수입신고·환급

수출신고필증과 계약서는 몇 년 보관해야 하고 스캔본도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

수출신고필증, 가격결정 자료, 수출계약서는 수출신고가 수리된 날부터 3년간 보관해야 하고, 요건을 갖춘 전자 방식 보관도 허용됩니다. 관세법 제12조와 시행령 제3조가 수출·반송 서류 3년, 수입 서류 5년을 정합니다. 지금은 보관 중인 서류를 수출용과 수입용으로 나누고 각 수리일부터 확인하십시오.

종이 원본을 창고에 쌓아 둘 필요는 없습니다. 요건을 갖춘 전산시스템이나 마이크로필름·광디스크 같은 보관매체에 보관해도 되고, 공인전자문서센터에 맡기면 서류를 갖춘 것으로 봅니다.

이런 상담이 많습니다

화장품을 수출하는 C사는 2026년 9월 사무실을 옮기면서 2022년부터 쌓인 수출신고필증과 인보이스, 구매자와 주고받은 주문서 묶음을 정리하려 했습니다. 한 해 수출 건수가 300건이 넘어 종이 서류만 상자 수십 개였습니다. C사는 몇 년 치를 남겨야 하는지, 스캔한 뒤 원본을 버려도 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 수출신고 서류 보관을 어떻게 안내하나요?

관세청은 수출신고를 한 자가 수출신고필증, 가격결정 자료, 수출거래 계약서나 이를 대신하는 서류를 수리일부터 3년간 보관해야 한다고 안내합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 근거로 관세법 제12조와 시행령 제3조를 들고, 이 자료를 마이크로필름이나 광디스크 같은 보관매체에 둘 수 있다고 덧붙입니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「관세법」과 시행령, 「수출 및 반송통관에 관한 고시」(2026. 6. 26. 시행)도 같은 기간을 정합니다. 다만 사례집이 보관매체 근거로 든 고시 제28조 제5항은 현행 고시에서 제28조 제4항입니다. 위 사례라면 C사는 2023년 9월 이전에 수리된 건만 보관 의무가 끝났습니다.

서류별로 몇 년을 보관해야 하나요?

보관기간은 서류 종류에 따라 2년, 3년, 5년으로 나뉩니다. 수출·반송 관련 서류는 3년, 수입 관련 서류는 5년, 보세화물 반출입·적재화물목록·보세운송 자료는 2년입니다. 기간은 모두 해당 신고가 수리된 날부터 셉니다.

수출만 하는 회사라도 원재료를 수입해 쓴다면 수입신고필증과 수입계약서는 5년을 지켜야 합니다. 두 서류를 한 상자에 섞어 두었다면 수입 서류 기준으로 정리하는 편이 안전합니다.

스캔본이나 전자파일로만 보관해도 되나요?

됩니다. 관세법은 장부와 증거서류를 정보처리시스템으로 작성·보관할 수 있게 하고, 처리과정 기록을 남기고 내용을 쉽게 확인·출력할 수 있으며 거래 내용을 검색할 수 있는 형태로 보존하라는 기준을 둡니다. 공인전자문서센터에 전자화문서로 보관하면 서류를 갖춘 것으로 봅니다.

다만 공인전자문서센터 보관만으로 갈음되지 않는 서류가 있습니다. 다른 법령상 원본을 보존해야 하는 문서, 등기·등록이 필요한 자산 거래 계약서, 재발급되지 않는 소송 서류와 인허가 서류는 원본을 따로 남겨야 합니다.

서류를 보관하지 않으면 어떤 불이익이 있나요?

수출신고필증을 보관하지 않으면 100만원 이하의 과태료 대상입니다. 세관장은 반기별이나 연 1회 신고자료 보관실태를 확인할 수 있고, 업무상 필요하면 신고서류 제출을 요구할 수 있습니다. 세관 직원의 자료 제출 요구를 거부하면 별도로 5천만원 이하의 과태료가 문제 됩니다.

보관기간이 지났어도 쓸모가 남는 경우가 있습니다. 수출용원재료 관세 환급은 물품을 수출한 날부터 5년 안에 신청할 수 있으므로, 환급을 신청할 계획이면 3년이 지나도 해당 수출 서류를 지워서는 안 됩니다.

관세사가 폐업하면 맡긴 서류는 어떻게 되나요?

