수입신고·환급

관공서 납품대금을 받을 때 관세 납세증명서도 따로 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 국가·지방자치단체·감사원 회계검사 대상 기관에서 대금을 받을 때는 관세 체납이 없다는 관세 납세증명서도 내야 합니다. 관세법은 외국인 체류허가 신청과 내국인 해외이주신고 때도 제출하도록 정하고, 유효기간은 발급일부터 30일입니다. 지금은 대금 지급 기관이 세관 조회로 확인하는지부터 물어봐야 합니다.

대금을 주는 기관이 세관에 조회하거나 행정정보 공동이용으로 체납 여부를 확인하면 따로 증명서를 내지 않아도 됩니다. 이 경우 납세증명서를 제출받은 것으로 봅니다.

이런 상담이 많습니다

E사는 해외에서 의료장비를 수입해 공공병원에 납품하는 업체입니다. 2026년 5월 지방자치단체 산하 병원과 맺은 2억 3,000만원 납품계약을 마치고 대금을 청구하자, 병원은 국세 납세증명서와 함께 세관이 발급한 관세 납세증명서도 내라고 요구했습니다. E사는 국세 납세증명서만으로 충분하지 않은지, 관세 납세증명서는 언제 내는 서류인지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 납세증명서 제출 사유를 어떻게 안내하나요?

관세 납세자는 관공서 대금을 받을 때, 외국인이 체류허가를 신청할 때, 내국인이 해외이주신고를 할 때 납세증명서를 내야 한다는 것이 관세청 안내의 결론입니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 관세를 부과받지 않은 사람도 포함해 이 세 가지 경우에 제출 의무가 있다고 설명합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「관세법」도 같은 세 가지를 정합니다. 다만 해외이주신고의 상대방은 현행 법률상 재외동포청장입니다. 사례집은 외교부장관이라고 적었지만, 관세법이 2023. 3. 4. 개정되면서 재외동포청장으로 바뀌었습니다. 국세 납세증명서는 국세 체납만 확인하므로, 관세 체납이 없다는 사실은 세관장이 발급하는 관세 납세증명서로 따로 증명합니다.

정부관리기관과 체류허가는 어디까지 해당하나요?

대금 지급 기관은 국가, 지방자치단체, 그리고 감사원 회계검사 대상인 법인이나 단체입니다. 대금을 주는 기관이 정부관리기관인지는 그 기관이 「감사원법」에 따른 회계검사 대상인지로 판단합니다. E사가 납품한 병원이 이 범위에 든다면 관세 납세증명서도 내야 합니다.

외국인의 체류허가는 일곱 가지입니다. 국내거소신고, 체류자격 외 활동허가, 근무처 변경·추가 허가 또는 신고, 체류자격 부여, 체류자격 변경허가, 체류기간 연장허가, 외국인등록이 여기에 해당합니다.

관공서 대금을 받으면서도 내지 않아도 되는 경우가 있나요?

네, 관세법 시행령은 국세징수법 시행령의 예외 규정을 준용합니다. 일정한 수의계약으로 대금을 받는 경우, 대금이 국고나 지방자치단체 금고에 귀속되는 경우, 파산관재인이 증명서를 발급받지 못해 법원이 예외를 요청한 경우에는 내지 않을 수 있습니다. 계약대금 전액을 체납세액으로 내거나 계약대금 일부로 체납세액 전액을 내려는 경우도 예외입니다.

반대로 원래 계약자가 아닌 사람이 대금을 받으면 증명서를 더 내야 합니다. 채권양도로 받으면 양도인과 양수인의 증명서를, 법원의 전부명령으로 받으면 압류채권자의 증명서를 냅니다. 건설공사 하도급대금을 직접 받는 수급사업자도 자기 증명서를 냅니다.

관세 체납이 있으면 납세증명서는 어떻게 되나요?

납세증명서는 발급일 현재 체납액이 없다는 사실을 증명하는 문서이므로, 관세 체납이 있으면 원칙적으로 발급받을 수 없습니다. 다만 압류·매각이 유예된 금액이나 회생계획에 따라 징수가 유예된 체납액 등은 체납액에서 빼고 증명합니다. 증명서를 못 내면 관공서 대금 지급이 막힐 수 있습니다.

이럴 때는 받을 계약대금으로 체납 관세 전액을 정리하는 방법을 기관과 협의할 수 있습니다. 체납 원인이 된 관세 부과 자체가 잘못됐다면 부과처분을 다투는 절차를 따로 밟아야 하는데, 처분을 안 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 하는 것이 원칙입니다. 이미 그 기간이 지났다면 경정청구 등 남은 방법이 있는지 검토해야 합니다.

