤에도 간이정액을 계속 적용한 경우가 여기에 해당할 수 있습니다. 징수 전에는 서면 통지가 오고, 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 처분이 나온 뒤에는 처분을 안 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구로 다툽니다.

간이정액환급 선택 대응 순서

• 요건 확인 - 중소기업 여부와 직전 2년·올해 환급실적 8억원 이하인지 확인합니다. 요건을 벗어나면 자동으로 비적용승인을 받은 것으로 봅니다.
• 유불리 비교 - 정액환급액과 소요량계산서로 산출한 개별환급액을 비교합니다. 개별환급은 소요량 관리 부담이 따릅니다.
• 비적용승인 신청 - 개별환급을 원하면 승인신청서를 관할 세관에 냅니다. 승인일 이후 수출분부터 개별환급이 적용됩니다.
• 재적용 시점 계산 - 비적용승인일부터 1년이 지났는지 봅니다. 공정 변경이나 환급 실적이 없으면 1년 안에도 신청할 수 있습니다.
• 징수 통지 대응 - 잘못 적용한 환급으로 징수 통지를 받으면 30일 이내 과세전적부심사를 검토합니다. 처분 뒤에는 90일 이내 심사청구나 심판청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 승인일과 수출일이 개정일 전후에 걸치거나 생산자와 수출자가 다르면 승인서와 수출신고필증을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 관세환급 징수에 대한 과세전적부심사와 심사청구·심판청구, 관세 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 간이정액환급 대상이면 따로 신청해야 하나요?
  아니요, 요건을 갖춘 중소기업이 환급이나 기초원재료납세증명서 발급을 신청하면 처음 수출한 날부터 적용승인을 받은 것으로 봅니다. 별도 적용승인 신청 없이 간이정액환급률표가 먼저 적용됩니다. 승인신청서를 내야 하는 것은 개별환급으로 바꾸려는 비적용승인과 다시 돌아오는 적용승인 때입니다.
• 환급실적이 8억원을 넘으면 어떻게 되나요?
  직전 2년간 매년 환급실적이나 그 해 누적 환급실적이 8억원을 넘으면 간이정액환급률표 적용 요건을 벗어납니다. 이 경우 요건을 충족하지 않게 된 날부터 비적용승인을 받은 것으로 보므로, 그 뒤 수출분은 소요량계산서에 따른 개별환급으로 신청해야 합니다. 원상태 수출분 환급실적은 계산에서 뺍니다.
• 수출대행을 맡기면 간이정액환급을 못 받나요?
  수출자와 수출물품 생산자가 다르면 생산자가 직접 관세 환급을 신청하는 경우에만 간이정액환급률표가 적용됩니다. 수출대행사 명의로 환급을 신청하면 적용되지 않습니다. 수출신고필증에 생산자가 환급신청인으로 적혀 있는지 확인해야 합니다.
• 비적용승인 전에 수출한 물품도 개별환급되나요?
  원칙적으로 비적용승인은 승인일 이후 수출분부터 적용됩니다. 다만 원상태 수출 환급을 빼고 환급받은 실적이 없는 사람이 처음 비적용승인을 받으면, 승인일 전에 수출한 물품에도 정액환급률표를 적용하지 않을 수 있습니다. 이때는 승인신청서에서 승인일 전 수출분 적용 여부를 선택해야 합니다.
• 1년이 안 됐는데 다시 바꿀 수 있는 경우는요?
  생산공정 변경 등으로 소요량계산서 작성이 곤란해진 때와, 비적용승인일부터 적용승인 신청일까지 환급받은 실적이 없을 때는 1년 안에도 적용승인을 신청할 수 있습니다. 소요량계산서 작성 곤란에는 장부 기장능력이 없는 경우, 원재료가 다양하거나 자주 바뀌어 작성 비용이 과다하다고 세관장이 인정하는 경우가 포함됩니다.
• 정액환급액이 너무 적으면 1년 안에 바꿀 수 있나요?
  2026. 2. 27. 이후 신청하는 경우에는 그 사유만으로는 1년 안에 바꿀 수 없습니다. 개정 전에는 정액환급액이 개별환급액의 70퍼센트에 미달하면 기간 제한 없이 신청할 수 있었지만 이 사유는 삭제됐습니다. 대신 기간 제한 자체가 2년에서 1년으로 줄었습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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