과징금·보조금

정부 지원사업 협약 해지와 지원금 반환 통보, 행정소송으로 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

법령에 환수 근거 없이 협약 조항만으로 한 지원사업 해지와 지원금 반환 통보는 행정처분이 아니어서 취소소송 대상이 아닙니다. 대법원 2015두41449 판결의 판단 기준과 현행법상 처분이 되는 경우, 당사자소송으로 다투는 방법을 정리했습니다.

법령에 환수 근거가 없이 협약 조항만으로 한 해지와 반환 통보는 행정처분이 아니어서 취소소송으로 다툴 수 없습니다. 대법원은 중소기업 정보화지원사업 협약을 해지하고 지원금 반환을 통보한 사안에서 이를 공법상 계약에 따른 의사표시로 보고 취소소송을 각하했습니다. 통보서를 받았다고 곧바로 돈을 돌려줄 필요는 없지만, 어떤 소송으로 다툴지는 먼저 정해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨 회사는 2023. 5. 정부 지원 정보화 사업에 선정되어 전담기관과 협약을 맺고 지원금 8천만 원을 받았습니다. 시스템 구축이 늦어지자 전담기관은 2025. 11. 회사 책임의 사업 실패라며 협약을 해지했습니다. 2026. 2.에는 협약 조항에 따라 지원금 전액을 반환하라는 통보가 왔습니다. 통보서에는 근거 조문이나 불복 방법 안내가 없었고, 납부 기한만 30일로 적혀 있었습니다. A씨는 이 통보를 행정심판이나 취소소송으로 다툴 수 있는지, 아니면 다른 소송을 내야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

협약 해지 통보는 왜 행정처분이 아닌가요?

행정청이 일방적으로 관계를 끝냈다는 사정만으로 처분이 되지는 않기 때문입니다. 대법원은 그 의사표시가 공권력 행사인지, 공법상 계약의 당사자로서 하는 의사표시인지를 관계 법령에 따라 개별적으로 판단해야 한다고 봅니다.

판단의 핵심은 법령에 지원금 지급 요건이나 환수 규정이 있는지입니다. 법령이 환수 사유와 절차를 직접 정하고 있으면, 행정청은 그 법령에 따라 우월한 지위에서 환수 처분을 합니다. 반대로 법령에는 출연할 수 있다는 근거만 있고 해지와 반환은 협약서가 정하고 있다면, 해지 효과는 전적으로 협약이 정한 대로 생깁니다. 이때 통보는 계약 상대방에게 약정 내용을 이행하라고 요구하는 것에 가깝습니다.

현행 행정기본법 제27조도 행정청이 공법상 법률관계에 관한 계약을 맺을 수 있다고 정하고 있습니다. 정부 지원사업 협약이 이 공법상 계약으로 다루어지는 경우가 많습니다.

대법원은 어떻게 판단했나요?

전담기관장이 2008. 4. 18. 회사와 중소기업 정보화지원사업 협약을 맺었고, 2010. 8. 25. 회사 책임의 사업 실패로 협약이 해지되었다며 받은 지원금을 반환하라고 통보했습니다. 원심은 이 통보를 처분으로 보고 본안까지 판단했습니다.

대법원은 원심을 파기하고 이 부분 소를 각하했습니다. 당시 법률의 환수 조항은 기술혁신사업과 산학협력 지원사업에만 적용되고, 정보화지원사업에는 지원금 환수에 관한 법령상 근거가 없었습니다. 대법원은 “이 사건 협약의 해지 및 그에 따른 이 사건 환수통보는 공법상 계약에 따라 행정청이 대등한 당사자의 지위에서 하는 의사표시로 봄이 타당하고”라고 밝혔습니다. 같은 기관의 통보라도 사업의 근거 조문이 무엇이냐에 따라 결론이 갈린다는 뜻입니다.

지금도 같은 결론이 나오나요?

중소기업 정보화지원사업은 현행법에서도 같은 구조입니다. 현행 중소기업 기술혁신 촉진법 제18조는 출연 근거만 두고, 제32조의 출연금 환수는 여전히 기술혁신사업과 산학협력 지원사업에만 적용됩니다.

