관세조사·처벌

세관에서 FTA 원산지 서면조사 통지를 받으면 어떻게 진행되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

세관의 원산지 서면조사는 수입 뒤 FTA 협정세율 적용이 맞는지 확인하는 행정조사이고, 서류 확인이 원칙이며 필요할 때만 현지조사로 넘어갑니다. 조사 중 같은 수출자의 동종 물품은 협정관세 적용이 보류될 수 있고, 결과에 이의가 있으면 통지받은 날부터 30일 안에 이의를 제기할 수 있습니다. 지금은 통지서의 제출기한과 해외 수출자의 회신 준비 상태부터 확인해야 합니다.

원산지 조사는 범칙조사가 아니라 협정관세 적용이 맞는지 확인하는 행정조사입니다. 통지를 받았다고 추징이나 처벌이 정해진 것은 아니므로, 통지서에 적힌 제출기한 안에 자료를 내는 것부터 하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

E사는 2025년 하반기부터 미국 생산자에게서 화장품 원료를 사들여 한-미 FTA 협정세율로 수입했습니다. 2026년 8월 세관이 E사에 원산지 서면조사를 통지하며 원산지증명서와 생산자의 원산지 입증 자료를 3주 안에 내라고 했습니다. 같은 달 E사가 같은 생산자의 원료를 추가로 들여오자 세관은 협정관세 적용을 보류하겠다고 알렸습니다. E사는 조사가 어떻게 진행되는지, 보류된 관세는 돌려받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 원산지검증을 어떻게 안내하나요?

원산지검증은 수입 뒤에 협정과 국내법이 정한 원산지요건을 실제로 갖췄는지 확인하고, 어긋나면 제재하는 행정절차입니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 검증이 사후검증을 원칙으로 한다고 설명합니다. 조사는 세관이 원산지나 협정관세 적용이 맞는지 확인할 필요가 있다고 볼 때, 그리고 상대국 관세당국이 우리 수출물품의 원산지증빙서류를 확인해 달라고 요청할 때 시작됩니다.

방법은 협정마다 다릅니다. 수입국 세관이 해외 수출자를 직접 조사하는 직접검증과, 수출국 관세당국에 확인을 요청해 그 회신을 받는 간접검증이 있습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 시행규칙은 한-미 FTA처럼 직접 서면조사나 현지조사를 하는 협정과, 한-EU FTA처럼 상대국 관세당국에 확인을 요청하는 협정을 나눠 정합니다.

서면조사와 현지조사는 어떻게 진행되나요?

원산지 조사는 서면조사가 원칙이고, 서류만으로 확인이 어려울 때 현지조사를 추가합니다. 조사대상자 특성상 필요하면 현지조사를 먼저 할 수도 있습니다. 해외 수출자나 생산자를 조사하는 것은 먼저 수입자를 조사해도 원산지증빙서류의 진위와 정확성을 확인하기 어려울 때에만 가능합니다.

• 서면조사 - 세관은 조사기간, 대상 물품, 조사 이유, 제출서류와 제출기한을 미리 통지하고 원산지결정에 관한 질문 답변서를 요구할 수 있습니다. 서류가 부족하면 5일 이상의 기간을 정해 추가자료를 요구합니다.
• 현지조사 - 조사 시작 30일 전까지 통지하는 것이 원칙이고, 국내 수입자·수출자·생산자에게는 15일 전까지 통지할 수 있습니다.
• 해외 조사대상자의 동의 - 해외 수출자·생산자는 조사예정통지를 받은 날부터 30일 안에 동의 여부를 알려야 합니다. 이 기간에 답하지 않거나 동의하지 않으면 현지조사는 할 수 없지만, 협정관세 적용제한 사유가 됩니다.
• 연기 신청 - 해외 조사대상자는 사전통지를 받은 날부터 15일 안에 1회만 연기를 신청할 수 있고, 연기는 통지받은 날부터 60일을 넘을 수 없습니다.

조사를 마치면 세관은 협정에서 달리 정하지 않는 한 30일 안에 조사 결과와 조치 내용을 수입자에게 서면으로 알립니다.

조사 중에 들여오는 물품도 협정세율을 못 받나요?

같은 수출자나 생산자에게서 추가로 들여오는 동종동질 물품은 조사 기간 동안 협정관세 적용이 보류될 수 있습니다. 보류 기간은 수입자에게 서면조사를 통지한 날부터 조사 결과를 통지한 날까지입니다. 보류 통지를 받은 수입자는 그 기간 동안 기본세율 등 일반 세율로 신고해야 합니다.

조사 결과 원산지결정기준을 충족한 것으로 확인되면 세관은 세액을 경정하고 더 낸 차액을 환급해야 합니다. 그 전에라도 수입자가 담보를 제공하고 보류 해제를 요청하면 세관장은 해제할 수 있습니다. 위 사례의 E사도 조사 결과를 기다리지 않고 담보를 제공해 협정세율로 통관할 수 있습니다.

자료를 못 내거나 조사에 응하지 않으면 어떻게 되나요?

