행정처분 대응

동업자가 빠져 사업자등록 정정을 신청했는데 거부됐다면 취소소송을 낼 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

어렵습니다, 공동사업자 한 명이 탈퇴해 낸 사업자등록 정정신고를 세무서가 거부해도 법원은 이를 취소소송의 대상인 처분으로 보지 않는 경향입니다. 원안이 인용한 대구지방법원 판결은 항소심인 대구고등법원 2012누1090 판결에서 취소되어 소가 각하됐고, 대법원 2012두23198 판결로 그대로 확정됐습니다. 지금은 동업해지 합의서나 탈퇴 통지 내용증명처럼 탈퇴 날짜를 증명할 서류부터 갖춰 두십시오.

정정이 거부됐다고 탈퇴한 동업자의 세금을 계속 함께 떠안게 되는 것은 아닙니다. 연대납세의무는 등록 명의가 아니라 실제 공동사업 기간을 기준으로 다툴 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

L씨와 M씨는 2020년부터 공동사업자로 사업자등록을 하고 통신공사업을 함께 해 왔습니다. 2025년 M씨가 사업을 그만두겠다고 해 L씨는 M씨의 탈퇴를 이유로 사업자등록 정정신고를 했지만, 세무서는 동업해지 계약서가 첨부되지 않았다며 정정을 거부했습니다. M씨는 정산금 문제로 해지 계약서에 서명하지 않고 있습니다. L씨는 세무서의 거부를 취소소송으로 다툴 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

사업자등록 정정 거부는 행정소송 대상인가요?

대상이 아니라는 것이 확정된 판단입니다. 취소소송은 행정청이 구체적 사실에 관해 공권력을 행사하거나 그 행사를 거부한 「처분」에 대해서만 낼 수 있고, 거부가 처분이 되려면 신청인의 권리·의무에 직접 변동을 일으켜야 합니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「행정소송법」 제2조 제1항 제1호가 처분의 뜻을 정합니다.

대구고등법원 2012. 9. 21. 선고 2012누1090 판결은 이 사례와 같은 공동사업자 탈퇴 정정신고 거부 사건에서, 정정신고의 수리 여부는 신청인의 권리·의무에 직접 영향을 미치지 않는다며 1심 판결을 취소하고 소를 각하했습니다. 대법원은 2013. 2. 14. 2012두23198 판결로 상고를 기각했습니다.

왜 처분이 아니라고 보나요?

사업자등록은 과세관청이 납세의무자를 파악하기 위한 사업 사실의 신고이고, 등록증 발급은 그 사실을 증명하는 데 그치기 때문입니다. 대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두2200 판결은 세무서가 사업자 명의를 직권으로 정정하는 행위도 사업자로서의 지위에 변동을 가져오지 않는다며 처분성을 부정했습니다.

탈퇴한 동업자의 세금은 어떻게 되나요?

공동사업에 관한 국세는 공동사업자가 연대해 납부할 의무를 집니다. 다만 연대납세의무는 실제로 공동사업을 한 기간의 국세에 대한 것이므로, 탈퇴 이후 기간의 세금이 고지되면 그 과세처분에 대한 불복에서 탈퇴 사실과 날짜를 주장할 수 있습니다. 등록 명의가 남아 있다는 사실만으로 탈퇴 후 세금 책임이 확정되지는 않습니다.

정정을 받아내려면 무엇을 내야 하나요?

사업자의 인적사항과 변경 사항을 적은 정정신고서와 함께 탈퇴 사실을 보여 주는 자료를 냅니다. 동업자가 해지 계약서에 서명하지 않으면 탈퇴 의사를 담은 내용증명과 도달 증명, 지분 정산 소송의 소장 등을 대신 낼 수 있습니다. 세무서는 신고일부터 2일 이내에 변경 내용을 확인해 등록증을 정정해 재발급해야 합니다.

동업자 탈퇴 등록 정정 대응 순서

• 반려 사유 확인 - 세무서가 요구한 서류가 무엇인지 문서로 받습니다. 보완 신고의 기준이 됩니다.
• 탈퇴 증빙 확보 - 동업해지 합의서, 탈퇴 통지 내용증명과 도달 증명을 준비합니다. 탈퇴 날짜를 확정합니다.
• 보완 정정신고 - 증빙을 붙여 다시 신고합니다. 소송보다 빠르게 명의를 정리할 수 있습니다.
• 세금 기간 구분 - 탈퇴 전후 부가가치세와 소득세 신고를 나눠 정리합니다. 연대납세의무 범위를 다툴 근거가 됩니다.
• 과세처분 불복 - 탈퇴 후 기간 세금이 고지되면 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 동업계약서에 탈퇴 절차나 지분 정산 조항이 있거나 정산금 소송이 진행 중이라면 계약서와 소송 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공동사업 탈퇴에 따른 과세처분 불복과 동업 정산 분쟁을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 정정 거부 취소소송을 내면 어떻게 되나요?
  각하될 가능성이 큽니다. 대구고등법원 2012. 9. 21. 선고 2012누1090 판결은 공동사업자 탈퇴에 따른 정정신고 거부가 원고의 권리·의무에 직접 영향을 미치지 않는다며 소를 각하했고, 대법원 2012두23198 판결로 확정됐습니다. 소송 대신 보완 신고와 과세처분 불복을 준비하는 편이 현실적입니다.
• 동업자가 해지 계약서에 서명을 안 해요.
  탈퇴 의사를 적은 내용증명과 도달 증명으로 대신할 수 있습니다. 민법상 조합원은 다른 조합원에게 알려 탈퇴할 수 있으므로, 통지가 도달한 날을 탈퇴일로 증명하는 자료가 됩니다. 부가가치세법 시행령 제14조 제1항의 정정신고서에 이 자료를 붙여 다시 신고하는 방법을 검토합니다.
• 정정이 안 되면 동업자 세금도 제가 내나요?
  공동사업에 관한 국세는 국세기본법 제25조 제1항에 따라 공동사업자가 연대해 냅니다. 다만 연대 책임은 실제 공동사업을 한 기간의 세금에 한정된다고 다툴 수 있으므로, 탈퇴 이후 기간의 세금이 고지되면 그 처분에 대한 불복에서 탈퇴일을 증명해 책임을 부정합니다.
• 세무서는 언제까지 정정해 줘야 하나요?
  대표자·상호 등 일부 사항은 신고일 당일, 그 밖의 변경 사항은 신고일부터 2일 이내에 확인해 정정한 등록증을 재발급해야 합니다. 부가가치세법 시행령 제14조 제3항의 기한입니다. 기한이 지나도 정정되지 않으면 반려 사유를 문서로 요구해 보완할 부분을 확인합니다.
• 세무서가 직권으로 명의를 바꾸면 다툴 수 있나요?
  그 행위 자체는 다투기 어렵습니다. 대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두2200 판결은 과세관청이 사업자 명의를 직권으로 정정하는 행위도 사업자로서의 지위에 변동을 가져오지 않는다며 항고소송 대상이 아니라고 보았습니다. 명의 변경에 따른 과세처분이 나오면 그 처분을 다툽니다.
• 탈퇴 후 할 신고는 무엇이 있나요?
  등록사항이 바뀌면 지체 없이 관할 세무서장에게 변경 신고를 해야 합니다. 부가가치세법 제8조 제8항의 의무입니다. 탈퇴 직전 과세기간의 부가가치세와 탈퇴한 연도의 종합소득세는 공동사업 기간과 단독사업 기간을 나누어 신고해야 뒤에 연대납세의무 범위를 다툴 근거가 남습니다.

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