반면 기술혁신사업이나 산학협력 지원사업의 출연금 환수는 법률이 정한 처분이어서 취소소송 대상이 됩니다. 국가연구개발사업도 국가연구개발혁신법 제32조가 참여제한, 제재부가금, 연구개발비 환수를 정하고 있어 처분으로 다투게 됩니다. 보조금 관리에 관한 법률의 교부 결정 취소도 법률이 정한 처분입니다. 그래서 같은 「지원금 반환 통보」라도 어느 법률의 어느 사업인지를 먼저 보아야 합니다. 이 판단을 틀리면 소송이 각하되어 시간을 잃습니다.

처분이 아니면 어떤 소송으로 다투나요?

공법상 계약에 따른 통보라면 공법상 법률관계에 관한 당사자소송으로 다투는 것이 원칙입니다. 반환 의무가 없다는 확인을 구하거나, 기관이 반환 청구 소송을 내면 그 소송에서 해지 사유와 귀책을 다툴 수 있습니다.

당사자소송의 피고는 기관장이 아니라 국가, 공공단체 등 권리주체입니다. 취소소송처럼 90일 제소기간이 적용되지 않지만, 협약서의 이의 절차나 분쟁 해결 조항은 지켜야 합니다. 처분인지 계약상 통보인지 애매하면 취소소송과 당사자소송을 함께 검토하고, 소장에서 청구를 나누어 적는 방법도 있습니다. 「지원사업 공고에 경고 후 환수라고 돼 있는데 바로 환수할 수 있나요?」에서 공고 조건과 환수의 관계를 자세히 설명했습니다.

지원사업 협약 해지 통보 대응 순서

• 근거 확인 - 통보서와 협약서에서 해지와 반환의 근거가 법률 조문인지 협약 조항인지 표시합니다.
• 기한 정리 - 처분일 가능성이 있으면 안 날부터 90일을 기준으로 일정을 잡습니다.
• 귀책 자료 확보 - 사업 지연 경위, 전담기관과 주고받은 공문, 중간 점검 결과를 모읍니다.
• 소송 형태 결정 - 취소소송, 당사자소송, 반환 청구 소송에서의 방어 중 무엇으로 갈지 정합니다.
• 반환 협의 검토 - 일부 반환이나 분할 납부 협의가 가능한지도 함께 봅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지원사업의 근거 법률에 환수 규정이 있는지와 해지 사유가 회사 책임인지에 따라 다투는 소송과 반환 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 정부 지원사업 협약 해지와 지원금 반환 분쟁의 소송과 협상을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 취소소송을 냈는데 처분이 아니라며 각하되면 어떻게 되나요?
  각하 판결은 통보의 효력을 판단하지 않은 것이어서 반환 의무를 다툴 길이 닫힌 것은 아닙니다. 당사자소송이나 반환 청구 소송에서 해지 사유와 회사 책임을 다시 다툴 수 있습니다.
• 협약 해지 통보에도 행정절차법의 사전통지가 필요한가요?
  처분이 아닌 계약상 의사표시라면 행정절차법의 처분 사전통지 규정이 그대로 적용되지는 않습니다. 다만 협약서에 시정 요구나 소명 절차가 있으면 그 절차를 거쳤는지가 해지의 효력을 다투는 쟁점이 됩니다.
• 연구개발 과제비 환수 통보도 계약상 통보인가요?
  국가연구개발사업은 국가연구개발혁신법이 연구개발비 환수와 제재부가금, 참여제한을 직접 정하고 있어 처분으로 다투는 경우가 많습니다. 처분이면 안 날부터 90일 안에 취소소송을 내야 합니다.
• 반환 통보를 무시하면 바로 재산을 압류당하나요?
  법령상 체납처분 근거가 없는 계약상 반환 청구라면 기관은 소송으로 판결을 받아야 강제집행을 할 수 있습니다. 반면 법률이 국세 체납처분의 예에 따른 징수를 정한 환수 처분은 판결 없이 징수될 수 있습니다.
• 당사자소송은 누구를 피고로 해야 하나요?
  당사자소송은 기관장이 아니라 국가, 공공단체 그 밖의 권리주체를 피고로 합니다. 전담기관이 법인이면 그 법인을, 국가 사업이면 국가를 피고로 할지 협약 당사자를 보고 정합니다.
• 회사 책임이 아니라면 지원금을 전부 지킬 수 있나요?
  협약이 회사 책임으로 해지된 경우에만 반환하도록 정했다면, 기관 측 사정으로 지연된 점을 입증해 반환 의무를 다툴 수 있습니다. 다만 집행하지 않은 잔액은 협약상 정산 대상이 되는 경우가 많습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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