관세조사·처벌

이미 관세조사를 받았는데 같은 기간을 또 조사할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

원칙적으로 아니요, 세관은 이미 조사받은 조사 대상을 다시 조사할 수 없고 탈세 혐의의 명백한 자료나 재조사 결정 같은 예외가 있을 때만 다시 조사합니다. 2026년 1월 2일부터 시행된 개정 관세법은 그 기준을 첫 조사 때 통지된 조사 대상으로 정했습니다. 지금은 첫 조사와 이번 조사의 통지서에 적힌 조사 대상부터 비교해야 합니다.

두 번째 조사 통지를 받았다고 해서 바로 위법한 중복조사라고 단정할 필요도, 무조건 응해야 한다고 체념할 필요도 없습니다. 첫 조사 통지서에 적힌 조사 대상과 이번 통지서의 조사 대상을 나란히 놓고 비교하는 것이 출발점입니다.

이런 상담이 많습니다

D사는 2024년 하반기에 2021년부터 2023년까지 수입분의 과세가격을 대상으로 관세조사를 받고 운임 누락분 관세를 추가로 냈습니다. 2026년 7월 다른 세관 부서에서 같은 기간 수입분을 다시 조사하겠다는 사전통지서를 받았는데, 조사 사유란에는 「신고내용 검증」이라고만 적혀 있었습니다. D사는 이미 끝난 조사를 또 받아야 하는지, 조사 중에 변호사가 함께 있어도 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 관세조사 때 납세자 권리를 어떻게 안내하나요?

관세청은 관세조사 과정에서 납세자가 조사권 남용 금지, 중복조사 금지, 조력을 받을 권리, 성실성 추정, 과세정보 비밀보장, 정보제공을 받을 권리를 가진다고 안내합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 세관이 다른 목적으로 조사권을 쓸 수 없고, 이미 조사받은 사안은 탈세 혐의의 명백한 자료나 거래상대방 조사 필요 같은 예외가 없으면 다시 조사할 수 없다고 설명합니다. 또 조사를 받는 납세자는 변호사나 관세사를 조사에 참여시키거나 의견을 진술하게 할 수 있고, 권리 행사에 필요한 정보를 요구하면 세관이 신속하게 제공해야 한다고 정리합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「관세법」도 같은 권리를 정하고 있습니다. 세관공무원은 관세조사를 할 때 이런 권리가 담긴 납세자권리헌장을 내주고 조사 사유, 조사 기간, 권리구제 절차를 설명해야 합니다.

2026. 1. 2.부터 중복조사 판단 기준이 어떻게 바뀌었나요?

2026. 1. 2. 시행 개정법은 다시 조사할 수 없는 대상을 「해당 사안」에서 「이미 조사받은 조사 대상」으로 바꾸고, 그 조사 대상을 사전통지서나 서면으로 교부·변경통지된 조사 대상으로 못 박았습니다. 개정 전에는 무엇이 같은 사안인지를 두고 다툼이 많았지만, 이제는 첫 조사의 통지서에 적힌 조사 대상이 비교 기준이 됩니다. 같은 개정으로 사전통지 없이 조사를 시작하면 시작일에 통지 사항과 생략 사유를 서면으로 내주어야 하고, 조사 대상을 바꾸면 변경사항과 사유를 서면으로 알려야 합니다.

사례집은 개정 전 표현인 「해당 사안」을 그대로 쓰고 있으므로, 지금은 첫 조사와 이번 조사의 통지서 기재를 비교해 판단해야 합니다.

이미 조사받았어도 다시 조사할 수 있는 경우는 언제인가요?

현행법은 중복조사를 원칙적으로 금지하면서 예외를 일곱 가지로 한정합니다. 법률이 정한 다섯 가지 가운데 마지막 호를 시행령이 세 가지로 구체화한 구조입니다.

• 관세탈루 혐의 - 관세탈루 등의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우입니다.
• 거래상대방 조사 - 이미 조사받은 자의 거래상대방을 조사할 필요가 있는 경우입니다.
• 불복 재조사 결정 - 과세전적부심사·심사청구·심판청구 등에서 재조사 결정이 나온 경우로, 결정서 주문에 적힌 범위로 한정됩니다.
• 금품 제공·알선 - 납세자가 세관공무원에게 직무와 관련해 금품을 제공하거나 알선한 경우입니다.
• 시행령 사유 - 밀수출입 등 경제질서 교란을 통한 탈세혐의자 일제조사, 다른 기관이 제공한 자료 처리를 위한 조사, 관세환급금 결정을 위한 확인조사입니다.

사례집은 불복 관련 예외를 「불복이 이유 있다고 인정되어 내려진 결정에 따른 조사」로 소개하지만, 현행 조문은 재조사 결정의 주문 범위로 좁혀 두었습니다.

같은 기간이라도 분야가 다르면 다시 조사할 수 있나요?

첫 조사의 통지서에 적힌 조사 대상과 겹치지 않는 분야라면 다시 조사하더라도 중복조사에 해당하지 않을 수 있습니다. 개정 전 사건에서도 법원은 기업심사 뒤 권리사용료 가산 여부만 따로 조사한 것을 두고 조사 대상이 실질적으로 달라 중복조사가 아니라고 봤습니다. 반대로 국세 사건에서 대법원은 특정 항목만 조사한 뒤 같은 세목·과세기간을 다시 조사하는 것도 금지된 재조사로 봤습니다. 그래서 첫 조사 통지서가 대상을 「과세가격 전반」처럼 넓게 적었는지, 「운임」처럼 좁게 적었는지가 결과를 가릅니다.