신고를 대행한 관세사등이 폐업신고를 하면 폐업신고일부터 15일 이내에 보관 중인 서류와 그 목록을 통관지 세관장이나 관할지 세관장에게 내야 합니다. 재개업을 조건으로 폐업하는 경우는 예외입니다. 화주 본인의 3년 보관 의무는 관세사 보관과 별개이므로, 화주도 신고필증과 계약서를 따로 챙겨 두어야 합니다.

수출신고 서류 보관 대응 순서

• 서류 분류 - 수출·반송, 수입, 보세화물 서류를 나눕니다. 서류마다 보관기간이 3년, 5년, 2년으로 다릅니다.
• 수리일 확인 - 신고필증에 적힌 수리일을 기준으로 기간을 셉니다. 신고일이나 선적일이 기준이 아닙니다.
• 전자보관 요건 점검 - 스캔해 둘 때는 검색과 출력이 되는 형태인지, 처리 기록이 남는지 확인합니다. 원본 보존이 필요한 계약서는 따로 둡니다.
• 환급 일정 대조 - 수출용원재료 환급을 신청할 건이라면 수출일부터 5년 안에는 자료를 남겨 둡니다.
• 세관 요구 대응 - 보관실태 확인이나 자료 제출 요구를 받으면 목록을 먼저 만들어 제출 범위를 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 서류를 이미 폐기한 뒤 세관 조사나 과태료 통지를 받았다면 폐기 시점과 대체 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 관세조사와 과태료 등 세관 처분에 대한 불복 절차를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 수출신고필증 보관기간은 언제부터 세나요?
  해당 수출신고가 수리된 날부터 셉니다. 신고서를 보낸 날이나 선적한 날, 대금을 받은 날이 기준이 아닙니다. 수리일은 수출신고필증에 적혀 있으므로 정리할 때 필증의 수리일을 기준으로 3년이 지났는지 확인하면 됩니다.
• 수입 서류도 3년만 보관하면 되나요?
  아닙니다. 수입신고필증, 수입거래 계약서, 지식재산권 거래 계약서, 수입물품 가격결정 자료는 수리일부터 5년을 보관해야 합니다. 수출용 원재료를 수입해 쓰는 회사라면 수입 서류는 5년 기준으로 따로 관리해야 합니다.
• 반송신고필증도 보관해야 하나요?
  네. 반송신고필증, 반송물품 가격결정 자료, 반송거래 계약서도 수출 서류와 같이 해당 신고 수리일부터 3년간 보관해야 합니다. 보세화물 반출입 자료, 적재화물목록 자료, 보세운송 자료는 수리일부터 2년입니다.
• 스캔한 뒤 종이 원본을 버려도 되나요?
  대부분 됩니다. 처리 기록을 남기고, 내용을 쉽게 확인·출력할 수 있으며, 거래 내용을 검색할 수 있는 형태로 보존하면 전자 보관이 인정됩니다. 다만 다른 법령상 원본 보존이 필요한 문서와 등기·등록 자산 계약서 등은 공인전자문서센터 보관만으로 갈음되지 않습니다.
• 서류를 버렸다가 걸리면 과태료가 얼마인가요?
  관세법 제12조 제1항을 어기고 신고필증을 보관하지 않은 자에게는 100만원 이하의 과태료가 부과될 수 있습니다. 세관 직원이 자료 제출을 요구했는데 거부하면 5천만원 이하의 과태료가 따로 문제 되므로, 서류가 없다면 거부하지 말고 경위를 설명하는 편이 낫습니다.
• 관세사가 서류를 보관하면 회사는 안 해도 되나요?
  아닙니다. 고시는 신고인의 관계서류 보관과 별도로 수출화주에게 수출신고필증, 가격결정 자료, 계약서를 3년간 보관할 의무를 둡니다. 관세사가 폐업하면 보관 서류를 15일 안에 세관에 내야 하므로 회사가 사본을 따로 두는 것이 안전합니다.
• 3년이 지난 수출 서류는 모두 버려도 되나요?
  보관 의무는 끝나지만, 수출용원재료 관세 환급을 아직 신청하지 않았다면 남겨 두어야 합니다. 환급은 물품이 수출 등에 제공된 날부터 5년 안에 신청할 수 있고, 신청 때 수출 사실을 보여 줄 자료가 필요하기 때문입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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