원산지·FTA

원산지검증에서 수출자가 회신하지 않으면 수입자는 관세를 추징당하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 원산지검증에서 체약상대국 수출자가 서면조사에 기간 안에 회신하지 않으면 세관장은 해당 수입 건의 협정관세를 배제하고 일반세율과의 차액을 추징할 수 있습니다. FTA 관세특례법은 배제 사유와 함께 반복 위반 수출자의 적용제한자 지정, 과태료와 벌금을 따로 정합니다. 지금은 조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 이의제기 기한을 먼저 확인하십시오.

검증에서 문제가 나왔다고 곧바로 형사처벌로 이어지지는 않습니다. 대부분은 협정관세 적용 배제와 세액 추징이고, 벌금은 부정 발급이나 거짓 제출처럼 따로 정한 행위에만 붙습니다.

이런 상담이 많습니다

D사는 2025년 하반기부터 베트남 수출자가 발급받은 원산지증명서로 신발을 협정세율로 수입했습니다. 2026년 5월 세관이 베트남 수출자에게 서면조사를 했는데, 수출자가 기간 안에 회신하지 않았습니다. 세관은 D사에 협정관세를 적용하지 않고 일반세율과의 차액을 추징하겠다는 과세전통지를 보냈고, D사는 앞으로의 수입분에도 영향이 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 원산지검증이 끝난 뒤 절차를 어떻게 안내하나요?

원산지검증에서 요건을 갖추지 못한 것으로 확인되면 세관장은 해당 수입 건의 협정관세 적용을 배제하고 차액을 추징할 수 있습니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 후속 조치를 세 가지로 설명합니다. 해당 건의 특혜 배제, 반복 위반 수출자에 대한 협정관세 적용제한자 지정, 자료 미제출·조사 거부에 대한 과태료와 원산지증명서 허위·부정 발급에 대한 벌금입니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」은 배제 사유를 구체적으로 정합니다. 요구 자료를 기간 안에 내지 않거나 사실과 다르게 낸 경우, 체약상대국 수출자가 서면조사에 기간 안에 회신하지 않은 경우, 조사 결과 신고한 원산지가 실제와 다른 경우 등입니다. 다만 원산지증빙서류의 단순 착오 기재로 원산지결정에 실질적 영향이 없으면 배제 사유가 아닙니다. 추징세액은 정해진 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없습니다.

검증 결과를 통지받으면 언제까지 다툴 수 있나요?

조사를 마친 세관은 조사 결과와 결정 내용을 조사대상자와 그 물품을 수입한 자에게 서면으로 알립니다. 이 통지에 이의가 있으면 통지받은 날부터 30일 안에 이의를 제기할 수 있습니다. 이어 세관이 부족세액을 징수하려 하면 보통 과세전통지를 하고, 그 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 납부고지를 받은 뒤에는 처분을 안 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 낼 수 있습니다.

위 사례처럼 수출자의 회신 누락이 배제 사유라면, 수출자에게서 원산지 입증 자료를 다시 받아 이 단계들에서 제출하는 것이 현실적인 대응입니다.

수출자가 협정관세 적용제한자로 지정되면 어떻게 되나요?

세관장은 최근 5년간 2회 이상 반복해 원산지증빙서류의 주요 내용을 거짓으로 또는 잘못 작성한 체약상대국 수출자나 생산자를 협정관세 적용제한자로 지정할 수 있습니다. 지정되면 그 업체가 수출하거나 생산하는 동종동질 물품 전체에 대해 5년 범위에서 협정관세를 적용하지 않을 수 있습니다. 협정이 정한 기간이 5년보다 길면 그 기간을 따릅니다.

그래도 수입자가 길이 막히는 것은 아닙니다. 세관장은 수입신고되는 물품별로 원산지 요건을 심사해 충족하면 협정관세를 적용할 수 있습니다. 적용제한자에게서 수입하는 물품은 원산지증명서 사본이 아니라 원본을 내야 합니다. 적용제한자가 원산지증빙서류를 성실하게 작성했음을 입증하면 지정이 해제될 수 있습니다.

과태료나 벌금까지 받을 수 있나요?

정당한 사유 없이 요구 서류를 기간 안에 내지 않거나 원산지 조사를 거부·방해·기피한 국내 수입자·수출자에게는 1천만원 이하의 과태료가 부과됩니다. 원산지증빙서류 오류를 통보받고도 세액정정·보정 신청이나 수정신고를 하지 않으면 500만원 이하의 과태료 대상입니다.