관세 납세증명서 대응 순서

• 제출 사유 확인 - 대금 지급 기관이 국가·지방자치단체·감사원 회계검사 대상 기관인지, 체류허가나 해외이주신고에 해당하는지 봅니다. 해당하지 않으면 제출 의무가 없습니다.
• 예외 해당 여부 - 수의계약, 국고 귀속, 체납세액 전액 납부 등 예외에 들어가는지 확인합니다. 기관이 세관 조회로 확인하는지도 물어봅니다.
• 체납 여부 점검 - 세관에 미납 관세나 가산세가 남아 있는지 확인합니다. 체납이 있으면 발급이 되지 않습니다.
• 발급 신청 - 세관장에게 신청서를 내면 확인 뒤 즉시 발급됩니다. 유효기간이 발급일부터 30일이므로 대금 청구 일정에 맞춥니다.
• 부과처분 검토 - 체납 원인이 된 관세 부과가 잘못됐다면 불복 기간이 남았는지 확인합니다. 기간이 지났다면 다른 구제 방법을 따로 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 채권양도나 전부명령으로 대금을 받거나 체납액이 회생절차에 묶여 있다면 계약서와 결정문을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 관세 부과처분에 대한 심사청구·심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 관세를 낸 적이 없어도 납세증명서를 내나요?
  네. 관세법은 미과세된 사람도 납세자에 포함해 제출 의무를 정합니다. 관공서에서 대금을 받거나 해외이주신고를 하는 내국인, 체류허가를 신청하는 외국인은 관세를 낸 적이 없더라도 관세 체납이 없다는 증명을 낼 수 있습니다. 세관장은 신청을 받으면 확인 뒤 즉시 발급합니다.
• 국세 납세증명서와 관세 납세증명서는 다른가요?
  네. 국세 납세증명서는 세무서가 국세 체납이 없음을 증명하고, 관세 납세증명서는 세관장이 관세 체납이 없음을 증명합니다. 관세법이 별도로 제출 의무를 정하고 있으므로 대금 지급 기관이 요구하면 둘 다 낼 수 있습니다. 기관이 세관에 직접 조회하면 관세 증명서는 생략될 수 있습니다.
• 납세증명서 유효기간은 며칠인가요?
  발급한 날부터 30일입니다. 다만 발급일 현재 납부기한이 진행 중인 관세나 내국세가 있으면 그 납부기한까지로 정할 수 있고, 이때 세관장은 증명서에 사유와 유효기간을 적습니다. 대금 청구가 늦어지면 다시 발급받아야 할 수 있습니다.
• 외국인은 어떤 체류허가 때 내야 하나요?
  외국인등록이나 국내거소신고를 한 외국인이 체류기간 연장허가, 체류자격 변경허가, 체류자격 부여, 체류자격 외 활동허가, 근무처 변경·추가 허가 또는 신고를 신청할 때 냅니다. 국내거소신고와 외국인등록 자체도 해당합니다. 신청 상대방은 법무부장관입니다.
• 해외이주신고 때는 누구에게 내나요?
  내국인이 해외이주 목적으로 「해외이주법」에 따라 해외이주신고를 할 때 냅니다. 현행 관세법은 신고 상대방을 재외동포청장으로 정하고 있습니다. 사례집에는 외교부장관으로 적혀 있지만 2023. 3. 4. 법 개정으로 바뀌었습니다.
• 채권을 양수해 대금을 받으면 누구 증명서를 내나요?
  채권양도로 대금을 받으면 양도인과 양수인 모두의 납세증명서를 냅니다. 법원의 전부명령으로 받으면 압류채권자의 증명서를, 건설공사 하도급대금을 직접 받는 경우에는 수급사업자의 증명서를 냅니다. 관세법 시행령이 국세징수법 시행령의 이 규정을 준용합니다.
• 체납이 있으면 관공서 대금을 못 받나요?
  체납이 있으면 납세증명서가 발급되지 않아 대금 지급이 막힐 수 있습니다. 다만 계약대금 전액을 체납세액으로 내거나 계약대금 일부로 체납세액 전액을 내려는 경우에는 증명서를 내지 않아도 됩니다. 압류·매각 유예액처럼 증명에서 빼는 금액도 있으니 세관에 체납 내역을 먼저 확인합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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