정당한 사유 없이 요구 자료를 기간 안에 내지 않거나, 해외 수출자가 서면조사에 회신하지 않거나 현지조사에 동의하지 않으면 세관은 해당 물품의 협정관세 적용을 배제하고 차액을 징수할 수 있습니다. 조사 결과 신고한 원산지가 실제와 다르거나 낸 자료에 원산지 확인에 필요한 정보가 없을 때도 같습니다. 다만 원산지증빙서류의 단순 착오 기재로서 원산지결정에 실질적 영향이 없으면 배제 사유가 아닙니다.

조사를 받는 수입자는 변호사나 관세사를 조사에 참여시키거나 의견을 진술하게 할 수 있습니다. 해외 생산자의 원가 자료처럼 수입자가 직접 갖고 있지 않은 자료가 필요하면, 통지 직후 수출자에게 회신 기한을 알리고 직접 세관에 내도록 조율해야 합니다.

원산지 서면조사 대응 순서

• 통지서 확인 - 조사 대상 물품, 제출서류, 제출기한을 확인합니다. 직접검증인지 상대국 관세당국을 통한 간접검증인지도 봅니다.
• 수출자 연락 - 해외 수출자·생산자에게 조사 사실과 회신 기한을 바로 알립니다. 해외 수출자가 회신하지 않으면 그 자체로 배제 사유가 됩니다.
• 자료 제출 - 원산지증명서, 원재료 명세, 원가 자료, 운송서류를 정리해 기한 안에 냅니다. 추가자료 요구를 받으면 정해진 기간 안에 보완합니다.
• 보류 물품 관리 - 보류 기간에 수입하는 물품은 일반 세율로 신고하고, 자금 부담이 크면 담보를 제공해 보류 해제를 요청합니다.
• 결과 대응 - 결과 통지에 이의가 있으면 30일 안에 이의를 제기하고, 추징 예정 통지를 받으면 과세전적부심사를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 해외 수출자가 자료 제공을 거부하거나 조사 범위가 여러 해 수입분으로 넓어지면 협정 조항과 거래 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 원산지 조사 대응과 그에 따른 관세 추징의 과세전적부심사·심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 상대국 관세당국이 검증하면 수입자는 할 일이 없나요?
  아니요, 간접검증이라도 수입자가 결과를 그대로 떠안습니다. 세관은 상대국 관세당국에 확인을 요청한 사실과 회신 결과에 따른 결정 내용을 수입자에게 알립니다. 상대국 관세당국이 정해진 기간 안에 회신하지 않거나 회신에 원산지 확인에 필요한 정보가 없으면 협정관세 적용이 배제될 수 있으므로, 수출자에게 자국 당국 요청에 성실히 답하도록 요청해 두어야 합니다.
• 서면조사 자료가 부족하다는 연락을 받으면요?
  세관은 제출 서류가 미비하면 5일 이상의 기간을 정해 추가자료 제출을 요구할 수 있습니다. 요구서에 적힌 기간 안에 보완하면 됩니다. 정당한 사유 없이 기간 안에 내지 않으면 협정관세 적용제한 사유가 될 수 있으므로, 해외 수출자에게 받아야 하는 자료라면 기한을 함께 알려 주어야 합니다.
• 해외 수출자가 현지조사 날짜를 미룰 수 있나요?
  네, 현지조사 사전통지를 받은 해외 수출자·생산자는 예정 기간에 조사를 받기 곤란하면 통지받은 날부터 15일 안에 조사연기 신청서를 낼 수 있습니다. 연기 신청은 1회만 가능하고, 연기 기간은 사전통지를 받은 날부터 60일을 넘을 수 없습니다. 연기가 승인되면 세관은 그 사실을 조사대상자에게 알립니다.
• 원산지 조사에 변호사가 함께할 수 있나요?
  네, 원산지 조사를 받는 조사대상자는 관세조사와 같이 변호사나 관세사를 조사에 참여시키거나 의견을 진술하게 할 수 있습니다. 서면조사 답변서 작성 단계부터 조력을 받을 수 있습니다. 세관공무원은 필요한 최소한의 범위에서 조사해야 하고, 다른 목적으로 조사권을 남용해서는 안 됩니다.
• 보류 기간에 더 낸 관세는 돌려받나요?
  조사 결과 수입자가 신고한 내용이 원산지결정기준을 충족한 것으로 확인되면 세관은 협정관세를 적용받지 못한 물품의 세액을 경정하고 차액을 환급해야 합니다. 반대로 충족하지 못한 것으로 확인되면 환급되지 않고, 앞서 협정세율로 들여온 물품까지 차액 추징 대상이 될 수 있습니다.
• 조사 결과 통지는 언제쯤 오나요?
  협정에서 달리 정하지 않았다면 세관은 서면조사나 현지조사를 마친 날부터 30일 안에 조사 결과와 결정 내용을 서면으로 통지해야 합니다. 통지서에는 원산지 적정 여부와 판단 이유, 특혜관세 배제 같은 조치 내용, 이의제기 방법과 기간이 들어갑니다.
• 이의제기를 하면 결과는 언제 나오나요?
  세관은 이의제기를 받은 날부터 30일 안에 심사해 결정 내용을 통지해야 합니다. 이의제기서 내용이나 절차에 보정할 점이 있으면 20일 안의 기간을 정해 보정을 요구할 수 있고, 그 보정기간은 30일에 넣지 않습니다. 이의제기서에는 조사 결과를 통지받은 날짜와 이의 요지를 적고 확인 자료를 붙입니다.

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