중복조사라고 생각되면 어디에 이의를 제기하나요?

위법·부당한 관세조사라고 판단되면 조사 단계에서 납세자보호담당관에게 조사 일시중지나 중지를 요청할 수 있고, 이 요청은 세관 납세자보호위원회가 심의합니다. 세관장의 결정에 동의하지 않으면 관세청 납세자보호위원회에 취소나 변경을 요청할 수 있습니다. 조사가 끝나 추징 통지를 받은 뒤에는 과세전적부심사와 심판청구에서 중복조사로 얻은 자료에 근거한 과세라는 점을 다툽니다.

중복조사 의심 시 대응 순서

• 통지서 대조 - 첫 조사와 이번 조사의 통지서에서 조사 대상·대상기간·분야를 표로 나란히 적습니다. 겹치는 부분이 있으면 그 범위를 특정합니다.
• 예외 사유 확인 - 세관에 이번 조사가 어느 예외 사유에 근거하는지 묻습니다. 납세자는 권리 행사에 필요한 정보를 요구할 수 있고 세관은 신속하게 제공해야 합니다.
• 조력자 참여 - 변호사나 관세사를 조사에 참여시키고 의견을 진술하게 합니다. 중복 여부에 관한 의견은 서면으로 남깁니다.
• 일시중지·중지 요청 - 겹치는 부분이 분명하면 납세자보호담당관에게 일시중지나 중지를 요청합니다. 세관장 결정에 이견이 있으면 관세청 납세자보호위원회에 취소·변경을 요청합니다.
• 과세 단계 불복 - 과세전통지를 받으면 30일 이내에 과세전적부심사를, 납세고지를 받으면 처분을 안 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 첫 조사 통지서가 남아 있지 않거나 범칙조사·외환검사와 조사 대상이 겹치면 조사 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 관세조사 대응과 과세전적부심사, 관세 심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 중복조사 금지는 무엇을 기준으로 판단하나요?
  2026. 1. 2. 시행 개정법부터는 첫 조사 때 사전통지서나 서면으로 교부·변경통지된 「조사 대상」이 기준입니다. 이번 조사가 그 대상과 겹치면 예외 사유가 없는 한 다시 조사할 수 없습니다. 그래서 첫 조사 통지서를 보관해 두는 것이 판단의 출발점입니다.
• 불복에서 재조사 결정이 나면 다시 조사받나요?
  과세전적부심사, 심사청구, 심판청구 등에서 재조사 결정이 나오면 세관은 다시 조사할 수 있습니다. 다만 결정서 주문에 적힌 범위로 한정되고, 사전통지는 조사 시작 7일 전까지 해야 합니다. 주문 범위를 넘는 조사는 중복조사 금지에 걸릴 수 있습니다.
• 관세조사 때 변호사가 참여할 수 있나요?
  네, 관세조사를 받는 납세자는 변호사나 관세사를 조사에 참여시키거나 의견을 진술하게 할 수 있습니다. 관세청 훈령은 대리인에게 위임장을 받도록 하고, 위임장이 없거나 조사를 방해하는 경우 등에만 활동을 제한할 수 있게 합니다. 대표자의 직접 진술이 필요한 사항은 따로 요구할 수 있습니다.
• 세관은 처음부터 납세자를 의심하고 조사하나요?
  아니요, 세관공무원은 신고 의무를 이행하지 않았거나 구체적인 관세포탈 혐의가 있는 경우 등을 제외하고는 납세자가 성실하고 제출한 신고서가 진실하다고 추정해야 합니다. 다만 이 추정이 있어도 세관은 신고 내용에 대해 질문하거나 신고 물품을 확인할 수 있습니다.
• 조사에서 낸 자료가 다른 곳에 새지 않나요?
  세관공무원은 납세자가 낸 자료와 업무상 얻은 과세정보를 타인에게 제공하거나 누설할 수 없고, 목적 외로 쓸 수도 없습니다. 다만 관세 쟁송이나 관세범 소추를 위한 국가기관의 요구, 법원의 제출명령이나 영장 등 법이 정한 경우에는 그 목적 범위에서 제공될 수 있습니다.
• 세관이 장부 원본을 가져가겠다고 하면요?
  세관은 관세조사 목적으로 장부를 임의로 보관할 수 없습니다. 비정기 조사 사유가 있을 때만 납세자의 동의를 받아 일시 보관할 수 있고, 반환을 요청하면 14일을 넘겨 보관할 수 없습니다. 연장은 납세자보호위원회 심의를 거쳐 한 차례, 14일 이내로만 가능합니다.
• 중복조사로 매긴 세금은 취소되나요?
  중복조사 금지에 어긋난 조사로 얻은 자료에 근거한 과세라면 과세전적부심사나 심판청구에서 그 위법을 다툴 수 있습니다. 다만 결과는 첫 조사와 이번 조사의 대상이 실제로 겹치는지, 예외 사유가 있는지에 따라 달라집니다. 통지서와 조사 기록으로 겹치는 범위를 특정해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 관세조사 대상은 어떻게 정해지고, 정기와 비정기는 무엇이 다른가요?
• 환급 심사에서 과다환급이 나오면 이자까지 붙여 내야 하나요?
• 수입업체가 AEO 공인을 받으면 검사와 관세조사가 실제로 줄어드나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기