벌금은 따로 정한 행위에 붙습니다. 원산지증빙서류를 부정한 방법으로 발급받거나 작성·발급한 자, 세관이 요청한 서류를 거짓으로 낸 자는 2천만원 이하의 벌금에 처합니다. 과실로 원산지증빙서류를 사실과 다르게 발급받거나 작성한 자는 300만원 이하의 벌금 대상이지만, 오류를 스스로 수정 통보했다면 처벌하지 않습니다. 이런 벌칙 위반에는 관세법의 조사·처분 규정이 준용되므로, 세관의 범칙조사를 거쳐 벌금 상당액을 납부하라는 통고처분을 받을 수 있습니다. 통고처분을 이행할지는 혐의 내용과 증거를 보고 변호사와 판단해야 합니다.

원산지검증 후속 대응 순서

• 결과 통지 확인 - 배제 사유가 자료 미제출인지, 회신 누락인지, 원산지 불일치인지 확인합니다. 사유에 따라 보완할 자료가 달라집니다.
• 수출자 자료 확보 - 수출자·생산자에게 원산지 입증 자료와 회신 누락 경위를 받습니다. 협정상 단순 착오인지도 함께 따집니다.
• 이의제기·과세전적부심사 - 결과 통지 후 30일, 과세전통지 후 30일 안에 의견과 자료를 냅니다. 두 기한은 따로 계산합니다.
• 불복 청구 - 납부고지를 받으면 90일 안에 심사청구나 심판청구를 냅니다. 같은 처분에 두 청구를 함께 낼 수는 없습니다.
• 후속 수입 관리 - 적용제한자로 지정된 수출자 물품은 원본 원산지증명서를 갖추고 물품별 심사에 대비합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 범칙조사 출석 요구나 통고처분을 받았다면 혐의 사실과 증거를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 원산지검증 결과에 따른 관세 추징의 과세전적부심사·심판청구와 FTA 관세특례법 위반 범칙조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 원산지증명서에 오타가 있으면 배제되나요?
  원산지증빙서류의 기재사항을 단순한 착오로 잘못 적은 것으로서 원산지결정에 실질적인 영향을 미치지 않으면 협정관세 배제 사유에서 빠집니다. 품목번호나 원산지결정기준처럼 판단에 영향을 주는 항목이 틀렸다면 단순 착오로 보기 어렵습니다.
• 추징은 몇 년 전 수입분까지 가능한가요?
  협정관세 적용제한에 따른 차액은 대통령령으로 정하는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없습니다. 다만 경정청구가 있는 경우처럼 관세법 제21조 제2항이 정한 사유가 있으면 그 조항이 정한 기간 안에 경정 등 필요한 처분을 할 수 있습니다.
• 서류 제출 기한은 얼마나 주나요?
  세관이 원산지 확인을 위해 서류 제출을 요구하면 20일 이상으로서 재정경제부령으로 정한 기간 안에 내야 합니다. 정당한 사유 없이 기간 안에 내지 않으면 협정관세가 배제될 수 있고, 국내 수입자에게는 1천만원 이하의 과태료도 부과될 수 있습니다.
• 적용제한자 물품은 아예 협정세율을 못 받나요?
  아니요, 세관장은 수입신고되는 물품별로 원산지 등 협정관세 적용요건을 심사해 충족하면 협정관세를 적용할 수 있습니다. 다만 적용제한자에게서 수입하는 물품은 원산지증명서 사본 대신 원본을 내야 하므로 서류 준비를 미리 해야 합니다.
• 원산지 오류를 통보받으면 무엇을 해야 하나요?
  수출자에게서 원산지증빙서류 오류를 통보받아 세액이 부족해졌다면 정해진 기간 안에 세관장에게 세액정정·세액보정 신청이나 수정신고를 해야 합니다. 이를 하지 않으면 500만원 이하의 과태료 대상이 됩니다.
• 실수로 원산지증명서를 잘못 발급받아도 처벌되나요?
  과실로 원산지증빙서류를 사실과 다르게 신청해 발급받거나 작성·발급한 자는 300만원 이하의 벌금 대상입니다. 다만 오류를 알고 정해진 기간 안에 세관장과 수입자에게 수정 통보를 했다면 처벌하지 않습니다.
• 통고처분을 받으면 꼭 내야 하나요?
  통고처분은 범칙조사 결과 범죄의 확증을 얻었을 때 벌금 상당액 등을 납부하라고 알리는 처분입니다. 통고가 있으면 공소시효가 정지되고, 통고서를 송달받은 날부터 15일 안에 이행하지 않으면 고발됩니다. 혐의를 다툴 여지가 있는지는 증거를 보고 변호사와 판단해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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